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——他的坚持起了作用，最后褚蒜子给了父亲这样的任命：都督徐州兖州青州及扬州二郡军事，兼徐州兖州二州刺史，卫将军，出镇京口（今江苏镇江）。
褚裒拒绝当政，褚蒜子便决定仍然请庾冰入朝。
然而庾冰禄命已尽。就在褚蒜子做出决定的同时，十一月庚辰日，他病逝在江州刺史任上。庾冰死了，能够遏制各方大员的人又少了一个。而身在朝廷的重臣何充私心重能力限，于是各方大员勾心斗角，以至互相火并。
就在庾冰死后两个月，晋穆帝永和元年（公元345）正月甲戌朔，二十二岁的皇太后褚蒜子设白纱帷于太极殿，抱着两岁的儿子临朝听政。
褚裒虽然身在地方，但是其意只在避嫌，实际上对于女儿所执掌的朝政情况无时无刻不关心。面对这种情况，他向褚蒜子推荐会稽王司马昱为扬州刺史，随后再晋级为抚军大将军、录尚六条书事。司马昱是晋元帝的儿子，这时才二十五六岁年纪，正是年青气盛的时候。他的入朝辅政，使得何充渐渐失势。司马昱入朝之后，褚裒再举荐名士殷浩为扬州刺史、建武将军。
在褚裒与褚蒜子父女的一连串动作之后，东晋形成了一个全新的局面：司马昱在朝，而顺着长江天险，分别驻扎着上游桓温、下游殷浩，褚裒本人则坐镇江北。几大重臣互相制衡，东晋朝局相对稳定了下来，也给此后一段时间东晋的军事渐兴制造了机会。
永和五年十二月己酉，褚裒去世了。从此，二十七岁的褚蒜子将独力应对东晋王朝的诸悍将权臣。
在褚蒜子数度执掌东晋朝政的过程中，她最大的对手莫过于桓温。
桓温字元子，谯国龙亢（安徽怀远县西北龙亢集）人，是东晋的名将、权臣。桓温出身世族，但是并非最高门第，而且自幼豪爽好赌且能杀。后来尚南康长公主为妻，成了晋明帝的大女婿。然而由于他是武将，颇被把持朝政的文官讥诮捉弄。
桓温畏妻如虎，桓家侍女尽是南康长公主精心挑选的丑泼悍妇。征蜀之时，桓温大败李势，在掠虏之时，他看见了李势的妹妹。这位李美人长发披地，风姿绝世。桓温多年来饱受折磨的眼球终于开了眼界，差点没把眼珠子掉出来。顿时忘了公主之威，将李氏纳为妾并藏在外宅中。
南康长公主闻讯大怒，手执利刃，带着几十名手执刀棒的壮妇打上门去。当她们冲进李氏的居所时，她正在窗边梳头，而且一点也未被这阵势吓住，从容不迫地梳好长头之后，向南康长公主施礼道：“国破家亡，无心至此，今日若能见杀，乃是本怀！”——长公主竟能眼看着她慢慢地梳头，而不是不容分说地动刀子，长公主其实也被李氏的美丽给惊呆了。听了这席话，她干脆把手里的刀子丢在一边，将李氏扶了起来，说：“我见犹怜，何况老奴！”
（妻妾同心之后，桓温的日子看来不会比当初好过多少。）
然而桓温并不仅仅是惧内的丈夫，他征蜀之战足以展现他的军事才干。对于萎缩一隅已久的东晋王朝来说，这无异于是强心针。
桓温征蜀大胜的时间，在褚蒜子听政的第三年春天。由于这场来之不易的大胜，桓温于次年被封为征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公。
桓温的权力和声望涨得太快，成了褚太后的心病。当后来长江以北五胡王国一片混乱、北伐好机会来到的时候，为了遏制桓温，她根据众人的朝议和推荐，起用号称“管仲再世”的殷浩北伐。
