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贫寒出身的朱元璋当时已经意识到兼并土地会造成农民变成流民，从而导致严重的社会问题。他对农民的处境也颇为同情，他常说：“四民之中，农民最劳最苦。春天鸡一叫就起床，赶牛下田耕种。插了秧，还要除草施肥，大太阳里晒得不成样子，成天劳碌。好不容易等到收割了，完粮纳税之外，剩不了多少。万一碰上水旱虫蝗灾荒，只能全家人着急，毫无办法。”（《明太祖实录》卷22）
为了让农民安心耕种，朱元璋制定了“路引制度”。路引相当于通行证，需要向地方官申请。没有路引，就不能随便离开土地，这样就将农民的行动限制在百里之内。
到了朱元璋的后代，关于土地的制度慢慢发生了变化，明朝中期开始出现了太监直接管理、收税的皇庄（皇室直接管辖的田庄），这样就出现了大规模地强占土地。
明孝宗年间，有皇庄四处，官田不到两千顷；后来逐渐发展到五处皇庄，占地一万二千八百顷。到了明武宗的时候，皇庄增加到了三十六处，占地五万三千多顷。
皇室开辟皇庄，其他皇亲国戚纷纷仿效。根据《明会要》记载，洪武二十六年，田地总数是八百五十多万顷，到了弘治十五年，减至四百二十二万顷。这减少的一半，就是被皇亲国戚们兼并了，所以不在官册。
这样无数农民无地可种，从而流离失所。又因为明朝路引制度，这些流亡到外地的农民被官府追捕，自然而然成了所谓的“流民”。土地少了，朝庭的赋税反而增加了。有地可种的农民要负担更沉重的苛捐杂税，于是有田的农民也开始大规模地弃田出逃，加入了“流民”的队伍。到了明朝末年，由于土地兼并、苛捐杂税以及一系列的天灾，明朝已经变成了有史以来的最大的“流民帝国”。
总的来说，中国的农民相当勤劳，但胆小怕事，忍耐力极强，如果不是到了山穷水尽、走投无路的地步，他们是断然不会铤而走险的。
李自成是陕西米脂人。陕西长期以来是社会矛盾的焦点。这儿土地贫瘠，生产落后，赋税和徭役严重，加之连年发生灾荒，农民生活比其他地区更为困苦，阶级矛盾尖锐。这一地区又是蒙、汉、回民杂居地区，是激烈的民族斗争场所，各族人民与明朝统治者矛盾很深。因此，陕西地区成为最早酝酿和爆发农民起义的地区。
天启七年（1627年）三月，陕西大旱，庄稼颗粒无收。澄城知县张斗耀不顾饥民死活，仍然催逼赋税，敲骨吸髓地榨取农民。白水县农民王二聚集了数百个无法活命的农民，他高声问大家：“谁敢杀死知县？”大家异口同声地说：“我敢杀。”于是王二率饥民冲进县城，杀死张斗耀，揭开了明末农民军起义的序幕。
最可笑的是，魏忠贤的亲信陕北巡抚乔应甲和延绥巡抚硃童蒙得报后，因怕受到朝廷怪罪，竟然充耳不闻，假装不知道，自然也没有上奏朝庭。起义队伍乘机迅速扩大。
王二率先起义后，各地饥民纷纷响应。崇祯元年（1628年），陕西府谷王嘉胤率领饥民起义；安塞人高迎祥号称“闯王”，也揭竿而起，打出了反明的旗帜。
这时候，十六岁的崇祯刚刚当上皇帝，不仅要面临关外满清的强大威胁，还要面对遍地的“流贼”们。这个人人梦寐以求的皇位对这个朱姓少年而言，不知是幸还是不幸？
崇祯三年（1630年），张献忠在陕西延安据十八寨起义，自称八大王。史书上说张献忠“黄面长身虎颔，人号黄虎”。他身体魁梧，脸型稍长，脸色微黄，下巴有短须，眉目端正，是声若巨雷的一个瘦长高个子。
