至于杨一清，在正德三年他任总制三边都御史时，曾被刘瑾逮捕下诏狱。其实，他并未直接得罪过刘瑾，只是因为刘公公恼怒他不向自己送礼、不向自己表忠心站队，就诬称杨一清“冒破边费”（杨一清曾建议在延绥至横城一带三百里筑“长城”，明廷同意，拨银十万两修筑），逮下锦衣狱。幸亏大学士李东阳等人紧劝，言杨一清有“高才重望”，治罪会“影响不好”，刘瑾才放他一马，但仍然勒令杨一清致仕，打发回家。此次老杨重被起用，主要因为他晓悉边事战事。
张永、杨一清临行，明武宗一身戎服，骑马送二人至东华门，亲赐关防、金瓜、钢斧，给足了面子，可以说宠遇甚盛。一旁的刘瑾又眼红又恼怒，却也无可奈何。
刘瑾本想趁张永外出期间陷害于他，但明武宗正依赖他平叛，再怎样也说不进话去。
至于安化王朱寊磻乃庆靖王曾孙，弘治五年嗣王位。他身在西北，天高皇帝远，身边又多佞妄之人，一直怀有不臣之心。但究其身边谋事之人，水平确实不高，只有宁夏的两个生员，一个叫孙景文，一个叫孟彬，其实是两个自不量力的穷酸，喝酒吃肉后就劝安化王应该雄踞西北造反，然后一统江山。更可笑的，这两人还未使安定王下安决心造反，有一个巫婆，名叫王九儿，是玩鹦鹉骗人的，她教鹦鹉说话，每见朱寊磻，鹦鹉就大叫“老天子”。朱寊磻见这五彩斑斓的大鸟都知道自己是“天子”，益怀不轨之心。
当时朱寊磻造反，在宁夏当地还真有“客观”环境。刘瑾派人在宁夏重新丈量田亩，征马益租，敲榨日酷，当地诸戌将卫卒皆怨恨满心。于是，安化王在王府中大摆酒宴，宴请诸边将，以言激怒众武夫，决定尽杀诸文臣，劫众起事。武将们头脑简单，又恨刘瑾手下人欺侮太甚，纷纷表示：“即使大事不就，死且无恨！”于是，都指挥何锦、周昂、丁庆等人皆参与谋反。
一日，朱寊磻摆下鸿门宴，杀掉了巡抚安惟学、总兵姜汉、少卿周东等人，放狱囚，焚官府，劫库藏，夺河舟，把庆府诸王、将军等宗室都抓了起来，勒索金币数以万计。接着，他又招平卤城千户徐钦引兵入城，伪造印章旗牌，四发檄文，以讨刘瑾为名，开始造反。
安化王造反时，派人去招时为宁夏游击将军的仇钺来与自己会军。仇钺很老炼，当时他正外出在玉泉营防边，根本不清楚情况发展。领兵还镇后，仇钺单骑归于私第不出。安化王以为这个人好欺负，没有再派人杀仇钺，只是把他手下军马全部劫走为已用。当时，京城人纷纷传言仇钺已经附贼造反，而时为兴武营守备的保勋与仇钺是姻亲，时人讹传保勋也是安化王的外应。
明廷毕竟还有不少明白人，不仅没有听信传言，还传令任仇钺为副总兵，以保勋为参将，让二率兵讨贼。保勋忠义之人，上疏朝廷，表示自己“恨不飞渡黄河、食贼肉以谢朝廷！”
仇钺处于被软禁状态，他假装得重病不起，暗中招纳游兵壮士于府，准备与保勋等人里应外合。同时，仇钺假装积极，派人为安化王出主意：“应急守渡口，防止敌人决江灌城，并阻遏东岸之兵，千万不要让他们过河。”叛将何锦等人信以为真，率数千叛军主力出城把守渡口，只留周昂等带领少数兵士守于城内。
安化王死催。他出城出拜神，又让叛将周昂来请仇钺前来给自己当陪同。仇钺装出一病不起的样子，连唤数次都不出。安化王便派周昂本人亲自来催。这下被仇钺侯个正着。周昂刚到床前施礼问候，仇家的两个仆人就突出其身后，用大铁骨朵把周昂灌顶砸死，并立马割掉首级。
