官集团的团结，协调朝廷方方面面的关系。在他看来，既然朝廷的制度无法作根本性的调整，那么，只有理顺君臣关系，加强文官之间的合作和团结，同舟共济，才能维持局面。
也正因为如此，在万历亲政后的最初几年中，朝廷也没出什么大乱子，反而颇有些中兴的新气象。包括万历帝在内的许多人，在那时也都觉得，张居正死后，天也没有塌下来。没有张居正和他的那一套，大明朝的日子照样一天天地过了下去，而且也似乎过得很不错。想到这些，大家不由得松了一口气，不少人甚至还暗暗庆幸：倒张算是倒对了！
然而，出乎他们意料的是，这种局面很快就被打破了。
首先感到别扭的是万历皇帝。他在抄没张居正家产以后不久，就逐渐发现，张居正的倒台并不像他原先认为的那样简单。在倒张的文官中，有不少人是出于私人恩怨，挟私报复，也有人是出于个人名利，其动机并不见得就冠冕堂皇。不过，在他看来，这些人虽然可恶，但并不可怕，也不难对付。令他感到可怕而且难以对付的，倒是倒张运动中的另一类文官。
这类文官，属于那种强硬而坚决、顽固又拘泥的道德型人物。他们有一套正统的道德和礼仪规范，并认为这是救世治国的惟一灵丹妙药。帝国之所以有这样或那样的不足或危机，在他们看来，正是因为他们的那一套没有得到彻底的实行。因此，他们绝对不能容忍那些不合乎道德的言行。他们用警惕的眼光，仔细地挑剔着任何人和事，一旦发现问题，便会毫不犹豫地群起而攻之，其道德狂热和牺牲精神令人生畏。
这些人在倒掉张居正后，并不满足，他们又瞄准了年轻的万历皇帝和文官领袖申时行。万历皇帝越来越感到，这批文官有着十分传统和固定的模式，并竭力要引导自己踏上其理想中的“贤君”之路。自己虽有帝王之尊，但实际上往往只是个摆设，根本无法按照自己的意志去行事，更谈不上什么保持个性。自己的行为，只要稍有偏离之处，便会招致群臣们各种各样的反对。就像有一张无形的网，罩住了自己，令他感到压抑甚至是窒息。
万历帝曾想亲自训练军队，大臣们便以此举不合祖制为由，力劝他放弃这样的念头。他曾几次去视察自己的陵墓，大臣们又觉得过于招摇，便以安全为由予以取消。诸如此类的事情，已越来越令万历帝不快。而最令他伤心的是，他虽贵为天子，却不能给自己心爱的女人提供她想要的东西。
位尊天子的万历帝，身边自然不缺女人。拥有众多妃嫔，本是皇帝分内的权利，万历帝也不会例外。更何况武宗无后而引起皇位继承危机这一前车之鉴，也令张居正等人觉得有必要让万历帝早日成婚，免得节外生枝。因此，万历六年（1578），在母亲慈圣太后的安排下，年仅14岁的万历帝娶了一位比自己小一岁的平民之女，即王皇后。在此以后，万历帝又册封了许多妃嫔，其后宫也已颇具规模了。
但是，对于周围佳丽如云的惟一男性来说，皇帝所需要的并不仅仅是女色本身。当然，万历帝也会偶然兴起，做出一些与他身份不符的事情来。如在万历九年（1581）冬天，万历帝看中了慈宁宫一位年长的宫女，并使她怀上了身孕。可能是万历帝在事后也觉得自己此举不太雅观，所以就一直没敢向太后启齿提及。不过，当时的太后，求孙心切，对此不仅没有责怪之意，反而还很高兴。次年秋八月，这位宫女生下了一个男孩，即后来的光宗。母以子贵，这位宫女也一步登天，被封为恭妃。不过，这种册封，也只是依例而行，倒不见得是万历帝的特别眷宠。
