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皇帝批准利玛窦等人以个人身份在京城居住，这是一件史无前例的事。前来访问利玛窦等人的士大夫越来越多，其中较著名的有内阁首辅沈一贯、刑部侍郎王汝训、兵部尚书萧大亨、礼部尚书冯琦、吏部尚书李戴、礼部侍郎杨道宾和郭正域等。内阁大学士叶向高早在南京就与利玛窦相识，入阁后又在北京的家中两次款待利玛窦，他有《赠西国诸子》诗，充分肯定了中西方文化交流的意义：
天地信无垠，小智安足拟。爰有西方人，来自八万里。蹑屏历穷荒，浮槎过弱水。言慕中华风，深契吾儒理。著书多格言，结交多贤士。淑诡良不矜，熙攘乃所鄙。圣化被九埏，殊方表同轨。拘儒徒管窥，达观自一视。我亦与之游，冷然得深旨。
由于宫中的自鸣钟又出了故障，神宗命令拿到耶稣会士的家中去修理，于是好奇的百姓蜂涌而至。神宗觉得不成体统，于是钦准神父们一年可以进宫四次修钟，而后来实际上变成可以随意出入皇宫了。
利玛窦等人在京期间极力宣传基督教，他们的住所向所有人开放，与他们相识的还有皇亲国戚，甚至扩大到普通穷人，时常有下层群众来拜访。在北京有两个明朝的官员皈依了基督教，一个是湖广佥事冯应京，另一个是在工部任职的李之藻。
冯应京因反对税监陈奉而闻名于世，在任时，就曾派他的学生刘元珍请教当时居住在南京的利玛窦。冯应京被械送入京，利玛窦在他入狱前看过他。狱中三年，他们之间始终保持着友谊。冯应京重印了利玛窦神父的《交友论》，并为书写了序言；还印了所有可以搜集到的神父们的著作，其中有利玛窦的《天主实义》。冯应京允许仆人自愿领洗，自己则在狱中虔奉着神父们送给他的十字架。出狱后，他本来想立即洗礼，但又怕招惹事非，决定回南京受洗；然而到达南京后几天，便病逝了。
当时在京的李之藻，看到利玛窦的世界地图，十分惊讶，于是开始向利玛窦学习地理学、数学和天文学，他重新绘制了一幅近两平方米的世界地图，即《坤舆万国全图》，还出资刊印了利玛窦的《教义问答》，分赠友人与百姓。几年后，他也接受了洗礼。
万历三十年（1602年），利玛窦在北京会见了后来被誉为中国天主教三大柱石之一的杨廷筠（另外两人是徐光启和李之藻），那一年，杨廷筠奉旨进京正准备接任湖广道监察御使一职。九年以后，即万历三十九年（1611年），他在杭州领受了洗礼。
利玛窦等耶稣会士在北京获得居住权后，基督教在中国从南到北，依次有了肇庆、韶州、南昌、南京、北京五个居留点，特别是在北京的定居，使它的影响进一步扩大。
万历三十二年（1604年），已经皈依基督教的徐光启到北京参加会试，他进京后第一件事就是拜访教堂（神父们自用的小教堂），行忏悔礼和领圣餐，据说他在领圣餐时竟虔诚地留下泪来。徐光启这次还把他七十多岁高龄的老父亲也带到北京，想争取让老人在有生之年也皈依基督教。经过徐光启和利玛窦等传教士的努力，老人终于在逝世的前一年受了洗礼。万历三十二年是会试之年，各地举子汇集京城；这一年又是外察之年，外任官都到京城朝觐，传教士们利用这个机会与各地官员、士子及商人结交，扩大基督教的影响。
