兵李棲凤和监军高歧凤带着本部人马，出城向清军投降。史可法说：“此吾死所也，公等何为，如欲富贵，请各自便。”竟然以倘若阻止他们出城投降恐生内变为理由，听之任之，不加禁止。只是这一来，城里的守卫力量就更薄弱了。
四月二十四日夜间，清军用红衣大炮轰塌城墙，“城上鼎沸，势遂不支”。二十五日，史可法正在指挥军民堵缺口，大批清军已经蜂拥着冲进城来。史可法眼看城已经没法再守，拔出佩刀往自己脖子上抹。随从的将领们抢上前去抱住史可法，把他手里的刀夺了下来。史可法还不愿走，部将们连拉带劝地把他保护出小东门。
这时候，有一批清兵过来，看见史可法穿的明朝官员的装束，就吆喝着问他是谁。史可法怕伤害别人，就高声说：“我就是史督师，你们快杀我吧！”
于是扬州在倾盆大雨中陷落，史可法被害，时年仅四十四岁。扬州知府任民育等文武官皆殉难死。
在流血漂橹的扬州城头，尸山血海中面对着劈来的钢刀依然怒骂不止的史可法，在他生命的最后一刻，脑海里闪过的会是什么念头？
是亡国灭族的无边绝望，还是回首前尘的深深懊悔？
扬州是江南顽强抵抗清军的第一座城，也是清军入关以来首次遇到的军民一体的坚强抵抗。为了对扬州人民进行报复，也是满清想杀一儆百，于是多铎下令，烧杀抢掠持续十天。历史上把这件惨案称作“扬州十日”。
扬州居民除少数破城前逃出和个别在清军入城后隐蔽较深幸免于难者以外，几乎全部惨遭屠杀，“城中积尸如乱麻”。王秀楚依据亲身经历写了一本《扬州十日记》，对清军自四月二十五日至五月初一日在扬州的暴行作了比较详细的记载，如二十七日，“杀声遍至，刀环响处，怆呼乱起，齐声乞命者或数十人或百余人；遇一卒至，南人不论多寡，皆垂首匐伏，引颈受刃，无一敢逃者。至于纷纷子女，百口交啼，哀鸣动地，更无论矣。日向午，杀掠愈甚，积尸愈多，耳所难闻，目不忍睹”。直到五月初二日才安官置吏，“查焚尸簿载其数，前后约计八十万余”。
清军开展大屠杀后，扬州顿成地狱。比地狱更难忘的场景是那些百姓引颈受戮的场面。史载：只要遇见一个清兵，“南人不论多寡，皆垂首匍伏，引颈受刀，无一敢逃者”。一个清兵遇见近五十名青壮男子，横刀一呼：“蛮子来！蛮子来！”这些人立即战战兢兢，无一敢动。然后这个清兵押着这些人去杀人场，无一人敢反抗不说，甚至没一人敢跑。到刑场后，清兵喝令：“跪！”呼啦啦全部跪倒，任其屠杀。相同的情形发生在三百年后的南京，一个师的国民党部队遇见十六个日本人的小队，就乖乖投降了。几百个日本兵押着几万名国民党军俘虏去燕子矶屠杀，这些俘虏连逃跑的勇气都没有。
扬州变成了屠场，血腥恶臭弥漫，到处是肢体残缺的尸首，一切社会准则都不复存在了。二十四桥明月地，尽成烟烬。若是史可法看到这些，他一定会后悔没有投降，而给他的百姓们带来这么大的灾难。
扬州城中那些因美丽而闻名的女子，愿意把她们的身体献给清兵而换取生命。有的女人在满城的哀号惨叫中精心梳妆打扮，然后倚门而笑，向清兵献媚。一个清兵士卒说：“我辈征高丽，掳妇女数万人，无一失节者。何堂堂中国，无耻至此？”清军挑选出年龄在十四到三十岁之间的妇女，然后将她们带走。很多年后，直到康熙年间，还有人在宁古塔（黑龙江）或蒙古附近看见过这些年纪已大、饱受欺辱的妇女，她们操扬州口音，身穿着兽皮，永远无法返回家乡。
史可法的养子史德威被清兵抓住，正要杀他时，史德威大喊说：“我是史可法的儿子！”多铎于是命前面杀死高杰的许定国审问史德威。
