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在柳如是心中，真正眷念的恐怕是那段与陈子龙刻骨铭心的爱，缱绻温馨的爱情生活和分离的伤感应该是她在红豆山庄夜晚回忆的主要内容。或许，伴随着回忆，黑暗中会浮现出一个妩媚的笑。这个笑是那么的脆弱，那么的短暂。直到陈子龙在反清复明的战场孤军奋战、事败身死后，那个倾国倾城的笑，到此就被彻底地埋葬了。
弘光二年五月，清军打到南京，二、三十万南明守军望风而逃，弘光帝朱由崧丢下南京自己逃命去了，此事史称“乙酉之变”。
柳如是看到明朝灭亡的命运已无可挽回，一脸悲切而圣洁的表情，便劝钱谦益一同以身殉国，来个“你殉国，我殉夫！”，一同跳水自尽。但钱谦益却十分不安，他走下水池，试了试又走了上来，抬头对柳如是说：“水冷得很，我们不如改日再来吧？”这是典型人物的典型动作，贪生怕死，不愿为故国作烈士。柳如是没有想到，这个名满天下的东林党首领，竟是一个软骨头，在极端失望之下，她“奋身欲沉池水中”。
钱谦益早料到烈性妻子的打算，忙追上去将她紧紧抱住。这时，家丁回来报告说清军快要进城了。钱谦益便吩咐使女们好好守住夫人，绝对不能出事，自己则匆勿去找马士英商量。刚到马士英的住宅，他看到大门洞开，守门的卫兵已无影无踪。钱谦益猜到马士英已经出逃，于是去找赵之龙和王铎，三人商议的结果是：一致同意投降。
钱谦益于是赶到城外，代表南明政权，跪在大雨中迎接清军。当时流传着这样一首诗，讽剌钱谦益说：“钱公出处好胸襟，山斗才名天下闻。国破从新朝北阙，官高依旧老东林。”钱泳《履园丛话》评论说：“虞山钱受翁，才名满天下，而所欠惟一死，遂至骂名千载。”
之后，钱谦益向豫亲王多铎献上了金银实物和珍贵古玩百来件。这件事后来被人拿来大做文章。但在当时的情况下，钱谦益不得不这么做。
陈康祺在《即潜纪闻》中说：《柳南随笔》载豫王下江南，残明诸臣咸致重币，以虞山钱牧斋所献为最簿。其所具柬帖第一行细书“太子太保礼部尚书翰林院学士臣钱谦益”尾亦如之。其贡品乃流金银壶，法琅银壶各一具；蟠龙玉杯、宋制玉杯、天鹿犀杯、葵花犀杯、芙蓉犀杯、法琅鼎杯各一进；法琅鸽杯、银镶鹤杯各一对；宣德宫扇、真金川扇、戈阳金扇、戈奇金扇、百子宫扇、真金杭扇各十柄；真金苏扇四十柄、银镶象箸十双。以是为薄，则厚者可知！
可见当时南明官僚人人争相巴结多铎，钱谦益不过是不得已而随大流，他送的礼也是所有官员中最轻最薄的。
钱谦益虽然另投新主，但他内心强烈的矛盾心理比任何人都要强烈。当他看到被拘押在多铎军营中的弘光皇帝时，他竟然忍不住失声痛哭，在其故主面前一跪不起。在强烈的羞愧心理驱使下，钱谦益决定尽余力做点事情。他努力游说多铎，说吴地百姓一向驯顺，因此不需诉诸武力就可以轻而易举地平定。在得到多铎的保证后，钱谦益利用他个人的影响力劝说江南各地的士绅，说“天与人归”。钱谦益这样做并非要替满清效力，他只是看到扬州大屠杀的可怕结局，希望能阻止清军屠刀之下的成千上万的汉人被杀死。
无论怎么说，变节行为在道德上始终是要受到谴责的。钱谦益后来受到了许多名士的大力批评，但他一直努力安慰自己说，正是由于他自己甘心忍辱负重，才使毫不必要的流血得以避免，许多人的生命得以保全。这是一种羞耻与骄傲混杂在一起的复杂情感，钱谦益认为他用名节为代价，作出了自我牺牲。“文字狱”的核心人物吕留良（许多传奇故事中认为，他的女儿吕四娘为了家仇，设法潜入紫禁城，杀死了大兴文字狱的雍正皇帝）后来也曾经表示出类似的个人情感困扰，他说：现在我知道了，以饥饿求死容易，以牺牲节义求生存难。
