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不过商毅表示仍然奉立这三个明藩朝廷为正朔，也算是给足了他们面子，尽管谁都知道，这仅仅只是在名议上，但回去之后也能够自圆其说。而对南京方面来说，重视的是实利，而不是虚名，何况南京政府本身就是一个独立的政权，基本上也不会和三个明藩朝廷有什么官方来往。
而三个明藩朝廷承认商毅靖北王的称号和封地，也不过是顺水推舟，因为商毅己经称王了，封地也占领了，承不承认也都一样。
协议的其次内容，是正式确定三个明藩朝廷的疆土范围以边境，并且规定发生摩擦事件，只能用协商解决，或请第三方调解，但在互相之间不得无故兴兵袭犯，否则其他各政权将联合对其进行打击。而除目前各方所拥有的地区之外，其他的地区将由各方自己抢占，谁打下来归谁。
在承认了第一条的大原则之后，这一条是争议最小的，因为三个明藩朝廷都是不思进取，得过且过之辈，能够守着自己这一亩三分地，当几天太平皇帝，过几天舒坦日子就心满意足了，别人不来打自己就谢天谢地，谁都没有兴趣再去打别人，致于统一天下，还是算了吧。而各朝廷内部的官员也都忙着争权夺利，能够在一个外部稳定的环境中争权夺利，当然也受各方的欢迎。
协议的最后内容，都是针对清廷的。包括的内容有：南方各朝廷都与清廷势不两立，以收复失地为己任，并且约定首先收复北京的一方，将为天下共主；与清廷发生任何官方来往、签定和约、南方都必须以一个整体进行，任何一方都不得私下与清廷签定任何协议、和约；任何一方遭受清廷或其他势力的攻击，其他三方都有义务出兵支援；而三个明藩朝廷如果要出兵北伐，商毅将为其让路。
关于这部份内容，其他的到没什么，因为现在长江中下游都是商毅的地盘，除了永历朝廷有一部份和四川接壌之外，其他都和清廷没有直接相邻；谁都不担心清军会打过来。因此签定四方攻守同盟，永历朝廷也很满意，而其他两方也都没有意见。
而争意最大的是收复北京者为天下共主，因为谁都知道，现在的南方有实力收复北京，只有商毅。因此这一条等于是为商毅量身定做，但谁也无法提出反对意见来，毕竟不能说自己收复不了北京。
而对南方除商毅之外，唯一一个真心想和清军作战的郑成功集团，商毅也在私下答应他们，下一次与清廷作战，一定会叫上他们一起出兵。并且在长江北岸的沿海地区，也让出一个地方，供郑军驻军，屯积粮草物资。因此郑成功集团也全力支持这项协议。
当然还有一些其他的次要内容，比如各方都将开放各自的边境地区，互相通商往来，降低关税，流通商品贸易；允许［杭州时报］在其他三个朝廷内自由发行；南京政府也邀请三个明藩朝廷派遣官员，留驻南京，以便于互相联络沟通等等。因为这些事项并不涉及各方的根本利益，到也并没有引起多少争议，很快也就确定下来了。
这份在后来被称为是南方抗清统一战线形成的标志性文件，也就是这样被捣鼓出来了。而在后来的档案、历书中，将这件文件称为【南方联盟协议】。
各方代表在协议上签好名之后，也都带着各自的一份协议，离开南京，返回自己的朝廷。不过在各自的朝廷中又都引发了一场争论，有人赞成、也有人反对。不过各方的实权人物心里都清楚，现在南方三朝廷根本无法与商毅相抗衡，而且这协议对自己来说也多少有一些好处，而不利的地方，似乎在目前还真的没有，一但不承认这协议，万一把商毅给遭恼了，真的打过来怎么办？
另外其他三方的不少大臣们也都有这样一个想法，反正有商毅在前面挡着清廷，就让他去和清廷硬拼，等到他们拼个两败俱伤，自己也好坐收渔利。因此在这多重因素之下，虽然也经历了一番争吵，但最终还是认可了这份协议。而随后各方又都各自投入到权力斗争当中去了。至于协议，也没人再理会。
三个明藩朝廷內部的事情，商毅从情报部门那里也都陆续知道一些，大体的发展并不出他的预料，虽然从理论上说，签定的协议本身并没有太大的约束力，随时都可以被撕毁，但三个明藩朝廷肯派人到南京来参加会谈，就基本表示了各方对会谈结果的主要态度。而且协议也充份照顾到各方的现实利益，因此在时局没有发生明显的变化之前，各方也都不会轻易违反这份协议，至少也可以维持一段时间。
那么在短时间内，自己也不用把主要的精力放在南方，而是可以将大部的注意力放在北方的清廷，以及海外。
同时第二次琉球战役，以及进攻日本，袭击江户的战斗消息也都陆续传回到南京，战事的进展也十分顺利，一直都按照商毅预定的计划进行，也让人十分放心。因此现在商毅的主要精力还是放在自己內部的调整上，现在要做的事情还有很多，安排一直排到了今年的年底。
