仁也，可是不肖官员人等，不但不知感激悛改，勉为廉吏，反而恃有宽大之恩，心无畏惧，将侵盗贪墨视为固然，数十年来，日积月累，亏空污赃之案，不可胜数，朕若不加惩治，仍然容忍此等贪官污吏拥厚资以养子孙，则将来天下有司皆以侵课纳贿为得计，其流弊何所底止？”康熙后期，由于官吏贪污严重，地方的钱粮被官吏们大量贪污和挪用，导致清廷的国库收入锐减，造成了财政的严重混乱和危机。户部存银，康熙四十八年尚有5000余万两，到了六十一年，就只剩800余万两了，可见官吏贪污现象之严重。
地方官员向朝廷呈报的积贮钱粮的数字，一般只是虚额，实际根本不足，形成巨额“亏空”。历任官员无不侵吞肥私，前任官员把亏空移交下任，下任再加挪用侵吞，积年累月，越亏越多。经过康熙朝长时期的亏空，中央与地方的财政日益虚匮。
雍正帝刚刚登基，就向全国的贪官污吏们发难了，抓住亏空的问题，严厉加以整顿。他说： “历年户部库银亏空数百万两，朕在藩邸，知之甚悉。地方亏空钱粮，不是受上司勒索，就是自身侵渔。以前大行皇帝（康熙帝）宽容，未对赃官明正典刑。虽然有所追补，也不过是虚应故事，亏欠依然如故。库藏空虚，一旦地方有事，则难以应付。”他下谕指斥地方官员亏空钱粮的种种弊端，并限期三年之内，各省督抚将所属钱粮严行稽查，凡有亏空，三年之内，如数补齐。但是不得苛派民间，不得借端掩饰，如限期仍不能完，则从重治罪。三年补完之后，若再有亏空，严惩不贷。其亏空之项，除被上司勒索及因公挪移者，分别处理外，其实际侵欺入私囊者，经审查确实具奏，即行正法。如果仍然徇私舞弊，或被朕访知，或被科道纠参，将督抚一并从重治罪。
如此一来，几乎全国的官吏都处于被动地位，谁不挪用公款呢？亏空早就普遍化了。
为了防止官吏们借权贪污，雍正帝设立了会考府（不是考职称，而是考廉政），命和硕怡亲王允祥主持其事。在四位总理大臣中，雍正帝惟一倚重的人就是十三王爷允祥。在诸皇子之中允祥与雍正帝的关系最为密切，雍正帝即位后，任命他为总理事务大臣，封怡亲王，参与处理最高政务，允祥常常代他传旨。允祥兼管户部，清查亏空之事特意交由他负责办理。雍正帝说： “辅政之初，阿其那（允禩）包藏祸心，扰乱国是，隆科多作威作福，揽势招权，实赖怡亲王一人挺然独立于其中，镇静刚方之气，使奸宄不得肆其志。怡亲王公廉忠诚，为当代诸大臣中第一人。”
户部掌管国家财政，多年来，积弊甚多。允祥以相当多的精力整顿追查亏空。
雍正帝发出上谕： 钱粮奏销中的弊病主要在于“部费”陋规，没有部费，正常的开支，户部也不予通过。有了部费，即使是靡费百万的开支，也准奏销。过去大行（康熙）皇帝也知道其中的弊端，但是不欲深究，从宽处理了。他特别声明： “朕今日不能如皇考（康熙帝）之宽容。”今后，一切钱粮奏销事务，无论哪一个部门，都由新设立的会考府清厘出入之数，都需经过怡亲王允祥等人会同办理。他特别告知允祥说： “你如果不能清查，朕再另遣大臣，若大臣再不能清查，朕必亲自查出。”表示了绝不宽容的态度。
以前，各部院动用钱粮，只要是给户部送了规礼，就可以自行奏销了，因此助长了营私舞弊之风。会考府设立之后，一切开销由会考府稽查审核，杜绝了不少贪污行为。允祥又查出户部库银亏空250万两，勒令户部历任堂官、司官以及部吏赔偿150万两，其余的100万两，由户部逐年弥补。
