组织严密的，其发展主线也受境外影响。
出境受训在境内恐怖分子心目中有相当高的地位，在他们看来，投靠境外的恐怖分子掌握的恐怖技能较高，受过“基地”的专业训练，回国后很容易成为核心成员。
“东伊运”与其它几个境外恐怖组织一样，在中亚很多国家都设有办事处，接应这些出境受训人员。投靠艾山的人在其办事处履行完手续后，被带往其在阿富汗的机构，阿富汗机构办事处的负责人根据各组织开的介绍信，把人送入“基地”。
本？拉登在阿富汗的三个基地──珀鲁克、斯迪克和贾哈特瓦里都供艾山使用，艾山所在的“东伊运”和其它境外组织一样，负责把学员送去，由本？拉登的人进行培训。艾山拉拢的人除了投靠者外，还有在中亚各国经商、朝圣、留学的维族人。到了基地之后，每个人都要进行体能训练，军事演习，和各种武器的拆装、射击等全部项目的演习。
受训过程结束后，那些被认为是靠得住的人，被挑中到另外一个基地，接受制作化学爆炸物的训练。一般来说，全部项目内容完成需要一年时间。警方掌握的情况是，每个人受训之后的任务分工并不一样，有的长期驻扎基地活动，与士兵入伍后参军一样，作为“圣战战士”，平时训练，有仗就打。艾山的一些手下就曾参加了阿富汗战争，实战也是他们训练的一项重要内容。还有相当数量的人被派遣回国。
活跃在境内外的“东突”恐怖组织中，“东伊运”因其层次较高，所以其经济资助也比较稳定，组织也相对固定。目前在新疆境内的组织则相对低端一些，被打击后就解散了，剩下的人又会在不同的时机再次纠合。他们的联络方式也是“立体交叉”的，高级一些的利用互联网、电话等通讯手段沟通信息，经常利用暗语，看似在聊很平常的事，其实是在互通活动信息。但由于公安机关的侦察能力相当强，他们对通讯系统始终不太放心，所以一般通过网络等联系后，他们会再聚集在一起面对面作更深的交流。
警方介绍说，一些回国的恐怖分子打着宗教的幌子，利用地下讲经点吸收新人。近几年来，建立地下讲经点和习武点发展队伍的方式明显增多，维族孩子成了恐怖分子的争夺目标，“他们在和我们争夺下一代”。从1996年～1998年，喀什地区取缔的地下讲经点就有210处，“培育”的青年有2600余人。
在记者看到的图片中，在叶城县伯西热克乡查获的地下讲经点为一所农村里的普通泥房，接受训练的“塔利甫”最小的才3岁，最大的38岁。在莎车县培训的三十多人彼此只以数字作为代码，互相间不叫名字，也彼此不能询问身份，只接受歪曲经文的教育。据其中的孩子说，如果传授的经文一次背不下来，就会被讲师打，两次背不下来就毒打，三次背不下来就被吊着打，房子里放着折磨孩子的简陋长条木凳。这些孩子中有男有女，生活特别艰苦，没有任何娱乐，恐怖分子对其相当残暴。如果孩子出事了，他们对父母的交代是：你的孩子没有挺过去，他为主献身了，到天堂去了。被选中的孩子在接受完几年教育后也将被派往不同的地方执行任务。
习武点则大多数在地下暗道中，由于新疆农村地区居住分散，很多恐怖分子选择偏远的普通房子做掩护挖暗道。这些地下场所大小不一，由规模和需要决定。记者看到的2001年6月17日被查获的巴楚县毛拉乡地下习武点表面上是农村路边普通的四间泥房，地下的密室分为习武室、爆炸用的工作间及休息室，每个房间只有三四十平方米，设施非常简陋。所谓的休息间只摆放着一个单人木床，一根电话线从地面拉进来，以便被发现时给地下的人通风报信。习武室里吊着几个自制沙袋，一副杠铃和几个哑铃，一台木制的跑步机由五块木板搭在大木框上，木板绷上皮带做成传送带的形式，十分破旧。爆炸间里也是一些破旧的瓶瓶罐罐。习武点平时非常隐蔽，有的密室门藏在维族人习惯挂在墙上的壁毯后。