钱谦益后来确实帮助过一些忠君之士摆脱了满清的迫害。比如，他帮助黄宗羲使浙江忠君之士王珝将军安全获释，所以黄宗羲后来在著作会有称赞钱谦益的传记。1655年，顾炎武因杀死家仆而被满清地方政府捕下狱时，也曾通过一个朋友请钱谦益帮忙，钱谦益出面奔走，帮助顾炎武出狱。
在非常时刻，斗争之尖锐、复杂超乎人的想象，因为未来时局的发展是难以预测的，总会出现许多脚踩两只船的情况。钱谦益迎清兵入城，反映了他对强权的屈从，但他不像吴三桂、洪承畴等人，并没有进一步为虎作伥，并没有将满清的权力奉为统治权威，无论是当时他为避免江南出现更多的扬州十日而四处奔走，还是后来他积极谋划反清复明，都充分证明了这点。但历史总是用道德的尺度来评价，难道一定要钱谦益投水自尽才是利国利民吗？还是“死天下事易，成天下事难”？许多时人都很希望有个答案。
死亡到底意味着什么？意味着有过的不再存在。人死其实十分简单，复杂的是为什么死。
清初反清志士王思任有一段话颇为精辟：“可以死，可以无死，英雄豪杰自知之也。英雄豪杰一死不足了其事，则可以无死；其事已了而死至，则可以死。……使必以一死为贵，则死而死矣，何济人世事。”
陈寅恪先生曾说：“牧斋之降清，乃其一生污点。但亦由其素性怯懦，迫于事势所使然。若谓其必须始终心悦诚服，则甚不近情理。”认为钱谦益降清是因为性格怯懦，但我更倾向于认为钱谦益降清对他在崇祯一朝仕途的绝望，以及他对在南明仕途的期望，毕竟，他是名扬海内的大才子，他始终有些不甘心，这是他“首鼠两端，居心反复”的根本原因。但他这种期望很快就破灭了，不仅仅是后来清廷并未封他做丞相，更主要的是因为他的爱妻柳如是对待他的冷淡态度，刺激加重了他因为失节而产生的悔恨的心理。
但柳如是却始终不能原谅丈夫的不死投降事清行为。一次，钱、柳二人出游，看到一处泉水清澈，钱谦益想脱鞋袜洗脚，柳如是站在一旁冷笑道：“你当这是秦淮河么！”柳如是实在严冷得很。只一句话，就完全吐露了她对钱谦益的鄙视、厌恶。
1645乙酉年秋天，清政权召南明降臣去北京接受封职。北上的当天，众降臣都携带妻妾，唯独柳如是不肯随行，她身穿大红服装，屹立道旁，一言不发，悲愤地看着自己那晚节不保的丈夫在清军的押送下离她而去。
明朝皇帝姓朱，柳如是着红袍，暗示自己的反清复明之志。众降臣面对一个女子这种壮举，都感到羞愧难当。钱谦益更恨不得钻到地下，他悔恨交加，在途中写下了“衣朱曳绮留都女，羞杀当年翟茀班”这样深深自责的诸句。
『注：翟茀，古代贵族妇女乘坐的车饰的雉羽，翟茀班，谓妇女辈。』
钱谦益的心情可谓是失落之极了，这种不被妻子原谅和理解的原因仅仅源自于他的没有舍身取义。在今人看来，确实很难以理解。但从另一个方面，却说明了柳如是强烈的政治倾向。
传闻钱谦益北上、柳如是留居南京时，乘机与人通奸，“子（钱谦益的儿子）愤之，鸣官究惩。及归，怒骂其子，不容相见。谓国破君亡，士大夫尚不能全节，乃以不能守身责一女子耶？此言可谓平而恕矣”。柳如是通奸之事无论真假，钱谦益对她的宽容可见一斑。
钱谦益到了北京，得到了“秘书院学士兼礼部侍郎、明史副总裁”的官衔，但半年后就称病返回老家，用诗酒消耗他剩馀的生命。这时钱谦益常为一些不遂意的事情而生气，外忧清议，内惭神明，烦躁时常绕屋彷徨，自言自语道：“要死要死！”柳如是一次在旁冷冷道：“你当初不死在乙酉南京陷落之日，而死于今日，这不是太晚了吗？”钱谦益哑口无言。
