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疏五上，其后指安石用喜怒为赏罚，曰：「陛下有纳谏之资，大臣进拒谏之计；陛下有爱民之性，大臣用残民之术。臣知言入触大臣之怒，罪且不测。然臣职献替而无一言，则负陛下矣。」疏入，安石大怒，持其疏至手颤，自草制极诋之。以户部侍郎致仕，凡所得恩典，悉不与。镇表谢，略曰：「愿陛下集群议为耳目，以除壅蔽之奸，任老成为腹心，以养和平之福。」天下闻而壮之。安石虽诋之深切，人更以为荣。既退，苏轼往贺曰：「公虽退，而名益重矣！」镇愀然曰：「君子言听计从，消患于未萌，使天下阴受其赐，无智名，无勇功；吾独不得为此，使天下受其害而吾享其名，吾何心哉！」日与宾客赋诗饮酒，或劝使称疾杜门，镇曰：「死生祸福，天也，吾其如天何！」同天节乞随班上寿，许之，遂为令。轼得罪，下台狱，索与镇往来书文甚急，犹上书论救。久之，徙居许。
哲宗立，韩维言：「镇在仁宗时，首启建储之议，未尝以语人，人亦莫为言者。」具以十九疏上之。拜端明殿学士，起提举中太一宫兼侍读，且欲以为门下侍郎。镇雅不欲起，从孙祖禹亦劝止之，遂固辞，改提举崇福宫。祖禹谒告归省，诏赐以龙茶，存劳甚渥。复告老，以银青光禄大夫再致仕，累封蜀郡公。
镇于乐尤注意，自谓得古法，独主房庶以律生尺之说。司马光谓不然，往复论难，凡数万言。初，仁宗命李照改定大乐，下王朴乐三律。皇祐中，又诏胡瑗等考正。神宗时诏镇与刘几定之。镇曰：「定乐当先正律。」神宗曰：「然，虽有师旷之聪，不以六律不能正五音。」镇作律尺、龠合、升斗、豆区、鬴斛，欲图上之，又乞访求真黍，以定黄钟。而刘几即用李照乐，加用四清声而奏乐成。诏罢局，赐赍有加。镇曰：「此刘几乐也，臣何与焉。」至是，乃请太府铜为之，逾年而成，比李照乐下一律有奇。帝及太皇太后御延和殿，召执政同阅视，赐诏嘉奖。下之太常，诏三省、侍从、台阁之臣，皆往观焉。镇时已属疾，乐奏三日而薨，年八十一。赠金紫光禄大夫，谥曰忠文。
镇平生与司马光相得甚欢，议论如出一口，且约生则互为传，死则作铭。光生为《镇传》，服其勇决；镇复铭光墓云：「熙宁奸朋淫纵，险诐憸猾，赖神宗洞察于中。」其辞峭峻。光子康属苏轼书之，轼曰：「轼不辞书，惧非三家福。」乃易他铭。
镇清白坦夷，遇人必以诚，恭俭慎默，口不言人过。临大节，决大议，色和而语壮，常欲继之以死，虽在万乘前，无所屈。笃于行义，奏补先族人而后子孙，乡人有不克婚葬者，辄为主之。兄鎡，卒于陇城，无子，闻其有遗腹子在外，镇时未仕，徒步求之两蜀间，二年乃得之，曰：「吾兄异于人，体有四乳，则儿亦必然。」已而果然，名曰百常。少受学于乡先生庞直温，直温子昉卒于京师，镇娶其女为孙妇，养其妻子终身。
其学本《六经》，口不道佛、老、申、韩之说。契丹、高丽皆传诵其文。少时赋《长啸》，却胡骑，晚使辽，人相目曰：此「长啸公」也。兄子百禄亦使辽，辽人首问镇安否。
百禄字子功，镇兄锴之子也。第进士，又举才识兼茂科。时治平水灾，大臣方议濮礼，百禄对策曰：「简宗庙、废祭祀，则水不润下。昔汉哀尊共皇，河南、颍川大水；孝安尊德皇，京师、郡国二十九大水。盖大宗隆，小宗杀；宗庙重，私祀轻。今宜杀而隆，宜轻而重，是悖先王之礼。礼一悖，则人心失而天意睽，变异所由起也。」对入三等。