真正让万历帝动心的，是一位后来被称作郑贵妃的女性。这位郑氏，在万历十年（1582）与其他八位女性一起被册封为淑嫔。当时，她才是一位十三四岁的少女。从一开始，她就赢得了万历帝的一往情深，而且可以说是终生不渝。能得到如此恩宠，大概不仅仅是因为她有闭月羞花的容貌，更多的倒是因为她聪明伶俐，意志坚决，喜欢读书，并能与万历帝进行心灵上的沟通。也难怪万历帝在众多的后宫佳丽中，惟独对她宠爱有加。
对于这位郑氏，万历帝自然愿意特殊照顾，尤其是在她也生下一位贵子以后。到万历十四年（1586），万历帝不顾群臣反对，毅然册封郑氏为贵妃，其地位明显高于恭妃王氏。至于万历帝是否真得像群臣猜测的那样，还想进一步提高贵妃及其儿子常洵的地位，不得而知，但他坚决维护贵妃母子应得的权利这一念头，却一直毫不动摇。而文官们的做法也与他一样，只不过他们要保障的却是王恭妃及其儿子常洛的权益。双方针锋相对，毫不妥协，也弄得一心想协调双方关系的首辅申时行，出力不讨好，碰了一鼻子灰。在万历帝看来，申时行是压不住群臣，难以服众。而大臣们却又偏偏认定申时行是为了贪图高位，不坚持原则。如此一来，申时行苦心经营的平衡局面，就难以为继了。
第一章崩溃的前奏三十年不出宫
万历帝选择的办法就是消极对抗，不与文官进行合作。
他从万历十三年（1585）起，就再也没有踏出皇宫一步，直到他驾崩后被扛着去定陵，前后达30余年之久。
他虽是这个帝国的皇帝，却不大想承担他应承担的责任和义务。他宁愿呆在宫中，与宫女、太监们厮混，喝酒作乐，醉生梦死，用自己的方式享受人生，也懒得理会宫外的文官，几乎到了天塌下来他也可以不管的地步。
他几乎不见朝臣，即使像首辅之类的文官首领也很难见到他。大臣的奏章大多“留中”，不作任何处理。甚至连帝国最神圣庄严的庙祀，万历帝也不亲祭，而是派员代祭。帝国的政治中枢机构实际上处于半停顿状态。
他的这种做法，自然引起了大臣的不满，他们纷纷提出批评。万历十八年（1590）春正月，有一位名叫雒于仁的大理寺评判，上了一个措词激烈的奏章，痛斥万历帝“圣体违和”的病因，就是酒色财气：
“我在朝做官已一年有余，仅朝见过皇上三次。此外只听说圣体违和，一切皆免。郊祀庙享，遣官代行，政事不亲自处理，讲筵也停止了很久。我知道陛下之病，是有病因的。我听说嗜酒则腐肠，恋色则伐性，贪财则丧志，尚气则戕生……”
接着，这位大理寺评判一一列出万历帝嗜酒、恋色、贪财、尚气的事实，毫无遮拦，淋漓尽致，把万历帝骂得是体无完肤，也骂出了当时不少大臣的心里话。万历帝自然十分震怒，要严办这位胆大妄为的评判。幸亏有申时行从中全力调和，这位评判才保住了性命。
首辅申时行的日子已越来越难过。尽管他竭力调停皇帝与文官之间的紧张关系，竭力维护文官间的信赖和团结，但这种做法已越来越不起作用。至万历十九年（1591），申时行最终因立储问题而不得不离开相位。
本来，在万历十八年（1590）春，申时行已与万历帝就立储问题达成了默契。万历帝当时曾表示，假如朝臣能不再就此事继续打扰他的话，他准备在两年后册立常洛为太子，否则，就要继续推迟。申时行认为皇帝能作这样的让步，也算是有了交待，因此他要求朝臣不要再在这件事上刺激皇帝，以免弄巧成拙。没想到第二年就有一位叫张有德的工部主事，又旧话重提，惹得万历帝十分生气。而大学士许国、王家屏竟也顺势举疏，要求皇帝兑现前诺。可能是为了增加分量，他们竟然把申时行的大名列在首位，而申时行本人对此并不太知情。在得知皇帝的态度后，申时行给皇帝上了密疏，说明情况。不想此举引起了轩然大波。激进的文官指责申时行表面上佯附群臣请立之议，暗中却又和皇帝勾勾搭搭，极不诚实。申时行有口难辩，终于在万历十九年（1591）秋九月致仕。
