后来的泰昌帝常洛，拔了头筹。对于这对母子，万历帝从一开始就没有什么兴趣，也实在谈不上什么亲情，态度自然也就十分冷淡。
泰昌帝从小就生活在这种环境中。幼儿时代，他虽不十分懂事，但也能多少感觉到父皇的冷淡甚至歧视，而同住宫中的郑贵妃及其儿子常洵（后被封为福王）却从父皇那里获得了宠爱，耳闻目睹，对他也多少有些刺激。懂事以后，泰昌帝逐步明白了其中的缘由，也知道宫外有许多同情他的大臣们正在冒死维护他的权利，与父皇抗争。他当然不能也不敢说三道四，惟有小心谨慎，战战兢兢，不敢越雷池一步，以免招来麻烦，给不喜欢自己的人留下什么把柄。30余年来，他没出宫城一步，犹如紫禁城中的一位囚徒。长期的压抑，使他的身心遭到了严重的摧残。
他在宫中，就是一个木偶似的人物。没有万历帝的旨意，他绝对不敢去做任何事，甚至常常要说些违心话。万历四十三年（1615）五月发生“梃击案”时，当时尚是太子的泰昌帝，虽明白外廷一些大臣对他的苦心，但在朝臣面前，他也只能顺着万历帝的意思说话，甚至还严责他们是想让他做不孝之子。其苦衷又有谁知？直到万历帝病重临终前，太子尚慑于父威，不敢进去侍候，只得在乾清宫门外急得只打转。后来还是在杨涟、左光斗等人的鼓励下，才敢进宫尝药视膳，侍候过一次。位尊太子，年近40，到这种时候尚且如此，可见他在宫中的日子是何等的难熬。
当万历帝一死，局面顿时改观。泰昌帝从一个囚徒式的太子，一下子成了君临天下的皇帝。这种地位的骤变，对于一个压抑了近40年的人来说，在心理上恐怕是难以承受的。犹如一根长期受挤承压的曲木，突然间负重全释而很容易折断一样，泰昌帝当时的情形，也是如此。
在声色方面，泰昌帝也似乎过于放纵了一点。在做太子时，慑于父威和当时的环境，泰昌帝是丝毫不敢越轨的。而即位之后，约束全无，泰昌帝似乎要把以前的损失补回来。郑贵妃为了尽释前嫌，一次就给泰昌帝进美姬8人，泰昌帝照单全收。郑贵妃还请泰昌帝册立他最得宠的李选侍（西李）为皇后，而这位李选侍也不忘郑贵妃提携之恩，竟向皇上请求册封郑贵妃为皇太后，最后只因大臣强烈反对而作罢。泰昌帝与郑贵妃之间，至此已是母子亲情融融，全无往日的怨恨，由此也足见郑贵妃对这位新皇帝的需求是摸得何等透彻，手段是何等精妙。只可惜那位可怜的泰昌帝，全不懂久饿之人不可饱食、久渴之人不可牛饮的道理，遂至不可收拾之境地。
泰昌帝病倒后，自知病势凶猛，回天无术，便先后两次召见内阁首辅方从哲等人。至九月初一日，泰昌帝驾崩，距登基之日仅一个月而已。
泰昌帝的暴卒，令朝廷众臣措手不及。明朝政治重新陷入混乱的局面，最终导致了魏忠贤的擅权。
第二章荒唐岁月荒唐事移宫案与红丸案
泰昌帝突然驾崩后，朝廷于仓促之间急忙着手新天子的即位工作。各派人物纷纷登场，争执重起。
九月初一日天刚亮，泰昌帝驾崩于乾清宫。当时，其宠妃李选侍与心腹太监魏进忠（即后来的魏忠贤）试图把皇长子朱由校挟持在乾清宫，与朝廷官员讨价还价。当群臣要进宫入临时，宫中的宦官们竟然推推搡搡，不让入内，气得给事中杨涟大声斥骂。
大臣们最终还是进入了乾清宫，依礼哭拜了泰昌帝，却发现皇长子朱由校不见踪影。大学士刘一燝追问皇长子下落，乾清宫上下无人应答。刘一燝情急之下，声色俱厉，高声呼喊：
“谁敢匿新天子者！”
