其他攻击靳辅的人说： “今九卿已将靳辅议罪，皆言其治河无益。若王新命闻之，亦顺从于成龙之说，以靳辅所治不善，大坏河道，将原修之处尽行更改，是伊等各怀私忿，遂致贻误河工。”又因凯音布奏折中提到原漕运总督慕天颜曾令漕船退出中河，康熙帝命将慕天颜“提拿挟讯”。康熙帝说，慕天颜如此胆大妄为，定有主使，所以要审“问谁为唆使，则实情毕露”。并说： “此等之人不重加惩治不可也。”（《清圣祖实录》卷一三五，康熙二十七年四月庚申）刑部尚书图纳等将审问慕天颜的结果奏上，说： “臣等公问慕天颜，慕天颜供称，于成龙所与书内云，董讷、慕天颜汝二人，我曾荐举河工，尔等为何顺靳辅而言，竟不各出己见启奏？尔等即不启奏，我启奏有不可乎？”（《康熙起居注》第三册，康熙二十七年五月壬申）为此，九卿质询于成龙，于成龙说“云寄书是实。至挑浚中河无益，得之传闻，并无指实，自甘妄称之罪”。原来是慕天颜为了附和于成龙才这样做的，这就是结党营私了。现在康熙帝对于成龙也不那么信任了。
康熙帝任命王新命为河道总督，又派出兵部尚书张玉书、刑部尚书图纳、左都御史马齐、侍郎成其范、徐廷玺等人，对靳辅主持的河工进行全面审查。康熙帝特别嘱咐他们对实际情况要做出客观评价。康熙帝说： “尔等到彼处，宜从公详看，是曰是，非曰非，据实陈奏。”皇上既然显示了公平的姿态，说明他不想全盘否定靳辅的功绩。
康熙帝为了搞平衡，同时打击两派大臣，总算没有使靳辅对黄河的十年治理前功尽弃。围绕河工方略进行的辩论和由此而起的整肃是人为制造的一场闹剧，根源在于封建帝王对臣工的不信任感，以及对自身权力根深蒂固的不安全感。因此，不断地搞整肃的同时又搞平衡，是高明的帝王永远玩不完的权术游戏。玩弄靳辅和于成龙的这场游戏，可谓帝王权术的经典之作。低能的皇帝只知道对臣工一味整肃，拼命打压，那只能使得臣工众叛亲离。高明的皇帝要通过整肃，使臣工都有所畏惧和感激，从而更加死心塌地地为皇帝效力。现在康熙帝的目的已经达到了。
《治河方略》既然康熙帝特别嘱咐张玉书等人要据实勘察，他们何必不取客观的态度呢？ 靳辅的治河功绩是有目共睹的，这次勘察的结果，自然是有利于靳辅的。尤其是开凿中河，成效显著，却被于成龙诋毁。但是就在运河中段修闸还是修减水坝问题上，他们又与靳辅发生争议。九卿会议也不好做决定，把问题推给了皇上，谁知道万事通皇上怎么想的呢？大家再也不敢直抒己见，还是请皇上再去亲自看一看，自己做决定吧。
康熙二十八年（1689年）正月初八日，康熙帝第二次南巡，靳辅、于成龙、王新命随行。康熙帝看到新开挖的运河十分狭隘，认为不可靠。这段漕运以前是借用黄河的一百八十里，非常险要，所以靳辅新开这段运河。挖得狭隘是为了蓄水，有利于航船通行和刷沙敌黄。王新命认为，这样洪水一来不利于排泄。康熙帝对靳辅的做法也颇为怀疑。康熙帝详细考察了这段运河，并询问商民和官吏，反复听取意见。商民们都说行船很安全，随行大臣们也认为挖这条河是有益的，他才对靳辅的做法表示赞同。
康熙帝又阅视了七里闸、太平闸、高家堰一带坝，认为很坚固，减水坝也修得好。沿河官民及商人船夫都盛赞靳辅的功绩，使康熙帝大为感动。回京之后，康熙帝下谕表彰靳辅，命靳辅把治河经验纂述成书，供参考，靳辅遂著《治河方略》进呈皇上。
以后，靳辅处世小心谨慎，每次讨论河工，他发言都引圣谕以为根据，不轻易提出自己的见解，当年与于成龙当庭辩论时的勇气和火气已荡然无存了。由此可见“新官上任三把火”是有好处的，即使是清官，官场斗争久了，锐气也就没有了。