申时行的下台，给朝廷造成的后果是相当严重的。申时行在任之时，朝野几乎一致认为他过于听从皇帝，而不能大有作为。很少有人能真正体会到申时行的良苦用心。申时行所起的微妙作用，直到他罢职之后，才逐渐为人所知。申时行的继任者，已根本无法像申时行那样，左右逢源，维持朝廷的基本局面了。
申时行下台前，文官之间的矛盾已开始尖锐。申时行下台后，更是愈演愈烈。到万历二十一年（1593）春天，王锡爵被重新任命为首辅。当时万历帝计划同时册封常洛、常洵两子为王，表面上不偏不倚，实际上还是不想立长子常洛为太子。这一做法引起大哗，许多文官纷纷反对，新任首辅的王锡爵夹在中间，备受攻击。最后，尽管万历帝暂时放弃了这样的念头，但文官的分裂已不可避免。
在这一年的京察中，当时已掌握相当权力的顾宪成（吏部员外郎），与吏部尚书孙鑨、考功郎中赵南星一起，操纵吏部，把那些与内阁成员关系密切的官员尽量罢免。顾宪成等人的做法，实际是对阁臣不满的体现，弄得刚刚回朝的首辅王锡爵很是下不了台。这种水火不相容的做法，挑起了党争，结果是王锡爵罢职，而顾宪成之流也被撤职，朝廷从此不得安宁，再也没有申时行时代的那种局面了。
朝鲜战争的爆发，也加速了明帝国的衰落。万历二十年（1592），日本丰臣秀吉悍然发动对朝鲜的侵略战争。明朝作为宗主国，自然出兵援助。至万历二十二年（1594）九月，双方签定了第一次停战和议。但至万历二十五年（1597），丰臣秀吉又重启战火，明朝则再次出兵增援，但起初打得并不顺手。幸亏丰臣秀吉于次年七月病死，战局才开始有利于明朝。到年底，日军基本上被击退。朝鲜战争前后长达七年，明朝丧师数十万，糜饷数百万，大大消耗了本已不强的国力。
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边疆的安定与否，历来是中原王朝政局的晴雨表。大明朝的乱相，由此而渐见端倪。
财政匮乏的压力，也越来越沉重。张居正死时，曾给朝廷留下一笔不小的国库积累，国家财政尚能应付。但至万历亲政后，朝廷开支日增，而收入却不见增。像宁夏用兵，耗费180万两白银；朝鲜之役，军费开支780余万；播州用兵，也用掉近200万两。这还仅仅是军费开支。除此之外，皇室及宗藩的开支也是相当惊人的。万历帝为自己修建陵墓，花掉了朝廷一大笔银两。皇长子常洛及诸王子册封、冠婚用掉了900多万两，另加袍服之费270余万两。此外，宗室人口的激增（至万历四十年已达60余万），使朝廷每年要耗费大量禄米和开支。像这样的巨额开支，朝廷是无论如何难以承担的，国家财政也必然难以为继了。
不知出于何种原因，万历帝似乎不太把这种事情放在心上。他依旧出手不凡，照用不误。如万历二十七年（1599），他以诸皇子婚娶为由，要求从太仓银库（国库）取用白银2400万两。这对于当时的朝廷财政而言，几乎就是一个天文数字。户部自然难以满足。万历帝见此，竟尽遣宦官到各省核查积银，颇有点不刮尽天下财物决不罢休的架势。此前，万历帝向全国派遣税监、矿使，搜括财物的做法，就已经闹得沸沸扬扬。至此，他竟又变本加厉，最终导致了全国范围内的大动荡。更令人不解的是，万历帝把这些钱财敛于内廷，不肯与朝廷分享丝毫。对朝廷的财政危机，他简直就是视而不见，似乎与他毫无关系！