这话当然是说给里面的李选侍听的。这时，有一位叫王安的太监想了一计，打破了僵局。他是泰昌帝做太子时的伴读，历来与外廷关系不错。他见此情形，便走到里面去见李选侍，并骗过李选侍，一把抱起皇长子朱由校，拔腿就向乾清宫门外跑去，群臣一看人已到手，也跟着王安跑。宫中的宦官们一看情况不妙，急忙追赶，在宫门处扯住王安的衣服，要求把皇长子送回宫中。杨涟大声呵斥，与宦官周旋，刘一燝和其他人则乘机把皇长子塞入辇中，急匆匆赶到文华殿。
文华殿内，群臣都在急等消息，见皇长子驾到，一片跪倒，口呼万岁，行君臣大礼。礼毕，群臣们就为新天子即位问题展开了激烈争论。有人认为此日午时就可即位，有人提出等到初三日即位。而护驾出宫出力最多的杨涟，则不同意仓促即位。他说：
“今海宇清晏，宫内也无嫡庶争夺之嫌。老皇帝才死，尚未入葬，丧服临朝也不合礼制。”
针对有人提出新天子登基则天下人心安定的说法，杨涟反驳说：
“天下安与不安，不在于新天子即位的早晚。只要处之得宜，问题也不大。”
最后，杨涟的意见占了上风，群臣们决定，另择吉日登基。但为防止皇长子落入李选侍手中，皇长子不回乾清宫，而是去慈庆宫居住。
杨涟自以为此事处置得当，没想到被太仆少卿徐养量、御史左光斗劈头盖脸臭骂了一顿。他们连声严责杨涟不速立新君，是误了大事。他们指着他的鼻子骂道：
“如果事情出了什么差错，你死后的一百多斤够天下人吃吗？”
杨涟这才意识到事态严重。
其实，杨涟与左光斗，同是东林党人，后来也同列为“东林前六君子”，惨遭魏忠贤的毒手。左光斗之所以要如此严责杨涟，正是害怕夜长梦多，新君即位遇到麻烦。
左光斗的担心，有想象的成分，但也有事实的根据。当时李选侍仍居乾清宫，控制着宫中的局面。廷臣凡有奏章，必先进乾清宫，由李选侍过目，然后才能再到慈庆宫皇长子朱由校手中。对这种局面，许多大臣感到不安。性格刚烈的御史左光斗更是忍无可忍。他上了一个措词激烈、言语刻薄的奏疏，要求李选侍立即移出乾清宫，到她该去的哕鸾宫去。左光斗说：
“内廷有乾清宫，犹外廷有皇极殿。只有天子可以居住，也只有皇后和天子可以共住。其他妃嫔，虽可以依次进御，但不可以常住。这样做不仅是为了避嫌，也是为了区别尊卑。”
然后，左光斗话锋一转，直逼李选侍：
“选侍既非皇长子嫡母，又非生母，没有名分，却至今不早作决断，搬出乾清宫。这是借抚养皇长子之名，行干政专制之实。武后之祸，将再见于今日。将来之后果，不忍道出！”
左光斗这份奏疏，淋漓尽致，毫不掩饰，气得李选侍派员宣召左光斗进宫严责。偏偏左光斗不买账，说什么我是天子法官（御史），非天子召不赴，你们算什么？丝毫不给李选侍面子。大学士中，刘一燝支持左光斗，而首辅方从哲则认为这种事能缓即缓，不必如此急迫。
到天启帝正式登基前的一天，杨涟再次上疏，指责李选侍明托保护幼主之名，阴图专权擅政之实，并要求李选侍立即移宫。内阁学士刘一燝、韩爌，拉着首辅方从哲，要求皇长子立即降旨移宫，并站在宫门外等旨，大有逼宫之势。李选侍被逼得没法，只好乖乖地去哕鸾宫。皇长子随即移回乾清宫。
哕鸾宫是打发妃嫔宫女了却残生的地方，与冷宫无异。李选侍年纪轻轻，自然不肯去这样的地方，所以她开始时要临终前的泰昌帝封她皇后，后又要挟持幼主，目的就是想留在待遇较好的宫中，倒未必就是像杨、左之流所说的那样，要驾驭朝政。只不过李选侍做事，总有点胡搅蛮缠，结果给外廷抓住了把柄。话又说回来，像李选侍这样的女性，年纪轻轻，毫无经验，满朝大臣都明着欺负她，她除胡搅蛮缠之外，又能有什么别的办法？
