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慈禧太后如此有闲暇来管皇帝的夫妻之事、如此与儿子媳妇过意不去，与同治大婚后亲政也很有关系。
同治十二年正月二十六日，十八岁的同治帝终于结婚成家之后，于太和殿举行了盛大的亲政典礼，他从此亲政了。
虽然迫于局势，慈禧太后不得不撤去了自己曾经隐身十一年的那道帘子，但她心里是盼望儿子仍然事事前来向自己请示的。然而少年皇帝却并不买这个帐，他迫不及待地要展现自己的能力。母子俩因此在权力与家务两方面都发生了冲突。同治帝便想将老娘挪出皇宫，搬到圆明园去。九月，他发下了重修圆明园的诏书。慈禧似乎也不愿再和儿子媳妇不停地当面闹矛盾，何况她从来享受方面就不含糊，如今更是乐得让儿子出头，免得自己担罪名，再者说了，难道同治帝把她送进圆明园之后，就当真能乾纲独断？于是她对修园也表现出了极大的兴趣。
同治帝的这个计划，当然难以被人们接受。大学士文祥立即上奏，认为后果将极其严重。但同治帝却不想听，他不但想把碍事的老娘弄走，还想要借修园勘察之机常去宫外游荡，坚决要修此园，将大臣们的劝阻奏章、边陲战报、地方事务都统统丢开不管，只顾修园。钱不够就逼大臣们捐款，恭亲王也不得不第一个上交二万两白银。急于筹钱又毫无经验的同治帝甚至还因此上了一个商人李光昭的大当。此人以捐献木料的名义得到了同治帝的欢心后，便打着皇帝的幌子到处行骗，直骗到法国领事馆的头上，造成了一起国家纠纷，事发后李光昭被直隶总督李鸿章处斩，而同治帝则脸面威信丢尽。
尽管如此，同治帝仍然孜孜于修园，并且屡屡以视察工程为名跑到圆明园，然后带着一两个小太监便外出游荡。私游中他还认识了翰林院检讨王庆祺，从该人手中得到了一大堆的淫书春画。同治帝又与儿时的伴读载澄重新频繁来往，此时的载澄已是个花花公子，对于寻花问柳极有心得。此二人知道皇帝与后妃分居，正是苍蝇见了蛋上的缝，可劲地教皇帝如何寻欢。不谙风情的宫女们很快就令同治帝失了兴趣，他随即在载澄王庆祺等人的引导下逛起了花街柳巷，“大开眼界”之后更加流连忘返。野史中便记载着这位同治帝不但与京城名妓来往，甚至还沾染男色之事。
同治帝的私游逐渐在京城里出了名，重臣们也终于忍耐不住了。同治十三年夏，恭亲王、惇亲王、醇亲王、科尔泌亲王、军机大臣文祥、李鸿藻等十大重臣联名上奏，请同治帝“停园工、戒微行、远宦寺、绝小人、警宴朝、开言路、征夷患、去玩好”。
七月十九日，又羞又怒的同治帝召见十重臣。恭亲王和醇亲王的话还没说完，同治帝便咆哮起来，把大学士文祥当场吓晕，召见草草收场。
同治帝恼怒于以恭亲王为首的重臣们蔑视自己的皇帝权威，“欺朕年幼，奸弊百出，目无君上”；更恼怒于自己寻欢作乐的事情竟被重臣们了如指掌。他认为定是恭亲王之子载澄走了风讯，决定给他们父子和满朝老臣们、以及老臣们背后的两宫皇太后一点颜色看看。
七月二十九日，他不经过任何人的咨询商议，就发下一道诏书，将恭亲王连降十级，由世袭罔替亲王降为辅国公，和其子载澄一起撤所有职务并交宗人府严议。
事儿闹大了，重臣们将整件事都报到了两宫太后面前。一看这样的场面，老辣的慈禧立即意识到修园之事众怒难犯，虽然心里仍然痒痒，还是表示定要终止修园，将所有的“炮火”都转到了儿子身上，将儿子训了一顿。