2002年4月29日，在莎车县托木吾斯乡发现的一个地道中，一名在制爆中受伤的人员因为同伙不敢将他送进医院，死在了地道中。今年年初，公安人员在塔什米力克乡8村5组沙地克未完工的住宅中发现了地道，地道中发现了几十件自制的拉火管和刀具，还堆放着制爆用品，准备长期对抗。
值得一提的是，“东伊运”的骨干成员之一木塔里甫？哈斯木1999年6月被艾山派回国，其任务一是寻找武器。其次是寻找有钱人以筹集资金，或是搞到他们的电话号码。三是搞到阿富汗与中国的塔什库尔干接壤的边境地区图，或是去侦察那里的地理情况。对最后一点，警方解释说，艾山当时的考虑是，如果开战，他选择从中国与阿富汗接壤的塔什库尔干县开始。
新疆警方说，塔利班为境外“东突”的训练提供过各种武器，甚至还有坦克。在艾山？买合苏木的基地里，就有100多辆坦克，只要有汽油，他自己会开，也可以交给受训的其它人。
“9？11”之后，美国对阿富汗的基地进行严厉打击，很多基地被摧毁，基地分子被打死或打散。这种国际形势直接影响到“东伊运”等组织的命运。
与以往派遣大量受训分子回国战斗不同，境外缺人的局面使境内招募变得十分重要。而从近两年破获的案件看，恐怖分子出境的方式发生了变化。因为新疆对出境管理更加严格，很少有人直接从新疆出境，而是转道云南和西藏。路径一条是从云南出境的通过中缅边境到马来西亚，再飞往巴基斯坦。另一条是从西藏出境的，通过日喀则等地到尼泊尔，再到达巴基斯坦。
据警方掌握的情况，“9？11”后，“东突”境外组织的活动方式也在变化。他们由简单的暴力犯罪转向国际上大的恐怖活动。在公安机关“露头就打”的原则下，恐怖分子怕小的暴力行动暴露自己，削弱力量，就开始积聚力量策划大事件，如炸毁“三峡”大坝的行动。警方说，今年3月份，“东伊运”曾试图炸毁南新铁路，被公安机关破获。
有关人士说，“9？11”给“东突”恐怖分子的“启发”很大，他们不再把目标放在地处边境的新疆，而是向内地发展，这被公安称为“祸水东移”，他们希望在内地的中心城市策划有国际影响力的恐怖活动，一部分恐怖分子借着经商等名义潜入内地，在浙江小商品市场、河北皮货市场、上海、广东等地都发现过他们的踪影。…
“东突”累累罪行
90年代是新疆“东突”分裂组织发展最为迅速、活动最为猖獗的时期，截止到目前在境内外的“东突”组织有50余个。主要有：“东突厥斯坦星火党”、“东突厥斯坦青年党”、“东突厥斯坦燎原党”、“东突厥斯坦独立组织”、“东突厥斯坦人民革命党”、“东突厥斯坦民族解放组织”、“东突厥斯坦中央执行委员会”、“天山民主联盟”、“天山民族拯救者党”、“星火党”、“星火联盟”、“新疆伊斯兰天山党”、“探索”及“独立党”等。
而且境内外“东突”分裂分子已联成一体，“境外指挥，境内行动；境外培训，境内破坏”。近年来，在极端主义、分裂主义和国际恐怖主义的影响下，暴力思想已逐步在“东突”组织内部占据上风，分裂活动转向以恐怖暴力为主要手段。一些“东突”分裂组织公开宣扬要通过恐怖暴力手段达到目的。在查获的“东突伊斯兰党”、“东突反对党”等组织的纲领中明确提出，要“走武装斗争道路”、“在人口集中的地区制造各种恐怖活动”。因此“东突”组织在新疆的恐怖活动逐步升级，爆炸、暗杀、绑架等恐怖活动不断出现，以极端残忍手段滥杀无辜，制造恐怖气氛。2002年1月21日，中国国务院新闻办公室发表了《“东突”恐怖势力难脱罪责》的长篇文章，彻底揭露了“东突”的罪行。据不完全统计，自1990年至2001年，境内外“东突”恐怖势力在中国新疆境内制造了至少200余起恐怖暴力事件，造成162人丧生，440多人受伤的严重后果，留下了一笔笔罪恶的记录：
