一路由张献忠等人率领，杀入庐州府境内，先后攻陷庐江（今庐江），屠戮巢县（今巢县）、无为（今无为）及安庆府的潜山（今潜山）、太湖（今太湖）、宿松（今宿松），后遇应天巡抚张国维的抵抗，又杀入湖北麻城，进入河南境内。
张献忠一支，攻掠最凶，南下庐州、安庆两府后，除庐江一城未下外，其余各城无不攻陷，令朝廷无法抵挡。
凤阳失陷的消息传到北京，朝廷上下一片惊慌。
兵部尚书张凤翼接到败报后，大惊失色，几乎要站立不住，晕倒在地！
崇祯帝接到中都沦陷、皇陵被焚的消息后，悲痛欲绝。此日本当开讲经筵，崇祯帝特传旨免行。他自己素服避殿，亲自赴太庙祭告祖宗之灵，并命百官修省。
凤阳之变在崇祯帝心中留下了难以抚平的创伤。他在默默承受着朝廷上下各种有形或无形的压力之际，不得不面对列祖列宗，反省自己即位以来的种种举措。不过，他更希望他的军队能在短期内剿灭农民军，为他报仇雪恨。
为此，他进行了新的部署。
他首先作了人事上的调动。
凤阳被焚，总要有人顶罪。漕运御史兼凤阳巡抚杨一鹏在劫难逃，后被斩首弃市。其实，杨一鹏也有点冤。作为巡抚，杨一鹏因年老多病，是不太称职。但斩他的罪名，却是他没及时救援，或没有及时从淮安移镇凤阳。而在这一点上，杨一鹏却没有死罪。镇守淮安，本是朝廷的规定。而且杨一鹏事先也征求过朝廷的意见，崇祯帝则明确表示不必移镇。当然，话虽是崇祯帝以圣旨的名义说的，实际上却是内阁首辅温体仁的意见。就此而言，朝廷有不可推卸的责任。
与杨一鹏一起被迫究的，还有凤阳巡按吴振缨。他也被逮下狱，最后充军戍边。守陵太监杨泽则自知罪孽深重，先畏罪自杀了。
杨一鹏被逮后，由朱大典总督漕运，巡抚凤阳，协同洪承畴围剿农民军。再发精锐的辽兵3千，由总兵祖宽率领，开赴前线。同时急令洪承畴加紧围剿工作。
但前线的战事，并没像崇祯帝所迫切希望的那样，有迅速好转的迹象，反而越来越糟糕。
洪承畴依据当时的形势，制定了一个初步的方案，具体布阵如下：
四川镇抚所属各部，移驻夔门、达州一线，进援湖广襄汉；
湖广抚镇，则分驻承天、襄阳，郧阳巡抚驻郧阳；
漕运总督移驻颍州、毫州，进援河南的汝宁、归德；
山东巡抚移镇曹州、濮州，向南支持江北江南；
山西巡抚移驻蒲州，进援河南灵宝、陕州；
陕西巡抚移镇商州，以便策应、调度陕西南部的兴安、汉中诸地；
河南巡抚移镇汝州、南阳间；
保定抚镇移镇邯郸、磁州一带。
洪承畴的如意计划，是想南北策应，形成一个大包围圈，把农民军困在河南，一举歼灭。
然而，农民军并不会如此“听话”，留在河南等朝廷来围剿。他们不久又故伎重演，杀向关中。
就在洪承畴出潼关进入河南后，原先留在河南西部的农民军便乘陕西空虚，杀回陕西境内。至此，由安徽进入河南的高迎祥、李自成等部，以及由湖北进入河南的张献忠等部，加上原先留在河南的农民军，纷纷杀向河南之西部，并重回陕西境内。
第五章 步入深渊的内乱凤阳之变（2）
忙了半天的洪承畴，急忙修改战略，由河南回救陕西。他于四月二十日前后在河南汝宁召开了会议，进行了布置。基本情况是：
他本人亲率贺人龙、刘成功等部将，杀入陕西，与农民军决战，同时命曹文诏由湖广进入河南，与他共同作战。
总兵左良玉、汤九州率兵5千，扼守陕西商南县境内的瓦屋、吴村两个要隘，切断农民军进入河南内乡、淅川的捷径；
