要有两个方面，一是增加了面积，方圆达一百六十丈；二是将房舍改为砖瓦结构。修成后的贡院，外面围有荆棘墙。门朝南向，门前立有三个门坊，左边的门坊称“虞门”，右边的称“周俊”，中间的称“天下文明坊”。内有两道重门，左右各一，以备稽查。再进去又有一道龙门，实寓“鲤鱼跳龙门”之意。穿过龙门直甬道，则是明远楼。在贡院的四角各有楼相望，作为瞭望监察之用。自东向西共有号舍七十区，每区有七十间。将号舍原来的木板屋改为瓦甓，可以避风雨，防火烛。再往北走，中间为至公堂。堂分七楹。至公堂以东有一间供监察之用，再往东有三间供弥封试卷以及供给的场所。至公堂西面为对读誊録场所，共两间。至公堂后面为燕喜堂，有三楹。自东向西，有室凡十六楹，供诸书吏、工匠居住。其后为会经堂。堂东西有二十三间经房相连，供同考官居住。
万历的这次贡院重修，基本上满足了京师的春试和秋试，直至明亡，贡院都未再大修过。清人入关，沿袭了明代的科举制度。京师的科举考试仍然在明代贡院原址上进行。只是明代建的三个门坊分别改名：中门改为“天开文运”，东门改为“明经取士”，西门改为“为国求贤”。到了雍正时期，贡院有所修补。乾隆年间，又把贡院修葺一新，竣工时乾隆还亲自去视察，并留有：“从今不薄读书人”的诗句。清末废除科举，贡院改作他用。近几十年，随着北京城的发展，现在的贡院只剩下被改造过的两个四合院，均已破旧不堪，与四围的中国社科院以及供富豪居住的“贡院六号”等高楼大厦形成鲜明对比。 （胡吉勋）
在北京城周围，明人的陵墓众多，但明代思想家的墓，北京可能就只有一座，那就是通州的李贽墓。三百年来，沧海桑田，李贽墓也历经风雨，几经迁移，但终于在通州西海子公园内保存下来了。
李贽不是北京人，他出生在福建晋江，而他最后选择北京通州作为人生的归宿，说到底，与他的思想有关。作为思想家，李贽在明代后期独树一帜。明代以孔孟儒家思想及程朱理学为官方正统思想，李贽却对孔孟之学及后世道学家，进行了无情的批判，其激烈程度，在整个封建时代，可谓空前绝后；同时，李贽还对许多历史问题，作出了与传统截然不同的新评价。由于被统治者和道学家们视为异端，李贽四处不得安身，不得已于万历二十九年（1601年）来到北京。此时他已75岁。
李贽这次是从河南商城的黄蘖山而来，奉同他前来的是通州人马经纶。1600年他不顾朋友的劝阻，回到了他生活过的麻城龙湖，准备在那里以终天年。而麻城的反对者对他的归来，非常恼火，害怕他的叛逆思想在此漫延，于是他们纠集人众，以维护风化为名，捣毁了李贽的芝佛院。李贽只好逃往黄蘖山的朋友处。此后不久，曾任御史的通州人马经纶来到黄蘖山访问李贽。马经纶本想在武昌为李贽建一安身之所，但后来考虑到武昌也是恶人聚集的地方，就放弃了这个念头。
到通州时，李贽已是病魔缠身。连年的东奔西走，风波险阻，严重地损害了这位老人的健康，本就瘦弱的身躯，就更显老态。但他神清志明，并充满乐观。面对病魔，李贽还是李贽，还是那个具有非凡斗志的人，他不会轻易倒下。马经纶的家在通州城里，李贽在马家一边养病，一边仍旧读书不辍。在这里，他完成了《九正易因》这一易学著作的最后修订，这是他一生无数著作中，唯一在北京完成的书。
通州，原不是李贽心目中的终老之所，他有家不回投奔朋友耿定理，把黄安作为归宿；黄安不成，改为龙湖；龙湖不成，不得已来到通州。但他很快就认定了通州，他对自己的学生说：“我的百年之计，就在盘山了！”事实上，哪里有志同道合的朋友，哪里就是他的归宿，这就是李贽。1601年冬至1602年春，病魔再次肆虐，李贽自感来日无多，便写下了《李卓吾遗言》，对自己的后事进行了安排。