而首先要做的，就是举行称王仪式，虽然现在商毅己经称靖北王已经有三个多月了，在南京政府的文件上，也己经使用靖北王的称呼，而且也得到了三个明藩朝廷的正式承认，但由于四方会谈的进行，以及其他的事务商毅始于都没有举行一个正式的加冕仪式。虽然只是称王，但也仍有一套十分复杂的程序和仪式；在中国古代；对这一套程序是非常重视的；因此从理论上说，商毅这个靖北王还不算是名正言顺。
现在其他事情都告一段落，四方会谈也取得了比较好的结果，因此周世奇、王夫之、李岩、李格非等人也向商毅进言，应该在南京筑台祭天，选择一个良辰吉曰；正式登台；进冠冕；玺绶讫；面南背北称王。
商毅虽然不喜欢这些繁琐的仪式，但也不好弗众人的意愿，因此也只好同意，但要求一切仪式，都尽量简进行。
第一九三章 称王设官
其实称王的仪式也并不仅仅只是一个形式。还要分封各级官员，以及商毅的众妻妾们也都要得到正式策封，正式成立后宫。
尽管这一次只是称王，而不是称帝，但现在商毅集团巳经不在是一个临时的地方割据势力，是成为一个真正的国家政权机构。也需要一套与之相配的行政管理制度和规则，正式的官职品级，以及军队的建制，当然也包括商毅后宫的等级制度。那怕只是暂时性的。这才是称王的主要目地。因此这也是对目前商毅集团内部的一次全面的安排整合和权力分配。
另外商毅起事差不多有五年的时间了，现在虽然还不算是完全功成名就，统一天下，但也可以说是坐镇一方建朝立业的独立势力，而有不少一开始就跟随商毅的部下，在这些年来；也都立下了不少功绩，无论是文臣还是武将；都应该对他们有所安排，进行一次阶段性的封赏奖励；这也是居上位者必须做的工作。
同时随着实力的扩大，在商毅集团内部，也形成了几个派糸，从地域可以分为山东糸和浙江系两支；从家族上可以分为周氏和林氏二派，再加上其他的小派系，也比较复杂。但正是有人的地方就有江湖，一个集团扩大，內部再形成新的派糸，在任何时候，任何地方，都是不可避免的事实。
当然在目前来说，商毅集团内部的各方势力还十分团结，并没形成争权夺利的局面，一方面是有商毅在上面压制，另一方面也是目前还处于“革命尚未成功，同志仍需努力”的阶段，因此众人都还能够做到齐心协力；互相帮助。但也不能因此马虎大意，由其是称王之后的分封，不仅要做倒对毎一个人都论功行赏，还要平衡各方面的利益，不说让所有人都满意，但也必须让绝大多数人都心悦成服，这也确实让商毅也废了好一番脑筋。
在加冕仪式结束之后，首先是对后宫进行分封，王爵的后宫制度没有皇帝那么复杂，大体只有正妃、侧妃、偏妃三种，甚致还会有妾室。当然如果商毅原意，也完全可以按照皇帝的标准，弄出什么三宫六院七十二妃来，不过现在商毅还不打算广收妻妾，只是立叶瑶瑱为靖北王正妃，林凤舞为侧妃，陈圆圆和明石姬都为偏妃。但同时商毅也正式规定，自已不在南京期间，正王妃将有代理行政决策的权力。
因为现在算是商毅正式妻妾的，只有这四个人。虽然亚莉桑徳拉和朱媺娖的婚礼都在筹备当中，但毕竟没有正式举行，因此这一次也都不在分封之列。
后宫的分封，也是最简单的一项，并没有太多争异。因为在商毅的妻妾当中，除了林凤舞之外，其他人其本都没有多少娘家势力，叶瑶瑱本来就是商毅的正妻，立为正妃也是理所当然，而且在过去几年里，商毅领军出战，都是由叶瑶瑱代理政务，这一点也己经得到了众官员的认可。
林凤舞是以平妻的身份嫁给商毅，她也是商毅的妻妾当中，唯一一个有娘家背景的，而且林凤舞本身也极居理财能力，和海外阅历，同时林家也是商毅的一个重要的支助力量，因此被立为侧妃也是顺理成章，而陈圆圆和明石姬本是妾室，被立为偏妃。
随后才是重头戏，因为中国发展到现在，文官制度己经非常完善了，没必要做大修改。因此在文官的品级和官职名称上，商毅也并不准备另搞一套，基本还是沿用明朝的旧制，官员的品级分从正九品，而各级以内又分初授、升授、加授等二三个级；而中央设内阁、分六部九寺等等。
首先商毅下令，将行政部正式改为内阁，由周世奇出首辅，王夫之、李岩、李格非三人都入阁理事。周世奇兼任吏部尚书、户部尚书；王夫之兼任礼部尚书、工部尚书；李岩兼任兵部尚书，**部部长。
周世奇，王夫之、李岩三人成为商毅的内阁成员，并不奇怪，因为这三个人很早就付责整个行政部的工作，只有李格非是被格提拔起来的。而且在此之前，李格非付责的是商业运行，对外贸易来往，以及对外事务等工作，在中国传统的政治格局中，这些都不是主流的事务。