然而这是一项失败的决策。殷浩的“才具”，其实是东晋士族“清谈”风范、沽名钓誉催生出的怪胎，完全是虚夸浮表。他的北伐结果是全盘失败，不但丧失了一个可遇不可求的大好战机，还甚至于逼反降将，非但没有收回故土，反而倒找给了敌人许多原本在东晋控制中的土地。
殷浩狼狈回朝后，褚蒜子将这个丢人的家伙撤职为民，于永和十年（公元354）二月，再次起用桓温，让其率兵四万北伐。
桓温果然旗开得胜，一路北上，直打到长安灞上，并且开始管理地方事务，令西晋故土上的百姓们欢天喜地。
然而就在桓温犹豫是否进军长安之时，前秦国主符健却施了一个“绝后计”，暗中派人将各地尚且成熟的粮食都全部毁掉，使得东晋驻军无粮可食。六月，军粮缺乏的晋军被前秦大败于白鹿原，断了粮的桓温只得败返襄阳。
虽然如此，桓温仍然得到东晋朝廷的褒赏，升为征讨大都督。直到此时，桓温还是比较服从东晋朝廷的指挥的。真正发展到位极人臣、目中无人而难以压制，是在褚蒜子归政之后发生的事情。
永和十一年的年底，褚蒜子的生母寻阳乡君谢夫人病逝。对于外祖母的去世，晋穆帝采用了与外祖父之丧一样的高规格：“悬而不乐”。
褚蒜子律己甚严，她的父亲褚裒先后娶过三位妻子，除了她的母亲谢夫人，还有早逝的荀夫人、卞夫人。在封谢夫人为寻阳乡君时，朝臣上表要求将荀氏卞氏也一起追封，被褚蒜子拒绝了。褚裒上朝之时，对女儿行君臣大礼；而退朝或归宁娘家的时候，褚蒜子则一律向父亲行家礼。
随着寻阳乡君的去世，时间也推进到了永和十二年。这时，褚蒜子的儿子晋穆帝司马聃，也快十五岁了。
第二年，晋升平元年（公元357）春正月壬戌朔，褚蒜子为十五岁的司马聃举行了冠礼，然后主动归政皇帝，退居崇德宫。
为了表示自己的心意，对群臣请求自己继续垂帘听政的情况表明归隐的态度，褚蒜子先后下了两道诏书。
归政之诏：“昔遭不造，帝在幼冲，皇绪之微，眇若赘旒。百辟卿士率遵前朝，劝喻摄政。以社稷之重，先代成义，僶俛敬从，弗遑固守。仰凭七庙之灵，俯仗群后之力，帝加元服，礼成德备，当阳亲览，临御万国。今归事反政，一依旧典。”
退隐崇德宫后，再次手诏群臣拒绝垂帘听政：“昔以皇帝幼冲，从群后之议，既以暗弱，又频丁极艰，衔恤历祀，沈忧在疚。司徒亲尊德重，训救其弊，王室之不坏，实公是恁。帝既备兹冠礼，而四海未一，五胡叛逆，豺狼当路，费役日兴，百姓困苦。愿诸君子思量远算，戮力一心，辅翼幼主，匡救不逮。未亡人永归别宫，以终余齿。仰惟家国，故以一言托怀。”
然而，褚蒜子归隐之后，朝中以司马昱为首的重臣们虽然身为男子，却没有褚蒜子的权谋之术，在他们的手里，桓温一步步地放纵起来。
首先是司马昱。很早之前，刘惔就曾经向他进言，说桓温”不可使居形胜之地，其位号常宜抑之。”，然而司马昱是只绣花枕头，虽然长了副俊美的好皮囊，实际上是集东晋士族腐气大成于一身，是个只会“清谈”的军政弱智，他想学褚裒的“皮里春秋”，却学了个四不象的表面文章，褚裒的不表态只是权宜之计，司马昱却是真正的不表态、不策谋、不出主意，辅政的方法只是得过且过，拱手点头而已。——对于刘惔的提醒和正确主张，他不作任何反应，任凭桓温声势日益高涨。
桓温是一代英雄，有雄心也有奇才，如果控制得宜，他也许真能成就大功业，然而问题在于司马昱等人是一干庸物，根本不懂、也无力驾驭，这就造成了后来桓温对东晋朝廷的蔑视以及桓温桓玄父子的“逆乱”。
在褚蒜子首次听政的最后一年里，桓温再次北伐。这一次北伐的成果更大，他光复了洛阳，还修整了在战乱中毁坏的历代汉晋帝王陵墓。晋穆帝正式执政后，高唱凯歌南返的桓温被厚加褒赏，自己被加封郡公不算，就连次子桓济都被封为“临贺县公”（长子桓玄是要继承父爵的）。到此时，桓温在军队和民间的声望，已是举国无人能及。