总兵尤世威、徐来朝率兵5千，扼守陕西洛南县境内的兰草川、朱阳关，防止农民军由此进入河南的灵宝、陕州、卢氏等县；
总兵陈永福率官兵近2千名，扼守河南卢氏、永宁境内诸隘口，协助河南巡抚陈必谦堵截农民军南北往来；
总兵邓玘、尤翟文、张应昌、许成名，各以所部防守汉江南北之上津、郧西、平利、竹溪等县，防止农民军从此地进入湖广境内；
同时请敕朱大典防江北。
这是洪承畴针对农民军流动作战的一贯作风而制定的不得已的策略。他想用拙策死守之法，来对付农民军的轻逸飘忽。此招虽笨，但如能彻底贯彻，至少能把农民军困在陕西，并有机会用精锐之师杀入关中，寻机决战。
遗憾的是，洪承畴的计划，得不到保质保量的贯彻。
先是总兵徐来朝的部卒不听调遣，反叛于卢氏县，此部不战自溃。
接着，总兵邓玘之部众因缺饷而叛变于樊城。邓玘越墙逃跑时，不幸落入大火身亡。其部众一哄而散。
网刚张开，却已先破。
洪承畴只有仰天长叹！长叹之余，洪承畴亲率贺人龙、刘成功两总兵进击，于四月底进驻河南灵宝。五月，移驻西安之北的高岭。
曹文诏从河南阌乡赶到陕西商州，并于金岭川大胜农民军，把农民军压向北部，并一路追击。农民军在老回回、张献忠等率领下，在凤翔与高迎祥等部会合。然后往北、往西挺进。散布陕西各地的农民军也纷纷攻城略地。
洪承畴当时实际上没有多少兵力，根本无法与数十万农民军打硬仗。但慑于“六月廓清”的限期，洪承畴虽苦于兵寡，仍令进兵，咬住农民军，结果是连遭败绩。
六月十一日，乱马川一役，官军前锋刘宏烈被农民军生俘。
六月十四日，副总兵艾万年、刘成功、柳国镇，游击王锡命奉命引兵3千，前往宁州（今甘肃宁县）增援，以解农民军之围。当时李自成正率兵猛攻宁州城。双方交战于宁州附近的襄乐镇。官军抵挡不住，被迫撤退，至巴家寨时被农民军伏击。艾万年、柳国镇均被击毙，部卒被歼一千多人。而刘成功、王锡命则身负重伤，率残卒突围而逃。
前线的败报接踵而至，洪承畴无兵可调，急得团团转。
此时，恰好曹文诏赶到。曹文诏听到这些消息后，拔剑砍地，发誓要与农民军决一死战，报仇雪恨。
仗打到这种分上，还有人主动请战，洪承畴自然大喜。他连忙说：
“非将军不足办此贼！”
但高帽子戴过之后，洪承畴又诉苦道：
我手中已无兵可调，不能与你策应。你先行一步，我将从泾阳（今泾阳）趋淳化（今淳化），为将军作后盾！
洪承畴确实无兵可调，只能亲率大营为曹文诏策应。
曹文诏便带着兵卒3千向甘肃进发。在真宁（今正宁）境内的湫头镇与农民军相遇。曹文诏命其子曹变蛟为前锋，自己殿后，进行生死决战。
曹变蛟首先冲杀，斩敌500，并急迫30里。曹文诏率步卒随后而进。没想到农民军数万骑设伏于此，突然杀出，把曹文诏等团团围住。一时间，箭如蝗飞，杀声震天。
当时农民军并不知道曹文诏的真实身份。不巧的是，有一位被俘的小卒，情急之中，大喊：
“将军救我！”
这一喊，引起了农民军的注意。原先做过曹文诏部下的降卒，一下认出了曹文诏，便大喊道：
“这位就是曹总兵！”
农民军自然不会放过曹文诏！ 不惜一切，坚决追杀。势单力竭的曹文诏，边杀边逃，最后自知难以脱身，便举刀自刎。
一代名将就这样战死疆场！