同治帝的怒火更盛。他又写了道诏书，打算一古脑儿将十重臣统统撤职查办。八月初一这天，正当他召集所有大臣上朝，打算当廷爆发皇帝的“雷霆之怒”树立威权之时，两宫太后突然出现在了朝堂上。由慈禧太后开口，将同治帝当众数落了个一钱不值。于是恭亲王父子官复原职，同治帝的皇权君威彻底垮掉，两宫皇太后尤其是慈禧太后则重新恢复了她们才是王朝真正懂行统治者的权威。
同治帝的任性妄为，造成了君臣离心的后果，大臣们更加拥护两宫太后。备感挫败却又不知错在何处的同治帝干脆破罐子破摔，何况慈禧太后仍然在宫中管他的房闱私事，于是他仍然不沾正规妻妾后妃的边，而是在宫内折腾宫女太监，同时出宫冶游。据说，从此后他“学了乖”，怕遇上有脸面的朝臣宗室，也不相信有门道的载澄等人，再不往名妓们聚集的高级红灯区跑，而是出没于下三滥地段甚至京郊地方，与那些连寻常妓女都看不起的暗娼之流厮混。
这样的地方去多了，消息当然还是又传出来了。朝臣宗室们认为他“好内多嬖，且轻万乘之尊，临污邪之地”， 无不“垂涕极谏”。然而同治帝却已经乐在其中，根本不听。重臣们将消息报给太后，慈禧太后却都当没听见，首先儿子荒嬉，她正好重新掌权；其次她也可能确实是不愿相信。
终于，祸事来了。
同治十三年十月二十一日（公元1874年11月30日），同治帝在去西苑时受凉感冒，这本是小病，没想到竟越来越厉害，到十月三十（12月8日），他竟然发起疹子来了。两天后，宫里传出同治帝“有天花之喜”的消息。虽经百般调治，同治帝仍然在一个多月后病死，成了清王朝最短命的皇帝，仅十九周岁。
关于这位浪荡皇帝的病情，野史一直众说纷纭，多数时候老百姓都认为同治帝不是死于天花，而是死于性病梅毒，理由正是他热衷冶游。不过从清宫医案及常去探望同治帝的帝师翁同龢的日记来看，天花一说更合理些。何况梅毒之疾过程缓慢，梅毒的疹子多数还不痛不痒且能自行消退，梅毒虽有致命倾向，但即使从不医治，从起病到晚期也往往有好几年甚至十几年时间。同治帝的病程却总共也不过三四十天时间，如何会是梅毒？——当然，很多人还是愿意认为皇帝得了这“脏病”的，就算承认他得的是天花，也要说他是天花加梅毒……不过即使是天花，其病之来也与同治帝好冶游不自重脱不了干系。他老娘虽然要他接近慧妃，不许他接近皇后，可也没不许他接近珣妃瑜妃和宫女，他如果好好地呆在皇宫中而不是到脏乱之地胡混，天花病毒要找上他恐怕也不容易。
据说，同治帝的病情在治疗过程中曾经有过起色，但很快就急转直下。在传说中，此事与慈禧太后和阿鲁特氏婆媳间的一场争吵有关。
据说当时阿鲁特氏前往探望同治帝，夫妻俩摒退众人说私房话，阿鲁特氏便向丈夫哭诉自己如何受婆婆欺负，却没料到慈禧太后躲在外头偷听。当她听到同治帝偏向老婆的言谈之后，立即冲进来大发脾气举手要打阿鲁特氏。阿鲁特氏一急之下冲口而出：“我是大清门进来的，你不能打我。”——这话的意思是：我是明媒正娶的皇后，你虽是婆婆却是个小妾出身，没有资格打嫡妻身份的女人，哪怕这个女人是你的儿媳妇。——这话一出，慈禧顿时大哭大闹，与普通的撒泼老妇一般无二。躺在病床上的同治帝眼见这样的场面，顿时晕厥过去，病情于是再不可收拾。
此事是否当真很难确认，不过也还符合慈禧与阿鲁特氏之间恶劣的婆媳关系状况。但此说法虽然表现了慈禧太后的横蛮，阿鲁特氏却也脱不了干系：老公病得将死，还要去对他抱怨婆媳之争，这皇后怎么做的？！