张献忠曾在延安府（今属陕西）充捕快手，后来在“长隶延绥镇为军”，是个职业军人，因为胆大妄为犯了军法，被捆起来要在军中斩首。主将陈洪范见他状貌奇特，起了爱才之心，喝住了刽子手，主动要为他到总兵官王威面前求情。但陈洪范还没来得及张口，外面的张献忠已经乘机逃脱。这个人性格的桀骜不驯和做事的不成章法由此可见一斑。
崇祯九年（1636年），张献忠被总兵左良玉和陈洪范两路夹击，一败涂地。张献忠自己额上也中了一箭，血流满面，无法继续作战，只好逃走。
张献忠手下的将领闯塌天（本名叫刘国能）历来与与张献忠不合，见张献忠兵败如山倒，趁势投降了熊文灿。张献忠听说后大为惊恐，担心闯塌天深知道自己底细，会引导官军前来对己不利；权衡利弊下，立即派人与陈洪范联络，说愿意投降。陈洪范因与张献忠有旧，替他在熊文灿面前大说好话。于是熊文灿接受了张献忠的投降，非但如此，还命他仍率旧部，屯驻穀城。
为了表示诚意，张献忠又主动为明朝招降了罗汝才。罗汝才绰号曹操，也是农民军的杰出人物，后为李自成所嫉，被暗杀。
十年前，熊文灿任福建巡抚，由于他出面说服海盗首领郑芝龙（郑成功的父亲）投降并为明朝所用，熊文灿名声大振。他相信招抚有助于早日平息叛乱。张献忠和罗汝才在农民军中名气很大，他认为两贼既降，余贼夺气，于是上表请崇祯赦免张献忠和罗汝才，崇祯竟然批准。不久后，张献忠复叛，崇祯恼羞成怒，处死了熊文灿。
张献忠于崇祯十六年（1643年）五月攻下武昌，将楚王装进笼中投入江中。随即强迫武昌十五以上、二十以下的男子入伍，其他的不分男女老幼全部杀掉。从鹦鹉洲到道士洑，浮尸蔽江。张献忠随即在武昌称大西王，初步建立了政权。次年，张献忠带兵入川。成都城墙坚固，起初久攻不下。后来张献忠派人在城外隐秘处挖地洞，打隧道，掏城墙根，埋入火药。又以竹竿捅穿竹节，竿竿相连，内装置很长的导火线，悄悄点燃。守城兵丁见张献忠的军队撤退一空，正要欢呼，忽然爆炸掀天，城墙垮了。
攻陷成都后，张献忠于1644年十月十六日在成都称帝，改元大顺，建立大西政权，自称老万岁。
张献忠称帝后，立即与道教所供奉梓潼帝君张亚子联宗，即说自己是张亚子的后代，借以抬高身份。
张亚子是东晋人，曾长期住居七曲山，他晓诗书，精医术，为贫苦乡民诊病施药，排忧解难，敬老爱幼，扶危济困，深受百姓爱戴，死后建此庙以纪念。唐封英显王，元代称为文昌帝君。明清全国各地建文昌祠，因为文昌帝君发祥于梓潼，故又称梓潼帝君。崇祯年间，张献忠几次率师过梓潼，听到张亚子的故事就表示：倘若我战胜，当为重修庙宇。
张献忠占领成都后，立即发银五万两，役夫数千，兴修大庙，金碧辉煌，题为“天圣神祠”。张献忠亲题诗：“一线羊肠游天堂，此处万世永无忧；神来仙来仙是神，世世流传与天休”。又一首：“高山有青松，黄花生谷中；一旦冰雹下，黄花不如松”。堪称典型的歪诗。同时，张献忠追尊文昌为太祖高皇帝，以文昌庙为张献忠家庙。
历史上虽然也将张献忠这位老万岁称为是农民军起义领袖，但这位也宣称顺应天道的造反者给社会和人民带来了巨大的破坏，却是不容置疑的。张献忠性情凶戾残暴，将卒以杀人多少论功，杀人不分明军平民。“一日不杀人，辄悒悒不乐”。张献忠入驻四川后，看见小孩子就蒸了来吃，看见妇女就带回军营，让部众轮流奸淫；并且将这些妇女的小脚割下来，聚成一大堆，号称莲峰；然后架火烧毁这些小脚，名为点朝天烛。
据说张献忠还“喜嗜人肉，每立其人于面前，割而炙之，一举数脔。又破黄州时，拆其城，役及女子，指甲尽落，血横流，拆罢仍压之”。（李清《三垣笔记》）