皇帝既然如此，大臣们也自然要为自己的生计考虑。万历后期的吏治，败坏到了不可收拾的地步。这一时期的各级官员，似乎很少有不谋私利的。有些官员所积下的巨额财富，令人瞠目结舌，很难与他们每年几十两或至多几百两的俸禄联系起来。像出身贫寒且在当时（甚至在今天）被认为是清廉之至的东林党魁顾宪成，在其兄弟分家时，尚获得数千亩的田产。世风日下的程度由此可见。既然皇帝、大臣们的日子是如此好过，那么，天下百姓日子的难过，也就可想而知了。
皇帝与大臣之间、大臣与大臣之间的冲突仍在继续进行，而且愈演愈烈。
万历皇帝仍然是我行我素。除了拼命用钱同时拼命捞钱之外，他似乎对朝政越来越没有兴趣，借口当然还是“圣体违和”。可仍有一些大臣，不思体恤，不知深浅，竟然还喋喋不休，说些皇帝绝不想再听的事情。万历二十八年（1600）十月，给事中赵德完就给万历帝上了一疏，煞有其事地说什么郑贵妃阴谋在多病的皇后驾崩后，自立为后，并立其子常洵为太子等等。万历帝最不愿意听的就是这件事，自然不免龙颜大怒，命下诏狱，廷杖一百，开除官职，永不录用。
大概是群臣十余年的不懈斗争，再加上赵德完挨的100大棍，万历帝终于在万历二十九年（1601）的十月进行了正式册封。皇长子常洛最终被立为了皇太子，同日被封的还有福王常洵（封地洛阳）、瑞王常浩（封地汉中）、慧王常润（封地汉中）、桂王常瀛（封地衡州）。既然是册封这样的盛典，而且还要成婚，万历帝自然不会过分精打细算，他早就提前向户部提出了2400万两白银的预算作为开支。可惜户部拿不出这笔款项，所以最后还算节俭，只用了1000多万。为这事皇帝还对户部有点意见，并派宦官到各地查账，看看是否真的是没钱。大概是万历帝对户部官员的敛财能力不太满意，所以他不得不加派税监、矿使分赴各地，开辟财源，弄得十分不成体统。
或许是万历帝看透了朝廷这帮人物，而一心想在自己活着的时候多为子孙（尤其是他最宠爱的福王）谋点产业，免得在他死后受苦。没想到他的这种做法，恰恰是动摇了大明朝的根基，最后祸及子孙。那位受他百般宠爱的福王常洵，后来在洛阳成为李自成的刀下鬼时，不知能否想通其中的因果关系。
伤透了心的万历帝，在此以后更是心灰意懒，不理朝政。就连朝廷最重要的人事安排，他也懒得过问。而部院主管大臣之类的任命，又非要皇帝钦命不可，否则，也只能空缺。到万历三十四年（1606），大学士沈鲤等就向皇帝诉苦说，吏部尚书已缺三年，左都御史亦缺一年，刑部、工部只有一位侍郎兼理，兵部则尚书、侍郎全缺，礼部仅存一侍郎，户部也只有一位尚书。总计部院堂上官31位，竟缺了24个。如果去掉那些在职不谋事的，几乎就是无人理政。对此，万历帝仍是不闻不问。到最后几年，像内阁这样最重要的机构，竟也只有首辅方从哲一人，成了光杆司令。这样的朝廷，怎么还能指望它有什么作为。
朝廷的统治能力下降，还不仅如此。更严重的是，朝廷官员之间的派性斗争至此也越演越烈，到了水火不容的地步。
东林党是万历后期党争的主角。在张居正统治期间，后来成为东林党魁的青年官员邹元标，就上疏攻击张居正，说他不丁父忧，名为夺情，实则贪位。张居正以后，又有一批年轻官员，像顾宪成、顾允成、高攀龙等等，在朝中互相呼应，干预朝政，并小成气候。在万历二十一年（1593）的京察中，顾宪成等人操纵吏