在北京，传教士们靠租房子住了六年，最初住在宫门附近，后来为了侯命随时入宫修钟而住在钦天监；从会同馆迁出后，仍租房居住。他们一直在选择可以修建教堂的地方，最终看中了顺城门（北京市宣武门东）附近一处面积宽敞的宅院，于是找来在京的一些朋友共议此事，徐光启也在其中，还帮助凑足了买房的钱。1605年（万历三十三年）8月27日，传教士们迁入新居，接着，他们修建了一间正式的礼拜堂，从此，北京有了最早的基督教的天主教堂，这就是后来著名的“南堂”。教堂中陈列有千里镜、地球仪、简平仪等天文仪器，以及龙尾车、砂漏、自鸣钟、天琴等。上至士大夫达官，下至普通穷人，各阶层不断有人登门“领教”，这一年在北京受洗的教徒超过了200人。利玛窦还专程去过北直隶保定府的乡村考察，发现在他们到北京之后的一年中，这里已经有150多名信徒加入基督教，而且人数正在增多。
徐光启进一步向传教士提出，应该印行一些有关欧洲科学的书籍，万历三十五年（1607年），经利玛窦与徐光启为时一年的共同努力，欧几里德的《几何原本》前六卷被译成中文。徐光启将六卷合印成一册出版，并为其写了《译几何原本引》和《刻几何原本序》两篇序言。《译几何原本引》是以利玛窦神父的名义撰写的，该书的出版，在当时中国知识界产生了重大的影响，一种新的科学的推演方法开始被中国人所接受。同年，他们又合编《测量法义》。通过向利玛窦学习数学和天文学，李之藻编译了《浑盖通宪图说》，这是第一部由中国人写成的介绍西方天文学的著作。利玛窦又与他合译了《同文算指》并合著了《乾坤体义》。 万历十一年（1583年），从利玛窦在肇庆第一次将标有经纬度的《坤舆万国全图》展示给中国人后，这幅地图在二十多年中广为流传，它使中国人第一次认识了整个世界。这次又通过太监呈献给明神宗，神宗将其看成是装饰品，十分喜爱；下令以织锦的方式复制十二幅，每幅用六扇大屏风装成，他要把它们送给他的皇子和亲属。
利玛窦于1610年（万历三十八年）5月30日病卧在床，11日临近黄昏时逝世，终年五十八岁。按中国的习俗，棺材用沥青密封，停放在教堂中。丧葬费用和棺木由李之藻出资。教徒中有人建议向皇上请求赐给利玛窦神父一块墓地，这样做还可以使教会和基督教在中国更加合法化。奏疏以庞迪我神父的名义上呈，由李之藻为之润色。在都御使孙玮和翰林院官员的帮助下，奏疏很快转呈皇上。他们又请叶向高与另一位内阁官员从中疏通。叶向高认为，仅就翻译《几何原本》一书的贡献，就应该赐予墓地。神宗让礼部复议，礼部根据《大明会典》的有关规定，认为可以同意庞迪我等人的请求，赐予一处无人居住的土地以安葬利玛窦。最后选定阜成门外二里沟的“仁恩寺”。由龙华民神父设计，通过对寺庙的改造，建成了基督教在中国的第一座墓地。北京的地方长官顺天府丞黄吉士，为了表示对死者的敬意，亲书“慕义立言”匾额，放于利玛窦神父的墓上，还为此组织了一个隆重的送匾仪式。
移灵时，以巨大的十字架作前导，京城中的大批信徒随行在后，他们举着点燃的蜡烛。徐光启亲自为利玛窦下葬，并落下了悲伤的泪水。以前耶稣会士死后，通常安葬在澳门的公墓里；而这次利玛窦被赐葬在京城郊外，成为轰动一时之事。利玛窦实现了他生前“将成为第一批死在中国的人”的诺言，他在北京居住九年，是他中国传教生涯中的最重要的时期，他的《中国札记》记载了他在中国二十八年的所见所闻。
利玛窦等人将欧洲文艺复兴后的科学技术带到中国，也向西方介绍了中国的文化，揭开了中西关系史上新的一页。
明末竟陵派诗人谭元春曾到利玛窦墓前凭吊，写下了《过利西泰墓诗》：
来从绝域老长安，分得城西土一棺。斫地呼天心自苦，挟山越海事非难。
私将礼乐攻人短，别有聪明用物残。行尽松楸中国大，不教奇骨任荒寒。