天启帝终于正式登基了。
为了年号问题，也曾有过一番争执。泰昌帝即位时，曾议定第二年启用泰昌新年号，没想到泰昌帝即位仅一个月，就撒手归天。新天子天启帝即位，按理明年就应启用天启年号，但这样一来，泰昌年号实际上就没有位置。无奈之下，朝臣们想了一个变通之法，即把万历四十八年（1620）的最后四个月算是泰昌元年，到第二年启用天启年号。这种做法，在历史上也是罕见的。
天启即位之时，朝廷局面还算过得去。虽然内阁首辅仍是方从哲，但当时被称作是正人君子的东林党人，以及不少与他们有密切关系的官员，在朝廷中也占据着重要位置，甚至具备一定的优势。但东林党人并没有利用这一有利机会，树立绝对优势，反而抓住一些鸡毛蒜皮之类的小事，大做文章，闹得沸沸扬扬，到后来连后悔的机会都没有。
左光斗等人仍抓住李选侍的问题不放。李选侍移宫时，手下人大概顺手牵羊，从乾清宫中盗走一些宝物，被发觉后交法司严办。一时宫中人人自危，谣言四起，说李选侍被逼得要上吊，皇八妹（选侍之女）要跳井云云。御史贾继春很是看不过去，便上书内阁，对朝廷的这种做法提出批评。他说：
“新天子刚刚即位，不应诱导他违忤先帝之意，逼迫庶母（指李选侍）。先帝尸骨未寒，而其妻女却已不保。”
因事及移宫，左光斗、杨涟坐不住了，立即纷纷上书，论争由此再起。天启帝回想起李选侍凌辱其生母、要挟先帝册封皇后，以及妄想垂帘听政诸状，不禁火冒三丈，当众历数其恶，并严责贾继春，闹得朝廷一时沸沸扬扬，不得安宁。
作为首辅，方从哲的做法就跟左光斗、杨涟不太一样。在他看来，处理这类事情，大可不必如此。因此，他从一开始就反对杨涟、左光斗那种逼李选侍移宫的做法，后来更是反对天启帝公布李选侍的罪状。从其位置来看，方从哲的做法也是可以理解的。
但东林党人绝不会同意！他们认为，方从哲的做法，是非不分，善恶不辨，是贪恋权位！因此，在移宫之事平息后不久，他们又抓住泰昌帝的死因，大做文章，重提“红丸案”，把矛头直指方从哲。
所谓红丸案，就是要追究泰昌帝猝死的治疗责任。泰昌帝从起病到驾崩，时间很短，而且在去世前曾服用了两粒红丸，导致病情迅速恶化，所以东林党人纷纷指责这是误诊误服，要追究所谓的医疗责任。
其实，泰昌帝服用红丸的经过是许多人都知道的，而且也是泰昌帝自己点名要服的。
八月初十那天，泰昌帝已感不适，召御医诊治。到十四日，内侍崔文升进泻药去火，泰昌帝服用后，一昼夜泻了三四十次，病情恶化。京师一时纷纷传言，说这是郑贵妃指使的，是想谋害泰昌帝。于是给事中杨涟、左光斗与吏部尚书周嘉谟逼郑贵妃移宫，使其不能插手治疗，并要求首辅方从哲查办崔文升，督察御医慎重下药等等。首辅方从哲也都一一照办了。
但问题还是发生了。
鸿胪寺丞李可灼本无医术，但不知从何处找到一个偏方，说可以医治皇帝龙体。第一次进药时，被首辅方从哲拒绝。但李可灼仍通过宦官把这件事告诉了泰昌帝。泰昌帝在临终前一天的晚上召见大臣时，就问首辅方从哲：
“鸿胪寺进药者安在？”
方从哲当然不敢说泰昌帝是病急乱投医，只能说鸿胪丞李可灼自称有仙方，但臣等不信，没让他进药。泰昌帝坚持要李氏进药，大臣们不放心，商议再三，决定让两人先试服，结果是一人益一人损，没有把握。正在犹豫之际，泰昌帝坚持服下了第一粒红丸。服下以后，泰昌帝感觉良好，并连赞李可灼是忠臣。但第二粒服下后，病情逆转，到第二天清晨就归天了。
