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身居虎穴的叶剑英和南方局的同志们，在重庆经常处在国民党特务、宪兵严密监视包围之中，特别是“皖南事变”之后，蒋介石密令监视周恩来、叶剑英，不得让他们离开重庆。国民党特务头子徐恩曾、戴笠、康泽密商速捕四川省全部共产党员。面对一片白色恐怖，叶剑英主动出击，进行了大量公开与隐蔽相结合的活动，顽强地坚持有利有理有节的斗争。他布置负责情报工作的曾希圣等同志出面，同国民党政府军统局电讯台报务员张蔚林、冯传庆、张露萍（中共地下党员，外号“干一场”）等7名“军统”成员建立秘密联系，获取了许多重要情报。使斗争由被动变为主动。他经常给同志们讲传统，讲气节教育，领大家唱国际歌和革命老歌，坚定地对大家说：“我们共产党人天不怕，地不怕，要沉着应付，处于虎口，稳如泰山。”当看到地下党辗转传来的方志敏烈士狱中手稿，他异常激动，立即建议《新华日报》刊登《可爱的中国》，并向在场的同志讲述方志敏烈士的斗争业绩，然后挥笔写下《看方志敏同志手书有感》：“血染东南半壁红，忍将奇迹作奇功。文山去后南朝月，又照秦淮一叶枫。”后又将这首诗题写在方志敏同志遗照上。周恩来非常喜欢这首诗。在一次南方局和八路军办事处工作人员大会上，周恩来讲了方志敏、陈铁军、周文雍在刑场上的故事，特意背诵了叶剑英这首诗，对大家进行革命英雄主义和革命气节教育，号召大家向烈士学习。在场的同志深受感动，纷纷向叶剑英索诗，竞相传抄。郭沫若读后，特次叶韵和诗一首：“千秋青史永留住，百代难忘正学功。纵使血痕终化碧，弋阳依旧万株枫。”
巧布“空城计”，智退敌兵1941年12月，叶剑英告别周恩来，结束了长达4年之久的国统区斗争生活，从重庆飞回延安。这时敌后抗战进入最艰苦、最困难阶段。日军集中重兵疯狂进攻根据地，实行“总体战”，频繁进行大规模的扫荡，妄图分割各抗日根据地，逐次消灭抗日人民武装力量。更危险的是有相当一部分国民党正规军打着“曲线救国”旗号，公开投敌，充当伪军，配合日军作战。为打破敌顽夹击，中共中央战胜双重困难，坚持进行中华民族的神圣抗战。
在日寇大举侵华（16）
叶剑英在最高统帅部的重要岗位上，受到毛泽东等中央领导的器重，成为毛泽东、朱德指挥全国敌后抗战的得力助手。叶剑英在王家坪、中央军委所在地，肩负重担，运筹帷幄，决胜千里，每天要办理几十件以至上百件中央军委上呈下达的文电。日夜思虑着如何给中央、军委当好参谋。如何根据战争风云的变化，观察分析战争的发展趋势，正确驾驭战争。当时任参谋部参谋的石敬平十分敬佩这位红色“参座”，他回忆说：“在延安期间，叶参谋长工作很忙。凡军委机要处来的电报，送谁，找谁，都要经过他批发，急件随到随办。二局送来的情报，反摩擦斗争的情况通报，前方来的战况、通报，都经过他阅批，每天整理，综合上报，日常事务十分繁忙。他与朱老总住一个院，叶住前院，朱住后院。起草的电报，叶批给朱老总看，然后送毛主席。主席起草的电报，先送叶，然后给朱老总。他常常告诉我们这些参谋人员：考虑问题要站在参谋长的位置。他对部属要求严格。汇报情况，不清楚的地方，他就追问。他告诉我们，不能用‘可能’、‘大概’、‘差不多’这些词句来回答问题。作为一个军事参谋，掌握情况要准确，不清楚的一定要搞清楚。假如在他面前说一句假话，他一辈子都记住你，他不允许这样做。”