也许，命运之神不允许一位斗士就这样平淡地走完人生的里程；也许，上天希望斗士最后敲击一次醒世的警钟。于是，一个悲壮的结局，在1602年春天拉开了帷幕。
万历三十年（1602年）闰二月，在恶势力的支持下，礼科都给事中张问达上奏弹劾李贽，诬蔑李贽有三大罪状，一是惑乱人心；二是行为不端；三是败坏风习，他说，李贽现在移居通州，他一旦进入京城，就会像在麻城一样蛊惑人心。请求惩治李贽，并焚毁其书籍。明神宗令五城兵马司严拿治罪。于是兵士马不停蹄直奔通州。
这时的李贽已重病在床数月，对外界的这一切毫不知晓。当听见门外的喧哗人声时，他便问匆匆进门的马经纶，马经纶回答：“兵马司来人了。”李贽一下就明白了，他迅速下床，只迈了几步就走不动了，便大声说：“他们是为我而来，快给我取门板来！”于是他躺卧在门板上，高声说道：“快走，我是罪人，不能停留。”于是他被人抬着，向外走去。
此刻，马经纶显示出了燕赵之士的侠肝义胆，坚决要与李贽同行。李贽阻止道：“被革职者不许入京，这是制度，而且你还有老父在。”马经纶说：“朝廷把您当作妖人，那我就是窝藏妖人者，要死我们就一同死，绝不能让您去坐牢我却留在家里。”于是他们一同离开通州城。就这样，李贽在这个迟到的春天里，被抬进了北京城，投进了监牢。
第二天，兵马司的一个指挥审问李贽，李贽被架着胳膊拖进大堂，由于无力，他躺卧在冰冷的石阶上。指挥问：“你为什么写坏书？”李贽答：“我著书甚多，白纸黑字，它们对圣教有益无害！”指挥对李贽的倔强也无可奈何，只好不了了之。
按照李贽的情况，顶多是发回原籍，不会治其他的罪，但却迟迟没有处理结果。对李贽来说，被自己的敌人投进监狱却无力反击，这本身就是耻辱和遗憾，而重病使反击的可能变得更加渺茫，这是他所无法容忍的。实际上，就他的性格而言，不论最后的处理结果是什么，他都会以死作为最后的抗争。1602年的三月十五日，李贽在狱中以剃刀自刎，次日逝世，终年76岁。一代奇人，用壮烈的死，为自己的人生画上了一个大大的惊叹号，也向后世控诉了封建专制的黑暗。
李贽死后，马经纶将李贽葬在通州城北三里的迎福寺西，其葬式完全依照李贽在《李卓吾遗言》的吩咐。墓高一丈，树碑二通，周围种满白杨……
李贽一生四次到北京，通州之行是最后一次。
李贽第一次来京是在嘉靖四十年（1561年），目的是求官。但他只是举人出身，求官十分不易。李贽后来追述首次来京的情景：“在京师住了十个月，得不到位置，钱快用光了，只好到塾馆中教学生来养家，又教了十多个月的书，才得到一个空位置”，也就是说，在失业近2年后，到了1563年他才重新有了工作，这个工作就是北京国子监博士，仍是教书。此前李贽做过河南共城教谕、南京国子监博士，都是教官。
嘉靖四十五年（1566年），已经40岁的李贽来到北京，担任了礼部司务，这是他第二次来京，也是他在京生活时间最长的一次。礼部司务是一个隶属于礼部司务厅的九品小官，相当于干事或文书，负责办理一些具体的事务。在这个职务上，李贽一直做了四年，直到隆庆四年（1570年）他升任南京刑部员外郎为止。礼部司务是一个穷官，经济上所得极为有限，但李贽却不以为意，他把求“道”（关于人生的真学问），作为来京的目的。这是他此前多年的追求。