于是，仇钺披甲仗剑，跨马出门。他身后有一百多壮士、家丁跟从，一行人直奔安化府杀去。由于叛军大多在外，王府根本没多少人守卫。仇钺来得急，手下又多神勇百战之士，一下子就冲进去，生擒了安化王父子，并杀掉为他出谋划策的孙景文等人。干完这些，仇钺又假传安化王命令，让守渡口的叛将何锦返城。何锦等人行至半路，便遭迎头痛击，狂逃至贺兰山中，不久皆被擒斩。
所以，这倒霉的安化王造反，自起兵到失败，总共十八天。
安化王父子被擒，是正德五月阴历四月二十三日，路遥水远，明廷并不知道这一消息。所以，张永、杨一清出师北京，是五月份的事情。也就是说，二人受诏提大军出发的时候，安化王造反已经失败了十几天，只是明廷没得到消息。
事定后，张永和杨一清仍旧驰往宁夏，抚定地方。当时宁夏盛传京营士兵将屠宁夏，人心不宁。二人入宁夏后，晓谕地方，镇抚民众，派人认真分别首谋、共谋、随从等罪犯，遣押安化王入京受审，保全了百多余被胁从的边将。由于恩威并行，宁夏大定。
安化王父子自不待言，入京伏诛；仇钺功高，得封咸宁伯。
恰恰是张永、杨一清在宁夏灵州共事期间，二人相得甚欢，定下了除掉刘瑾的谋略。
杨一清知道张永与刘谨有嫌怨。一日，二人饮酒，杨一清叹言道：“张公您神武明达，定宁夏易如反掌，但国家大患在京城！”
张永知道杨一清话中有话，反问：“杨公您指是谁？”
杨一清移至张永身边，在他掌上用指划定一个“瑾”字。
张永不停点头，但又很为难的表示：“此贼朝夕侍于帝侧，朋党遍朝野，根深叶茂，耳目众多。”
杨一清慷慨激昂地说：“张公您也是皇上信臣，今讨贼不付他人而付公，圣意可知，对您极其信重。如今，功成奏捷，张公您如乘机以论军事为名，陈言帝前，揭发刘瑾罪恶，皇上必听您之言而诛刘瑾。刘瑾一诛，张公您可悉矫前弊，收天下人心，千古功业，在此一举！”
一席话，张永深为之动。但张公公仍旧有所顾虑：“万一事不成，奈何？”
杨一清激励道：“只要张公您肯在皇上面前进言，大事必成。万一皇上不信，您一定要顿首泣谏，做出剖心明志的姿态，力以死请，皇上必为您所打动。如获应允，立刻逮捕刘瑾，切毋迟疑！”
张永闻言，拍案勃然而起：“杨公此言是也，老奴何惜余年，定揭发巨奸，以报主上！”
由此，二人议定，也决定了刘瑾的命运。
阴历八月，张永回京叙功，杨一清仍留守，总制三边军务。
杨一清也真够受，成日提心吊胆，盼望张永事成，害怕失败。
刘瑾不知死。他获悉安化王造反被平定，竟侈然自以为功，矫旨给自己增加俸禄，又超拨哥哥刘景祥为都督。这位刘大哥福薄，刚接任命就病死，无福消受都督一职。
也可能出于某种不祥的预感，听术士说自己的侄孙刘二汉有天子命，刘瑾一时间竟起谋逆之念，在宅中广置甲杖，准备伺机起事。查其原意，本想借其兄刘景祥发丧时，百官送葬，他准备兴兵把众人一网打尽，然后率徒党弑明武宗，推侄孙刘二汉称帝。
其实，这位刘公公也是脑子一热发疯，侄孙当了皇帝，再怎样也不会让他这个没老二的太监爷爷当“太上皇”。
张永有心机，他先报称要在八月十五日入京献俘贺捷。刘瑾一边在京中加紧谋逆准备，一面让人告诉张永不必这么着急就入京。
张永闻此，公公们心意相通，更觉老刘要干大事，他就比预定日期更早一步，急急赶入北京献俘。
明武宗非常高兴，亲自在东华门参加献俘礼，大摆宴席，犒劳张永等人。
君臣多日不见，倍感亲切，明武宗、张永两个边喝边唠，渐至深夜。
刘瑾一旁陪的厌烦，起身告退，殿中只留下张永与皇帝二人在席。事实证明，历史上，无论是大人物还是小人物，不该睡觉的时候一定要忍住不睡觉，不该上厕所的一定要忍住不去厕所，否则，重则家族性命，轻则右派帽子，肯定没好果子吃。
