厥默啜在表面上也态度谦恭，主动请降后甚至求做女皇义子，又为女儿请婚，归还了从前的河西降户，并帅部讨伐叛乱的契丹松漠都督李尽忠、归诚州刺史孙万荣（两人反后，女皇将他们改名为李尽灭孙万斩才派人出征，看起来实在有点象老太太在闹脾气）。这一次，是默啜除掉了李尽忠，并因此得到了重赏。
然而顺利是短暂的。默啜绝非忠良，他不久就开始变着法儿骚扰边境，成为武周王朝的大患。由于后来王孝忠不幸身亡，很多将领又不能令女皇放心，于是朝中几无可用之将。武则天开始起用诸武领兵。而这个结果是明摆着的，诸武多数是平庸之辈，搞搞鬼花样可以，论真本事却实在见不得人，甚至连薛怀义都比他们强些。自此以后，武周王朝的边境也难就得太平了，甚至闹出了武延秀和亲被退货的事儿来。
就在这时，一件令女皇气恼之极的事情发生：明堂遭焚。制造这起纵火案的，正是薛怀义。
薛怀义并不仅仅是一个男宠，他同时也是武则天称帝的功臣。
在武则天代唐称帝前夕，薛怀义和法朗等僧人伪造《大云经》，声称武则天乃是弥勒降世，乃是真正的世间之主，唐室当衰。随后以此经为由头，又在天下各州皆造大云寺，专为此度僧宣讲，为武周王朝大造舆论。所以在武周王朝建立后，薛怀义等人都被封为县公，算在开国功臣里头。此后武则天也大规模崇佛，甚至下令“释教开革命之阶，升于道教之上”。又废除了老子的玄元皇帝称号、罢除了贡举试中《老子》的内容。如此一来，假和尚薛怀义就更为所欲为，甚至公然强逼道观主剃度为僧。
随着时间的推移，薛怀义已经浑然忘却了自己与武则天之间的从属关系，对女皇的指令常置若罔闻，还在民间挑选强壮有力的男子剃度为僧，数量超过千人，引起了武则天的疑心，不但找了新欢沈南璆，还将所有的武僧都流放偏远地区去了。对薛怀义的恩遇也一天不如一天。嫉恨交加的薛怀义为了发泄，便在天册万岁元年（公元695）正月十六日夜晚纵火焚烧了刚刚落成才六年的明堂、天堂。于是“火照城中如昼”，等到十七日清晨的时候，两座巍峨的建筑已经化为灰烬。
对于这场火的真实起因，女皇和大臣们都很清楚，但为了面子，仍然声称是工人不慎失火，火灾后仍然任命薛怀义主持重建工作。
既是重建总管，薛怀义又开始频频出入宫廷。而就在同一个时候，女皇与自己最信任的女儿太平公主商议定了除掉薛怀义的计划。据史书记载，二月初四这天，太平公主在宫中挑选了几十个身强力大的壮妇，又让小叔子武攸宁率领了一批壮士埋伏，等薛怀义应召入宫时，壮妇们在太平公主乳母张夫人的统率下一拥而上，将薛怀义捆成了个粽子。
薛怀义当然是死定了，不过死法有待商榷。《旧唐书》说他是被张夫人派侍卫缢死的。上文所述则是《新唐书》的记载。关于尸体的处理也有不同解释。在以辇车送回白马寺后便被“焚之以造塔”了。应该是烧化后照规矩给造了座僧塔。
天册万岁元年（公元696）三月，明堂重建完成，更名通天宫。重建后的明堂规模比从前更大，里面还增加了以五十六万七百余斤铜铸造的九座巨鼎。这座宫宇也没能存在很久。六十六年后，明堂毁于唐代宗宝应元年（公元762）十一月，原因仍然是被焚。