又有善于察言观色的人来疏劾王新命了，说他勒取库银，浪费国帑，应予革职。康熙三十一年（1692年），王新命被解职。董安国被任命为河道总督，他和王新命一样外行，喜欢筑坝拦黄，败事有余，不久他也被解职。靳辅重新被任命，靳辅急忙推辞，这费力不讨好的苦差使，他也干够了，但皇上不允，他只好受命。
靳辅为人忠义，他念念不忘幕友陈潢，上《义友竭忠疏》为陈潢申冤。康熙帝借口陈潢已死，竟搁置不议，其实是拒不承认错误。陈潢的治河经验，后来由他的同乡张蔼生收集为《河防述言》一书，使后人不忘陈潢治河之功。此书附载在靳辅的《治河方略》之书后流行。靳辅年已花甲，又屡遭打击，尤其是为知己陈潢的遭遇愤恨不平，其心已冷，上任不久就病倒了。康熙帝派皇子及大臣前去探视，靳辅病笃，仍连续上疏，陈述《两河善后》之策，及《河工守成事宜》数万言。康熙帝十分重视，大部分都采纳实施，到了冬天，靳辅病死。康熙帝深为惋惜，降旨悼念，特命灵柩入京，赐祭葬，下部议恤，谥号“文襄”，礼遇隆重。
靳辅可算是“事君以道”，在一定程度上做到了“以道抗权”、“从道不从君”，这一点比汤斌做得都好。汤斌甚至在领会了皇帝意图之后逢迎皇帝，康熙帝一向认为汤斌是正直而“和平谨恪之臣”，说话有分量，既然他与自己的意见一致，就更固执己见了。靳辅只有在毫无办法的情况下才放弃了“以道抗权”的原则。就此而言，靳辅做得最好，汤斌次之，于成龙又次之。
康熙三十三年（1694年）正月，康熙帝任命于成龙为河道总督，又严厉斥责于成龙对靳辅的攻击是妄言，告诫他，排谄他人则易，身任总河则难。康熙帝亲自布置治河规则，详细具体，又命于成龙及直隶巡抚李光地，在直隶治理浑河，排浚河道，加固堤防工程，并将浑河改名为“永定河”。从此，永定河下游的泥村水乡，捕鱼虾而度生者，皆筑高屋新宇而居，“种谷黍而有食矣”。康熙帝高兴地说： “朕观永定河修筑之法甚善，河身直，河底深，所以淤沙尽皆冲刷。今治黄亦用此法，方为有益。”
康熙帝谕令于成龙，将黄河道曲处，也挑挖使直，以利束水冲沙。于成龙却没有认真执行，康熙帝也没有责怪他。康熙三十九年（1700年），于成龙又病死了，由谁来任河道总督呢？这时候，康熙帝更加怀念靳辅，叹息道： “惜哉靳辅！”康熙帝经过反复权衡，终于选中了著名清官两江总督张鹏翮。
张鹏翮（1649~1725），字运青，四川遂宁人。康熙八年（1669年）中进士，选为庶吉士，当时张鹏翮年仅21岁，在翰林院中年纪最小，但读书最勤。他既不奔走权门，也不追逐浮华，终日与人讲学不倦。他是康熙帝亲自发现和提拔上来的才学之士、著名清官，做过刑部主事、礼部郎中、苏州知府、兖州知府，因举“卓异”，擢河东盐运使，再至浙江巡抚，兵部侍郎，左都御史，迁刑部尚书，授两江总督。康熙帝曾盛赞他的清操说： “从前清官惟宋文清一人，近日张鹏翮堪与匹。”又说： “朕留心察访，张鹏翮果一介不取，天下廉吏无出其右矣。”命他扈从进京，赐朝服、鞍马、弓矢等。
张鹏翮授任河道总督，鉴于以往之经验，陛辞时就提出三项要求：
第一，撤销协理河务徐廷玺，以专总河之任。
第二，撤销河工随带人员，以节省开支。
第三，工部与河臣事关一体，请敕部臣，不要以不应查驳之事从中阻挠。