见刘瑾退席还家，张永立刻从怀中取出安化王的檄文，指控刘瑾激变边塞，结怨天下，阴谋不轨。
对此，明武宗起初还敷衍，说：“算了，说这个干吗，喝酒吧。”
张永连忙跪地叩诉：“离此一步，老奴再无机会生见陛下！”
武宗闻此瞿然，问：“刘瑾想干什么？”
张永答：“他想取天下。”
武宗当时喝得很高，摇头一笑：“天下任他取罢了。”
张永大声疾呼：“刘瑾取天下，置陛下于何地！”
听此言，明武宗稍稍酒醒，可允其奏。张永完全依据杨一清教诲，马上派禁兵连夜逮捕刘瑾。
刘瑾正在熟睡，宫廷禁卫军撞门而入，刘瑾惊起。军将也不多说，命令刘瑾立刻受逮入狱。
刘瑾倒不是特别惊惶，问：“皇上在哪里？”
军将回答：“在豹房。”（其实是和张永在一起）。
刘瑾对家人说：“这事真是可疑！”但有诏逮人，他不得不从。
转日，众臣上朝，不见了大太监刘瑾，交头结耳，似乎知道了他已经“出事”，但没什么人敢声张。京城内情势也很紧张，巡逻士兵大批大批骑马上街，交驰于道，严防刘瑾党羽生变。
起初，明武宗并没想杀刘瑾，毕竟多年老伴当，没功劳也有苦劳，没苦劳也有疲劳。
听说要把自己发配凤阳，刘瑾写信向明武宗哀乞，说自己被捕时没穿什么衣服，想让家人回家捎两件衣服给自己，以此试探皇上意思。
明武宗见帖，顿起怜意，命人交还刘谨故衣百件。刘瑾得意，对看望的家人说：“我仍不失为一富太监矣。”
张永知道这件事，心内大惧，知道不马上重办刘瑾，哪天皇上“回心转意”，刘公公又会卷土重来要自己的命。
于是，张永下令有司以最快速度对刘瑾家宅进行抄搜。结果，“得金二十四万锭，又五万七千八百两。元宝（白银）五百万锭，又一百五十八万三千六百两。宝石二斗，金甲二，金钩三千，玉带四千二百六十二束，金汤盒五百，蟒衣四百七十袭……”，清单送上，这些骇人听闻的财物，并未让明武宗感到愤怒。让他勃然大怒的，是看到下列抄家搜得的东西：盔甲三千，衣甲千余，弓弩五百。
最终要刘谨性命的，是搜得平日刘瑾在宫中陪侍皇帝时的一把扇子，让明武宗惊怒异常：扇骨内藏锋利匕首二枚！
“这王八蛋果真要造反啊！”武宗皇帝拍案顿喝。于是，他下令锦衣卫、法司把刘瑾押至午门，命朝臣廷讯。
刘瑾仍大大咧咧不在乎。在午门跪定，听闻给事中李宪也弹劾自己，他笑了，大声说：“李宪出自我门下，他也来弹劾我！”
刑部尚书刘璟素怕刘公公得紧，此时也噤口不敢开言。
见百官呆呆沉默，泥塑木偶一般，刘瑾更来了精神，大言道：“满朝公卿，皆出我门，谁敢审我？”众人闻言屏息。
此时，驸马都尉蔡震上前，扬手给了刘瑾一个嘴巴，怒喝道：“我乃国戚，不出汝门，待我审汝！”
此时，内廷又有武宗旨意传出，“打四十”。于是，五棍一换打，八名大汉轮打，一顿杀威棒，终于打消了刘瑾的嚣张气焰。
蔡震问：“为何家中藏甲？”
刘瑾：“用来保卫皇上。”
蔡震大喝：“藏甲于自己家中，如何保卫皇上！”
刘瑾语塞。这时，又有官员上前宣读抄家所得禁物，刘瑾知道事已毕露，只得承招。
由于又挨打又挨夹棍，最后画押时，刘公公连笔也拿不住，揉手半天，才颤巍巍画成一个十字，算是画招认罪。
“既上狱，（皇）上命毋覆奏，凌迟之，三日枭其首，榜狱辞、处决图于天下。”
至于刘瑾受刑挨剐的详情，正史皆略，但当时监斩官张文麟为刑部河南主事。此人文人出身，退休后写书，详详细细记录了刘公公被剐三千三百五十七刀的经过：
