此时，从土木堡逃回的士兵越来越多，他们极力渲染瓦剌军的强悍凶残。京师此时老弱病残士兵不足10万，兵器盔甲也严重缺乏。恐惧气息笼罩整个北京，不少大户开始将家产南迁。京城一片混乱。
英宗的长子朱见深年仅3岁，根本不可能预政。十八日朝议时，翰林院侍讲徐珵进言道：“吾夜观天象，天命南移。京师疲卒羸马不足十万，何以抵挡？愚意不若南迁。”此言一出，群臣大哗。兵部右侍郎于谦挺身而出，厉声斥责：“倡议南迁者当斩！京师乃天下之根本，一动大事去矣。北宋南渡，可为殷鉴！请速召勤王兵，誓死固守。”这一提议立刻得到不少大臣的赞赏，以于谦为首，商辂、王竑、彭时、吴宁等主战派占了上风。朱祁钰、皇太后诏告天下，由郕王朱祁钰监国，立朱祁镇长子见深为太子，令于谦负责京师战守兵事。
于谦随即着手备战，奏请将南北两京及河南备操军、山东及南直隶沿海备倭军、江北及北京府运粮军全部调入京师。因当时官仓在通州，一旦为敌军侵夺，后果不堪设想，群臣多提议焚毁。于谦命文武京官预支9个月的俸粮，军士预支半年饷粮，均从通州领取，又征民夫带车从通州运粮进京，运粮超过20石纳入京仓者赏官给银。这些布置使北京民心逐渐安定。
于谦又奏请清除王振余党，明正其罪，以雪民愤，表明朝廷的立场和态度。二十一日，于谦升任兵部尚书。二十三日，朱祁钰登临午门代理朝政，群臣纷纷弹劾王振恃权作威，倾危宗社，罪应灭族。王振私党、锦衣卫指挥马顺叱责群臣：“王振已死，说他甚么？”一语激怒群臣，给事中王竑上前抓住马顺，怒道：“汝私媚王振，倚势作威，今尚敢来多嘴？”群臣怒不可遏，一拥而上，登时将马顺打死在廷堂之上。群臣又向郕王索要宦官王贵、王长随，朱祁钰命人将二人从宫中轰出，众人你一拳我一脚，二人当场毙命。不一会儿，有人又把王振的侄子王山捆来，众人争相唾骂，朝班大乱。朱祁钰见状要起身离开，于谦上前拦住郕王，要郕王宣谕：“马顺等罪当死，其他众人不论。”诸臣方才逐渐安定。于谦这才发现自己的朝服袍袖在混乱中被撕成了碎条。吏部尚书王直拉着于谦的手叹道：“朝廷幸赖有公，若如我辈，虽多何益？”随后，郕王下令将王山凌迟处死，抄王振的家，将王振家族无论老幼，尽行斩首。从其家中抄得金银六十余库，玉盘百座，珊瑚树六七十株，其他珍玩不计其数。王振阉党被扫除殆尽。
皇权争斗的牺牲品：于谦案 于谦案 三
随后，于谦又任命将领：封杨洪为昌平伯，与罗亨信、朱谦等镇守宣府；荐举陈镒安抚京畿内外军民，罗通守居庸关，曹泰守紫荆关。因石亨先前战败逃回，被贬官下狱，于谦知其晓畅军略，很有军事才能，令其总领京营兵。与此同时，于谦又加紧锻造兵器，押运粮草，充实军储。
土木之变后，也先挟持英宗在边疆各城池勒索要挟。二十一日，瓦剌军到大同城下，让人拿英宗驾牌请守城士兵迎驾。大同总兵官刘安和参将郭登信以为真，出城朝拜英宗。瓦剌军趁机掠城，明军大败。也先又矫英宗诏，命大同守军送库银2万两方才退军。刘安搜罗仓库，取出银两，送到也先营中。也先纠缠三天方挟英宗退出塞外。于谦闻报，严叱刘安，下令各边镇“自今瓦剌奉驾至，不得轻出”，同时提出“社稷为重君为轻”。这一策略粉碎了也先利用英宗讹诈的阴谋，坚定了边将抗战的信心，使明由被动转为主动。
为断绝也先的念头，二十九日，以于谦为首的抗战派请皇太后立郕王为皇帝，以定民心。郕王再三推辞，于谦大声道：“臣等诚忧国家，非为私计。”郕王于九月初六日登极，是为明代宗，遥尊英宗为太上皇，以明年为景泰元年。
