谋士孙翥、赵恒又献计：“关中四军，惟李思齐一部落最为强大。如果攻破李思齐军，其余三部不战自服。我军入关中部队数目，现在大致与敌军相当，所以长时间以来师老财费，相持不决。应该抽调在邹县的貊高一军（当时这只部队正在那里准备抵御朱元璋的“南军”），让他们急趋河中，渡黄河后，直奔凤翔，出其不意，端掉李思齐老巢。这样一来，渭北之军可一战降之。如此，正依昔日（后）唐庄宗破汴梁之策，关中大定后，再倾军攻打南军，那时也不会迟。”
此时的元顺帝，再也顾不上在内廷中修行“大喜乐”和建房子，忧心忡忡，开始“勤于国事”，只可惜他醒悟的太迟。至正二十七年九月，元廷颁布了最后一道看似深思熟虑的诏令，内文不仅颇有文采，且语意沉痛，剖析事理，对关中诸将既指斥又安抚，对王保保并无过多指摘，只是一个劲“追忆”他义父察罕帖木儿的“忠勇”，详细给出了朝廷“肃清江淮”、“进取川蜀”、“进取襄樊”的战略安排，布署诸将分道四出，且宣示皇太子掌控诸军诸部的集中威权：
“元良重任，职在抚军，稽古征今，卓有成宪。曩者（先前）障塞决河，本以拯民昏垫，岂期妖盗横造讹言，簧鼓愚顽，涂炭郡邑，殆遍海内，兹逾一纪（指因治河造成民变）。故察罕帖木兒仗义兴师，献功敌忾，汛扫汴洛，克平青齐，为国捐躯，深可哀悼。其子扩廓帖木兒（王保保）克继先志，用成骏功。爱猷识理达腊（皇太子）计安宗社，累请出师。朕以国本至重，讵宜轻出，遂授扩廓帖木兒（王保保）总戎重寄，畀以王爵，俾代其行。李思齐、张良弼等，各怀异见，构兵不已，以致盗贼愈炽，深遗朕忧（对关中诸将有所指斥）。况全齐密迩辇毂，傥失早计，恐生异图，询诸众谋，佥谓皇太子聪明仁孝，文武兼资，聿遵旧典，爰命以中书令、枢密使，悉总天下兵马，诸王、驸马、各道总兵、将吏，一应军机政务，生杀予夺，事无轻重，如出朕裁（要大家听从皇太子调遣）。其扩廓帖木兒，总领本部军马，自潼关以东，肃清江淮；李思齐总统本部军马，自凤翔以西，与侯伯颜达世进取川蜀；以少保秃鲁为陕西行中书省左丞相，本省驻札，总本部及张良弼、孔兴、脱列伯各枝军马，进取襄樊；王信本部军马，固守信地，别听调遣。诏书到日，汝等悉宜洗心涤虑，同济时艰。”
王保保外战内行，内战却外行，马上听从孙、赵二人之计，下令调貊高军入陕。
貊高军中，多为孛罗帖木儿的从前老部下，军行至卫辉，这些人夜中秘密聚集在一起议事：“王保保为总兵，我们为他统下的官军，如果派我等与南军战斗，还应该听命。现在，他下令我等里夜兼程往河中渡河西趋凤翔去打李思齐。李思齐是官军，我们也是官军，官军杀官军，这事怎么说！”众将交换一下眼色，抽刀剁案，其中一人高喝：“不必多言。五鼓之后，我们拥扶貊高作总兵，不从就杀掉他，血洗城池而去！”结果，众将准时起事，冲进貊高大帐，讲明原由。貊高本人对王保保迟迟不出兵江淮也一肚子气，顺势与就众将齐了一条心，上表朝廷，申诉王保保有“不臣之心”。
貊高派出两路兵，一路袭彰德，一路袭怀庆。结果，往彰德之兵马少人精，一举而下；而袭怀庆一部军队马多兵冗，被守将发觉，闭城拒战，不能克城。当时，王保保手下的主要将官皆在怀庆，貊高调派不当，最终不能把这些人一网打尽。当时，有识者就预见貊高此人难成大事。
元廷见貊高一军派秘使来大都，大喜，立刻下诏升貊高知枢密院兼平章，总兵河北。同时，又下诏严命王保保，让他率潼关内攻之兵进击淮南，诏李思齐等关中四部军出武关下襄汉，并诏貊高率河北军与在济宁的脱因帖木儿等人一起下淮东。脱因帖木儿乃王保保亲弟，不仅不听调，反而“尽掠山东以西民畜，而西聚卫辉”。王保保率手下河南兵北渡怀庆，也向卫辉方向移动。