叶剑英在工作中总感到自己不足，总是先做学生后做先生，带领参谋部的同志刻苦学习马克思主义理论和军事业务知识。在他的窑洞前面摆放着一大块青石板，晚上点一盏油灯，总是学习工作到深夜。学习是为了更好地指导工作。他在总参谋部组成了专门研究时局和战略的班子和资料研究室，对国际国内各方面的态势进行深入研究，随时了解和掌握情况。为了准确及时地获取敌对各方的情报，叶剑英亲自起草了《关于建立情报网的决定》，由中央军委正式颁布执行。根据这个决定，在第十八集团军总部、各敌后根据地、新四军，首先建立起10个情报网的联络基点。叶剑英对每个联络点抓得很紧，使各地同延安总部的情报联络渠道畅通无阻，保证了中央、军委准确及时地掌握情况、指挥作战。叶剑英还组织各根据地设立气象观察所，建立健全气象观察制度，规定设立气象观察所细则、气象观察项目和方法，以及气象报告内容，等等，这不但保证了当时作战指挥的需要，也为根据地农业生产提供了方便条件。叶剑英利用“情报网”的成果，定期组织参谋人员综合分析各战区的情况，汇编《军委战况通报》《作战室周报》《国际资料》等刊物。他亲自审阅材料进行批改，供中央和军委领导参阅。毛泽东看了这些材料后很高兴，说这样做“大有帮助”，并且嘱托叶剑英对作战局和资料研究室的同志在生活上多加照顾。叶剑英非常重视通信联络工作，并亲自起草指示、解决电台、报务人员、通讯技术等一系列问题，组织出版《通信战士》，并为之题词：“革命的马达在飞转，产生出解放人群的热，幸福的光。”为了做到上通下达，提高统帅部的指挥效能，叶剑英还经常邀请中央和各根据地、各战区的领导同志朱德、贺龙、陈毅、徐向前、聂荣臻、陈赓、罗瑞卿等前来王家坪参加参谋部，分析研究敌情和研讨战略的会议。听取“各路诸侯”的意见和建议，使军委制定的战略和策略更符合实际，具有更大的科学性和权威性。
叶剑英善于审时度势，精心运筹。他在参与中央军委对日作战的指挥、制定战略行动方案过程中，经常提出带有决策性的意见，受到中央军委和毛泽东等领导人的重视和采纳。1941年6月，苏德战争爆发后，形势十分严重。对敌军动态应当如何估计？侵华日军主攻方向是北上配合德军进攻苏联，还是南进？对此，延安总部参谋人员和国内外的军事家看法各异。叶剑英组织参谋部进行讨论，并吸收在延安的日本共产党员野坂三一起参加讨论，全面分析研究当时的国际局势和日本的国情，认为日军南进的可能性大，因而我们作战指导思想的侧重点，要放在对付日军南下上，并将这一意见上报给中央，供决策参考。他的意见被党中央接受，后来日本“御前会议”决定发动太平洋战争，日本偷袭珍珠港事件证明，叶剑英对日军动向的分析结论是完全正确的，对中央决策起了极其重要作用。
在日寇大举侵华（17）
叶剑英领导的总参谋部，成了中央和军委名副其实的指挥中心，受到中央领导和各战区领导的赞扬。胶东军区司令员许世友有一次派人专程到延安，送给中央一根黄灿灿的金条，毛泽东特意指示把它作为奖品送给了总参谋部作战部门。
当时延安统帅部在领导对日军作战的同时，还要针对国民党顽固派制造摩擦的阴谋活动进行斗争。叶剑英在协助毛泽东、朱德等制定反摩擦的斗争的方针政策方面，也取得很大成功。1943年夏，国民党顽固派发动第三次反共高潮，集结五十万军队，准备向中国共产党领导的陕甘宁边区根据地大举进攻。当时，八路军主力部队大都已深入敌后对日作战，陕甘宁边区兵力薄弱。大敌当前，局势险恶，如何应付？叶剑英经过深思熟虑，与情报部门研究，提出了一个以智退敌的“政治宣传战”方案。他建议使用中共掌握的军事情报，公开揭露国民党军队的进攻阴谋，以为退兵之计。