过去清查亏空，允许官员去勒索百姓以弥补亏空，现在填补亏空，不许苛派民间，只勒令官吏们退出赃银赔补。许多人拿不出现银。允祥一下子抄了许多贪官污吏的家，引起普遍的不满。官场毕竟是贪官污吏的天下。雍正帝明确表示，抄家是朕的意思，这是必须的，是为了彻底清除积弊，以此打消官吏的侥幸之心。以往清查亏空多是走走形式，特别是基本不会触动皇亲国戚。现在允祥对皇亲国戚的贪赃枉法，也绝不姑息。他追索履郡王十二阿哥在内务府任上的亏空，强迫他务必把银子交出来，逼得他没有办法，就把家具器皿都摆在大街上变卖，换了银子来偿还亏空。敦郡王十阿哥虽然被追索数万两银子，仍不能赔完，最终查抄了他的家产了事。内务府官员李英贵等人冒支正项钱粮百余万两，也被抄家。
在清查亏空的时候，有许多官吏还在转移赃物，作弊抵赖。
雍正元年八月，通政司右通政钱以垲提出追补办法： “凡亏空官员题参时，一面严搜衙署，一面行文原籍官员，封其家产追变，才不致于隐匿寄顿。”官僚贪污受贿所得，往往派人送回原籍，或用以购置田产，或密藏起来留给子孙。如有一位曾任云南布政使，后迁广西巡抚的大贪官钱度，家中赃钱太多，乃在家中修夹壁墙，储存金银钱财，以传子孙。所以抄家必须两处同时下手才能追回犯官的赃款，不足之处即将其产业估价变卖，可以较彻底地完纳应偿亏空。这个办法实在很高明，雍正帝立即就采纳了这一建议，大多数贪官的清偿方式都照此办理。不仅如此，对于那些抄家之后仍然赔补不足的，再抄其亲戚之家。雍正帝说，因为当初他们都帮助贪官分赃了，现在也要帮助赔偿。这个办法就是彻底，国库一下子就丰富了。俗话说，花钱如流水。正如水不能从地球上消失一样，这钱也不可能从地球上消失，不过是从国库里流到贪官污吏的老家（子孙和亲戚）而已。雍正帝使这些钱倒流回来，用顺藤摸瓜的办法，可以说是历朝历代皇帝中反贪最彻底的一次。
雍正帝对亏空的两种原因“挪用”和“侵吞”的处罚是有区别的。
挪用轻罚，侵吞重惩。贪官污吏避重就轻，将侵吞报作挪用，以图蒙混过关。通常的办法是先追查侵吞，后追查挪用，官吏们把侵吞之款算在挪用之中，希图以挪用了结案子。雍正帝与贪官污吏斗法，改变成例，先追查挪用，后追查侵吞。官吏们总是有侥幸心理，在不得已的情况下才承认侵吞，而侵吞之数远远大于挪用之数，他们先报了亏空小数，如果再核查出亏空大数，必是侵吞无疑。雍正帝所作所为也是历朝历代所仅见。比朱元璋的办法效果好。
河东总督田文镜向朝廷奏报山东省钱粮亏空的原因时说： “山东钱粮亏空，半亏在官，半亏在役，而实际在民欠者无几，此臣之所访得最确也。臣不遗余力督责府州互相觉察，设法严查，总期彻底澄清，不容纤毫短少。”田文镜因此受到雍正帝的赞扬。
雍正帝深知，地方官吏填补亏空的办法，也不外乎苛派民间而已，这是他们惟一精通的理财之道，故此特别强调不得苛派民间。他下了一道谕旨说，在康熙朝，就曾有人提出请加火耗以弥补亏空。先帝未允，如今火耗更不允许增加。
根据以往的惯例，被革职的官员仍然留任以弥补亏空。雍正帝认为，让这些官员留任催追，必然贻累百姓，因为赔款“不取之于民，将从何出”？官员之间更互相包庇，他们只会以新的贪污受贿来填补旧项，故不许其复留原任。
在雍正五年（1727年），发生了一起人们十分熟悉的抄家事件，曹雪芹的家被查抄。