这在以前，任何一任总督也不敢提这种要求。现在康熙帝简直把他当做靳辅第二，痛快地表示同意，说： “过去河工之无成者，一应弊端起于工部，该部掌管河工钱粮，每借机勒索贿赂，贪图肥己，以致河工总无成效。自后河工经费直拨总河，无须经过工部，使其不能掣肘。”手续多一道，就扒一层皮。人多不干正事，不如减员以省开支。张鹏翮固然不能根除河工腐败，但是这三条改革措施，也使他自在了许多。
张鹏翮视察河口后说，治河须明了水性，河之形态虽有古今之异，然水性则古今无别。明了河水就下之性，而利导之，即能除去水害。若董安国等人所为，违背了水性，必深受其害。筑坝违背水性，致使黄水倒灌，清口（即黄河、淮河与大运河的交汇口）淤塞，下流不通，上流溃决。他奏请将云梯关外前任河总董安国所建拦黄大坝尽行拆去。堵住引河，挑挖正河，使黄河之水滔滔而入大海。张鹏翮又奏报皇上，请将“拦黄坝”之名， 改称“大通口”。康熙帝十分高兴，赐名“大通口”。连他写的奏章也加以赞赏，说“此则河工大有望也。观张鹏翮奏章，辞简而意明，其办事精详可知矣。”（《清代七百名人传》水利第1441页）在评价某位理学家时，康熙帝认为，他的文章写得不好，必然没有学问，进而认为他没有道德。此处则认为，张鹏翮奏章简明，办事也必然精详。古人把“道德文章”视为一事，基本上是对的，但也不尽然。尤其是奏章，许多大吏的奏章是由师爷代笔，如雍正朝的田文镜、李卫也是办事精详，奏章却不是他们写的。不过，最后定稿者毕竟是职官本人，所以基本上康熙帝的观点也对。
张鹏翮又上疏十九款，详论治河之法，“极其周备”。朝议都如所请。九卿见皇帝甚器重张鹏翮，暂时没有人敢于捣乱了。康熙帝显然是吸取了整治靳辅反倒败坏治河工程的教训，此番张鹏翮治河，给予大力支持。他说： “张鹏翮遇事精勤，从此久任河务，必能有益。”谕令工部、户部、内阁等，对治河所需物资、人力、银两，满足所请，及时拨给，不得有误。他说： “张鹏翮遇事实能宣力，朕不之信，将谁信耶？”在潜意识中这都是在忏悔对靳辅的不公，以此弥补过失。由于有皇帝亲自监督河工，各部门都不敢怠慢和作弊。张鹏翮不断地上疏汇报，康熙帝一再予以鼓励，“张鹏翮自到河工，在署之日甚少，每日乘马巡视堤岸，不惮劳苦，居官如张鹏翮，更有何议”？
可是，治河并不是只要能干就行，人总有无能为力之事。康熙四十一年春，天公不作美，洪泽湖春水猛涨，将泗州、盱眙一带淹成汪洋。康熙帝向张鹏翮垂询修治善策。张鹏翮说： “泗州、盱眙屡被灾，应开六坝。”康熙帝大不以为然，说： “塞六坝乃于成龙题请，不自张鹏翮始。今泗州、盱眙被灾，朕今与议修治，非欲开六坝救盱眙，而令淮、扬罹患。张鹏翮奏章，昏愦已甚！”此时张鹏翮就不是“辞简意明，办事精详”了。又有人弹劾张鹏翮贪污十三万两，应交刑部治罪。康熙帝不相信有这等事，说“张鹏翮小有所取，亦未可知，谓以十三万两入己，必无之事也”。康熙帝说这话有什么根据？因为官员的俸禄甚低，即使是清官大老爷，也非“小有所取”不能维持生计。所以无论清官或贪官都“有所取”，清官“小有所取”，贪官大有所取，有些区别。
张鹏翮又上一疏： “请以治河方略纂集成书。”他要将十数年治河经验教训加以总结。最近康熙帝对张鹏翮颇为恼火，便对这一提议异常反感，说： “朕于河务之书，无不披阅。大约坐言则易，实行则难。河性无定，岂可执一法以绳之？编辑成书，非但后人难以仿行，即撰之己心，亦难自信。张鹏翮试编辑之！”康熙帝这话颇不近情理。