俗话说，近朱者赤，近墨者黑。在同僚李逢阳、徐用俭的影响下，李贽终于认识和接受了流行的阳明心学。在接受心学之前，李贽所信奉的是传统的儒学思想，在这样的思想范围里，他不可能创造不朽；因此可以说，心学的接受，是李贽叛逆思想的发端。而这，又与北京是分不开的；当然，他人生旅途中的更大坎坷也是从这开始的。
万历二十五年（1597年）八月，71岁的李贽第三次来到北京。
李贽这一次是路过，他要等待他的另一个朋友焦竑一同前往南京，商讨他的著作《藏书》的出版事宜。《藏书》是他在山西改定的一部历史著作。
李贽寓居京西极乐寺，此时正是深秋时节，他不以诗词见长，但面对久别重逢的京师秋景，还是吟出了“时逢重九花应醉，人至论心病已苏；老桧深枝喧暮鸦，西风落日下庭梧”的诗句。秋尽冬来，冬去春回，李贽在极乐寺迎来了新的一年。新年第一天，大雪纷飞，漫天皆白，他在《元日极乐寺大雨雪》中写道：“万国衣冠共一新，婆娑独占上方春；谁知向阙山呼日，正是花飞极乐辰。寂寂僧归云际寺，溶溶月照陇头人。年来鬓发随刀落，欲脱尘劳却惹尘”。诗的后两句，写的是他的烦恼，而这严酷的现实，与“万国衣冠共一新”的新气象是那么遥远，这令他十分的感慨。这年春末，李贽与焦竑一同乘船，顺运河南行，离开了北京。
通州迎福寺西的李贽墓一直保存了350年，1953年，卫生部在该地建造北京结核病医院，将墓迁走。其后又几经迁移，终于在1983年将李贽墓迁至通州西海子公园内。当年焦竑题写的“李卓吾先生墓”的石碑仍树立在墓前。 （张兆裕）
在明代东西方文明的交流史上，耶稣会士利玛窦具有不可替代的地位，北京则是他获得这一地位的最重要“平台”。如今的北京，还保留着许多与利玛窦有关的遗迹。
利玛窦是意大利人，字西泰，1552年10月16日生于意大利马塞拉塔城，1571年在罗马加入耶稣会，自愿到远东传教。1577年他参加了耶稣会派往印度传教的教团，同行十四人，次年三月乘船从里斯本出发，九月到达印度果阿。1582年4月利玛窦与巴范济被耶稣会负责远东教务的观察员派往中国协助罗明坚传教。他于1582年（万历十年）8月抵达澳门，第二年他们被两广地方当局获许在肇庆居住。1589年（万历十七年）利玛窦又迁居韶州，以后又到达南京。不久被逐出南京，暂避江西南昌传教。传教团考虑到如果不被明朝皇帝所接见，想长期居留在中国进行传教几乎是不可能的。1598年（万历二十六年）利玛窦重返南京，开始了到北京传教的努力。
利玛窦的第一次北京之行，得到南京礼部尚书王忠铭的资助和护送。他们从南昌出发到达南京，又从南京起程沿水路北上，于1598年（万历二十六年）9月17日）到达北京。在北京，他们获得的一项重大收获，是终于弄明白了他们所在的中华帝国，就是某些书中称之的契丹，而北京就是所谓的汗八里城。利玛窦立刻寄书印度和欧洲，建议修改地图。因为欧洲人一直认为契丹位于中国长城以北，是另一个国家。在北京，利玛窦等人住在南京礼部尚书王忠铭的府中。由于当时正在进行援朝抗倭战争，明神宗拒绝接见利玛窦一行。一个月以后，利玛窦等人被迫返回南京。
1600年（万历二十八年）5月18日，利玛窦等人又一次从南京启程去北京。船靠济宁时，利玛窦在漕运总督刘东星家中又一次见到了李贽，并向他们传播了基督教的教义。与他们的交谈，使利玛窦感到完全是在欧洲的家里，或与好友在他的教会的教堂中，而不是与异教徒在一起。