貊高怕受王保保兄弟两人夹击，把卫辉城内抢掠一空，北归彰德，固城自保。朝廷对此，无可奈何。乱世之中，诸将不听调，元廷一点办法也没有。
病急乱投医。有人给皇太子出主意：“古者太子入则监国，出则抚军，太子应上奏皇帝，自立大抚军院以总领天下兵权。如此，军权归一，可以自内制外。”皇太子觉得此计甚妙，在大都开设“大抚军院”，“专制天下兵马，省台部院皆受节”，从而在大都城开始了“军管”。
为了奖励貊高一军，皇太子赐这部元军为“忠义功臣”名号，每人发块金牌。
恰恰就在这时，明军已先后消灭了张士诚和陈友定，进而入据山东。
王保保恨朝廷偏向貊高等人，不仅杀掉了朝廷使节，他攻入太原后，还把当地元朝所任命的官员全部杀掉，以此泄愤。
如此急火攻心的关头，元廷不仅不令诸将息兵共抵“南军”，反而在至正二十八年六月公开下诏让各道军队协力，去平灭王保保。
当时，王保保之军被明军打得节节败退，正屯据太原。于是，关中李思齐等四将各派军兵组成一军，从西面发起进攻，貊高率军从东向王保保进攻。这几部元军服色相同，残杀数日，也攻不下太原城。
一日，貊高因城池久攻不下心焦，率数骑巡阵。赶上他倒霉，正遇上王保保派出一队骑兵出袭。众寡不敌，貊高被擒。
王保保派人把捆成麻花一样的貊高抬到阵前。貊高属下军人正在布阵，一看主将已经被人捉住，登时惊，四下溃散，除被杀的兵士以外，跑不及的人只得向王保保投降。
李思齐等四将见势不妙，向王保保发使送书，“告以师非出本心”，由于明军已经开始发动猛烈进攻，这几个人率军边大掠边后撤，准备保潼关。不久，四将散溃，被明军打得大败而归。
貊高败讯传至大都，元廷震惧，忙下诏罢去“大抚军院”，并杀掉出主意立抚军院的几个人，以此举向王保保“谢罪”。王保保自写书信，向顺帝自陈忠诚。顺帝见信，马上下诏“涤其前非”，恢复他以前的一切封爵。但，一切都太晚了。
可笑的是，王保保擒貊高后并未当即斩杀，反而派人来大都向顺帝请示如何处理。顺帝当然心领神会，诏书简捷：“貊高间谍构兵，可依军法处置”。
王保保拿诏书给被押在刑场上的貊高看。貊高也苦笑，跪下低头，静等自己人的大刀片子落下……
自孛罗帖木儿与扩廓帖木儿两军开始“内战”，一直到李思齐、高、王保保等人在晋地厮杀，整整八年过去，元朝的正规军与杂牌军一直在北方相互绞缠，杀得你死我活。正是由于这样，江南的朱元璋才能从容放开手脚，先后消灭了陈友谅、张士诚、方国珍、陈友定等人。除江南地区外，湖南和两广也尽入朱元璋手中。
在北方元军诸部人脑子打成猪脑子自相残杀正酣时，至正二十七年底，朱元璋正式开始了北伐。这位要饭花子出身的爷们儿很有远略，他并不主张直捣大都，而是这样向诸将布置：
“元建都百年，城守必固。若悬师深入，不能即破，顿于坚城之下，馈饷不继，援兵四集，进不得战，退无所据，非我利也。吾欲先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户枢。天下形势，入我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。既克其都，走行云中、九原，以及关陇，可席卷而下矣。”
于是，明军（两个多月后的至正二十八年，即“洪武元年”，1368年正月朱元璋才建立“大明”，此时应称为“南军”）二十五万人，由徐达和常遇春率领，浩浩荡荡杀向北方。
果然，一切皆按朱皇帝先前布置施行，明军所至皆克，迅速逼向大都。