九月初，也先以愿进其妹与英宗结亲为由，表示要与明朝和好。于谦通谕各边镇：“也先诡诈百端，今尚在关外扎营，假以结亲为由，遣使来京，觇我虚实……假以送驾为名，得开门迎接，我欲出兵拒抗，彼则指驾为辞。”严令兵士不得擅自开城迎驾。
随后，于谦着力整顿京畿内外及边塞军务，派郭登佩征西前将军印镇守大同。郭登率兵民悉心备战，誓与众将同死，大同边防得以加强。于谦又招募民壮，以国家存亡大义激励兵将，将士兵民同仇敌忾，士气高涨。
十月初一日，也先挟持英宗，绕过大同重镇，大举入寇，旋即攻破紫荆关，直逼京师。明代宗大惊，诏告各地宗室诸王入京勤王，命于谦提督各路兵马，守备京师。于谦调动诸将分领官军22万人，列阵于京师九门：武清伯石亨守德胜门、都督陶瑾守安定门、广宁伯刘安守东直门、都指挥李瑞守正阳门、都督刘得新守崇文门、都指挥汤节守宣武门、武进伯朱瑛守朝阳门、都督刘聚守西直门、副总兵顾兴祖守阜成门。此时，诸将对如何拒敌意见不一，成山侯王通主张在京外挖筑深壕，总兵官石亨主张全军退守城内，坚壁清野。于谦力主出城迎敌：“寇势张甚，奈何示弱。”劝服诸位将官，在城外布军，封闭诸门，以示决不后退，同时激励三军，严申军令。
十一日，瓦剌军在西直门外列阵，将英宗置于德胜门。也先原以为明军精锐已去大半，此时见明军严阵以待，毫无荒乱景象，深感吃惊，只好先借口讲和，言欲送还英宗，请明廷派人迎驾，以探虚实。于谦知其虚诈，只派礼部侍郎王复、鸿胪寺卿赵荣出城见英宗。也先借口二人职卑，指名要于谦、石亨等大臣来谈判。明代宗未允许。
十三日，两军在德胜门展开激战。于谦派石亨设下埋伏，让小队士兵诱敌。也先派弟弟孛罗和平章卯那孩率兵万余，冲杀过来。于谦即令伏兵放火炮火铳，敌军死伤惨重，孛罗和平章卯那孩也中炮身亡。石亨出安定门截杀，瓦剌兵溃逃。也先亲率精兵暗袭西直门，都督孙镗仓促应战，力战数个时辰，渐感不支，开始后退。城上守将杨善呐喊助威，开炮轰敌。正相持时，石亨率兵赶到，三面夹攻。也先败退，又遭明将王竑伏击，仓皇退至城外数里安营。明军大胜。这是明军保卫北京的第一次会战胜利。
十四日，瓦剌又进逼彰仪门。于谦亲自指挥作战，身先士卒，冲锋陷阵。京师百姓纷纷加入战斗，从房顶投掷砖石。瓦剌军逡巡不敢进，明军乘机追击，瓦剌又败退数里。也先原想借英宗身价逼迫明军投降，却屡战屡败，士气大跌，成功无望，不得不于十五日夜间拥着英宗西退。于谦得知，派兵追赶，三战三捷，毙敌万余。也先恼羞成怒，沿路抢劫，还焚烧了明朝寝陵。
皇权争斗的牺牲品：于谦案 于谦案 三
十一月初八日，瓦剌退出塞外，北京宣布解严。
北京保卫战的胜利，粉碎了也先夺取北京的企图，稳定了北京的形势，挽救了明王朝。于谦运筹帷幄，镇定自若，在京师守备空虚的情况下迅速集结军队，激励士气，身先士卒，起了决定全局的作用。
代宗论功行赏，以于谦、石亨功劳最卓，封石亨为武清侯，加于谦太子少保，总督军务，仍掌兵部尚书事。于谦极力推辞，说：“四郊多垒，卿大夫之耻，敢邀功赏哉？”最后才不得不接受。
北京保卫战胜利后，于谦又提出“今日之计，可以养锐，不可浪战”，积极布置，未有丝毫懈怠。为加强京师的边防，他抽调辽东、宣府军马，将名将杨洪、罗通等调入京师，大同总兵郭登也被命率部入援。同时加强边关塞口的防御，派顾兴祖、刘安等修筑要隘，左都督朱谦镇守宣府，佥都御史王竑守居庸关。