除了薛怀义，女皇最著名的男宠莫过于张易之、张昌宗兄弟。张昌宗是太平公主推荐进宫的。张昌宗出身士族，是太宗高宗两朝宰相张行成的族孙，不但白晳秀美，而且精通音律。张昌宗入宫得宠后又以“器用过臣，兼工合炼（… …#）”为由向武则天推荐了自己的哥哥尚乘奉御张易之，从此兄弟俩在女皇所有的男宠中位列前茅。张易之官至麟台监、恆国公，张昌宗官至司仆卿，春官侍郎，封鄴国公，他们死去的父追封襄州刺史，母亲韦氏、臧氏为太夫人。臧氏寡居寂寞，看上了凤阁侍郎李迥秀（初唐名将凉州都督李大亮族孙），女皇也为之牵线，命李迥秀兼职做臧氏的情夫。李迥秀这人做丈夫很差劲，他老婆崔氏管教妾婢，原本是很正常的事情，但是李迥秀那个多心的老娘却听不得，因为她就是个婢女出身。（奇了怪了，难道要崔氏把奴婢们当成长辈来供养么？别说那年头，就是现在也没几个人有这样的思想觉悟）。李迥秀为讨老娘欢心，立马就跟老婆离婚。别人都看不过眼劝他不要这样，他也不管。赶走了儿媳的老太太现在该高兴了吧！
在兄弟中，张易之排行第五，张昌宗排行第六。兄弟俩得宠后，马屁声四起。有人说“莲花似六郎”，而宰相杨再思更高杆，道：“乃是莲花似六郎。”
女皇著名的书法作品，当属《升仙太子碑》。升仙太子王子晋，即周灵王太子姬晋，十七岁就去世了。但世人都认为他并非早逝，而是登了天界，传说在他死后三十年，还有人在缑氏山见到他乘鹤仙去。——于是，马屁精们声称张昌宗就是王子晋的后身，专为报女皇知己之情而来。于是女皇就为张氏兄弟设置了控鹤府，以张易之为三品控鹤监，让张昌宗穿羽衣、吹箫、乘木鹤于庭中奏乐，果然也颇似升仙之状。
张氏兄弟虽然几得专宠，但女皇和世上其它的皇帝都一样，不会止满足于此，而且哪怕只是一次床第之欢，她也要将对方挑剔个遍。在这方面最著名的笑谈莫过于宋之问。这位著名诗人长得一表人材，才华出众，认为自己理所应当得到女皇的青睐。可是女皇却一直没有对他表达过这方面的意思。宋之问不甘被冷落，主动写了一首艳诗献给女皇，女皇读后付之一笑，对身边人说：“宋卿哪方面都不错，就是不知道自己有口臭。”宋之问打听明白后后悔不迭，从此经常口含香料，亡羊补牢。
男宠数目众多，想当男宠的也数不胜数。很多认为自己有条件的朝臣和世家子弟都竞相自荐。以至于言官担心女皇也和男皇帝一样迷于花丛，疏忽正业。
久视元年（公元700）四月，武则天下令将控鹤府改为奉宸府，诏选美少年居于其中。右补阙原敬则闻声而动，进谏道：“臣闻志不可满，乐不可极。嗜欲之情，愚智皆同，贤者能节之不使过度，则前圣格言也。陛下内宠有易之、昌宗，足矣。近闻左监门卫长史侯祥等，明自媒衒，丑慢不耻，求为奉宸内供奉，无礼无仪，溢于朝听。臣职在谏诤，不敢不奏。”对这样的进谏，女皇当然不会照办，不过仍然好言相慰原敬则道：“如非爱卿直言，朕不知此。”
然而，随着张氏兄弟宠爱日盛，言官们所不愿看到的“祸水”情形还是发生了。张家在朝中横行一时，路人侧目，就连李武二氏皇族，都不得不对他们陪小心，甚至于亲自牵马执鞭。别说张氏兄弟的要求女皇不会违拗，就连他们的家人都不例外。两人的弟弟张昌仪为洛阳令，收了一个薛姓候选官员的五十两金子，答应为他授个官儿，并将此人的履历交给天官侍郎张锡。张锡把履历给遗失了，便向张昌仪询问此人姓名。张昌仪骂道：“你小子真不懂事，我哪里记得那么多？你忘了他的姓名打什么紧，只消看见是姓薛的就封官好了！”张锡不敢做声，只得照办，回去一翻档案，发现候选的薛姓竟有六十多人，也顾不得了，统统提拔了事。
眼看女皇年纪越来越老，武承嗣武三思易储的念头也越来越急切。然而此后的一系列事情，却使他们最后的计划也泡了汤。