熙宁中，邓绾举为御史，辞不就。提点江东、利、梓路刑狱，加直集贤院。利州武守周永懿以贿败，百禄请复至道故事，用文吏领兵，以辖边界，从之。熊本治泸蛮事，有夷酋力屈请降，裨将贾昌言欲杀以为功，百禄谕之不听，往谓本曰：「杀降不祥，活千人者封子孙。奈何容骄将横境内乎？」本矍然，即檄止之。
七年，召知谏院。属岁旱，请讲求急务，收还法令之未便者，以救将死之民。论手实法曰：「造薄手实，许令告匿。户令虽有手实之文，而未尝行。盖谓使人自占，必不以实告，而明许告讦，人将为仇。然则礼、义、廉、耻之风衰矣。」五路置三十七将，专督所部兵，至许辟置布衣参军谋。百禄察其中，或以恩泽市，或以败收，或未历边方，或起于群盗，疏列其亡状者十四人，请仍旧制，将佐颛教阅，余付之州县，事多施行。
与徐禧治李士宁狱，奏士宁荧惑童妇，致不轨生心，罪死不赦。禧右士宁，以为无罪。执政主禧，贬百禄监宿州酒。元丰末，入为司门吏部郎中、起居郎。
哲宗立，迁中书舍人。司马光复差役法，患吏受赇，欲加流配。百禄固争曰：「民今日执事，受谢于人，明日罢役，则以财赂人。苟绳以重典，黥面赭衣必将充塞道路。」光悟曰：「微君言，吾不悉也。」遂已。
元祐元年，为刑部侍郎。诸郡以故斗杀情可矜者请谳，法官曰：「宜贷。」光曰：「杀人不死，法废矣。」百禄曰：「谓之杀人，则可；若制刑以为无足疑，原情以为无足悯，则不可。今概之死，则二杀之科，自是遂无足疑悯者矣。」时又诏天下狱不当谳而辄谳者抵罪。有司重于请，至枉情以求合法。百禄曰：「熙宁之法，非可疑可悯而谳者免驳勘，元丰则刊之，近则有奏劾之诏，故官吏畏避，不惮论杀。」因条五年死贷之数以闻。门下省犹驳正当贷者，又例在有司者还中书，百禄又争之，后悉从其请。
改吏部侍郎。议者欲汰胥吏，吕大防趣废其半，百禄曰：「不可。废半则失职者众，不若以渐消之，自今阙吏勿补，不数岁，减斯过半矣。」不听。
都水王孝先议回河故道，大防意向之，命百禄行视。百禄以东流高仰，而河势顺下，不可回，即驰奏所以然之状，且取神宗诏令勿塞故道者并上之。大防犹谓：「大河东流，中国之险限。今塘泺既坏，界河淤浅，河且北注矣。」百禄言：「塘泺有限寇之名，无御寇之实。借使河徙而北，敌始有下流之忧，乃吾之利也。先帝明诏具在，奈何妄动摇之。」乃止。
俄兼侍读，进翰林学士。为帝言分别邪正之目，凡导人主以某事者为公正，某事者为奸邪，以类相反，凡二十余条。愿概斯事以观其情，则邪正分矣。
以龙图阁学士知开封府。勤于民事，狱无系囚。僚吏欲以圄空闻，百禄曰：「千里之畿，无一人之狱，此至尊之仁，非尹功也。」不许。经数月，复为翰林学士，拜中书侍郎。是岁郊祀，议合祭天地，礼官以「昊天有成命」为言。百禄曰：「此三代之礼，奈何复欲合祭乎？'成命'之颂，祀天祭地，均歌此诗，亦如春夏祈谷而歌《噫嘻》，亦岂为一祭哉？」争久不决，质于帝前。宰相曰：「百禄之言，礼经也；今日之用，权制也。陛下始郊见，宜以并事天地为恭。」于是合祭。
熙河范育言：「阿里骨酷暴且病，温溪心八族皆思内附，可以计纳。」百禄曰：「中国以信抚四夷，阿里骨未有过，溪心虚实未可知，无衅而动，非策也。」又请进筑纳迷等三城，百禄曰：「是皆良田，为必争之地，我既城之，若贼骑时出，我何以耕？后虽欲弃之，为费已甚，亦不能矣。」帝皆从之。右仆射苏颂坐稽留除书免，百禄以同省罢为资政殿学士、知河中，徙河阳、河南。薨，年六十五，赠银青光禄大夫。
