恤难民，给资安插的做法。嘉庆对此深表赞许，认为勒保这样做“使民生既获安全，贼党又可解散，为一劳永逸之计，是用所当用”（38）。继而，嘉庆认为，只是官给银两，仍不能从根本上解决问题，因为“难民就抚之后，无家可归，无地可种，即官给银两，藉资口食，只能赡给一时，亦岂能久安生计？若资粮用尽，无以自存，势必故智复萌，仍为草窃之事”（39）。嘉庆为此提出抚绥三策：“或清查叛产；或量给流亡绝户；或于南山老林垦荒，暂免升科。”（40）嘉庆四年十月，嘉庆获悉陕西终南山地区起义军已被镇压，于是提出将绵延八百余里的终南山山内老林，量加砍伐，“其地亩可拨给流民自行垦种，而所伐树木，即可作为建盖庐舍之用”（41）。嘉庆令地方官根据山内地方形势广狭，或分建县治，或设立厅署，并安设营汛，移驻兵弁，对新安置地区的群众加以管束弹压。嘉庆以为，在采取了这样一系列做法之后，可使流民成为土著，各安本业，“有恒产必有恒心”，就可以从根本上解决招徕安抚的问题了。然而，清政府对起义军的招抚及安置政策，并没有如嘉庆所期望的那样发生“翕然来归”的预期效果，起义军并没有因嘉庆的一纸诏令即“闻风踊跃，争先来归”。结果是“虽有招抚之空谈，总未能收解散之实效”（42）。恼羞成怒的嘉庆除了一面令经略勒保继续广为传谕朝廷的招抚安置政策而外，又发布了一道又一道残酷的围剿令，嘉庆五年正月，嘉庆在上谕中严命各地将吏：“必能剿而可以言抚。……一处未尽即一日不能蒇事”，对起义者“必须痛加歼戮”（43）。嘉庆对招抚失去了信心，声称：“看来此等匪徒，怙恶已深，愍不畏死，势难藉招抚为解散之计，惟有痛加剿杀，？尽根株。”（44）其实，嘉庆提出的剿抚兼施政策中的剿和抚都是服务于迅速将农民起义镇压下去这同一目标的，二者之间并没有本质的区别。嘉庆在实施这两手政策时，也是始终将血腥镇压置于首位的。嘉庆五年，面对剿、抚都不能立见成效的胶着之局，嘉庆亲制《邪教说》一篇，申明“习教而奉公守法者，不必查拿，其聚众犯法者，方为惩办”（45）。这种“但治从逆，不治从教”的虚伪宣传，也欺骗不了广大农民群众。因为清廷历来把白莲教视作异端邪说而严加禁止。从乾隆五十八年开始，更对白莲教徒实行残酷的镇压。川楚陕白莲教大起义正是由于清政府对白莲教徒滥捕滥杀而引起的。嘉庆的《邪教说》使广大人民进一步认清了清朝封建统治者的伪善面目。
实行寨堡团练的坚壁清野政策，是嘉庆为平定白莲教起义提出的各项政策中最为毒辣、亦最行之有效的政策。所谓坚壁清野，即“并小村入大村。移平处就险处，深沟高垒，积谷缮兵，移百姓所有积聚，实于其中。贼未至则力农、贸易，各安其生，贼至则闭栅登陴，相与为守”（46）。这种寨堡团练坚壁清野政策的提出和在部分地区实行，并不是在嘉庆亲政后。早在白莲教起义之初，一些起义军活动地区的地方将吏，针对起义军流动作战，随时随地得到人民的支持，而腐败不堪的八旗兵和纪律败坏的绿营兵因人民的反对而闭目塞听，只能对起义军尾随追击、被动挨打的情况，于湖北襄阳孝感的一二村市和长江沿岸的一些城镇修筑堡寨，以割断起义军与人民之间的紧密联系。这种做法收到了一定成效。嘉庆二年1797年九月，将军明亮、德勒泰建议清廷，于起义军活跃地区“劝民修筑土堡，环以深沟，其余因地制宜，或十余村为一堡，贼近则更番守御，贼远则乘暇耕作。”以使起义军“野无可掠，夜无可栖，败无可胁”（47）。清廷在当时尚没有认识到这种政策在扑灭白莲教起义中的重要作用。乾隆将筑堡团练的建议束之高阁。