最奇怪的是，张献忠花费了巨大的人力，在锦江筑起高堤，但并不是为了治理水灾；而是在堤坝下游的泥沙中挖了个数丈深的大坑，然后将他所抢来的数以万计的金银财宝埋在坑中，然后重新决堤放水，淹没了埋藏财宝的大坑，称为水藏。
在杀人方面，张献忠还搞出许多新名堂。比如他派遣部下往各府县四面出击，遇人就杀，叫做“草杀”。他还在府中养了几十头藏獒，每天集结部下朝会之时，便放出藏獒去嗅那些投降自己的前明官吏，被藏獒嗅到者立即被拉出去砍头。张献忠乐此不疲，称这为“天杀”。他自己不读书，也格外讨厌读书人，认为读书人奸诈伪善，就宣布开科举，将数千四川学子骗到青羊宫，全部杀光，尸体堆积如山。唯独留了个姓张的书生，才华横溢，张献忠很是宠爱，封他为状元，不离左右，时刻垂询。有一天，张献忠突然闷闷不乐起来，对左右说：“不知道为什么，我很爱这状元，一刻也舍不得他，不如杀死了他，免得总是想着。”于是下令将张状元斩首。（张献忠事迹见《明史·卷309·流贼传》）
顺治三年（1646年），满清肃亲王豪格和吴三桂率清军由陕南入川，攻打张献忠的大西军。顺治四年（1647年）七月，张献忠撤离成都，北上与清军作战。临走时下令屠城，并将全城放火烧得干干净净。沈荀蔚《蜀难叙略》记载说：“王府数殿不能焚，灌以脂膏，乃就烬。盘龙石柱二，孟蜀时物也，裹纱数十层，浸油三日，一火而柱折”。同年十一月，大西军被清军包围。当时张献忠正忙着在西充屠城，匆忙出城迎战，被清将雅布兰射死在凤凰山（今四川南溪县北）。一个极好享受杀人的乐趣的人终于被人所杀。
张献忠死后十二年（1659年），四川温江县清查户口，全县只有32户，男丁31名，女丁23名，“榛榛莽莽，如天地初辟”。这都是张献忠大肆屠戮的结果（事见民国《温江县志》）。相传张献忠屠尽四川，并非有意污蔑农民军领袖，真是确凿不虚。连鲁迅先生也曾批判过张献忠是“专在‘为杀人而杀人’”。当时的民谚说：“岁逢甲乙丙，此地血流红”，“流流贼，贼流流，上界差他斩人头。若有一人斩不尽，行瘟使者在后头”。近百年来有许多史学家都惊奇地发现，没有哪个四川人是土生土长的，几乎都是从外省迁来的。根据当地语系及相关县志，四川民间所称的上五县：新津、大邑、崇庆、郫县、都江堰的土著多是由“湖广填四川”而来。因为张献忠剿四川把人杀光了，才有清朝初年的“湖广填四川”的大移民。
张献忠死后，清朝官员到成都来接管，城内竟然找不到作廨署的屋舍，四川省治不得不改设在保宁府（今阆中县）。一直到顺治十六年（1659年），才将四川省治迁回成都。那时全川人口大约八万，十里不见人烟。成都全城居民才数十户（零散人口不计），闾巷不存，旧街难认，到处丛莽，兔走雉飞。有人站在南门城墙上，一天之内看见锦江对岸先后有虎十三只相继走过。浩劫如斯，谁之罪欤？（事见《清史》）
中国有句老话：“天下未乱蜀先乱，天下已治蜀未治”。历史上汉族中川人是比较富于反抗精神的，所以总是遭到最野蛮的屠戮。四川历史上有三次大屠杀。
第一次在西晋东晋之交。事起于公元301年，蜀西氐族豪强李特，纠合流民二万馀，自称镇北大将军，在绵竹（今德阳市黄许镇）扯旗造反，陷广汉，围成都，入城大屠杀。李特战死后，其子李雄称成都王，后又称帝。政权无文化，杀人作恶不自知，播乱长达五十年。
第二次在宋元之交。公元1279年，元朝灭南宋，两度陷成都，先后大屠杀。“城中骸骨一百四十万，城外者不计”（引元代贺清泉《成都录》），“蜀民就死，率五十人为一聚，以刀悉刺之，乃积其尸。至暮，疑不死，复刺之”（引《三卯录》）。野蛮民族打江山，同样鄙俚无文化，而作恶又胜过李特父子。元朝八十馀年，成都残破，终无起色。