子祖述，监颍州酒税，摄狱掾，阅具狱，活两死囚，州人以为神。知巩县，凿南山导水入洛，县无水患，文彦博称其能。以父堕党籍，监中岳庙。久之，通判泾州。知台州，奏罢黄甘、葛蕈之贡。主管西京御史台。靖康多难，避地至汝州。汝守赵子栎邀与共守，于是旁郡尽陷，汝独全。累官朝议大夫，卒。从弟祖禹。
祖禹字淳甫，一字梦得。其生也，母梦一伟丈夫被金甲入寝室，曰：「吾汉将军邓禹。」既寤，犹见之，遂以为名。幼孤，叔祖镇抚育如己子。祖禹自以既孤，每岁时亲宾庆集，惨怛若无所容，闭门读书，未尝预人事。既至京师，所与交游，皆一时闻人。镇器之曰：「此儿，天下士也。」
进士甲科。从司马光编修《资治通鉴》，在洛十五年，不事进取。书成，光荐为秘书省正字。时王安石当国，尤爱重之。王安国与祖禹友善，尝谕安石意，竟不往谒。富弼致仕居洛，素严毅，杜门罕与人接，待祖禹独厚；疾笃，召授以密疏，大抵论安石误国及新法之害，言极愤切。弼薨，人皆以为不可奏，祖禹卒上之。
神宗崩，祖禹上疏论丧服之制曰：「先王制礼，君服同于父，皆斩衰三年，盖恐为人臣者不以父事其君。自汉以来，不惟人臣无服，人君遂不为三年之丧。国朝自祖宗以来，外廷虽用易月之制，宫中实行三年服。君服如古典，而臣下犹依汉制，故十二日而小祥，期而又小祥，二十四日而大祥，再期而又大祥。既以日为之，又以月为之，此礼之无据者也。古者再期而大祥，中月而禫。禫，祭之名，非服之色。今乃为之惨服三日然后禫，此礼之不经者也。服既除，至葬又服之，祔庙后即吉，才八月而遽纯吉，无所不佩，此又礼之无渐者也。朔望，群臣朝服以造殡宫，是以吉服临丧；人主衰服在上，是以先帝之服为人主之私丧，此二者皆礼之所不安也。」
哲宗立，擢右正言。吕公著执政，祖禹以婿嫌辞，改祠部员外郎，又辞。除著作佐郎、修《神宗实录》检讨，迁著作郎兼侍讲。
神宗既祥，祖禹上疏宣仁后曰：「今即吉方始，服御一新，奢俭之端，皆由此起。凡可以荡心悦目者，不宜有加于旧。皇帝圣性未定，睹俭则俭，睹奢则奢，所以训导成德者，动宜有法。今闻奉宸库取珠，户部用金，其数至多，恐增加无已，愿止于未然。崇俭敦朴，辅养圣性，使目不视靡曼之色，耳不听淫哇之声，非礼勿言，非礼勿动，则学问日益，圣德日隆，此宗社无疆之福。」故事，服除当开乐置宴，祖禹以为因除服而开乐设宴，则似除服而庆贺，非君子不得已而除之之意，不可。
夏暑权罢讲，祖禹言：「陛下今日之学与不学，系他日治乱。如好学，则天下君子欣慕，愿立于朝，以直道事陛下，辅佐德业，而致太平；不学，则小人皆动其心，务为邪谄，以窃富贵。且凡人之进学，莫不于少时，今圣质日长，数年之后，恐不得如今日之专，窃为陛下惜也。」迁起居郎，又召试中书舍人，皆不拜。吕公著薨，召拜右谏议大夫。首上疏论人主正心修身之要，乞太皇太后日以天下之勤劳、万民之疾苦、群臣之邪正、政事之得失，开导上心，晓然存之于中，使异日众说不能惑，小人不能进。
蔡确既得罪，祖禹言：「自乾兴以来，不窜逐大臣六十余年，一旦行之，流传四方，无不震耸。确去相已久，朝廷多非其党，间有偏见异论者，若一切以为党确去之，惧刑罚失中，而人情不安也。」
蔡京镇蜀，祖禹言：「京小有才，非端良之士。如使守成都，其还，当使执政，不宜崇长。」时大臣欲于新旧法中有所创立。祖禹以为：「朝廷既察王安石之法为非，但当复祖宗之旧，若出于新旧之间，两用而兼存之，纪纲坏矣。」迁给事中。