毛泽东、朱德对叶剑英这个建议十分赞赏，完全采纳。决定除按预定计划部署兵力，做好保卫边区的自卫准备外，大力开展政治攻势，动员一切舆论，广泛开展宣传战，公开揭露国民党反动派调动兵力、破坏抗战、制造内战的阴谋。从7月4日开始，朱德以第十八集团军总司令名义连电蒋介石、胡宗南、何应钦，揭露其“闪击延安”的兵力部署、行动计划，呼吁团结，避免内战。新华社广播了朱德电报全文，并详细公布了国民党军队调动的情况。紧接着，延安召开数万人的群众大会，通电全国。毛泽东亲自动手特为《解放日报》撰写了题为《质问国民党》的社论，警告蒋介石：必须立即撤退进犯边区的军队，纠正一切错误。敌后各抗日根据地军民和国民党统治区爱国民主人士纷纷集会，发表声明和通电，声讨顽固派。同时，增调部分兵力充实陕甘宁晋绥联防军，在军事上也做好了应付突然事变的准备。
这一场以军事实力作基础的声势浩大的“政治宣传战”赢得了国内外各界人士的同情。由于我方掌握了国民党军队的一切行动计划直至兵力部署、行军路线等确凿的情报，并对其揭露无遗，使得正在日夜调兵遣将，准备内战的国民党顽固派大为震惊，十分狼狈，进退维谷。当年负责通风情报工作的戴镜之回忆此事说：“叶参谋长约我到延安去，问我这样做暴露了电台机密，对我们的军事情报工作究竟有多大影响？当时我跟叶参谋长讲，影响是有的。但我们有能力、有信心克服这个困难，弥补这个影响，不至于造成大的损失。叶参谋长听了非常高兴。新华社在7月7日就把我们获得的敌人的军事情报在新华社播发了，举出了许多具体的第1军、第90军、第几师、第几师，由什么地方开到什么地方，清清楚楚，一点不差。蒋介石非常恐慌，不知所措。”
就这样，蒋介石、何应钦等见阴谋败露，陕甘宁边区军民做好了应战准备，严阵以待，同时又迫于国内外舆论一致谴责的压力，只好下令收兵，致电朱德总司令，表示并无进攻意图。胡宗南一方面解释说“敝部换防，请勿误会”，另一方面下令清查内部，严惩泄密者。国民党顽固派发动的第三次反共高潮又以其失败而告终。人们称赞“叶参座”利用敌军情报唱了一台“空城计”，智退顽军五十万。
自觉参加整风，抵制“抢救”运动
蒋介石发动的第三次反共高潮虽然被制止了，但并未放弃一党专政、独裁统治，而且越走越远。国民党统治的腐败和倒退日甚一日。为了对付日寇大举进攻和国民党顽固派“剿共”的双重压力，中共中央决定从1942年春天开始，在党内进行一次普遍的马克思列宁主义思想教育的整风运动，以实现党内在思想上政治上的统一和行动上的一致，同心同德地战胜困难，夺取抗日战争的最后胜利，9月中央政治局扩大会议讨论了党的历史问题。会上高度评价了毛泽东的思想和实践，严肃批判了王明的错误路线，同时开展了批评和自我批评。叶剑英在会议发言中用反主观主义、反宗派主义的精神来剖析自己。他说，要“脱裤子”赤裸裸地检查自己，看看自己有无犯过错误的“伤痕”。他回顾了自己参加革命二十多年来走过的道路和所做的工作，最后说：“照上述回忆，实在太不够了，工作得不够积极，学习得不够刻苦，因此直到现在，我觉得自己还不是成型的干部。需要今后痛改前非，在工作中学习，向毛主席学习，肃清思想上的主观主义。”他参加高级干部学习班，认真学习毛泽东的整顿三风的报告和其他有关文献，研究马克思主义理论和党的历史经验，对存在于自己头脑和工作中的不足与缺点作了认真系统的检查总结。