自此后，钱谦益长期暗中从事反清复明的活动，屡冒杀身之祸，展现出历史人物极为复杂的一面。
归庄在《祭钱牧斋先生文》中写道：“先生喜其同志，每商略慷慨，谈䜩从容，剖肠如雪，吐气成虹。感时追往，忽复泪下淋浪，发竖鬔鬆。窥先生之意，亦悔中道之委蛇，思欲以晚盖，何天之待先生之酷，竟使之赍志以终。”
这段话是比较公正的。历史是非常复杂的，尊重历史事实就不能简单对待。钱谦益在弘光朝廷覆亡的时候有苟且贪生之念固然是事实；但他内心里念念不忘恢复明朝，实际行动上多次冒杀身之祸从事反清复明活动，也不容抹杀。
钱谦益辞官后不久，因淄川谢升案而锒铛北上，关入刑部大狱。家人都不敢出头，只有柳如是单身带了一个包袱，随行护送在押解兵卒的刀光剑影之间，照顾钱谦益。可见从这个时候起，钱谦益已经用自己的行动重新赢回了妻子的信任。这一次官司，据说是柳如是行贿三十万金，钱谦益才得无事放归。
钱谦益因此对柳如是感激涕零，作诗说，“从行赴难有贤妻”。当时有人看了还觉得不舒服，因为柳如是到底还是“妾”，不能就这样说的。
清·祝纯嘏《孤忠後录》记载说：顺治四年，黄毓祺起兵海上，从舟山进发，打算收复常州。钱谦益特意命其妻艳妓柳如是至海上犒师，适飓风大作，海船多飘没。黄毓祺溺于海，赖勇士石负之，始得登岸。
钱牧斋《后秋兴》诗之一有句：“闺阁心悬海字旗，每于方寻系欢悲。乍闻南国车攻日，正是西窗对局时。”据考证，此诗就是咏黄毓祺事。“闺阁”是指柳夫人无疑。
黄毓祺兵败后，清廷查知钱谦益与黄毓祺有牵连，下令缉拿他。清顺治五年四月，正在病中的柳如是“蹶然而起，冒死从行”，紧随丈夫一同去到南京。经柳如是全力奔走营救，请托斡旋，钱谦益才得以免祸。出狱后，被管制在苏州，寄寓拙政园。但钱柳二人在苏州过着饮酒下棋的悠闲岁月时，还无时无刻不关心着政局变化与战局发展。
顺治六年，钱谦益和柳如是从苏州返回常熟，移居红豆山庄。在这种局面下，钱谦益并不曾闭门韬晦，表面上息影居家，在绛云楼以藏书检校著述；暗中与西南和东南海上反清复明势力联络，以耄耋之年奔走道途；其中柳如是对他的影响不可小觑。钱谦益先后与南明桂王的大学士翟式耙、郑成功、张名振和张煌言联系。
顺治六年（1649年），钱谦益在给门生瞿式耜（时任永历朝廷留守桂林大学士）的密信中，提出了“中兴之基业”的关键是顺江而下夺取江南。瞿式耜向永历帝转报钱谦益密信疏中写道：“盖谦益身在虏中，未尝须臾不念本朝，而规画形势，了如指掌，绰有成算。”
钱谦益后来的经济状况非常不好，一是因为连吃几次官司，需要钱打理；二是柳如是几次冒死到抗清义军中犒师，对义军慷慨解囊。顺治七年（1650年），绛云楼又不慎起火，一夜之间，几万卷藏书和大批珍宝古玩化为灰烬。就在二人经济拮据之时，柳如是依然卖尽金珠，全力资助抗清义军。钱氏倾家荡产资助反清复明，以致到钱谦益死的时候，连丧葬费用都成了问题。后人仅以“失节”一事来对钱谦益盖棺定论，实在是不公正的。
顺治十一年（1654年），张名振统率的南明鲁监国军队乘海舟三次进入长江，第一次进抵镇江、瓜州，第二次进至仪征，第三次直逼南京，在一年多时间里积极活动于长江下游和入海口。