桓温意气风发的同时，褚蒜子归隐后的日子其实非常坎坷。
升平五年（公元361）夏五月丁巳，褚蒜子遭到了人生的又一次重大打击：她唯一的孩子晋穆帝司马聃忽然得了重病，很快就去世了。这时他才只有十九岁。不到四十岁的褚蒜子在青年丧偶之后，不得不又接受丧子的厄运。
但是老天并不合作，它连哀伤的时间都没有多给褚蒜子，就要让她面对王朝的又一次危机：早逝的穆帝没有儿子，晋王朝的新帝从何来？她很快就理清头绪，从司马氏诸王中找到了血统上与帝位最接近的人选：晋成帝长子琅琊王司马丕。
几乎就是司马聃病逝的同一天，褚蒜子的“皇太后令”就颁布了，令曰：“帝奄不救疾，胤嗣未建。琅邪王丕，中兴正统，明德懋亲。昔在咸康，属当储贰。以年在幼冲，未堪国难，故显宗高让。今义望情地，莫与为比，其以王奉大统。”
司马聃去世后的第三天，他二十一岁的堂兄司马丕登上了东晋王位。是为哀帝。
司马丕已经成年，作为婶母的褚蒜子自然没有垂帘听政的必要。也许是因为婶母的策立，也许是因为婶母的影响力，司马丕称帝后仅仅封自己的生母周氏为皇太妃。东晋王朝仍然只有褚蒜子这一位太后。
然而在治国的方略雄图上，这位年青人却辜负了褚蒜子的期望，他苟安胆小，而且贪生怕死。他即位的第二年，桓温向哀帝上书，请求迁都洛阳，让痛失故土的北方人都返回家园。然而哀帝和他的文臣们既怕战乱后的洛阳荒凉贫苦，又怕因此受制于将领，桓温的这项主张得到了哀帝和大臣们的如此回应：“我们这些南迁的人已经在此生活了几代，早就习以为常，最初迁来的人们很多也埋藏在此。如果离开的话，如今在南方的田宅谁来照管？照管不来又卖给谁？北返的车马也很难齐备，北方虽收复一些地方，但是仍然不安定，不值得为此抛弃南方的安逸生活。”
迁都与否，恐怕是哀帝当政时遇过的最大件政务了。除此之后，他年纪轻轻的不想着奋发，尽想着如何修道炼丹、长生不老。他对满桌美酒佳肴连看都不看，一天到晚尽是拿着各种配方的丹药当嘎嘣豆吃。一吃二吃地就吃出了问题，很快就一病不起。到他当皇帝的第三年三月，病得越发地重了，神智不清。倒也达到了超凡脱俗的目的：虽然身在尘世，却已不是尘世的人了，什么东西什么人都不认识，更遑论治理国家。
无可奈何的朝臣们只得再次上表，请求褚太后代皇帝治理国家。
褚蒜子再次垂帘不到一年，哀帝司马丕终于如愿以偿地“登仙”去了。兴宁三年（公元365）正月、二月，哀帝妻王皇后与哀帝先后病逝。哀帝时年仅二十五岁。
儿子与侄儿都这样早死，实在大出意料之外。哀帝崩逝的第二天，褚蒜子颁下了又一道册帝的太后诏书：“帝遂不救厥疾，艰祸仍臻，遗绪泯然，哀恸切心。琅邪王奕，明德茂亲，属当储嗣，宜奉祖宗，纂承大统。便速正大礼，以宁人神。”
被迎立的新皇帝是司马丕的同胞弟弟，名司马奕，字延龄，史书称其为“海西公”。
在这个时候，由于丞相司马昱无能，朝廷缺乏有力的牵制，桓温的势力已成尾大不掉之势。他是一个有雄心壮志的人，但随着几次北伐的不尽如意，这成就功业的心思便渐渐转向，开始有了篡位为帝的想法。也就在这个时期，桓温说出了令人瞠目结舌的名言：“若不能流芳后世，就要遗臭万年！”
从前桓温是以忠勇之士刘琨、温峤为榜样的，到这时也发生了变化，倒过来将温峤讨伐击溃的逆臣王敦当成了榜样。有一次他路过王敦墓，向着墓冢称慕不已，连连说：“可人、可人！”——既然王敦成了他心目中的“可人”，那他想干什么就很明显了。