土木之变时，英宗的心腹太监喜宁投降了也先。他授计也先，从宁夏进兵，绕过北京，直趋山东、临清，夺取南京，将英宗安置此地作为傀儡，可以长江为界分割中国，与北京的景帝抗衡。景泰元年（1450年）正月，也先进攻宁夏边塞。边关诸将奋勇抵抗，斩敌数千，取得了土木之变后明军在塞外的第一次胜利。其后，明军又接连挫败也先的几次进攻，瓦剌士气大跌。是年五六月间，也先又犯大同、雁门关，均遭惨败。明军士气大震，边防日益巩固。
皇权争斗的牺牲品：于谦案 于谦案 四
随着明军取得的胜利，也先速战速决、轻取北京的想法破灭。而明朝采取拉拢脱脱不花、阿拉知院的策略孤立也先，更重要的是，明朝已另立皇帝，英宗成为空壳。也先一时进退两难，杀之怕激怒明朝报仇，放回去又心有不甘，一时无计可施。思虑再三，认为与其杀之不如送还明朝，既得到金银财宝，又可与明朝结好，恢复马市贸易，更可以落下好名声。于是再三遣使致意，请北京派使迎驾。
一些主战派大臣认为此是也先故伎，不可相信，极力反对议和。于谦力排众议，认为也先屡败，其议和态度可信，劝景帝遣使迎驾。景帝却犹豫不决，陷入两难：若迎回英宗，自己必然交还皇位，若不迎回，则必遭非议，就召集群臣商议。于谦和吏部尚书王直首先陈言，请即遣使，其他诸臣也多随声附和。景帝颇感难堪，怒曰：“朕非贪此位，乃卿等强欲立朕，今复出尔反尔，殊为不解。”群臣瞠目结舌，无以言对。于谦上言：“也先屡败，其意可信。陛下与太上皇兄弟至亲，上皇在外，理应奉迎，万一敌人怀诈，是彼曲我直，我得声罪致讨。今大位已定，何人敢有他议？”景帝闻此，方答应遣使。
于是，景帝先派吏部右侍郎李实带随员出使瓦剌，窥探虚实，并不言及迎驾事。于谦得知也先真心送还英宗，奏明景帝，派右都御史杨善、工部侍郎赵荣于七月二十七日出使瓦剌。也先接见杨善，却故意刁难。幸而杨善机智灵慧，巧妙对答，才维护了明朝国威。也先询问敕书中为何没有奉迎太上皇的言词，杨善答是为尊太师，成就你主动送还的美名，否则带有强制意味。也先又问，为何不多带金银来赎，杨善答是让你名垂千古，不然后人会以为你图财而非仁义君子。也先又问太上皇回去是否就皇位，杨善答：“天意已定，不便再移。”也先又问中国古代尧舜禅让，是否为真？杨善答：尧让位于舜，今上皇让位于弟，古今一辙。也先钦叹良久，哑口无言，只好备车驾送英宗返京。
消息传到北京，礼部议定的迎驾仪式很是隆重，景帝以恐遭敌诡计为由删繁就简，只派一辆车马迎接太上皇由居庸关进入，在安定门换乘法驾，从安定门行至东安门。此时，千户龚遂荣上疏，说现在迎驾应当效法唐肃宗故事，奉迎应隆厚，景帝应再三避位，上皇坚持逊让方合古法。景帝勃然大怒，系之于狱。几天后，上皇至京城，百官于东安门外跪迎，景帝在门内下辇接驾，英宗下轿答礼。两人辞让帝位再三，随后英宗被送到南宫安顿。
南宫即崇质宫，位于重华宫东南，是软禁失意妃嫔和皇族的专用所，极少有人光顾。景帝又派边塞大将王骥镇守，以防英宗勾结外界或逃出。不久，景帝去除监国称号，堂而皇之成为真正意义上的皇帝。
北京保卫战后，景帝对于谦很是倚仗宠信，授予大权，可以单独进入皇帝寝宫奏事，于谦的地位权势，无人可以比肩。于谦对于皇宫内部的争斗无能为力，只能屡屡上疏，强调“上皇虽还，国耻未雪”，加紧国防和京城的防卫，修缮城池，募民屯田，严肃军纪，惩治了一些贪将。他又发动民众，疏通了漕船运粮草的运河要道，精心改进武器，操练阵法，使军队作战能力得到进一步增强。他还改革京营军队，创立了团营。