这时候清兵发现了史可法生前写给豫亲王多铎的信，信中写道：“败军之将，不可言勇；负国之臣，不可言忠。身死封疆，实有余恨。得以骸骨归葬钟山之侧，求太祖高皇帝鉴此心，于愿足矣。弘光元年四月十九日，大明罪臣史可法书。”（清·戴名世《乙酉扬州城守纪略》）
多铎看了信后非常感慨，下令放了史德威，好让他去给史可法收尸。多铎还让人在已经破落不堪的扬州城内建祠，以纪念史可法的在天之灵；并优恤其家眷，以示异数。
大屠杀之后，史德威进城寻找史可法的遗体。由于当时天气较热，尸体已经腐烂，无法辨认。史德威只好把史可法生前穿过的袍子和用过的笏板，埋葬在扬州城外的梅花岭上。这就是到现在还保存的史可法“衣冠墓”。乾隆四十一年（1776年）正月追谥“忠正”。因此牌坊上题额为“史忠正公墓”。
顺治十年（1653），史学家谈迁路过扬州，曾经专程到梅花岭寻谒史可法衣冠冢，梅花如雪，芳香不染，回首往事，不胜感慨，写道：“江都地多陵阜，故名广陵，城坚濠广，四野曼延，正利步骑，雄闻晋唐，今西门摧颓，岂史氏尚不逮李庭芝耶？”于惋惜之中也指斥了史可法的无能。复社四公子之一的侯方域有一首三十五韵的五古长诗——《哀词·少师建极殿大学士兵部尚书开府都督淮阳诸军事史公可法》，主要是记录史可法的生平事迹。侯方域认为史可法用兵不如诸葛亮，而死节则可拟为文天祥。
无论史可法的才能如何受到后世质疑，史可法死后，立即在南明士绅中被视为抗清复明的英雄备受敬仰。后来他也受到了乾隆皇帝的大力推崇，被认为是仅次于文天祥的民族英雄。
洪承畴被满清派到南京任招抚江南大学士时，有人在乌龙潭写了一副对联：“史册流芳，虽未灭奴犹可法；洪恩浩荡，未能报国反成仇。”（谈迁《枣林杂俎》）对联中巧妙地镶嵌了史可法和洪承畴二人的名字（“成仇”为“承畴”的谐音）。
1648年（顺治五年）正月下旬，宣城人朱国材冒充史可法号召反清复明，巢县生员祖谦培、无为州生员沈士简等十余人听说后，都“头巾蓝衫”前往谒见，共图义举，后来遭到满清政府的无情镇压。
“伪史阁部案”起时，满清立即派人逮捕了史可法的家眷，包括史可法的母亲、妻子以及弟妹等人。一个投降满清的镇将心中也佩服史可法的忠义，便出面说：“过去在攻打扬州的时候，我是前锋，史公其实死在我手上。贼人不过是假托史公之名，如果反而因此怀疑史公的母妻，反倒给冒名顶替之人有口实了。”（清·戴名世《乙酉扬州城守纪略》）满清这才释放了史可法的家眷。
但这次偶然的事件却引伸出另外一件不小的麻烦，满清的一位王公看上了史可法弟弟史可模的遗孀李夫人，想要娶这位美貌的寡妇，并派了一个使者把聘礼送到了史家。史可法的母亲茫然不知如何应对，但李夫人却一口答应了下来。她从来人带来的礼物中拿了一个金盒走进里屋。过了一会儿，家中的女仆哭着出来说，李夫人有回礼给使者，请替她感谢这位满清王公。使者打开金盒一看，里面摆着李夫人自己割下来的鼻子和耳朵。
无论如何，“伪史阁部案”说明史可法在南明绅民中享有相当高的声望，事隔三年，竟然还有如此号召力。
【九 改换门庭】
清军攻克扬州前后，江北明朝官军几乎毫无斗志，一矢未发即仓皇投降。
据多铎向清廷奏报，来降的南明总兵多达二十三员、副将四十七员，马步兵共计二十三万八千三百名。仅这一批在江北投降清朝的南明兵员数目就超过了多铎、阿济格两路兵力的总和。不久后，左良玉之子左梦庚带领麾下十五员总兵全军降清；黄得功部将田雄、马得功也叛变投降。