与此野语相比，另一种说法就可靠得多：十一月初八初九两天，同治帝病情稍有好转，痘花也颗颗饱满，只待鼓胀浆出便可望痊愈。然而就在这天，慈禧太后哄得同治帝回心转意，发下了在自己病中将政务全数交予太后的上谕：“请太后代阅奏折，待过百日之喜，病情稍缓，朕再出来办事”。冲动之下将此谕发出后，同治帝越想越不是味儿，发现上了老娘的大当，权力一但正式交出，就算自己病好了，恐怕也很难再收回；万一病好不了，那自己恐怕就连选继承人的权力都没了。在这样的情绪刺激下，从发布上谕以后，同治帝病情便恶化并终至不治。
关于阿鲁特氏与“大清门进宫”的说法是如何扯上关系的，在稗官野史上还有另一种相关记载。不过照这说法，慈安太后也有不是处，因此极少被提及。
此说法出自《朝野杂记》，说阿鲁特氏自册后以来就不得慈禧太后的欢心，慈安太后刚开始还在慈禧面前为阿鲁特氏打打圆场，但是初来乍到的儿媳妇怎么也没有共事几十年的老姐妹亲密，时间久了也渐渐倾向慈禧一方，加上慈禧确实抓住了阿鲁特氏的小辫子。于是也就应允了废后之事。然而当两宫太后召见当时的宗人府宗令——即爱新觉罗氏族长惇亲王奕（言宗）提出废后要求时，惇亲王却表示反对：“欲废后，非由大清门入者，不能废大清门入之人，奴才不敢奉命。”一家伙替阿鲁特氏把两宫太后都给得罪完了。慈禧更是气得发晕。慈安太后想来肚里也暗生闷气。于是阿鲁特氏在两宫太后面前就更落不了好儿。
“穆宗后阿鲁特氏，尚书崇绮女。不得孝钦太后欢，孝贞从中敷衍之……以事欲废之，诏惇王欲发表焉……惇王对曰：‘欲废后，非由大清门入者，不能废大清门入之人，奴才不敢奉命。’盖讥两后皆由妃正位者。由此，遂中止。”
无论如何，同治帝死了，他没有儿子，连女儿都没有，清王朝必须从宗室中选出一位继承者。
同治帝崩逝的当天深夜，关于继位人问题的御前会议立即在养心殿西暖阁召开。与会者包括宗室王公、朝廷重臣，还有同治帝的师傅。一番争执之后，早有盘算的慈禧太后一锤定音：“文宗无次子，今遭此变，若承嗣年长者实不愿，须幼者乃可教育，现一语即定，永无更移，我二人（两宫太后）同一心，汝等敬听。”随后宣布：“醇亲王奕奕譞之子载湉承继文宗显皇帝为子，入承大统为嗣皇帝。”
这道旨意一出，诸人大出意外！醇亲王本人更是当场昏迷过去。然而谁也不敢表示反对，因为载湉也有非常明显的优势，他是咸丰帝的亲侄儿、慈禧太后的亲外甥，是正宗的皇家近支。那么，为什么不给同治帝过继儿子呢？原来，当时的皇族近支中“溥”字辈的人选只有一个溥伦，乃道光帝长子奕纬的嗣孙。溥伦虽是道光帝长子长孙，但他身上并没有有流着道光帝的血液，甚至连嘉庆帝的血液都没有：溥伦的父亲载治是过继给奕伟的，他的亲祖父乃是皇族的旁系。不过既是过继，似乎也没有必要讲究这些。何况就算是让堂弟入嗣大统，也大可选个年纪大些的，为什么会找上载湉这个还没断奶的孩子？
这当然就是慈禧太后的算盘了。假如从旁支溥字辈中选一个做同治帝的过继儿子，那么两宫太后就成了太皇太后，再垂帘听政就说不过去了：同治帝的皇后还在呢！假如选年纪大些的载字辈堂兄弟，那么首当其冲要被考虑的就是恃才傲慢的恭亲王的儿子们。这当然绝对不是两宫太后、尤其是慈禧太后愿意看到的。更何况，选中的小皇帝越是年幼无知，慈禧太后掌权的时间就会越久。除此之外慈禧太后还另有私心，载湉是她亲上加亲的外甥，父母一向温驯听话，肯定比恭亲王父子好摆弄得多。当然，据说还有一条比较“人性化”的理由：慈禧太后想要重新看到自己儿子当年做小皇帝的模样。“寻求她儿子的印象，使她聊以自慰。”