但李格非的身份是林之洋的盟兄弟，也算是林家的一份子，而林家也是商毅手下的一大团体，在另一大团体周家已经出任內阁首辅的情况下，林家在内阁中理当占有一席之地。而且南京政府和过去的其他朝廷不同，十分重视商业营运和对外贸易，这两块的收入占总财政收入的七成左右，因此过去李格非的工作，实际也是相当重要的。这次进入内阁，也表示商毅坚持发展商业，对外贸易，以及走向海外的态度。
由內阁成员兼任六部尚书，也是明朝常的惯例，以前商毅在行政部下，设立了十一个司，实际是将六部的职能和权利分散，因为商毅的政府和过去的历代朝廷所走的道路并不一样，还按照原先的六部划份，显然是己经不能满足管理的需要，必须分得更为细致，因此这十一司实际取代了过去六部的位置；同时还会增设一些新部门。
而內阁成员兼任六部尚书之后，实际是不能参与六部的实际公务外理，只是分管各部工作，吏部下，新设组织部和人事档案部、户部分管财政部、审计部；礼部分管教育部，宣传部、工部分管工业部、农田部、工建部；而李格非分管商务部、对外贸易交流部。而兵部现在仅仅只是一个虚壳，所有与战事有关的事务，都由**部处理，保留这个名称实际只是为了凑齐六部，因此李岩同时还兼任**部的部长。
不过**部的俱体工作其实是由商毅在处理，而且在现阶段，**部仍然是最高机构，就连內阁也必须服从**部的决议。但李岩并不属于山东、浙江这两大集团之中，因此权力分配大体仍然保持着一个平衡状态。
唯一一个没有被兼任的六部职位就是刑部，由仲栽司主事为王仲平出任刑部尚书，而且刑部不在内阁的管辖范围以内，而是直接对商毅付责。因为商毅是来自现代社会的人，三权分立的概念己经深入其心，现在的南京政府还不可能成立议会，但这也是将司法部门从行政部门独立出来，司法权和行政权分立的格局，并为以后真正实行三权分立所做的准备。
刑部以下；设仲裁院和督察院两个机构，其中仲裁院是付责处民间事务，而督察院是处理各级官员的违法事务，但目前来说，督察院只有审判权，并没抓捕权和审询权，目前这两项权利都由由安全处、情报处来付责，督察院主要还是刑部只是走最后一道审判程序。刑部目前的主要功能，还是针对民间事务，权力并不大。毕竞现在还是战争时期，并不是真正搞国家建设的时候。因此尽管刑部尚书王仲平是属于山东糸的，但也不会对权力划纷造成多大的影响力。
这样一来，而属于直接对商毅付责，除了刑部之外，还有文书司，安全处、情报处，现在也都升级成部。各部的部长依然由原来的长官出任。这样一来，南京政府实际有十八个部门，分属内阁管理的有十二个，直接对商毅付责的有六个。
中央机构的组成等级就这样确定下来，而地方机构基本还是保持原样，按省、市、县、乡镇四级不变。其实也就是对应巡抚、知府、知州、知县等官职。而各官员的品级，还是沿用明朝旧制。同时各级官员的奉禄以及补贴也都在以前的标准上，又增加一成左右。
明朝的官员奉禄是中国历代最低的，如果尽靠奉禄，一般的官员根本养活不了自己，因为商毅集团的财政状况一向很好，因此政府官员和官兵的饷奉都很好，要比明朝时侯高得多。毕竟想要别人干活，总得让人家过得好一些吧。
不过商毅当然清楚，官员贪不贪污，并不在于官俸的高低，宋朝是历代官俸最高的，但照样贪污成风，而明朝这样的低俸，也同样有两袖清风，清廉守节的官员，因此所谓高薪养廉，所起的作用其实十分有限。治理贪污其实是一个世界性的难题，必须从道德、法制、完善的监督制度和财政管珪制度等几方面一齐努力才能完成，单靠某一方面，是洠в杏玫摹Ｉ桃慵拍壳袄此担谡夥矫孀鞯没共淮恚堑靡嬗谕晟频牟普贫群图喽教弭椤�
另外商毅决定现在暂时还不设立勋位、爵位，以及荫恩亲属等制度，毕竟现在还没有到真实坐享其成的时候。因此行政系统的官员构成基本就这样确定下来，以后再根据实际的需要，再增设其他部门、官员。
第一九四章 整编军队（上）
文官系统确定下来之后。接着就是军队糸统。而首先改变的，是军队的名称。
由于以前商毅只是一方的割据势力，为了增加军队的归属感，保障自已对军队的绝对控制力，因此才叫做商家军。但现在商毅己经正式称王，并且己经形成一个独立的政权机构，说是国家，也不为过，如果还叫商家军，仍然脫离不了军阀的味道。
商毅决定将军队正式分为陆军部和海军部两个编制，统一称为中华军，而陆军也称为中华虎贲军，海军则称为中华伏波军。
这二个名称也得到众人的一致赞同，因为中华是中国、华夏的合称，自古可以代表中国以及汉族。因此取“中华”两字，就意味南京政府的目标是夺取天下，并非偏安