（刘瑾）凌迟刀数例该三千三百五十七刀（不知是怎样“科学”计算出的如此刀数），每十刀，一歇一吆喝（类似卖肉表演），头一日，例该先剐三百五十七刀（先剐零头，后来好计数）。（所剐之肉）如大指甲片（大小），在胸膛左右起，初动刀则有血流寸许，再动刀则无血矣（刀少，血易凝结）。（旁）人言，犯人受惊，血俱入小腹小腿肚，剐毕开膛，则血皆从此出（不知是否合医理）。至晚，押（刘）瑾至顺天府宛平县寄监，释缚数刻，（刘）瑾尚能食粥两碗（保留元气，留待慢慢剐），反贼乃如此。次日，则押至东角头（第一日在西角头）。先日，（刘）瑾受刑，颇言内事（泄露国家机密，骂领导人），（现）以麻核桃塞口，数十刀气绝……奉圣旨，刘瑾凌迟数日剉尸免枭首……剉尸，当胸一大斧，胸去数丈。
张文麟目见耳闻，当可足信。但就是凌迟数与天数含混，他笔记中只记录凌迟当日和次日，依理应凌迟三天。第一天剐了三百五十七刀，而他描写次日时，“数十刀气绝”，不知是如何凑算成律定的“三千三百五十七刀”，可能是漏记，也可能行刑记数另有讲究，但有一点非常可信：刘公公以近六十之年受剐，死得非常非常痛苦。但想想他从前害死那么多人，四位朝中御史犯小过也被他凌迟，就觉得这也真是上天有眼，罪有应得。
行刑之时，昔日受害家属“争买其肉啖之，有以一钱易一脔者。”生吃仇人肉，也算替亲人报仇了。刘公公日日山珍海味，身上之肉味道应该不算质量太差。况且他又是阉人，定无膻气。
刘瑾不仅是一人被杀，其亲属，包括有“天子之相”的刘二汉，一共二十五人，皆被斩首示众。好在他哥哥刘景祥死的是时候，否则也被从家中拖入闹市砍头。至于刘瑾党羽，前大学士焦芳、刘宇以及现任户部尚书刘玑等人，皆被削籍为民。只有张彩最倒霉，他在刘谨败后被逮入狱，严刑拷打。
张彩大呼冤枉，狱中上疏，指斥阁臣李东阳等人也阿附刘瑾。
此时，张永大公公非常有定力，对众臣讲：“刘瑾用事时，我们这些人都不敢言声，甭说两班官员了！”言外之意，是保护李东阳。
锦衣狱内吏卒希旨，对张彩夹棍、脑箍、灌鼻、钉指、“鼠弹筝”、“拦马棍”、“燕儿飞”，一齐用上，老美男子没几天就被折磨死，仍被“剉尸市中”。
诛杀刘瑾后，根据廷臣所奏，把刘瑾变易的“成宪”尽数更回，共吏部二十四事，户部三十余事，兵部十八事，工部十三事，禁令各地镇守太监干预地方刑名政事，并罢内行厂与西厂。日后，特务机构之一的西厂未再重设。
这时候，明武宗已经是二十岁小伙子，不再是事事依赖太监玩伴的少年人。此后十年，他沉浸在“豹房”的天地一家春淫乐与四处巡游的玩乐中，诱导他失德的不再是内廷公公，而是外镇军官江彬一类人。
“阁臣自（刘）瑾党败后，所用亦非甚不肖，时士大夫风气未坏，特资擢用，所得亦多正人，而帝（武宗）之不可与为善，则童昏其本质也。”（孟森语）
刘瑾乱政，确实引起社会动乱。他被杀两个月后，河北地区就有刘六、刘七起事；四川保宁刘烈率众造反进攻陕西，不久廖麻子等人也自称“扫地王”，众达十余万，肆掠陕西、湖广等地；江西方面，也陆续有王钰五、汪澄仁、何积钦等人造反。可幸的是，明朝刘晖、王守仁、彭泽等人善战善抚，几年内陆续平乱，没对明朝政府造成伤筋动骨之患。
现在，该交待一下诛杀刘瑾的主策划杨一清和张永。
在张永援引下，杨一清在刘瑾败后入朝，拜户部尚书，不久改吏部尚书，加太子少保。明朝六部中，吏部权最重，连巡抚等官皆由吏部任用，吏部长官自可以“高下在心，予夺任意”。为报谢老杨，张永不遗余力。
杨一清为人精敏时政，爱惜士大夫，“朝有所知，夕即登荐，门生遍天下。（他）尝再帅关中，起偏裨至大将封侯者，累累然不绝。”