如果站在朝廷的角度来讲，曹文诏的战死甚至可以与中都凤阳的沦陷相提并论。凤阳之变，虽是惨烈，但毁掉的仅是中都，尽管中都凤阳的意义非同小可。而曹文诏之死，使朝廷失去了一位非同一般的良将，对朝廷的围剿产生了不可低估的消极影响。
曹文诏在当时被称为良将第一，忠勇冠世。如果从他的战绩而言，这种说法一点也不为过。他先后在陕西、山西参加对农民军的围剿，几乎每仗必胜，是农民军最头痛、也是最害怕的一位将领。后来曹文诏曾一度被调任大同总兵，期间因后金入侵而被朝廷处罚。经山西巡抚吴牧Ρ＃芪内诺靡灾匦鲁鋈沃俗鼙髯锪⒐Γ⑾群笞胶幽稀⒑恪⑸挛鳎掖蚩洗颍门┟窬跃×丝嗤贰！ �
农民军得知曹文诏的死讯后，一时人心大快，士气大振。
与此相反，曹文诏战死的消息，却使前线官兵大受震动，严重影响了士气。
洪承畴接到曹文诏败死的消息后，仰天痛哭，泪血沾衣，追悔不已。洪承畴的功绩，多半是由曹文诏为他挣来的。曹文诏在陕西时，打仗屡屡得胜，而作为上司的洪承畴，却经常不给他上报，而贪为己功。此次曹文诏孤军深入，洪承畴明知凶险，却仍同意他冒险。在洪承畴看来，曹文诏大概还没有打不赢的仗！没想到这种轻率决定，终使一代良将丧命。
崇祯帝接到曹文诏的死讯后，深感痛惜，大概也有点后悔。想当初，曹文诏在山西战场连连得手时，崇祯帝却轻信流言，把他调任大同总兵。后又以后金入侵丢失守地为由，惩处曹文诏充军，幸亏吴Ρ！４耸辈芪内剿溃珈醯鄄磐锤辛冀训谩Ｋ铝罡芪内图涝幔酪裰富淤菔拢⒘钣兴窘簦呵镏录馈！ �
洪承畴于正月受命出潼关时，崇祯帝曾命他于6个月内肃清农民军。当时，洪承畴就觉得很勉强。他给皇帝上疏说：
“地阔则难固，兵少则弗敌，鞠躬尽瘁，胜负未可知也。”
话虽是这么说，但洪承畴绝没有预计到6个月后竟竟会败到这种地步。
无兵可用的洪承畴，面对凶狠的农民军，使尽了浑身解数，保住西安等城。他于七月份曾上疏诉苦道：
“官兵不能当贼十分之一，合省宁剿仅四万余人，其势不敌明甚。”
洪承畴能保住西安，已是不错，因为陕西境内的农民军，已占绝对优势。但农民军不久发现，陕西因连年战争、灾荒，粮食供应很成问题，于是图谋东出，进入河南。
张献忠等部试图从陕西蓝田突入河南卢氏县，遭总兵尤世威阻击，一度进入商洛山中。参将徐来朝所率部卒3千人，不肯进山追击，发生哗变，被农民军乘机击溃。徐来朝部一溃，尤世威部失去侧翼保护，加上士兵久戍荒山，水土不服，病疫发作，终于被农民军击溃，豫西边界被突破。
农民军遂分营10余路，一齐杀入河南。除高迎祥、李自成等部留陕之外，大部分都进入河南。据说农民军进入河南时，大队东行，尘埃蔽天，队伍宽40里，长百余里，老弱居中，精骑在外保护，声势十分浩大。面对如此浩荡大队，总兵左良玉、祖宽竟不敢出击，眼睁睁地看着农民军进入河南。河南再次成为中心战场。
身为五省总督的洪承畴，竟然连陕西一省都应付不了。现在农民军主力又东出河南，更让洪承畴力所不及。朝廷见此情形，急忙商讨对策。
崇祯八年（1635）八月，朝廷任命卢象升为兵部右侍郎兼右佥都御史，总理直隶、河南、山东、四川、湖广五省军务，特赐尚方宝剑，可便宜行事。
朝廷还给洪承畴、卢象升的任务作了分工。洪承畴主剿西北，卢象升主剿东南，如遇农民军再入陕西，卢象升则进关合击。同时，朝廷分别任命戴东旻、苗祚士和史可法为河南、湖广、南直隶监军御史。