1990年4月5日，“东突伊斯兰党”恐怖分子在新疆阿克陶县巴仁乡劫持10名人质要挟政府，并在交通要道炸毁2辆汽车，杀害6名武警官兵。
1991年2月28日，“东突”恐怖组织在新疆阿克苏地区库车县客运站录像厅制造爆炸案，造成1人死亡，13人受伤。同日，恐怖分子还在库车县城一商店内安置了炸弹，爆炸未遂。
1992年2月5日，“伊斯兰改革者党”恐怖组织的“军事委员”依米提？塔力甫、“财政委员”伊德力斯汗？吾买尔等人在乌鲁木齐策划、制造了“2？5”公共汽车系列爆炸。恐怖分子同时在2路公共汽车、30路公共汽车、和平影剧院录相厅、文联家属楼五处安放定时爆炸装置。2路公共汽车上的乘客刘新萍、吐尔逊？巴拉提、吐尔逊？买买提达吾提3人当场被炸死，另有9人重伤，14人轻伤。
被炸毁的30路公共汽车？？？？死者之一：乌什县农民吐尔逊巴拉提
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1993年6月17日，“东土耳其斯坦民主伊斯兰党”在喀什市地区农机公司办公楼制造爆炸案，造成大楼坍塌，2人丧生、7人受伤；8月1日该组织又在喀什地区莎车县外贸公司录像厅制造爆炸案，造成15人受伤；8月19日在和田市文化宫制造爆炸案，造成6人受伤。
1993年8月24日，两名“东突”恐怖分子将喀什地区叶城县政协常委、大清真寺主持阿不力孜大毛拉刺成重伤。
1996年3月22日，2名恐怖分子枪杀阿克苏地区新和县伊协副主席、清真寺副主持阿克木司地克阿吉。
阿克木司地克阿吉被害后的阿克木
1996年4月29日凌晨，十余名全副武装的恐怖分子闯入库车县阿拉哈格乡库纳斯村，向全国政协委员、自治区人大代表卡吾力？托卡家投掷了2枚炸弹，致卡及其妻重伤，并将卡的弟弟、弟媳、儿子、儿媳杀死；该村村干部加如甫买买提明也被刺成重伤。
被杀死的库纳斯村
副村长艾尼瓦？托卡？？？？被杀死的艾尼瓦？托卡的
妻子热艳乃木（现场）
1996年5月12日，“东突”恐怖组织4名恐怖分子在全国伊斯兰教协会常委、新疆政协副主席、喀什伊协主席阿荣汗阿吉和其儿子去艾提尕清真寺做礼拜的途中，对其进行袭击，阿和儿子均致重伤。
1996年7月，“东土耳其斯坦伊斯兰正义党”策划沙雅县监狱暴动，导致15人死亡。
1996年8月27日，6名恐怖分子袭击叶城县江格勒斯乡政府，杀死副乡长和值班的警察；随后又闯入该乡一村，杀害3名治安员和1名水管员。
1997年2月5日至8日，“东突伊斯兰真主党”恐怖组织策划、制造了伊宁骚乱事件，恐怖分子高喊“建立伊斯兰王国”等口号，袭击平民，捣毁商店，烧砸汽车，致使7人死亡，200多人受伤，30多辆车遭毁坏，多间民房被毁。
1997年2月25日，“东土耳其斯坦民族团结联盟”在乌鲁木齐市2路、10路、44路公共汽车上制造爆炸，造成三辆公共汽车被炸毁，9人丧生、68人重伤。
被炸毁公共汽车炸毁的10路公共汽车
1997年3月，境外“东突”恐怖分子开枪袭击中国驻土耳其使馆，冲击中国驻伊斯坦布尔总领馆，焚烧中国总领馆悬挂的国旗。
1997年3月23日，“东突”恐怖分子闯入阿克苏地区金银川垦区负责人艾买尔江家中，将艾买尔江夫妇两人杀害。