这些将领原本就没有忠贞报国之志，只是拥兵自重，挟制朝廷之心。他们所关心的既然只是保住自己的荣华富贵，一旦强敌压境，自然以归顺“叙功”为上策。投降的总兵李成栋等人后来为清廷征战时表现出相当的战斗力，李成栋重新举兵反清时，满清贵族也视之为畏敌。
扬州的失陷也预示了弘光政权的命运。消息传到南京，弘光朝廷顿时陷入一片惊惶失措之中。与曾在崇祯皇帝最后几天向皇上提出南迁建议相似，钱谦益主张，首都应该迁得更南，也许可以到贵阳去。弘光皇帝没有接受这个建议。
弘光朝庭朱由崧等人开初还对长江天险寄予希望。五月初五日，清军进抵长江北岸，主力集结在长江北岸仪真至瓜州之间。对岸，在大运河入长江处，有大量明朝军队保卫府城镇江和那里的运输站。初九日夜，清军利用黑夜和大雾，将扎有火炬的木筏送过江，引诱明守军开炮射击。同时，一支先头部队在西边偷渡过江。第二天早晨，当镇江守军发现清军就在附近时大为恐慌，弃城而逃。
初十日夜，弘光皇帝带着马士英等少数人秘密出城，向西南方向芜湖附近的黄得功驻地逃去。第二天，当发现皇帝不见了时，大多数官员也逃的逃，走的走，有的干脆闭门等候。
老百姓则洗劫了皇宫和高官住宅。一个监生领着一伙暴民从狱中救出“南太子”王之明，让他穿上宫中的戏装“登基”，并在武英殿建立一个小朝廷。“太子虽为百姓拥入，文、武元老无一至者”。
《江南见闻录》记载：初十一这天，“两月以来，天气阴霾凄惨，日色罕见。是日天清日朗，昼夜明畅”。
南京守备勋臣忻城伯赵之龙为首的勋戚大臣却决定降清，派人前往清营接洽。
五月十五日，大臣赵之龙、钱谦益等献南京城投降。在倾盆大雨和泥泞中，多铎受到的欢迎和他的哥哥多尔衮在北京受到的欢迎一模一样。南京的整个南明政权和它在前线的大部分军队都这样投降了敌人，为他们的新主子将来征服江南提供了骨干和军力。
最可笑的是，当豫亲王多铎入城的时候，当地开始流传着一种极富想象力的谣言。有人说，还不到三十岁的多铎并不是多尔衮真正的亲兄弟，他实际上是绍兴当地人，他很多年前加入了清兵（张怡《搜闻续笔》第一卷）。这种幼稚的谣言显然是不攻自破的。
五月初十日夜间，朱由崧同马士英等逃出南京后，原来的意图是避往浙江杭州。不料途经溧水县时遭到当地土兵的拦截抢掠，混乱之中，马士英的儿子马銮拥簇着弘光帝奔往太平府（府治在当涂），太平府官不知道是怎么回事，闭门不纳。弘光于是转入芜湖投靠靖国公黄得功；马士英与弘光失散后，则以随身兵力保护皇太后邹氏辗转赴杭。
黄得功在击败东犯的左梦庚军后领兵屯驻于芜湖，对南京城中的变故一无所知，他也不知道史可法已经以身殉国。弘光皇帝的突然驾到使他大吃一惊。问明缘由后，他不胜感慨地说：“如果陛下您死守京城，臣等犹可尽力借势作事，奈何听信奸人之言轻出，进退何将所据？为臣营垒单薄如此，怎能护卫陛下安全呢！”尽管他已经意识到朱由崧张皇失措，无可救药，仍然决定效忠到底，把这位昏愦的皇帝迎接进自己的军营。
清军统帅多铎得知弘光出逃，自然不会放过。进南京后即命刚刚投降的刘良佐率领部卒充当向导，派兵经太平追至芜湖。在刘良佐现身说法的招诱下，加上清军重兵压境，黄得功部下将领田雄、马得功决定降清。黄得功不知军心已变，把刘良佐派来招降的使者处斩，引兵出战。叛军趁黄得功不备，暗中猝发一箭，射中黄得功喉部。黄得功在马上奋力坐稳，大叫一声：“我黄某岂可为不义屈，今日死国，为义也！”言毕双手握住喉头之箭用力自刺，落马而亡。