历时近四百年，利玛窦神父的墓仍完好保存在今北京行政学院校园内，墓碑上“耶稣会士利公之墓”的字样历历可见。 （张宪博）
明代的名人不计其数，但除了皇宫里的帝王公主，出生在北京的名人则少而又少，明中叶有李东阳，晚明则非李三才莫属。李三才在晚明声名卓著，算得上是老北京人中的佼佼者。因此，虽然他在京城留下的遗迹已经难以寻觅，但若提起明代的北京人，他却是个不能不说的人物。
李三才，字道甫，号修吾，祖籍陕西临潼，世代为武功右卫的军官。因其祖父调卫燕京，其父移家至顺天府通州的张家湾（今北京市通州区东南）。李三才生于北京，登万历二年（1574年）进士，列二甲七十名，授户部主事。李三才年轻时就很有抱负，曾与南乐（河南南乐）魏允贞、长垣（河南长垣）李化龙相约立志，一定要为国为民干出一番事业。
在户部，他与同僚顾宪成、赵南星等人结下深厚的友谊，他们还共同参与《万历会计录》的编纂，这些对日后他与顾宪成等人形成某些共识不无关系。李三才对顾宪成十分尊重，他说当初自己“少年寡识，间尝嬉戏”，顾宪成对他“事事提驚，时时惊觉”，常正色劝戒并勉励他努力学习，建议他先熟读诸子百家，潜窥古人检身之精，再博览诸史，历观古人康济之略，因此他认为顾宪成“名为益友，实则严师”。后来李三才被谪离开吏部，顾宪成也在万历二十一年（1593年）被削籍，然而三十年中，他们之间书信往来不断，顾宪成逝世，李三才亲作祭文以表哀思。
万历十一年（1583年）阁臣张四维、申时行为了让自己的儿子金榜题名而舞弊科场，御使魏允贞上疏抗论他们“不当以甲第私其子”，蹈故相张居正之覆辙。明神宗非但不追究张、申的行径，反而严旨切责魏允贞，并将他降为外任。李三才为此鸣不平，上疏为魏允贞辩护，也被贬为山东东昌府推官。这件事使李三才在朝野声誉鹊起。不久又升他为南京礼部郎中。恰逢魏允贞、李华龙、邹元标也在南京任职，他们经常相聚在一起，探讨国计民生之事。以后又调回山东任佥事。在山东任上，他治尚威严，深得民心，二十年后老百姓对他仍思念不已。再到河南任参议、进副使，两督山东、山西学政，擢南京通政参议，召为大理寺少卿。李三才自万历二年（1574年）“束发登朝”以来，至此已为官二十五年。他阅历广泛，经验丰富，对地方民情有深入的了解；与那些迂腐、循规蹈矩的官员相比，李三才则显得机智而有魄力。
万历二十七年（1599年）五月，李三才以右佥都御使巡抚凤阳等处，三十年（1602年）三月，总督漕运，仍兼凤阳巡抚，三十三年（1605年）十一月升为左副都御使，照旧任事，三十七年（1609年）正月加户部尚书。所谓“凤阳等处”，指淮安府、扬州府、庐州府（今合肥市）、凤阳府四府，以及徐州、和州、滁州三州和该地区的一些卫所。漕运是明廷赖以生存的经济命脉，因此总督漕运是一项重要的职务，万历七年（1579年）以后漕运总督还监管运河河道。李三才坐镇淮安，人称“淮抚”。
自万历二十四年（1596年）以后，明神宗派遣大批太监充当矿监税使到各地搜刮民财。李三才所管辖的地区，是南来北往的要道。千里之内，自北而南，“榷税则徐州陈增，仪真暨禄、盐课则扬州鲁保、芦政则沿江邢龙”。他们雇用一批地痞无赖，伪造印符，所到之处如同抓捕逃犯一样，并且公开进行掠夺。其中以陈增尤为横行猖獗，甚至还多次侮辱当地的官员。李三才对这一弊政深恶痛绝，他不惧权势，坚决予以抵制。他采用机智的办法，买通狱中死囚，让他们将陈增的爪牙说成是自己的同党，然后一一将其捕杀。这种隐蔽而有效的制裁一直持续到万历三十二年（1604年）陈增死为止，沉重地打击了陈增的气焰。据说陈增每次见到李三才，畏于他的威容正气，“汗必沾背”。安徽歙县人程守训，花钱在朝中买了一个内阁中书舍人的官职，充当陈增参随，为虎作伥，却唯独惧怕李三才而不敢到淮安来。李三才上疏奏劾他，得赃数十万两。程守训被铲除，远近人心大块。