眼见国家危亡在即，元顺帝下诏重新强调皇太子“总天下兵马的威权”，诏谕诸将，作了最后一番垂死挣扎而又详尽的“战略布署”：“复命扩廓帖木兒（王保保）仍前河南王、太傅、中书左丞相，统领见部军马，由中道直抵彰德、卫辉；太保、中书右丞相也速统率大军，经由东道，水陆并进；少保、陕西行省左丞相秃鲁统率关陕诸军，东出潼关，攻取河洛；太尉、平章政事李思齐统率军马，南出七盘、金、商，克复汴洛。四道进兵，掎角剿捕，毋分彼此。秦国公、平章、知院俺普，平章琐住等军，东西布列，乘机扫殄。太尉、辽阳左丞相也先不花，郡王、知院厚孙等军，捍御海口，籓屏畿辅。皇太子爱猷识理达腊悉总天下兵马，裁决庶务，具如前诏。”
王保保接诏，并未遵诏而行，而是向云中（今山西大同）方向进发。其帐下将有不少很狐疑，问：“丞相您率帅勤王，应该出井陉口向真定（今河北正定），与在河间的也速一军合并，如此可以截阻南军（明军）。如果出云中，再转大都，迂途千里，这怎么能行？”
王保保敷衍：“我悄悄提军从紫荆关入袭，出其不意，有什么不好？”
倒是他身边谋士孙恒一语挑明：“朝廷开抚军院，步步要杀丞相。现在事急，又诏令我们勤王。我们驻军云中，正是想坐观成败！”
进言者听此话，只得默然。
可见，大都元廷急上房，王保保仍持坐观态度，元军其余诸部可以推想。
很快，明军打到通州。元朝知枢密院事卜颜帖木儿像条汉子，出兵力战，可惜兵败被杀。
眼看大都不守，元顺帝在清宁殿招集三宫后妃、皇太子等人，商议出京北逃。左丞相失烈门等人谏劝，一名名叫赵伯颜不花的太监更是跪在叩头哀嚎：“天下者，世祖之天下，陛下当在死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸卫士出城拒战，愿陛下固守京城！”
顺帝已经吓破胆，当然不听。1368年阴历七月二十八日夜间，元顺帝最后看了一眼元宫的正殿“大明殿”，嘴里嘀咕了一句什么，即率皇后、皇太子等人开健德门，出居庸关，逃往上都方向。八月三日，明军攻入大都城，元朝灭亡。
元朝的宫殿正殿，名字就叫“大明殿”，元顺帝临行前看着那三个字，肯定和我们后人想得一样：莫非这是“大明”取代“大元”的象征？其实，如同“大元”取自《易经》“大哉乾元”之语一样，元朝的“大明殿”也是出自《易经》乾封的彖辞：“大明始终”；元顺帝逃走时所经的“健德门”，出自乾卦彖辞：“天行健”；厚载门出自坤卦“坤厚载物”；咸宁殿出自乾卦“万国咸宁”；等等，大多是根据《易经》为宫殿和宫门起的名字，至于日后与“大明”暗合，也是小概率的巧合吧。
元顺帝在一年多后因痢疾病死，终年五十一，蒙古人自己上其庙号为“惠宗”，他之所以被称为元顺帝，是朱元璋“以帝知顺天命，退避而去，特加其号曰顺帝”。
元顺帝遁走，徐达上《平胡表》给朱皇帝：
“惟彼元氏，起自穷荒，乘宋祚之告终，率群胡而崛起。以犬羊以干天纪，以夷狄以乱华风，崇编发而章服是遗，紊族姓而彝伦攸理。逮乎后嗣，尤为不君，耽逸乐而招荒亡，昧于竞业；作技巧而肆淫虐，溺于骄奢。天变警而靡常，河流荡而横决，兵布寰宇，毒布中原。镇戌溃而土崩，禁旅颓而瓦解，君臣相顾而穷迫，父子乃谋乎遁逃。朝集内殿之嫔妃，夜走北门之车马。臣（指徐达自己）与（常）遇春等，已于八月二日，勒兵入其都城。”
百年汉族郁结之气，竟能在这一篇表章中一泄而出。
明朝历史学家权衡对元顺帝有过特别恰当的评价，以往治元史者皆未注意他的看法，现摘录于下：