嘉庆亲政后，历经数月，多方整顿调度，仍不能置起义军于死地，遂广为推行寨堡团练的坚壁清野之策。嘉庆四年六月，嘉庆根据湖北孝感随州“寨堡团练”坚壁清野的经验，肯定这种政策为镇压起义之“良策”，且“行之已有成效”（48）。嘉庆命经略勒保等，于川、陕、豫等省各处村堡，仿照办理，“坚壁清野，以期贼踪敛戢”（49）。寨堡团练、坚壁清野之策从此开始被广泛推行。嘉庆四年七月，额勒登保继任经略，首先于川东川北各地“扼险筑寨，大者数千人，亦数百家，团练守御”（50）。额勒登保又令陕、楚“晓谕筑寨”。额勒登保不遗余力地推行寨堡团练政策，使嘉庆大为赞赏，令各地从速推行。既而，那彦成、松筠、台布、长麟将其行之于陕甘；后来，书麟、吴熊光将其行之于湖北。“先后三四载，堡寨告成”，使起义军“所至俱有堡寨星罗棋布”（51）。然而，这项政策在推行过程中，也不是很顺利的。有的省份推行得不十分迅速，其具体做法也不尽一致，效果自然也就不同。嘉庆为此大力加以督促。嘉庆五年，川东、川北因普遍实行“寨堡团练”，给起义军造成极大困难，起义军不得不离开川省转战陕甘。嘉庆因而指责陕甘督抚并未认真办理“寨堡团练”。嘉庆为此作了一个规定：“自后以剿捕责成领兵将帅，而团练守御则责成督抚。”（52）嘉庆再次严命“陕甘、湖广督抚严饬所属：山地则扼险结寨，平地则掘壕筑堡。其团练防守有成效者保奏，违者罪之”（53）。在嘉庆这一番实力督促之后，寨堡团练的政策才被普遍推广。面对“费帑不下十千万，调兵不下十余万，而贼奔突滋蔓如故”的现实，嘉庆深感八旗、绿营及各省所募散勇之不得力，同时各地也纷纷奏报兵力之不敷调用。因此，嘉庆在严命各地大力推行“扼险筑寨”、“掘壕筑堡”时，还极力提倡借乡勇之力来堵剿起义军，企图以团练乡勇的办法，节省“养疲兵，募散勇之资”，收“事半功倍”之效。嘉庆令各省督抚转饬地方官“聚集壮健，结队保守，贼至则合力迎御，贼去则仍安生业。……如百姓中有首先集勇御贼立功者，先行赏给顶戴，俟军务告竣后，送部引见。其办理妥协之地方官，亦据实奏明，候朕量加奖擢。傥不能实力督办，毫无守御，将地方官以军法从事”（54）。为提高乡勇的战斗力，嘉庆令各省改变过去“随时召集，贼至则聚而防守，贼去则散归本业”，以至“技艺生疏，毫无纪律，徒有虚名不得实用”的状况，要求对乡勇“勤加操练”，要“团而不散”（55）为了刺激各地乡勇头目更积极地为清王朝卖命，嘉庆又令改变过去军营中“临阵辄令乡勇居前，绿营兵次之，满兵、吉林、索伦又次之，……及战胜，则后队弁兵又攘以为功，而冲锋陷阵之乡勇反不得与，是以保奏皆满兵居多，绿营兵间有之，而乡勇见章奏者百无一二”的弊端，规定“嗣后乡勇有功，一例保奏，阵亡一例议恤”（56）。然而，嘉庆的一纸诏令，并不能杜绝军营中已成惯例的弊端，军中“无功者屡邀奖赏，而有功者转置不录”的情况仍然普遍存在。嘉庆不得不为此继续寻找对付的办法。嘉庆五年二嘉庆在上谕中宣布：“此后如再有乡勇出力，不行据实保奏，甚至将平日优待之人，冒名举荐，以及官兵等并未出力，攘他人之功以为己功者，并准乡勇自行首告，随时惩治。”（57）为了更有效地利用各地地主武装，嘉庆将团勇、乡勇严加区别，以各专责成，增强效用。他说：“如随营打仗，防守卡隘，官给盐菜、口粮，听候调拨者，谓之乡勇；百姓等自出己赀，修筑堡寨，择其中年力精壮各备器械，里民自行捐给口粮以为守御者，谓之团勇。”嘉庆全力推行的“寨堡团练”坚壁清野政策，给川陕农民起义带来严重后果。