这次会师长江的战略设想是以钱谦益等人为核心策划的。他们不仅主动担负起联络东西两方面的南明军队和内地反清义士的责任，还以出资、出力等方式亲自参加了这一重大的军事行动。但这次精心策划的会师长江战役，结果却完全令人失望。原因是西南和福建的抗清主力都没有出动：西南永历政权孙可望与李定国突起内讧，几乎酿成大变；而福建郑成功私心太重，一心只想守住他自己的地盘，保存实力。
钱谦益这些人在清统治区内秘密从事复明活动，风险极大。事败之后他们首先销毁证据，有人不幸被捕在审讯时也竭力避免牵连更多人进来；迹象还表明部分仕清的汉族官员因各种原因而暗中加以庇护。这充分说明了历史人物的复杂性，以钱谦益为代表的人物，不能简单地以失节来评判。还有一点，历史就是历史，无人能对其一窥全豹。
江南历来为财赋重区。“江南安，天下皆安；江南危，天下皆危”。发动长江战役的核心还是东南沿海水师同西南明军主力会师，收复江南，取得这块财赋充盈、人才荟萃之地，作为扭转明清战局的关键。这次重大的战略策划充分证明，钱谦益确实是有相当战略眼光的。
可惜，可叹，可悲！南明政权从弘光到永历，从来都是内部忙于勾心斗角。清廷内部虽然也常有争权夺利，但大体上能做到令行禁止，赏罚分明。清胜明败，根本原因不是强弱异形，而是内部凝聚力的差异，即现在所说的没有团队合作精神，心力不齐，加上南明没有一个有权威、有影响力、可以协调大局的人物，所以这一关系全局的重大军事行动失败就不足为奇了。
这个以收复长江中下游为重点的战略方针，钱谦益称之为“楸枰三局”，有点像现代人所称的行动代号。一直到顺治十六年（1659年），南明败局已定，钱谦益回忆此事，在诗中写道：“腐儒未谙楸枰谱，三局深惭厪帝思。”对这一重大行动的流产流露出无尽的怅惘和遗憾。
顺治十二年，张名振舟师纵横海上之时，柳如是曾入海犒师。白耷山人阎尔梅（阎尔梅曾是史可法的营中幕僚）被清兵追捕，柳如是曾将他藏在家里。这背后自然也有钱谦益的支持。
『注：阎尔梅号古古，是沛县著名文人。1644年风云动荡之时，他正渡过黄河，目睹一泻千里的黄河波涛，感受到历史兴衰往复永无止境，写下了《怀古》一诗：“黄河来万里，沧海去朝宗。经过泉溪处，诸水俱率从。清浊非一路，大小相雄雌。与时为盛衰，怒喜看天风。行人不敢渡，舟子歌艨艟。沙诸闻笑言，烟雨垂钓翁。神禹知有命，蜿蜒视蚊龙。”黄河有时汹涌奔腾，有时则气息奄奄，干涸断流。阎尔梅用黄河来比喻历史，已经十分敏感地预测到明王朝不可预知的命运。』
黄宗羲年轻时曾游虞山，就住在钱谦益家。一天夜里，黄宗羲已经睡下了，钱谦益提着灯来到他的床前，摸出七两银子来相赠，给黄宗羲作为安家之用，并说“这是内人的意思”。这内人就是柳如是。
柳如是对年轻的黄宗羲持这种态度，自然因为他是黄尊素的儿子。黄尊素是东林党人，在明末就和阉党作过斗争，是《南都防乱公揭》（目的是驱逐阮大铖）的起单人之一，南京陷落以后，又曾多次参加抗清起义活动。
但恢复故国希望的逐渐破灭，柳如是也似乎看破了红尘，于是就演出了“入道”的一幕。
康熙三年（1664年）夏天，钱谦益卧病不起，而丧葬费用尚无着落。恰好盐台顾某来求文三篇，答应给润笔费一千两白银。此时，钱谦益重病在身，已经无力为文，只好求来访的黄宗羲代笔。黄宗羲虽然敬重钱氏夫妇，但因为他发誓绝不为满清做任何事；而钱谦益当过满清的官，黄宗羲担心代笔会坏了自己的名声，因而略显推辞之色。无奈之下，钱谦益不得已将黄宗羲反锁于书房之内，逼迫黄宗羲连夜写完了三篇文章，这才解决了丧葬费用。钱谦益的凄凉晚景，于此可见一斑。
黄宗羲后来在《南