1997年6月4日，4名“东突”恐怖分子闯入和田地区墨玉县恰其克乡荒地村干部买买提肉孜？买买提家，将其杀害。
1997年7月3日，“东突”恐怖分子闯入阿瓦提县拜什力克乡村干部吐尔地尼牙孜家中，吐夫妇被杀身亡。
1997年11月6日，“东突”恐怖组织在全国和新疆伊协委员、阿克苏伊协主席、拜城县清真寺主持尤努斯？斯迪克大毛拉去清真寺做礼拜的途中，将其枪杀。
1998年1月27日，“东突”恐怖分子枪杀叶城县政协常委、县大清真寺主持阿不力孜阿吉。
1998年1月30日至2月18日，“东突解放组织”在喀什市制造了23起系列投毒案，致4人中毒，其中1人死亡，数以千计的牲畜中毒或死亡。
1998年2月22日至3月30日，“东突”恐怖组织在喀什地区叶城县连续制造了6起系列爆炸案，造成3人受伤，天然气输送管道被炸坏引起大火，直接经济损失超过100万元。
1998年3月5日，境外的“东突”恐怖组织“东突民族中心”用炸弹袭击中国驻土耳其伊斯坦布尔总领馆。
1998年4月7日，“东突”恐怖组织在叶城县公安局负责人、县政协副主席和喀什地区行署副专员住宅门前等处，连续制造8起爆炸事件，炸伤8人。
1998年5月23日，“东突解放组织”成员在乌鲁木齐市华都商厦、大西门、河滩路布料批发市场、长征旅社批发市场、红山木材市场、乌鲁木齐旅社、商贸城等繁华场所放置了40多枚化学自燃纵火装置，制造了15起纵火案，由于及时发现和扑救，才未造成重大危害。
1999年8月23日，以牙生买买提为首的十余名“东突”恐怖分子闯入喀什地区泽普县波斯喀木乡派出所指导员胡达拜尔迪？托乎提家中，将胡和其儿子杀害，然后纵火，致使胡妻被烧成重伤。
1999年10月11日，3名恐怖分子在和田市棉麻公司棉花收购站棉花堆中安放定时爆炸引燃装置，烧毁棉花约2吨。
1999年10月24日，“东突”恐怖分子袭击泽普县赛力乡公安派出所，枪杀2人，枪伤2人。派出所10间房屋、1辆吉普车和3辆摩托车被烧毁。
2000年3月，“东突解放组织”在吉尔吉斯斯坦枪杀了拒绝与其合作的吉尔吉斯斯坦“维吾尔青年联盟”主席尼合买提？波萨科夫。
2000年5月，境外“维吾尔解放组织”，为筹集资金，在吉尔吉斯斯坦绑架了一新疆商人，勒索10万美金，并杀害了该商人的侄子，之后又纵火焚烧了比什凯克中国商品市场。5月25日，“东突”恐怖分子袭击了新疆人民政府赴吉尔吉斯斯坦处理纵火、绑架案的工作组，造成1人死亡、2人受伤。行凶后，恐怖分子潜逃至哈萨克斯坦，并于同年9月，在阿拉木图市杀害了2名调查此案的哈萨克斯坦警察。
2001年2月3日，“东突”恐怖分子杀害喀什地区疏附县法院干部买买提江？亚库甫。
2001年8月，“维吾尔圣战组织”使用自动武器袭击新疆库车县公安局，库车县公安局党委书记兼局长陈平牺牲，另有7名公安人员受伤。在瑞士的“东土耳其斯坦信息中心”发言人迪里夏提宣称此事件的目的，是对此前新疆自治区领导人向香港商人访问团承诺“在新疆投资不会受到民族问题影响”的回应。
在此期间，“东突”恐怖组织为了培训骨干，还在新疆境内一些偏僻地区建立秘密训练基地。如1990年“伊斯兰改革者党突击队”在叶城县伯西热克乡建立了训练基地，该基地先后举办3期训练班，共培训了60余名恐怖分子，训练内容包括宗教极端主义和恐怖主义理论，爆炸、暗杀等恐怖活动的技能，体能训练等。就是这些经过训练的恐怖分子参与了1991年至1993年在新疆各地的爆炸、暗杀、抢劫等重大恐怖活动。
1998年2月，境外“东突厥斯坦伊斯兰运动”头目艾山？买合苏