第三次就是“张献忠剿四川，鸡犬不留”，这次最为残酷，远胜过前两次，空前绝后。2002年成都附近某县基建，挖掘出近万具白骨，据考证也是张献忠所为。
张献忠还在成都立了一块“七杀碑”，上面刻着他杀人如麻的理由：“天生万物以养人，人无一德以报天，杀杀杀杀杀杀杀！”对他来说，好杀人并不是他的责任，蜀人是自作孽不可活，他是在替天行道。1644甲申年十一月十日，大西军驱赶百姓到成都东门外九眼桥屠杀。当刽子手将要举刀时，迅雷炸响三声。张献忠怒斥苍天道：“你放我到人间来杀人，今天为什么用雷来吓我？”命令士兵驾起大炮，对天空连放三炮。这一天，被杀者无算，尸首塞满了河道，九眼桥也因此而折断。
就是这位张献忠，竟然对西方科学技术有兴趣，聘请了意大利传教士利类思、葡萄牙传教士安文思为天学国师，询问西方各国政事、天文、数学等方面的知识。二人曾为献忠制作天球仪、地球仪和日晷等。这两位传教士在《圣教入川记》中真实地记录了张献忠的大杀与小杀，认为他是政策杀人，并非一味颟顸快意杀人，盖以杀人求政权之巩固耳。
跟张献忠比起来，李自成虽然也杀人如麻，但后来能采纳李岩等人的建议，开始收敛形迹，笼络人心，在农民军领袖中确实是出类拔萃的。
【四 李自成的崛起】
李自成1606年出生在陕西米脂县一个贫苦农民家庭。当时天灾人祸不断发生，连续多年闹灾荒，千百万农民身上无衣，口中无食。李自成自幼家贫，还曾经出家当过小和尚，俗名黄来僧。曾经有人附会说，李自成这个名字跟“皇来僧”近音，暗示着他日后能当皇帝。后来李自成因欠债被迫给姓艾的地主牧羊。21岁那年，他因为失手打伤了地主，不得不逃到银川，当一名驿卒（相当现在的邮递员）。驿卒的工作似乎比较轻松，因为李自成的骑射技术就是在当驿卒的时候苦练而成的。
崇祯二年（1629年），崇祯皇帝开始大规模裁减驿站（相当现在的邮电局兼地方招待所）。崇祯三年（1630年），李自成不幸被列入裁员的名单内，失业下岗。此时正值风起云涌，全国到处都有农民起义爆发。二十四岁的李自成也心痒难耐，于是杀死驿站的上司，出了被裁员的恶气。李自成就这样造了反，投到了他舅舅高迎祥领导的农民军中，当了一名八队闯将。
这一时期最有影响的是王嘉胤义军，他们曾经一度占领府谷，称王设官。但是从整体上来说，农民军都是各自为战，没有统一指挥，而且成份相当复杂。农民军在这样恶劣的情况之所以能生存下来，最主要的原因是崇祯忙于应付来自满清的强大威胁。外番一直是明朝最大的威胁，从朱元璋开始，终明一朝也未能彻底解决。
就在崇祯皇帝疲于应付东北满清的时候，陕西的流民四起。明朝政府口中的所谓流寇，是没有一定的根据地，流窜到那里，就裹胁到那里。中国因为疆域广大，天灾人祸很难影响到全国，局部的动乱也很难牵动全国。只有当社会极度不安、内外交困时，才会酿成如火燎原之势。崇祯皇帝不幸正当其时。
李自成等流民起于陕西，很快流入山西，接着又流入河北，蔓延在四川、湖广之境，大有“星星之火，可以燎原”之势。崇祯皇帝这才着了慌。他早知道陕西大旱，甚至发生了易子而食的惨剧，但他总以为这些流民闹不起大事来，顶多也就是抢抢粮食罢了。孟德斯鸠名著《论法的精神》中说：“当一个政府不能很好解决民众的基本生活问题时，是不禁止民众小的违法行为的。”孟德斯鸠的这句话给崇祯皇帝开始并不重视农民军的力量以及后来普遍采用招安