对矿监税使年复一年的大肆掠夺，朝中官员不断有人上疏反对，其中以李三才在万历二十八年（1600年）五月所上《请停税矿疏》最为尖锐。他直接质问神宗：“皇上爱珠玉，人也爱温饱；皇上忧万世，人亦恋妻孥，奈何皇上欲黄金高于北斗，而不使百姓有糠秕斗升之储？皇上欲为子孙千万年，而不使百姓有一朝一夕之安！”他还说，“四海脂膏，横填帑藏”，实乃“国家所以受病之势，与国家所以致乱之机如此”。言辞激烈，如同声讨之檄文，为当朝臣子中所仅见。疏上之后，神宗置之不理。万历三十年（1602年），神宗病重，以为自己将不久于人世，下诏罢矿税，第二天却又好转，急忙追回成命。李三才又上疏陈述国事将危，请亟下前诏，但神宗根本不听。
大运河清口一段（今属淮阴市）河水干涸，漕船不能通行，李三才建议挑浚建闸以输运道。工程预算需要二十万两白银，靠朝廷财政拨款难以申请到，于是李三才请求将漕粮留下，暂时以济大工。这一建议遭到户部督储侍郎赵世卿的极力反对。万历三十七（1609年）年二月，李三才只好称病离职，神宗立刻批准。而朝中正直官员如淮扬巡按御使崔邦亮、巡漕御使李思孝、给事中曹于汴、御使史学迁、袁九皋等纷纷上疏要求挽留李三才，但神宗不予理睬。皇帝不更改决定，李三才不得不离开淮安到达徐州。他上疏催请新官接任，却没有人到任。正好这时赵世卿的职位被侍郎谢杰所代，谢杰又上疏要求挽留李三才，神宗命李三才仍供原职，等待接替者到来，大概因为找不到合适的人选，以后一直没有派人来。
万历三十四年（1606年），皇孙生，神宗一时喜悦，下诏撤并矿监税使，“释逮系、起废滞、补言官”，而实际上却没怎么贯彻落实。李三才认为内阁首辅沉一贯推行不力，上疏指责神宗“一时喜心，故旋开旋蔽”；又说沈一贯顾虑次辅沈鲤、朱赓与其争权而阻止新政。神宗看后大为震怒，严旨切责，罚李三才官俸五个月。三十五年（1607年），派驻在仪征的税使暨禄死，李三才又请尽撤天下税使，神宗不听，又命扬州的鲁保兼之。
万历三十二年（1604年），里居的顾宪成在家乡无锡东林书院偕同志高攀龙、钱一本等人讲学，一时间退居林下的士大夫闻风响附，他们在讲学之余，往往讽议朝政，臧否人物，朝中政治倾向相同的官员也遥相应和，于是东林名声大震。李三才与顾宪成的友谊由来已久，彼此对对方的人品、学问和才干都深信不疑。李三才上疏劝戒神宗，不要因诸臣提了一些不同意见就永不听用，希望重新起用顾宪成等人，对此神宗却不置一词。
淮、扬地处南北要冲，过往宾客仰慕李三才的盛名，纷纷登门拜访，李三才也倾心结纳；因此他抚淮十三年，结交遍天下。史称他“才大而好用机权，善笼络朝士”。如他所用的吏员都是有才之士，为了避免手下官员贪赃纳贿，他于常俸之外，尽量给予补贴，这方面他不惜遣赠成百上千的银两。之所以有如此财力，在于他不卑货殖，擅长经商，精于运算，因而获利甚丰，为此很多人愿意追随他或与他结交。在位之时，行事如“雷轰电掣，雨注风飚，令人有不可