总之，事情就这么定了下来。同治帝死去的当夜，一道出自同治帝师翁同龢之手的诏书颁布：“钦奉慈安端裕康庆皇太后、慈禧端佑康颐皇太后懿旨：皇帝龙驭上宾，未有储贰，不得已以醇亲王奕譞之子载湉承继文宗显皇帝为子，入承大统，为嗣皇帝。俟嗣皇帝生有皇子，即承继大行皇帝为嗣。特谕。”
十二月初七，载湉生父醇亲王主动请辞一切职务，慈禧太后正中下怀地批准，让他去监修皇陵。
醇亲王辞职的同一天，两宫太后重新垂帘听政。同治纪年终结，光绪朝揭开帷幕。
对于同治帝死后竟没过继儿子、皇位也交给最年幼的堂弟继承，朝野上下都心怀不满。恭亲王当然是最不满的，但他的儿孙们离皇位很近，他利益攸关不敢出声。不过敢出声的自然大有人在。光绪元年正月十五，内阁侍读学士广安上奏，要求两宫太后立下铁券，保证日后一定要为同治帝过继儿子并将皇位交由其嗣子继承。这要求立即触怒了慈禧太后，对广安大加斥责，铁券也就化为泡影。
此事发生一个月后，光绪元年二月二十日（公元1875年3月27日），宫内又传出噩耗：二十二岁的同治帝嘉顺皇后阿鲁特氏崩逝。
阿鲁特氏的“嘉顺皇后”头衔，是在同治帝死后慈禧太后封给她的。
皇宫里颁出的懿旨说，嘉顺皇后是伤心同治帝之死而自愿殉情的。但实情究竟如何？
从当时的情况来看，为同治帝继嗣之事被太后借故推脱未得确实，阿鲁特氏做为一个没有儿女依靠的寡妇，不过是新帝的嫂嫂，新帝又是个孩童，婆婆掌控全局又与自己素有仇隙……所有种种，都足以令这个年青女人难以生存、生无可恋。
一种传说在暗暗地流传。这传言说，同治帝病重之时，曾经让帝师李鸿藻代写过一份遗诏，选立了年已十余岁的堂弟载澍贝勒（道光帝第九子孚郡王奕讠惠之子），然而李鸿藻将遗诏交给了慈禧，于是同治帝的遗愿泡了汤。阿鲁特氏做为皇后，知道世间曾有此诏，因此太后不能容许她活在世上。
据宫廷传言，同治帝死后，皇后终日痛哭不思饮食，其父崇绮便将这情形奏报给了两宫太后。谁知慈禧听完竟冷冷地回答：“既然如此不舍，她就随大行皇帝去吧！”
崇绮听了这话，知道女儿的性命迟早无可挽回，不如自己这个当爹的动手，还能保住全家。他就派人给皇后送去了一个空食盒。皇后明白了父亲的意思，便绝食（或曰吞金）而亡。
关于阿鲁特皇后之死，民间还有一种传说，说是她身怀有孕，慈禧太后怕她生出儿子正位太后所以逼死了她，顺便连自己未出生的孙儿孙女也一起害死了。这种说法实在有些无聊。因为从更多的时人笔记来看，同治帝确实是无儿女而死的。原因很可能就是他在男色与女色之间，更多的倾向男色。据《清代野记》记载，那位翰林王庆祺就是他的男宠之一。《清稗类钞》中也有同治宠优伶侯俊山的记载（当时的优伶都为男子）。光绪年间的山西道监察御史李慈铭在其《越缦堂日记》中也有同治“耽溺男宠，日渐羸瘠，未及再祺，遂以不起。”的记载。
慈禧太后坚持不给同治帝过继儿子并由其承嗣帝位的原因，当然首先是因为她自己要当皇太后以便掌权；其次，一旦同治帝有了过继儿子，慈安慈禧不但是祖母身份，而且“以妃正位”的宗族地位在“由大清门入”的阿鲁特氏皇后面前更是相形见绌，无论从人情还是道理来讲，听政的都将会是阿鲁特氏。阿鲁特氏与婆婆一向格格不入，她如果掌控了权力，慈禧会是怎么个下场，那也难说得很。这两个原因或者就是慈禧要在同治帝重病时“忽悠”儿子颁下由太后代理政事的正式谕旨、在儿子死后也不给他立即过继子嗣的真正原因。（假如两宫太后曾经召宗人府宗令讨论废后之事属实的话，那么不难得出另一个结论：慈安太后为何对于慈禧太后在同治帝死后的这一系列与儿媳妇为难乃至逼其寻死的做法，都没有站出来明确反对的原因：她也唯恐嘉顺