曹氏是皇家世代家奴，曹雪芹的曾祖父曹玺，是康熙帝的奶妈的丈夫。曹玺于康熙二年（1663年）出任江宁织造，他的任务就是监督制造和采购宫中使用的丝绸织物，直接受宫中内务府管理。江宁织造局在南京，苏州和杭州还有两个织造局。他们虽然官品不高，但是在地方上颇有权势。曹玺死后由他的长子曹寅承袭其职务。曹寅与康熙帝关系密切，小时候曾陪伴皇帝读书，因此受到皇帝重用，委派为两淮巡盐御史。两淮巡盐御史是个肥缺，中央和地方官吏一有机会就狠狠勒索他一顿。康熙帝每次南巡，他都远出接驾，很受皇帝赏识。皇帝有时就住在江南织造署。每次接驾，“把银子花得像淌海水似的”（《红楼梦》语），又没处去报销，亏空之大可想而知，曹寅报告皇帝，他历年亏空有190万两，康熙帝让他设法弥补，他生前没能补完。
曹寅死后，他的儿子曹颙仍然承袭他的职务，但是亏空也仍然没有补上，曹颙死后，他的兄弟曹常常受到雍正帝的训斥。到他这一代，曹家与皇帝的关系已经疏远了。更由于他与废太子的关系密切，犯了雍正帝的忌讳。现在，雍正帝对他可不客气了，雍正帝先是让允祥“照看”他，以后，山东巡抚塞楞额参奏江南三织造扰累驿站，正巧今年是曹负责解运，他的亏空迟迟不能弥补，已经使皇帝不快，如今又骚扰驿站，皇帝一贯禁止官员骚扰驿站，一怒之下命令两江总督范时绎查封曹的家产。查抄的结果，只没收了几万两银子，雍正帝以为他把家产都转移了。因此曹家的亲戚，苏州织造李熙的家也被查抄，搞得曹、李两家彻底破产。曹家迁到北京，再迁到西山。雍正帝大搞抄家的副产品，使得中国产生了一部杰出的小说《红楼梦》，曹家如果不败落，曹雪芹也许就写不出《红楼梦》了。曹雪芹就在“举家食粥”的窘况之中，才写出了不朽名著《红楼梦》。当今国内力争诺贝尔文学奖的诸位先生们，不知是否能从当中受到一点有益的启发？当然这是题外话了。
有些官员亏空数额巨大，无法弥补，在那“溥天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣”的时代，也无处可以潜逃，就畏罪自杀了。他们以为只要自己一死，事情就算了结，不会再抄家了，贪污的财产就可以传给子孙。然而雍正帝却加重处罚这种人，继续向他们的家属追赔赃款，决不轻饶。
虽然被揭发和抄家的赃官不少，但是仍然有大部分亏空无人可赔。因为这些亏空全是多年积累下来的，已经搞不清楚该由谁来赔偿了——如果真要搞清楚的话，恐怕就没有几个人能做官了。所以大部分亏空的赔偿都不可能落实到个人头上。凡被人举报告发者就被革职抄家，算他们倒霉。可是地方上被纠参的官吏过多，官员频繁改换，也于统治集团不利，因此必须采取一项既可以充实国库，又不加重百姓的负担的新措施。
诺敏、高成龄首倡养廉银制度
皇帝最可怕的敌人就是身边的大臣和地方官吏。过去，人们强调阶级矛盾是社会的主要矛盾，其实不然，君臣矛盾才是主要的社会矛盾。最难解决的社会矛盾是君臣权力之争。国家最高层领导的任何一种活动，都会严重影响到全国。比如，朱元璋取消宰相就严重影响了中国的历史进程。君臣矛盾最基本的内容，就是财富分配的矛盾。皇帝是全国财富的分配者，中央大臣和地方官吏是财富的掠夺者。雍正帝在《御制朋党论》中说，反对他亲理琐事的人都是朋党中人，他们想方设法蒙蔽君主，担心当今君主英明洞察，不利于他们谋取个人私利。官员的财富由分配所得太有限，掠夺则无尽无休。社会财富在国家、官吏、商人、平民诸方面分配，用什么调节？当然不是市场经济的杠杆，而是权力的杠杆。官员贪污首先危害到老百姓，最终则危害国家。君主存在的理由之一就是压制官员的贪污行为。这个问题永远没有妥善的解决办法，只有相对的平衡。搞得好，国家就兴盛，搞不好就亡国。