在天津，太监马堂没收了他们的全部行李，并将其看管起来，拜见皇帝又变得遥遥无期。六个月过去了，正当传教士们度日如年的时候，一天，明神宗忽然想起一份奏书中提到的利玛窦要献给他的自鸣钟，于是下旨命传教士们进京。他们到达北京是在万历二十八年十二月二十一日（1601年1月24日）。献给皇帝的礼物中有：圣母像、基督像、十字架、自鸣钟、《山海舆地全图》、三棱镜、古翼琴、印度棉布、粗羊毛布、玻璃制品、日晷、砂漏、《世界现状》等。明神宗第一次看到了耶稣受难的十字架，惊奇地高声说：“这才是活神仙！”据说他选择了一个最小的耶稣受难十字架，放在他的房间里。神宗很快派太监田尔耕接见了利玛窦，并询问进呈礼物给皇帝的目的。利玛窦等人特别向太监介绍了自鸣钟，并愿意教会中国人对这些钟的操作。于是明神宗指派了钦天监的四名太监学习自鸣钟的管理。三天后钟被送到皇帝面前，明神宗非常喜爱，把一座小钟放在自己的面前。神宗命工部在御花园为最大的钟建一座钟楼。
这时神宗已经多年不见大臣了，虽然也想见见这些异国人，但是孤僻固执的性格，最终还是让他放弃了召见的决定。不过他派了两名画师画了两个神父的全身像，神宗见后，说：“嗬！嗬！一看就知道是回回人。”太监告诉他，他们不是回回，他们吃猪肉，是欧洲人。神宗出于好奇，想进一步了解欧洲君主如何穿着，问他们是否带来了皇宫的模型？神宗命画师按照利玛窦等人献上的描写圣经故事的画，绘制成一幅更大的画。利玛窦等人还呈上一幅画有威尼斯圣马可教堂和广场以及威尼斯共和国旗帜的画。
几天后，皇帝又派了四名太监来向神父们学习演奏古翼琴，因为古琴也是献给皇帝的礼物之一，它是钢琴的前身。后来庞迪我神父每天进入皇宫给太监上音乐课。音乐课上了一个多月，被演奏的外国乐曲配上中文歌词。利玛窦又亲自编写了八支歌曲，称之为《西琴曲意》八章，内容涉及伦理道德，是教导人们具有良好品行的抒情诗，还引用了基督教作家的话加以说明。这些歌曲非常受文人士大夫的欢迎和赞扬，人们认为皇帝应该以歌曲中提倡的道德去治理国家。
利玛窦等人很快认识了皇宫里所有重要的侍卫，并与一些人建立了友谊，又在官员中结识了一批新朋友。在这段时间里，对他们帮助最大的，莫过于时任吏科都给事中的东林党人曹于汴。他主动先去拜访了利玛窦。当利玛窦问他怎么会首先来访问象自己这样一个很少为人所知的人物时，曹于汴回答道：“因为我从某些途径听说你是一位模范人物，传播一种教导人们如何正当生活的教义。”
由于没有事先到会同馆报道而迁怒了该衙门的官员，提督会同馆的主事下令将传教士统统拘上公堂审问，并且明令他们住在会同馆中。这一突如其来的变故，给正在准备请求在北京建立传教点的利玛窦等人当头一棒。因为会同馆将按外国人来对待他们，而外国人是不能长期居住在北京的。利玛窦等人按例被召入皇宫，向皇帝的龙椅行了跪拜礼。又拜访了礼部右侍郎朱国祚。朱国祚详细了解了他们到中国来的目的。这次利玛窦等人索性公开大胆地声明，他们是被派到中国传播上帝的教义的，并希望永久居住在北京。朱国祚为此上奏皇帝，但是一月过去了，杳无音信，于是礼部决定再上奏章。奉命管理自鸣钟的太监也希望耶稣会士们留下，因为如果钟发生故障，会受到神宗的责罚。
在科臣曹于汴的干预下，利玛窦等人从会同馆中迁出，住在城内。派了四名差役，隔五天给他们送去生活用品，还派了一名差役供日常使用，这样，耶稣会士们又获得了自由。曹于汴再次修改了奏章，礼部第三次上呈神宗。这次总算得到神宗的口喻，即：他们可以放心住在京城里，并且不