吴中大水，诏出米百万斛、缗钱二十万振救。谏官谓诉灾者为妄，乞加验考。祖禹封还其章，云：「国家根本，仰给东南。今一方赤子，呼天赴诉，开口仰哺，以脱朝夕之急。奏灾虽小过实，正当略而不问。若稍施惩谴，恐后无复敢言者矣。」
兼国史院修撰，为礼部侍郎。论择监司守令曰：「祖宗分天下为十八路，置转运使、提点刑狱，收乡长、镇将之权悉归于县，收县之权归于州，州之权归于监司，监司之权归于朝廷。上下相维，轻重相制，建置之道，最为合宜。监司付以一路，守臣付以一州，令宰付以一县，皆与天子分土而治，其可不择乎？祖宗尝有考课之法，专察诸路监司，置簿于中书，以稽其要。今宜委吏部尚书，取当为州者，条别功状以上三省，三省召而察之，苟其人可任，则以次表用之。至官，则令监司考其课绩，终岁之后，可以校优劣而施黜陟焉。如此则得人必多，监司、郡守得人，县令不才，非所患也。」
闻禁中觅乳媪，祖禹以帝年十四，非近女色之时，上疏劝进德爱身，又乞宣仁后保护上躬，言甚切至。既而宣仁谕祖禹，以外议皆虚传，祖禹复上疏曰：「臣言皇帝进德爱身，宜常以为戒。太皇太后保护上躬，亦愿因而勿忘。今外议虽虚，亦足为先事之戒。臣侍经左右，有闻于道路，实怀私忧，是以不敢避妄言之罪。凡事言于未然，则诚为过；及其已然，则又无所及，言之何益？陛下宁受未然之言，勿使臣等有无及之悔。」拜翰林学士，以叔百禄在中书，改侍讲学士。百禄去，复为之。范氏自镇至祖禹，比三世居禁林，士论荣慕。
宣仁太后崩，中外议论汹汹，人怀顾望，在位者畏惧，莫敢发言。祖禹虑小人乘间害政，乃奏曰：「陛下方揽庶政，延见群臣，此国家隆替之本，社稷安危之机，生民休戚之端，君子小人进退消长之际，天命人心去就离合之时也，可不畏哉？先后有大功于宗社，有大德于生灵，九年之间，始终如一。然群小怨恨，亦为不少，必将以改先帝之政、逐先帝之臣为言，以事离间，不可不察也。先后因天下人心，变而更化。既改其法，则作法之人有罪当退，亦顺众言而逐之。是皆上负先帝，下负万民，天下之所仇疾而欲去之者也，岂有憎恶于其间哉？惟辨析是非，深拒邪说，有以奸言惑听者，付之典刑，痛惩一人，以警群慝，则贴然无事矣。此等既误先帝，又欲误陛下，天下之事，岂堪小人再破坏邪？」初，苏轼约俱上章论列，谏草已具，见祖禹疏，遂附名同奏，曰：「公之文，经世之文也。」竟不复出其稿。
祖禹又言：「陛下承六世之遗烈，当思天下者祖宗之天下，人民者祖宗之人民，百官者祖宗之百官，府库者祖宗之府库。一言一动，如临之在上，质之在傍，则可以长享天下之奉。先后以大公至正为心，罢安石、惠卿所造新法，而行祖宗旧政。故社稷危而复安，人心离而复合，乃至辽主亦戒其臣勿生事曰：'南朝专行仁宗之政矣。'外夷之情如此，中国之人心可知。先后日夜苦心劳力，为陛下立太平之基。愿守之以静，恭己以临之，虚心以处之，则群臣邪正，万事是非，皆了然于圣心矣。小人之情专为私，故不便于公；专为邪，故不便于正；专好动，故不便于静。惟陛下痛心疾首，以为刻骨之戒。」章累上，不报。
忽有旨召内臣十余人，祖禹言：「陛下亲政以来，四海倾耳，未闻访一贤臣，而所召者乃先内侍，必谓陛下私于近习，望即赐追改。」因请对，曰：「熙宁之初，王安石、吕惠卿造立新法，悉变祖宗之政，多引小人以误国，勋旧之臣屏弃不用，忠正之士相继远引。又用兵开边，结怨外夷，天下愁苦，百姓流徙。赖先帝觉悟，罢逐两人，而所引群小，已布满中外，不可复去。蔡确连起大狱，