弘光帝被田雄等活捉献给清方。有一种记载描写了当时的场面：“田雄负弘光皇帝于背，马得功执弘光二足。弘光恸哭，哀求二人。二人曰：‘我之功名在此，不能放你也。’弘光恨，啮田雄项肉，流血渍衣。”
五月二十五日，弘光被押回南京，“首蒙包头，身披蓝布衣，以油扇掩面”。围观的百姓都对他唾骂。
一进城，弘光就被带到了灵璧侯府邸，多铎正在那里举行一个宴会。多铎特意将“南太子”王之明的座位安排在弘光之上，并问他说：“不为先帝报仇，反将太子监禁，此是何意？”弘光默然不答。就连“南太子”也被多铎的厉声质问吓了一跳，他开始为弘光辩护，他说他最初还是得到了款待，只是由于奸臣干政才变糟了。
多铎又说：“我大兵尚在扬州，为何弃了陵寝土地先去，以失民望？自主之耶？抑左右教之耶？”弘光还想替自己辩护，但却无言以对，而且已经汗流浃背了。他只有在众人面前难堪地低下头来，装聋作哑。
不久，弘光被解送北京处死，弘光政权覆灭。“南太子”王之明也被秘密处死。
时人张岱痛骂朱由崧，说：“自古亡国之君，无过吾弘光者。”又说：“弘光痴如刘禅，淫过隋炀，更有马士英为之颠覆典型，阮大铖为之掀翻铁案，一年之内贪财好杀，殢酒宣淫，诸凡亡国之事，真能集其大成。”
但将全部责任怪在朱由崧身上，显然并不准确。
张岱是绍兴望族，其曾祖父是隆庆五年（1571年）的状元。1644年国变以前，张岱是个典型的花花公子，一直泰然自若地陶醉于漂亮的僮仆和娇美的侍女，以及戏剧、音乐、烟火、华服、佳肴、名茶等享乐之中，反正家中有钱，他爱怎么玩就怎么玩——“少为纨绔子弟，极爱繁华”——正如复社的大多数公子们一样。
1645年，清军南下，占领了浙江，张岱迅速放弃了所有享乐，跑到鲁王朱以海的小朝廷里供职。但不久后鲁王政权灭亡。张岱不肯剃发当清朝的子民，于是舍弃了家里的山庄别墅，以及漂亮的书斋和各种各样的稀世古玩，披发入山，从此变成了野人，在所著的《陶庵梦忆》自序中说，“作自挽诗，每欲引决”。
张岱归隐山林后，花费极大的心力，编撰了一部记述明朝历史的名著《石匮藏书》，大抵是要以史为鉴，正如黄宗羲所说：“国可灭，史不可灭”。张岱这种痛改前非的实际行动无疑是一种悔恨之情的表现，显然是由对明朝覆灭的负罪感而引起的。不仅仅张岱，所有忠于明朝的人都相应地改变了他们的生活。当时的名画家陈洪绶甚至在明亡之后更改名为“悔迟”，既是为了纪念1644年的事变，也是为了埋葬那段历史。
南京作为朱元璋开国之地、明朝两京之一，自从大顺军攻克北京以后，有的人把它看成复兴的中心，有的人则把它视作苟且偷安之所，仅仅一年，就这样糊里糊涂地沦陷了。孔尚任在《桃花扇》中写道：“渔樵同话旧繁华，短梦寥寥记不差。曾恨红笺衔燕子，偏怜素扇染桃花。笙歌西第留何客，烟雨南朝换几家。传得伤心临去语，年年寒食哭天涯。”江山依旧，人物全非，寄托了几分悲愤、无限哀思。
但并非所有的汉人都甘心投降，一些汉人卑怯归顺，也激起了另外一些汉人更强烈的抵抗。
一首叫做《赭山》的诗写道：
〖阮与马共天下，
偏地职方司漫天。
都督府金舆玉辇不知处，
黄旗紫盖渡江去，
赭山高兮无极，
烈火烧空兮焦石，
烛龙无光不照地，
猩猩怒嗥向人立。
我纵言之复何益，
主失势兮恩为仇，
客操柄兮羊化彪。〗
这首诗的作者潘柽章和吴炎于1663年（康熙二年）六月被杀，他们被杀的原因就是那场著名的文字狱——庄氏史案（即金庸小说《鹿鼎记