（顺）帝在位三十六年，当元统至元间（顺帝前期两个年号），帝受制（于）权臣，（权臣）相继或死或诛。帝恐惧之心驰，而宽平之心生。故至正改元后，复兴科举，行太庙，时享赐高年之帛（敬老），益蜀免天下民租，选儒臣欧阳元等讲《五经》、《四书》，译《贞观政要》，出厚载门耕藉田（不忘天下农耕之辛苦），礼服祀南效（敬天顺人），立常平仓，因水旱盗贼下诏罪已（能自我批评），尽蠲被灾者田租。又命使（臣）宣抚十道，凡此皆宽平之心所为者也。惜乎元朝之法，取士用人推论“根脚”。其余图大政为相者，皆“根脚人”也（其实汉人贺惟一不在内）；居纠弹之首者（指御史大夫），又“根脚人”；莅百司之长者，亦“根脚人”也。而凡负大器、抱大才、蕴道艺者（指非蒙古、色目出身的汉人），俱不得与其政事。所谓“根脚人”者，徒能生长富贵，脔膻拥毳，素无学问。（这些人）内无侍从台阁之贤，外无论思献纳之彦。是以四海之广，天下之大，万民之众，皆相率而听（从）夫（那些）脔膻拥毳、饱食暖衣腥膻之徒。使之（这些人）坐廊庙、据枢轴，以进天下无籍之徒。呜呼，是安得不败哉！……向使庚申帝（元顺帝，他生于庚申年，即延佑七年）持其心常如至正（年号）之初，则终保天下，何至于远遁而为亡虏哉！
元朝，自顺帝跑出大都后，标志着蒙古人在中国统治的终结。日后再提及这个流亡政权，就只能称其为“北元”了（明朝称“鞑靼”或者瓦剌）。元朝虽亡国，但并没有灭种。
元顺帝从大都出逃后，一路惶惶然如丧家之犬，用了近二十天功夫逃到上都。但此时的上都宫阙府衙先前曾遭红巾军一部劫掠焚烧，根本不象个都城，到处残垣断壁，四处瓦砾。见此情景，顺帝一行人心凉了大半，本想再远窜和林，不久就听说明军并未有大部队来追，诸人方敢喘口大气。
元朝虽亡，当时的残余势力仍旧很让元顺帝觉得有重回大都的希望：辽阳有兵十万，云南仍旧在蒙古宗王手中掌握，王保保有大军三十万在山西，李思齐、张思道有数万兵在陕西，加上各地杂七杂八的零散武装以及集民自保的所谓“义军”，全部军队人数加起来有大几十万那么多。可惜的是，由于从前当众砍杀了宗室阳翟王，顺帝对西北诸藩的“亲戚”们不抱幻想，他目前最大的心愿就是夺回元朝政治统治的象征地大都。其实，早知如此，他当初就不应逃跑得那样苍促。
朱元璋是位懂谋略的帝王，他深知山西的王保保不除，元朝仍旧有死灰复燃之日。于是，他下令徐达、常遇春两人即刻统军去平山西，同时又增派汤和等人提军赴援。明军一路基本顺利，接连攻下泽、潞两州（晋城和长治），准备合围云中（太原）。
王保保在元顺帝的死催下正往大都方向赶，听说明军正要倾其老巢，他立刻回军。走到半路，明军已经拿下太原。双方对垒，王保保挑选数万精兵，准备拼死一决。结果，明军策反了王保保部将“豁鼻马”（估计是绰号），连夜劫营。元军刹时惊溃，王保保惊慌中跳上一匹马就跑，狼狈得脚上只穿一只靴子。由此，数万劲骑，王保保带走的只有十八骑，余众不是被杀，就是投降明军。
王保先逃至大同，惊魂未定，又驰往甘肃。由此，山西皆为明军攻克。
明军一鼓作气，稍事休整后又开拨，准备克复陕西。元顺帝思念大都心切，命右丞相也速率数万骑兵经通州攻大都。当时通州由明将曹良臣驻守，兵员不满千人，他只得使“疑兵计”，在白天夜里轮流不断让人摇旗呐喊击鼓不绝。以为明军人多，也速竟然惊骇退走，失去了进攻大都的最好机会。
朱元璋得知顺帝用意后，急遣大将常遇春率所部从凤翔急行军驰援大都（明朝已将大都改称“北平”），在优势兵力下，明军数战皆胜，连接攻克会州（今辽宁平泉）、大宁州（今辽宁朝