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中共中央决定在整风的同时，进行一次普遍的审查干部的运动。这个运动本来是要解决敌我矛盾的问题，肃清、争取并改造潜入我党我军中极少数的特务、破坏分子。但运动进行过程中，却出现了严重混淆敌我两类矛盾的问题。尤其是后来在延安开展的“抢救运动”，大搞“逼、供、信”的做法，问题更为严重。如何对待“抢救”运动？叶剑英以他特有的政治敏感感到“抢救运动”审干的做法不大对头，便直接向党中央负责同志谈了自己的看法：“延安哪有这么多特务呀？如果这样的话，那延安还能不能存在？这样搞法不行。”此事得罪了极力主张搞“抢救运动”的康生。康生一伙告他的“阴状”，说他右倾，还制造借口，搞逼供信，蓄意迫害他的亲属，曾两次剥夺了他参加中央政治局扩大会议的权利。叶剑英面临新的考验，在此关键时刻，他毫不退让，坚持自己的正确观点和立场，继续向组织反映意见。后来，毛泽东采纳了叶剑英和其他一些同志的意见，提出九条方针，强调“调查研究，一个不杀，大部不抓”，纠正了这种极“左”的做法。叶剑英根据毛泽东的指示，在军委直属队自始至终坚持实事求是，抵制“抢救运动”的过火行为。他几次深入到总参二局等单位，贯彻落实党的正确的方针政策，找挨过整的同志一一谈话，弄清问题，纠正错误，使绝大多数同志得到甄别平反，重新走上工作岗位。
当时同叶剑英一起工作的伍修权回忆说：“整风运动时，总参成立了由叶剑英同志和胡耀邦、陶铸、舒同与我组织的领导小组，他同大家一起，对主观主义等错误思想作了认真的批评和自我批评。后来康生搞起的‘抢救运动’也波及到总参，有的同志因此受了委屈。剑英同志发现问题后，不顾康生的反对，马上向中央和毛主席谈了自己的看法。他明确表示不能这样搞，延安不可能有这么多特务，并采取措施制止了一些错误做法，向被整错了的同志进行安慰和赔礼道歉，为他们平反和重新分配工作。所以整风期间总参虽然也受到了康生之流的影响，但与其他单位比起来还是比较稳当的，叶剑英当时保护过的一些同志，历史证明没有一个是有问题的。”事实的确如此，原重庆曾家岩周公馆的收发员左仲平，曾和叶剑英一起工作过，后来调到定边苟池盐务局当领导。在整风运动中，有些人根据左仲平的父亲曾在国民党军队里当过军需官这一情况，推测他父亲是国民党“CC”特务，并把他本人打成“特嫌”，将其开除党籍。左仲平多方解释都没有用，被下放到吴起县政府当一名文牍秘书。他多次申诉，毫无结果，非常苦恼。后来，叶剑英知道了这件事，亲自写了一封“左仲平同志在政治上没有问题”的证明信，派人送给吴起县县长。当县长向左仲平宣读叶剑英的信和组织上为他平反而作出的决定时，他感动得当场哭了起来。
外界宣传中共抗日的主张和战绩，争取国际同情和支援
敌后抗战胜利，吸引来大批国内外知名人士和新闻、文化工作者到抗战圣地延安来参观访问，叶剑英总参谋长经常受党的委托，代表八路军、新四军延安总部，向各方面人士介绍解放区军民的抗战情况。
1944年3月，英、美等国，尤其是美国为了自己的利益和需要向我提出要求，派英、美、加、澳等国的记者，到延安及黄河以东我解放区了解我军力量及敌后斗争情况，并考察我陕甘宁边区及敌后根据地实施各种政策的情况，其目的显然是为了借助我党我军我敌后根据地的强大力量配合他们一起进攻日本，最后战胜德、意、日侵略者。
1944年6月9日，中外记者团到达延安。这个拥有数十人的中外记者团，其中外国记者有：美联社、美国基督教科学箴言报的史坦因，美国时代杂志、纽约时报、同盟