这种政策严重削弱了起义军赖以纵横驰骋、机动灵活地打击敌人的基础。因为它割断了起义军与广大贫苦人民的血肉关系，使起义军在人员的补充、粮秣的供给、情报的获取等方面产生了极大的困难。而各地乡勇、团勇或为清军查询道路、递送情报，成为清军耳目；或“百十成群，乘夜劫营”（58），”使起义军防不胜防，处处遭受突然袭击，日夜不得安宁。自清廷实行“堡寨团练”坚壁清野政策以来，白莲教农民大起义高涨的形势急转直下，“五年以前，贼势之炽者，以其到处裹人，胁从日众，抢掠民食，因粮于我也。自堡寨之议行，民尽依险结寨，平原之地，亦挖壕筑堡，牲畜粮米，尽皆收藏其中，探有贼信，民归寨堡，凭险据守。贼至，无人可裹，无粮可掠，贼势自衰矣”（59）。从封建统治者得意洋洋的矜夸之辞中，足见“堡寨团练”坚壁清野政策对川陕农民大起义的巨大破坏作用。
由于嘉庆亲政后，针对军中积弊和起义军本身的弱点，采取了一系列措施和新的政策，特别是寨堡团练坚壁清野政策，使起义军遭遇到极大困难，力量逐渐削弱。嘉庆五年下半年，许多著名的白莲教首领和起义军领袖相继被捕和战死，起义军不得不向川、陕、楚三省交界处的南山、巴山老林处转移，依托南巴老林坚持斗争。对于这些拒不接受招抚、誓与清王朝斗争到底的起义军，嘉庆企图用重金悬赏的花招来捕杀起义军首领，使起义军因群龙无首而陷于瘫痪、瓦解。嘉庆六年1801年二月，嘉庆在诏书中对仍坚持斗争的义军首领实行列名悬赏：“现在群贼中，徐天德、王廷诏为起事首犯，高二即高天升、马五即马学礼、高三即高天德屡经戕害大员，元恶大憝，……因通谕立格，五逆擒歼一名者，官擢二等，兵勇超补守备，赏银二千；贼党缚献者，拔用千总，赏银一千。余如樊人杰、冉学胜、龙绍周、苟文明等，视此降一等有差。”（60）嘉庆在悬赏辑拿起义军首领的同时，又不断督促经略额勒登保与参赞德楞泰率军分路会剿，起义军面临的形势更加险恶。嘉庆六年二月，王廷诏被俘，接着徐天德、马学礼、高天德等义军首领相继战死或被俘。至这年六月，起义军活动地区仅局限于川、陕、楚三省交界的老林寨堡之地，范围日见缩小，人数锐减至24000余人。然而，起义军没有放下武器，他们出没于丛山老林中，游击于清军力量薄弱的地带，“陕剿急则入川楚，楚剿急则入川陕”（61）。前仆后继，“即歼毙首逆，而去一人，复立一人”（62）。为了对付起义军，嘉庆六年六月，清军各路将领于山西平利举行会议，确定了分兵合击的策略。德楞泰由西南逼攻，而额勒登保由东北邀击，两路会剿于三省之交。德楞泰还分选兵勇，每200为队，“冒教匪服色、旗号，以降贼为向导，或佯为合队，或乘夜袭营”（63）。起义军被内外夹攻，损失更为惨重。至嘉庆六年十月，起义军仅余10000多人。急于求胜的嘉庆限令额勒登保于嘉庆六年冬将起义军悉数歼灭。然而，嘉庆的限令并没生效。嘉庆七年1802年正月，活动于川北的义军首领苟文明联合其他零散起义队伍，聚众2000余人、骡马数百，渡嘉陵江上游之略阳河进入川东。自以为已稳操胜券的嘉庆，因劳师糜饷、旷日持久而不能歼灭起义军而大动肝火，以惩办统兵将帅泄其愤。嘉庆以额勒登保撤防江兵勇及“追贼落后”，将其夺爵褫翎。五月，又以旷日持久、无方略，将其革职留任。同时，命令额勒登保“遍访将士，献擒渠之计。并悬重赏购”（64）。又给额勒登保立下“限六月内灭贼”的限令。额勒登保在嘉庆的催逼下，倾全力率军扑向起义军活动地区。义军首领樊人杰，苟文明等相继壮烈牺牲。但六月限期已过，起义军仍活动在丛山老林中，不断出击清军。