从治疗过程来看，以方从哲为首的大臣们还是十分谨慎的。至少方从哲本人是没有什么把柄可以给人抓到的。
给皇帝治病，历来是件棘手的事。按理说，皇帝是半人半仙式的人物，本应万寿无疆，而不会像凡夫俗子那样食五谷、生百病的。但事实上，即使是皇帝本人，也知道这是骗人的把戏，皇帝也一样会生老病死。但皇帝生病，毕竟与凡人不一样。首先是生了病不能讲，至少是不能随便讲，甚至是明知有病却还要故意讲些万寿无疆之类的谎话，遮人耳目，以免动摇人心。其次是没人敢主动去治，但被点到后也没人敢不去治。治好了自然有功有赏，但治坏了甚至治死了更是担当不起的罪名。所以给皇帝治病时都要组成一个班子，由官员和太医组成，共同承担责任。在具体诊治时，更是议了再议，先求平安无事，绝不冒险。
方从哲自然深晓此事关系重大，绝不会乱来。或许是泰昌帝也深知其中原委，求治心切，所以自作主张，先服崔文升进奉的泻药，后又坚持要服李可灼的红丸，导致病情恶化而猝死。
所谓仙丹红丸，极有可能是用道家方法炼出来的一种红汞化合物，一般呈红色，有微毒。这种药物在当时是一种可治百病但实际上什么病也治不好的东西，服多了会引起慢性中毒。李可灼身为鸿胪寺丞，并不是御医，本不应该去进什么药。他或许是邀功心切，或许是忠心可嘉，硬是进奉此药，没想到不仅没有神效，反而惹下此祸。但细论起来，李可灼也没有多大罪责，药是泰昌帝自己要吃的，服完以后还称赞李可灼是忠臣。况且泰昌帝要服药时，不仅方从哲在场，其他大学士如刘一燝、韩爌，尚书周嘉谟、李汝华，侍郎孙如游，都御史张问达，给事中杨涟，英国公张惟贤等人也在场。服药之事，众目共睹，没有什么可说的。
或许正是出于大局安定方面的考虑，首辅方从哲决定承认既成事实，不去无限上纲，追究什么责任。开始时，他拟旨给那位进丹药的李可灼白银50两，算是奖励，同时息事宁人。但很多人对这种处理很不满意。御史王安舜首先弹劾方从哲，说他先是轻荐狂医，后又赏其银两，自掩罪行。方从哲无奈，只得重新处理，改罚李可灼俸禄一年。不久，御史郑宗周弹劾那位进泻药的崔文升，要求把他移送法司治罪。方从哲认为此举太过，便改由司礼监处理。没想到此举引起了朝臣的群起攻击。
御史马三元、焦源溥、郭如楚，给事中魏应嘉、太常寺卿曹珖、光禄寺卿高攀龙、主事吕维祺等等，纷纷上书，说崔文升、李可灼罪该万死，而方从哲竟然徇情包庇，国法何在？给事中惠世扬则撕破颜面，直言方从哲有“十大罪状，可杀三次”。在这种情形下，方从哲再也无法在首辅的位置上呆下去了。
到这一年的十二月，首辅方从哲经六次请求，最终获准致仕。
方从哲的时代结束了。他从万历之末开始独秉朝政，至今仍有不少人认为，方从哲要对这一时期的所有过失，甚至明朝的灭亡，负主要责任。其实，这多少有点委屈。
方从哲作为内阁首辅，自然要对当时的许多事情负责，但不应负全部责任。大明帝国那时已是穷途末日，任何人也难以扭转乾坤。方从哲之后，东林党人一度纷纷掌权，在朝廷中占有相当的优势，但时局也并没有好转，反而更加恶化。
在天启三年（1623）六月东林党人杨涟首劾魏忠贤“二十四大罪”状，与魏忠贤及其阉党公开冲突以前，东林党人及其支持者在朝廷中占有相