首先是狄仁杰。狄仁杰自高宗时开始，就以敢言闻名天下，得到高宗和武皇后的信任。武则天称帝后，他在任豫州刺史时，曾因为民请命得罪了当时的宰相张光辅，被贬为洛州司马。后来女皇发现自己判断有误，又将他调入朝中。对于狄仁杰，女皇非常重用，虽然几度贬谪，最后又都重新起用，皆为宰相之职，成为中国历史上君臣间的一段佳话。
圣历元年（公元698），狄仁杰对女皇说：“姑侄与母子哪个更亲近？陛下立亲生子，则身后能与天皇同入太庙得享祭祀，子孙延绵无穷；立侄子，则世上还从没听说过侄儿做天子为姑父姑母立庙的事情。”武则天已经被这事给弄烦了，答道：“这是朕的家事，爱卿不必参与。”狄仁杰说：“为王者以四海为家，四海之内，皆为帝业臣民，什么都是陛下的家事！君为元首，臣为股肱，况且我身为宰相，怎么可以不过问这样的大事。”武则天听了颇为动心。何况叛乱者屡屡打着匡复皇嗣的牌号造反，也使她疲于应付。不久后她向狄仁杰说：“朕梦见一只大鹦鹉折断了双翅，无法飞翔，当做何解？”狄仁杰回答道：“鹦鹉，代表陛下的武姓，双翅则是陛下的两个儿子。陛下重新起用自己的两个亲生儿子，翅膀即痊愈能飞了。”这个答案正合女皇的心意。
张易之兄弟在这方面也起到了相当大的作用。二张知道自己全凭女皇才得出人头地，唯恐女皇先死，自己下场凄凉，便向酷吏吉顼讨主意。吉项便劝说道：“天下士庶未忘唐德，咸复思庐陵王。主上春秋高，大业须有所付；武氏诸王非所属意。公何不从容劝主上立庐陵王以系苍生之望！如此，岂徒免祸，亦可以长保富贵矣。”两人深以为然，立即向女皇进言，吉顼也面见女皇陈词。
公元698年的三月九日，武则天秘密派人去房州接回庐陵王李显一家。三月十八日，李显回到了阔别十四年的洛阳城。
李显重新出现，使武承嗣彻底绝望了。八月，他抑郁病死。
武承嗣死后不久，李显被复立为太子，原来的皇嗣李旦改封相王。
（关于吉顼进言之事，外人一直都不知道，即使是李显和李旦也一直被蒙在鼓里。吉顼为人阴毒执法严酷，虽与来俊臣等人不同，却一直也被名列酷吏群中。他曾与武懿宗争执，本来各说各理也没什么，偏偏吉某人身长七尺相貌威武，武懿宗则矮小猥琐，争吵时呈俯视状，场面着实不给女皇长脸，于是被认为藐视武家，贬官外放郁郁而终。他死后很久李旦即位，才偶然知道当年吉顼进言，感激之余下诏道：“故吏部侍郎、同中书门下平章事吉顼，体识宏远，风规久大。尝以经纬之才，允膺匡佐之委。时王命中否，人谋未辑，首陈返政之议，克副祈天之基。永怀遗烈，宁忘厥效。可赠左御史台大夫。”）
重为皇储的李显立即被女皇任命为河北道元帅讨伐突厥。在此之前，由于将士不肯效命，武周王朝对突厥的作战一直没有起色，征兵一个月也往往招不满千人。如今听说高宗的儿子领兵，四方应者如云，不消几天就超过了五万人。双方对阵胜负也随即发生根本转变。
从根本上来说，女皇虽然热衷权力，残忍嗜杀，却并不愿意毁掉高宗开拓的帝国疆域。面对诸武领兵无功，李显挂帅即能保土安民的情形，她要做的是天朝大国的皇后、女皇，并将这个大国交给继承者，而不是给后来人一个四分五裂的国家，更不愿做一个被叛乱者劫掠的亡国之君。既然武氏没有人能够接这个担子，她终于只能默认自己费尽心机开创的武周王朝一传而绝了。
做出了决定的女皇接下来最担心的，就是自己死后李氏皇族跟武家秋后算帐。然而对于身后事，她也无能为力，最后只能想出一条多少有些鸵鸟的办法，圣历二年（699年）四月十八日，女皇命太子李显、相王李旦、太平公主及诸武共作誓文，于明堂内向天地宣读并刻成铁卷藏入史馆。
除此之外，联姻也成了她的一种选择。在这样的情形下，李显的庶女永泰郡主嫁给了武承嗣的儿子武延基，嫡出女儿安乐郡主则嫁给了武三思的儿子武崇训。