卢象升被推到了督师的位置。在明末这个悲剧时代，此次任命预示着他后来的悲惨结局。
卢象升，字建斗，号九台，南直隶宜兴人。天启壬戌科（1622）进士，授户部主事，因得力能干再升大名知府，迁山东副使。崇祯二年（1629），因京师危急，募兵勤王。后金兵退后，再迁天雄兵备。当时正逢农民军由山西进犯河北，卢象升积极备战，虽身负重伤，但仍能多次退敌，立下战功，被农民军称为“卢阎王”，博得声名。崇祯七年（1634），卢象升被任命为郧阳巡抚，调赴湖广。任职期间，卢象升如日中天，声名远扬，并于次年五月被提拔为湖广巡抚。至此，卢象升终于升为五省总督，不久又升为七省总督，与洪承畴一起，成为围剿农民军的两大台柱。
当时卢象升手中的兵力，主要是湖广主客兵约2万人。洪承畴在陕西，也是捉襟见肘。崇祯帝为增加兵力，竭尽全力。他先调兵7万，参加围剿，后又增兵2万，而且还从辽东前线抽调精锐之师参战。
为了配合剿灭，崇祯帝还采取了一些其他措施。他甚至在此年的十月，破天荒地下了一份“罪己诏”，摆出一些难得的姿态，来收笼民心。
崇祯帝这一切，目的很明确，那就是为了剿灭农民军，腾出精力来对付关外的后金。
第五章 步入深渊的内乱擒杀高迎祥
面对朝廷的凶狠之势，农民军又是如何应对呢？
杀入河南的农民军，到处出击。一部自河南府的嵩县（今嵩县）杀到汝宁府的郏县（今郏县），再进入开封府的禹县（今禹县），围攻密县，后又放弃，撤围而去。进入汝宁府的农民军，围攻信阳州城失利后，又退而南下，攻湖广的孝感、应山。蝎子块的农民军数万人围攻颍州，大败官军于瓦店集，俘虏总兵张全昌。然后挥兵南下，一路杀到湖广境内的蕲、黄地区，经宿松进犯南直隶安庆府境，进攻潜山、太湖。另一支部队则杀入庐州府，犯英山、霍山，进扰舒城。
张献忠部似乎留在了河南西部地区。
留在陕西的高迎祥、李自成部也东西出击。高迎祥率部西掠，进攻武功、扶风，围扶风城1个月而未下，明援兵至，主动撤出。李自成则东击，攻富平、三原以东。十月，李自成与官军总兵左光先、王世钦和副将曹变蛟大战于高陵。
此间，李自成部发生了一点小插曲，给李自成惹下了麻烦。
当官军与李自成部在醴泉相持时，李自成手下的得力干将高杰，竟投降了官军。据说，高杰也是米脂人，深得李自成宠信。而李自成妻邢氏则骄武多智，掌军资，负责分支粮仗。不想日久生情，两人私通。至此，高杰担心事情败露，难逃劫运，便挟持邢氏叛降官军，给李自成带来了不少麻烦。
高杰之叛，使洪承畴大喜过望。洪承畴亲自追剿李自成，大战于渭南、临潼。李自成屡败之后，向东撤逃。
此时高迎祥也受官军压迫，不断东撤，经华阴山中，与李自成会合。然后合力东击，攻破河南卢氏县境内的朱阳关，于十一月份与张献忠等部合营于灵宝。不过，也有人说，李自成根本就没出过陕西。
合营诸部随即猛攻阌乡，击败左良玉、祖宽部，进而攻陷陕州，并东击洛阳。
河南巡抚陈必谦率左良玉立即增援洛阳。攻城受阻的农民军放弃洛阳，分兵进击。
张献忠部南犯汝州府，至嵩山、九阜山，被总兵祖宽击败，死亡千余人。张献忠率部撤走。朝廷称之为“汝西大捷”。
高迎祥等则走偃师、巩县，被从汝宁赶来的祖宽大败于白沙、龙门。