存真，才使得这部《游记》免于湮灭的命运，世称之为李本，曾被后人误认为是霞客的原稿本。
清乾隆四十一年（1776年），霞客的族孙徐镇又进一步对李本重新编订，与各种手抄本对比校勘，考其缺失，订其异同，然后刻印出版，成为《徐霞客游记》的第一个木刻本面世，这个本子一直流传至今。不过这个徐本仍然不够完备，尚缺考察太湖、泰山、孔陵、南京、荆溪、勾曲、罗浮、京师、盘山、闽州、障州等地的游记和《滇游日记》首册。
嘉庆十三年（1808年），藏书家叶廷甲（字保堂）又对徐本进行了校勘，并增辑补编一卷，其中收集了不少霞客及其亲友的诗文、题赠、书牍，成为最通行的本子，共40余万字。
此后陆续续印的各种版本（包括石印本、铅印本）达10余种之多，皆以叶本为底本。
民国初年，在著名地质地理学家丁文江先生的倡导和主持下，专门撰写了《徐霞客先生年谱》，编绘了旅行地图，与《游记》合在一起，重新印行，起到了宣传推动作用。
近年来在北京图书馆善本特藏书库发现了季本的残存部分，名为《徐霞客西游记》，共5册，虽然只有崇祯九年（1636年）九月十九日至十一年（1638年）三月十七日的游记，但比通行本记载详细、具体、生动。
1980年，上海古籍出版社为了恢复《游记》的本来面貌，约请褚绍唐、吴应寿两位专家对《游记》进行整理、校点，以季会明抄本《徐霞客西游记》和徐镇本为底本，参考多种抄本和印本，并由褚绍唐、刘思源二人编绘旅行路线图39幅，另印成册。卷首还收有徐霞客的肖像、手迹和季会明、徐建极抄本书影及岩溶地貌等图片多幅，可以说这是目前了解和研究徐霞客及其《游记》最完善的本子。
《徐霞客游记》自从问世以来，一直受到国内外广大学者和读者的欢迎，并给予了很高的评价，今天已掀起了研究徐学的高潮。大家一致认为《游记》至少具有以下科学价值和社会效益。
第一，《徐霞客游记》（包括《徐霞客西游记》）是霞客30多年旅行考察的真实记录和结晶，它的内容十分广泛、丰富，从山川源流、地形地貌的考察到奇峰、异洞、瀑布、温泉的探索；从动植物生态品种到手工业、矿产、农业、交通运输、城市建置的记述；从风土人情的了解到民族关系和边陲防务的关注等等，皆有记载。它为我国历史自然地理和历史人文地理的研究都提供了极其珍贵的资料，开创了我国地理学上实地考察自然，系统描述自然的先河。
第二，霞客系统地考察了我国西南地区的石灰岩地貌（亦称岩溶地貌），他的《游记》对峰林、洞穴、溶沟、石芽、石梁、圆洼地、落水洞、天生桥和地热显示等地貌景观的分布、类型、变化、特征和成因皆作了详细的记录和分析研究，有比较科学的解释，是我国也是世界上最早的有关岩溶地貌的珍贵文献，比欧洲人于18世纪后半期才开始的岩溶地貌的考察，还要早100多年，其中许多西方地理学家认识到的地理现象和规律，早在《游记》中有了论述。它在世界上开辟了岩溶地貌考察的新方向。
第三，霞客考察了湖南、湖北、广西、云南等省区的大小河流，对诸水的源头、走向进行过认真的探索，他勇于打破传统的错误说法，并纠正前人研究中的不足和地方志记载的错误。尤其是他的《江源考》，正确指出长江的正源是金沙江，不是岷江，大胆地否认了1000多年来陈陈相因的“岷山导江”的错误论断，为以后进一步探求长江源头开辟了新方向，具有深远的历史意义。
第四，《游记》对一些奇特的自然地理现象作了许多科学解释，揭示了一定的自然规律。例如，它以福建宁洋溪（今九龙江）与建溪为例，说明二水发源的山岭高度相等，但距海的远近不同而决定了二者流速的快慢，即所谓“程愈迫，则流愈急”。 第五，《游记》中有关各地的工农业生产、交通运输、风土人情，动植物的种类、分布、特征以及与地理环境的关系，亦有不少记载和认识，给我们研究历史经济地理和历史动植物地理提供了一些有益的资料。
第六，《游记》充分反映了霞客严谨的治学态度、实事求是的考察方法和追求真知的献身精神。霞客旅游的目的，就是要穷江河之渊源，山脉之经络，攀登地理科学的高峰。为了达到这一目的，他下定了最大的决心，临行前，他嘱咐儿子说：“譬如吾已死，幸无以家累相牵矣。”在考察中，他不畏巉岩，不避死，百折不挠地同大自然作斗争，“虽山精怪兽群而狎我，亦不足为惧。”他重实践、勤考察，不迷信书本知识和民间传说。他能够经常遵循科学的原则去认识和解释自然界中各种奇异现象。总之，我们通过《游记》，可以学到徐霞客的许多优良品质。
第七，《游记》是一部进行爱国主义教育的好教材。从《游记》中，我们可以看到霞客是一个爱国主义者，他爱憎分明，对当时政治腐败不满，尤其对宦官头目魏忠贤一伙深恶痛绝，不入仕途，不与贪官污吏为伍，并同情被迫害的东林党人，情愿和他们交朋友，他以“身许之山水”，决心走科学救国的道路；他关心老百姓的疾苦，“恤孤怜寡，拯弱救饥”。
因此，凡是读过游记的人，无不被霞客的爱国主义精神和行为所鼓舞。
此外，《徐霞客游记》不仅是一部地理学名著，还是一部享有盛名的文学佳篇；不仅有很高的科学价值，而且有很高的文学价值。祖国的锦绣河山，自然界的万千奇景，在霞客的笔下，如诗如画，栩栩如生。写动态，千变万化；写静态，清新秀丽；写山，或峻险幽奇，或巍峨雄壮，令人目不暇接；
写水，或碧波荡漾，或水清石寒，令人心旷神怡；写洞，或玲珑剔透，或乳柱缤纷，令人眼花缭乱；写险，或悬流而下，或猿挂蛇行，令人心惊胆战。如此种种，美不胜言。它文字优美，语言生动，感情真挚，表达深刻细致。洋洋60多万字的大著作，人们读起来，如身临其境，深受感动，爱不释手，真不愧为“世间真文字，大文字，奇文字。”