在女皇的有意安排下，武李两家少年男女走得很近，时常耳鬓厮磨呼朋引伴在一起。（女皇死后，安乐郡主再嫁的丈夫仍是武家少年武延秀，唐玄宗李隆基前半生最宠爱的女人则是武攸止之女武惠妃，追封贞顺皇后，另一位小武妃则是武重规之女，生子李璿）
姻缘虽然缔结，悲剧却也埋下了伏笔。
眼看两个妹妹都与各自的丈夫情投意合，李显与韦氏的嫡出儿子李重润也和妹夫来往密切，时常一起游猎宴饮。相处日久，偶尔不免也会磕磕碰碰，在少年人来说这实在是寻常事。然而千不该万不该，有一次李重润与武延基发生口角，争吵中忘了忌讳，两人竟将彼此曾经私下议论女皇宠信张易之兄弟的事情给当众吵了出来，待到发觉忘情赶紧闭口，已是迟了。消息迅速传开，张易之立即加油添醋地报到了女皇面前。武则天便将李重润和武延基夫妻都送到太子李显处，让他加以处治。
李显饱尝了十四年废皇帝的苦难岁月，好不容易才熬到今天，无论如何也不敢惹恼母亲，更不敢开罪“策立有功”的张氏兄弟，唯恐这对兄弟翻手成云覆手成雨，又将自己一家打回原形。无可奈何的李显思来想去，只得逼着三个孩子统统自杀。（武延基的父亲武承嗣已经死了）李重润和武延基死于长安元年（公元701）九月初三，十七岁的永泰郡主带着她腹中的胎儿也于次日（可能就是初三的深夜）死去。
张易之一句话，就逼死了太子的嫡出长子、武氏家族的嫡出长孙，所有的人都恐慌万状。这件事使武李二族团结在了一起，将二张视为他们共同的敌人。然而面对张氏兄弟嚣张气焰，诸武诸李都无计可施。为了表示和解的诚意，使二张不至于继续与自己为敌，李显、李旦、太平公主及武氏诸王不得不屈服，联名在孩子们被逼死的第二年八月向女皇上表，请求册封张氏兄弟为王爵。女皇虽然年老，对二张又宠溺，但也很清楚这是逾越规制的事情，虽然众人再三请求，最后也只是封张昌宗为鄴国公、张易之为恒国公。
女皇仍然宠信张氏兄弟，但她很清楚张氏兄弟终究只是男宠，国家大事仍然取决于宰臣。在一次女皇亲自出席的宴会上，二张的坐位紧靠女皇，居于御史中丞宋璟之上。张易之自知在女皇心目中自己真正的地位不如宋璟，想要讨他的欢心，便下座揖让道：“您才是当今第一人，怎么可以居下座呢！”宋璟不冷不热地回答：“我才劣，所以位卑，张卿怎么会认为我是第一？”天官侍郎郑杲想打圆场：“中丞怎么称呼五郎为‘卿’？”宋璟回答：“以官爵大小而言，称呼他为卿才是对的。足下并非张卿家奴，管他叫‘郎’干什么？”
张氏兄弟从此恨上了宋璟，在女皇面前用尽办法中伤他。然而女皇对于席上的的一幕心中有数，并未采信他们的胡言，宋璟安然无恙。
自李显复立太子以来，天下太平了许多，契丹于久视元年（公元700）平定，吐蕃的战事也随起随平。长安三年，吐蕃遣使献马千匹、金二千两求婚；六月初一，东；突厥可汗默啜也遣使入朝，请以女嫁与李显之子，这桩婚事在当年十一月缔结——可惜的是，这位嫁入中宗家的突厥公主是谁，又嫁给了谁，史书可没记下，反正绝非李重润，也不是李重福（因为他娶的老婆是张易之的外甥女，所以他成了导致李重润武延基永泰公主之死的首席疑凶）。
女皇虽然年纪已老，仍然大权独揽，她对身边发生的一切意味着什么非常明白，知道自己开创的武周王朝将随着自己一起逝去。于是，在久视元年的十月初十，她颁下诏书，废止周历，重新起用唐历。
长安元年（公元701）八月，武邑人苏安恒上疏女皇，请求抑武重李，贬武姓诸王为公侯