雍正二年（1724年），七月里的一个深夜，忙碌了一天的雍正帝很有些疲倦了，每当疲倦之时，他便以静坐来恢复精力。静坐之后即感觉精神清爽，他又翻出白天刚刚收到的一封奏折来批阅，这篇奏折他已经看过三四遍了，是山西布政使高成龄所上关于整顿地方耗羡的建议的奏折。奏请把山西全省的耗羡全部题解归公，同时发给官吏养廉银，地方各级衙署发给办公费。上个月，山西巡抚诺敏已经上了一个请求耗羡归公的折子。诺敏、高成龄的奏折当中反映了山西耗羡问题的严重，就全国来说，各省的情形都差不多，这也是他登基以来冥思苦想而理不出头绪的一个问题。
雍正帝回忆起几年前，年羹尧和陕西巡抚噶什图就曾上疏，奏请将耗羡酌留，以便各官用度，其余则捐出以弥补亏空。这是针对当时吏治腐败，贪污风气盛行而提出的一项改革建议，想以此来减少地方官中饱私囊的现象。可是皇考圣祖不愿担当加赋的恶名，没有同意，批谕： “朕谓此事大有关系，断不可行。定例私派之罪甚重，火耗一项，特以州县官用度不敷，故于正项之外，量加些微，原是私事。朕曾喻陈瑸云： ‘加一火耗，似尚可宽容。’陈瑸奏云： ‘此乃圣恩宽大，但不可明谕许其加添。’朕思其言，深为有理，今陕西参出亏空太多，不得已而为此举。他们虽然是密奏，朕若是批发，竟视为奏准之事。加派之名，朕岂受乎？”故而此事罢论。康熙帝以为地方官吏只是“量加些微”，而不知实际情况是火耗没有一定之规，没有硬性的标准，反而便于吏役大收特收。这是康熙帝失误之处。
雍正帝又想到，去年湖广总督杨宗仁也提出了耗羡部分归公的建议。杨宗仁奏称： 地方上的公事开销，都是地方官勒派百姓供应，不如令州县官在原有的耗羡银内，拨出二成交到布政司库房，以充一切公事之费，此外私毫不许再加派捐。雍正帝甚表赞同，批道： “所言全是，一无瑕疵，勉之。”
现在诺敏的奏章又提出山西省改革的具体方案： 将全省耗羡银约50万两，悉数上交布政司库，然后从中拨出30万两作为办公用费以及各官养廉之用。20万两可作为弥补无着亏空之用。诺敏任山西巡抚之前，在户部供职多年，一向被同僚称为对财政“稽核有法”（用今人的话来说，叫做“懂经济”），这笔账还是算得很精的： 与其暗中收送陋规钱，何如公开给与养廉银？再以耗羡把多年的亏空补上。诺敏此议真是通权达变，于国计民生均有裨益，可将这事交九卿会议商讨，如行得通，全国各省都照此办理，官场贪风数年之内当熄灭矣。想到此，雍正帝感到十分欣慰。
为什么把这项开销称之为“养廉银”？要搞清楚它，有一些职官薪俸制度和官场钱权交易的基本情况，在这里必须费些笔墨来说明一下。
清朝沿用明制，实行职官底薪制，官吏正规的俸禄是非常之少的： 官级正一品，年俸180两；官级正二品，年俸155两；官级正三品，年俸130两；官级正四品，年俸105两；官级正五品，年俸80两；官级正六品，年俸60两；官级正七品，年俸45两；官级正八品，年俸40两；官级正九品，年俸33两。另有俸米若干石。对于他们来说，这些钱粮实在太少了，既不能养家糊口，也不敷日常费用，连骑马坐轿都不够开销（无怪乎清官如于成龙者，出远门时常常骑一头毛驴）。
中央大员和地方督抚大吏，往往家中人口众多，日常开支浩繁（所以像于成龙、汤斌一类的清官，在外任职时，总是不带家属或少带家属，不雇佣人或少雇佣人，多用家人办事，以节约开支），180两银子的年俸，有时还不够官吏们一天的开销。不可思议的是，连办公费也要从正印官那少得可怜的年俸里开销