明成祖时，京军被编为三大营：即五军营，由中军、左掖、右掖、左哨、右哨编成，有步兵和骑兵；三千营，负责扈从皇帝出入，为骑兵；神机营，使用火铳火炮等新式武器。这三大营各有总兵官，名义上都由五军都督府统辖，但实际上五军都督府只负责文书军籍，不管战时调派，号令难以统一。又因各营兵种不同，训练各异，遇到调遣，士兵不习新号令，兵将不相认识，互相扯皮。因此尽管有40万京营军，作战能力却很低，也直接导致了土木堡之战的惨败。
景泰二年（1451年），于谦开始改革营制，设立团营。他在三大营中选拔骑勇骠悍者15万人，分为十团营，每团营15000人，每营设置都督1人，叫做“坐营都督”。每一坐营都督下，设都指挥3人，各统领5000人。每一指挥下，设领队官5人，各领军士100人，每一领队下设管队2人，各领军士50人。以上十团营设一总兵官，由石亨担任。没有入选团营的军士，仍归三大营，称作“老家”。此十团营集中在安定门外校场团操，演习阵法。各管队和领队官均熟悉部下每个士兵的姓名、年龄、相貌等。遇有战事，由原来的各营军官统率，号令划一。这一变革克服了原来三大营的缺点，部队战斗力大大增强。《明史》评论说：于谦“创立团营，简精锐，一号令，兵将相习，其法颇善，京军之制一变。”
皇权争斗的牺牲品：于谦案 于谦案 四
这时，瓦剌内部开始出现内讧。也先性情残暴专横，兵力最多，脱脱不花虽名为可汗，却无实权，阿拉知院兵较少，也没有权力。三人先前联合攻明时尚能团结对敌，现在也先占去大部分所掠财物，引起脱脱不花和阿拉知院的不满、猜忌，进而相互攻伐。脱脱不花的一个妻子是也先的姐姐，也先欲立其姐之子为太子，脱脱不花不从。也先借口脱脱不花私通明朝，率兵攻打，脱脱不花战败逃往兀良哈部，投靠沙不丹。未想，沙不丹畏惧也先，杀死脱脱不花，向也先请赏。也先趁机称霸诸部，扩大领地。景泰五年（1454年），也先自立为可汗，遣使赴明进贡，明优礼答之，赐其“瓦剌可汗”号。也先日益骄纵，虐待他部，兀良哈等部不堪忍受相继反叛。次年，阿拉知院率众攻也先，也先仓惶出逃，被乱军杀死。其后，瓦剌内部纷争不已，势力日趋衰弱。
英宗朱祁镇返回北京后，被禁锢在南宫中，景帝派靖远伯王骥守卫，严禁英宗和外界接触交往。英宗在南宫过着孤寂落寞的生活。
景帝坐拥帝位既久，思索将自己的儿子立为太子，以长期霸占帝位。但在传统思想根深蒂固的大臣们看来，景帝这种篡夺其兄皇位的做法很是自私卑鄙。不少大臣对此极为不满。如今景帝想将皇位长期据为己有，如何获得大臣的支持就成为他首先要解决的难题。景帝曾经以故意记错太子的生日向一个太监试探，这个太监故作不知，让景帝更意识到更换太子的困难。他叫来心腹太监兴安密谋此事，兴安也感到十分为难，却又不敢公然反对，只得苦思冥想，与景帝思虑谋划，最终决定采取收买拉拢的方法，钳制大臣口舌。
景泰三年（1452年）正月，景帝加赠都御史杨善、王文太子太保，不久又加赠陈循、高谷太子太傅，江渊、王一宁、萧镃太子少师，商辂、于谦大学士衔。四月，又赠内阁大臣陈循、高谷银各百两，江渊、王一宁、萧镃、商辂金各五十两、银百两。吃人嘴软，诸大臣或升官或得贿，就不好再开口反对易储。
但事情并没有就此迎刃而解。因为尽管没有大臣反对，却也没有大臣第一个提出更换太子，景帝本人自然不好提议，事情就僵在那里。
正在景帝束手无策时，忽然收到一道署名“黄■