直至嘉庆七年十一月，当起义军的著名首领大部分被俘或战死后，零星起义军千余人只能分散活动，其活动规模已非昔日可比。这一年十二月，经略额勒登保、参赞德楞泰会同川督、陕督、湖督，以大功戡定，用黄表朱里折六百里驰奏嘉庆报功请赏。嘉庆获报，大喜过望，立即“祭告裕陵，宣示中外。”对镇压白莲教起义的有功诸臣论功行赏，大封领兵将帅、地方大吏。嘉庆虽然以大功底定宣示中外，但没有立即下令撤兵罢战。嘉庆深知“一贼不尽，皆可滋蔓”的教训，因此，他命令经略、参赞“毋遽来京”，领兵诸帅也不要忙着解甲，仍要他们屯兵险要，穷追残余的起义军。直至嘉庆八年1803年七月，当嘉庆得到额勒登保“三省肃清”的奏报后，才令大批清军撤离。然而，嘉庆始料不及的是，在川、陕、楚三省交界处，起义军余部乘清军纷纷撤离之机，纷纷突出老林，四出活动。而大批乡勇与起义军的联合，使濒临最后失败的川楚陕农民大起义大有重振雄威的势头。清王朝在宣布“彻底肃清”后，大量撤裁乡勇。每名乡勇规定由官府给银五钱缴刀矛，银二两资送回籍。但是，绝大多数乡勇系贫无立锥之地的流民，他们本无家可归，无业可就，无田可耕。被遣散的乡勇纷纷进入深山老林，和起义军余部结合起来。而这时的起义军余部，人数虽不多，然而皆历经百战之余，有丰富的作战经验，且“具悉官军号令及老林径路，忽陕忽川，忽聚忽散”（65）使清军剿不胜剿，防不胜防。统兵大员们一时束手无策，“分军遏之则不利，大队趋之则兔脱，仅余二三百贼而三省不得解严。”（66）嘉庆九年1806年二月，嘉庆只得再次派遣还京不久的额勒登保出都，以钦差大臣头衔赴陕，会同德楞泰围剿起义军。至这年九月，各路皆报肃清。然而，起义军余部的活动一直没有停止，直到嘉庆十年1805年五月，起义军的最后一个元帅王世贵牺牲，川、楚、陕农民大起义归于失败。
历时九年、遍及五省的白莲教农民起义被残酷地镇压了。嘉庆为镇压起义，先后调集了全国十六个省的兵力，耗费白银2亿两。清政府在镇压起义中，损失一二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人，清政府拥有的武装力量因而受到极大的削弱，清王朝受到自立国以来前所未有的沉重打击。清廷镇压白莲教起义久久不能奏效的事实，充分暴露了清王朝外强中干的本质。从此，这个王朝走向衰落的趋势益发不可遏止。
嘉庆竭尽全力、尽其所能刚刚把白莲教大起义镇压下去，东南海疆警报又起。福建同安人蔡牵领导的起义军，自嘉庆五年1800年即发难于闽浙沿海，力量逐渐壮大。嘉庆九年1804年，起义军战船80余艘，进入福建沿海。福建水师避而不战，起义军击败浙江总兵胡振声。嘉庆愤而将金门镇总兵吴奇贵、副将张世熊等治罪，以福建水师提督李长庚总统闽浙水师，率温州、海坛二镇为左右翼，专剿蔡牵起义军。然而起义军仍不断发展。嘉庆十年1805冬，蔡牵聚集战船百余艘，率众2万多进攻台湾，自号镇海王。义军的迅猛发展，引起嘉庆的重视。这时，白莲教大起义已被镇压，这使嘉庆得以增强对蔡牵起义军的镇压力量。嘉庆十一年1806年二月，嘉庆派将军赛冲阿，调四川兵3000赴剿。但是，起义军依靠战船武器的优势，和沿海人民的大力支持，顽强地抵御清军。起义军历经酷战“篷朽硝缺，一回闽地，装篷？洗，焕然一新，粮药充足”（67）。足见起义军和沿海人民的密切联系以及沿海人民对起义军大力支持的作用。而清军战船不得力，督臣又以费时费财不肯造新船，福建文武大员亦不能与海上的军事行动协调行动。