咸安元年（公元371），一个令人感到不可思议的流言在朝野广为流传，说的是年青的皇帝司马奕其实是个废人，早在做藩王的时候就丧失了亲近女人的能力，甚至于搞同性恋他也只能充当假女人的角色。如今他宫中田美人孟美人所生的三位皇子，实际上全是他的男宠相龙、计好、硃灵宝的“成果”。——如今三位皇子都已经到了给予太子、亲王之封的年龄，假如让这样的西贝货儿成为王朝储君，就要颠覆国家根本了。——这消息言之凿凿，绝大多数的官兵百姓一时都信服得很。虽然皇族高官们知道这是一派胡言，却架不住群情汹涌和军队的立场动摇。
这条令人恶心的谣言，就是桓温和他的参军郗超的得意之作了。
当谣言传得最热火的关头，在当年十一月丁未日，桓温恰到好处地进京朝见来了。他以此谣言为由，向朝廷提议废司马奕，改立丞相司马昱为帝。
这样的大事当然不是朝臣敢作决定的，于是桓温的奏章便一直送到了深宫褚太后的手里。
这道废帝表章送到的时候，褚蒜子正在佛堂烧香，内侍禀报道：“外有急奏。”褚蒜子接过奏章，靠在佛堂门边阅视，才看了几行她就明白了，叹道：“流言初起的时候，我就已经开始疑心是这么回事了。”然而如今已是骑虎难下，桓温手掌重兵，流言又使得皇帝失去了底层军民的支持，假如一定要较真的话，说不定晋王朝立即就要掀起内战，最终结果难以预料。因此，褚蒜子才看了一半就不愿再看下去，径自拿笔批复：“未亡人罹此百忧，感念存没，心焉如割。”默许了更换皇帝的请求。
说来好笑，在等待褚蒜子批复的时间里，等在宫外的桓温却是汗流满面、胆战心惊，见于颜色。他敢于统率千军万马，敢于诽谤皇帝、敢于蔑视群臣，却在与一个连面都没有露的中年妇人决定翻牌的时候吓得神魂不定。
当褚蒜子同意更换皇帝的诏书送出宫门的时候，桓温这才大喜，立即召集百官，颁布了这道太后令：“王室艰难，穆、哀短祚，国嗣不育储宫靡立。琅邪王奕亲则母弟，故以入纂大位。不图德之不建，乃至于斯。昏浊溃乱，动违礼度。有此三孽，莫知谁子。人伦道丧，丑声遐布。既不可以奉守社稷，敬承宗庙，且昏孽并大，便欲建树储籓。诬罔祖宗，颂移皇基，是而可忍，孰不可怀！今废奕为东海王，以王还第，供卫之仪，皆如汉朝昌邑故事。但未亡人不幸，罹此百忧，感念存没，心焉如割。社稷大计，义不获已。临纸悲塞，如何可言。”
三十岁的司马奕只穿着一件白色的单衣，在大臣们无奈的注视下凄惶地坐着牛车离开了皇宫，做了六年皇帝的他被废为东海王，丞相司马昱成为新帝即晋简文帝。
简文帝司马昱是晋明帝司马睿的小儿子，这时他年已五旬，论辈份更是褚蒜子的夫家伯父。不过他只是桓温精心选中的傀儡，他自己也很清楚这一点。在当皇帝之前他可能还敢在桓温面前吱一声儿，等到当上了皇帝，他就只有在桓温面前抹眼泪水儿这一项本事了。
林妹妹抹泪的结果是夭折，司马昱抹泪的结果来得更快，担惊受怕的哭包皇帝才当了八个月，就一命归西。
由于司马昱实在死得太快，以至于他死时桓温还身在外地，他逼帝禅让的大计更还没来得及着手办理。所以留在京城内的官员们如愿地劝谏成功，简文帝留下了立自己儿子司马曜为继承人——即孝武帝的遗诏，仅仅让桓温当“诸葛亮、王导”的角色。
得知消息的桓温大怒，然而木已成舟，他也已是花甲之年没有了年青时的冲劲，所以造反夺位的事情他始终没有付诸实施。七月，六十二岁的桓温白日见鬼