康熙四十三年（1704年）正月，康熙帝第四次南巡，视察河工，由于张鹏翮治河颇有成效，康熙帝很是满意。他见到洪湖水势，畅出清口，高兴地对随行大臣说： “向来黄水高于淮水数尺，淮不能敌黄，常患淤垫，今将六坝堵闭，洪泽湖水升高，力能敌黄，运河不致有倒灌之患，此河工之所以能告成也。”他见到张鹏翮将河道裁弯取直，收到了很好的效果，比于成龙更有见识，极口赞扬张鹏翮实心办事。
康熙帝回銮之日，又赐张鹏翮御制诗扇。他又对张鹏翮说： “朕三十年前泊舟于此，水不能覆堤者数寸，今安澜若此，卿之功也。”对他大大鼓励了一番。因张鹏翮治河殚心竭力，不辞艰瘁，又清洁自持，由吏、工二部议叙奖励，加太子太保衔。康熙帝书榜赍张鹏翮之父张琅，并赐他御制《河臣箴》和《览淮黄成》诗，恩宠有加。
以后，康熙帝每隔两年南巡一次，视察河工，对治河提出具体指导，康熙帝见河水清畅，高兴地说： “异哉！此二十年所仅见也。”他又不断督促张鹏翮，及时纠正他的错误，有时张鹏翮表现得十分懒散，安居署中，数月不出，凡事委派下人，康熙帝告诫他要时时巡视河堤，不避风雨，以勉尽职守。
张鹏翮及其以后数任河道总督治河依照靳辅成法，使黄河大堤得到进一步治理。从靳辅治河遗规，中经雍正到乾隆，直到1855年黄河改道北上入渤海，这一百多年间黄河从未出现过大患，黄河下游，农业连年丰收，治效之好是历史上所仅见的。
有一种观点认为，清朝前期的皇帝多是英主，却又很专断，不容臣下有表现才能的机会，所以官僚多无建树，这一点在靳辅等人治河的事情上表现得最明显。如果自始至终都信任靳辅，治河工程将会更好。
靳辅的冤情有目共睹，于成龙之冤，却冤沉海底，无人谅解。挑浚海口明明是康熙帝的意思，他不过是附和而已。反对靳辅的逆流，如果没有康熙帝推波助澜，本来是不会泛滥成灾的。康熙帝以万事通自居，为了逞一己之能，把好事办成了坏事。但康熙帝毕竟是英主，没有像某些昏君那样办了一件坏事就再办一百件坏事来掩盖，而是把坏事改正，办成好事。只是劳民伤财稍多。
靳辅治河十年，有一半以上的时间和精力（包括国家的人力财力）都在内耗中荒废了。于成龙毕竟是清官，他初期反对靳辅，后来在河工中却尊重事实，故多照靳辅旧制，没有大坏河工，王新命、董安国几乎把靳辅所建工程损毁殆尽，亏得以后又有清官张鹏翮治河，他依然仿照靳辅旧制，才得以保障黄河治理工程的最后完成。
康熙帝的法家治术
虽然康熙帝的君臣观念主体上是儒家的，但是法家观念也是不可或缺的，儒法交互为用，否则就会像梁武帝那样亡国。熊赐履曾经从宗教的角度告诫康熙帝要以梁武帝为诫，不可佞佛。其实，问题的关键不在于此。雍正帝、乾隆帝都笃信佛教，却并没有被大臣篡权。现在，需要从法家的君势、法术的角度谈一谈康熙帝是如何加强皇权的。
自从明太祖朱元璋在洪武十三年（1380年）利用胡惟庸案件废除宰相后，就增设殿阁大学士作为秘书顾问，到明成祖时称之为内阁。至明中叶后，内阁首辅大学士实际上已经形同宰相，朝中官员也尊称内阁首辅为宰相。虽然清初沿用明代内阁体制、设置内阁大学士，但这只是一种荣誉头衔，其主要目的是为了笼络汉族官员。康熙初年把南书房改造成草拟诏谕的中枢机构，吸取了议政王大臣兼职的特点，“南书房行走”都出自翰林院。
为了解决君权与相权的矛盾，清初，统治者对中枢机构的权限以及人员构成屡屡予以变更。清入关前，受军事民主制的影响，创建议政王大臣会议，入关后又在关外旧制内三院（内弘