快就到了昏迷不醒的地步，几乎夺了他的性命，总算命不该绝，最后总算苏醒过来，拣回了性命。病刚有些起色，郭子兴就迫不急待地在朱元璋卧房外做声做色。朱元璋一打听才知道，定远有支匪帮“驴牌寨”，托人带信来说打算投诚。然而这是一件极危险的差事，红巾军根本摸不清对方是否真心投诚，搞不好去招降的人就会被对方一刀两段。郭子兴既不舍得丢这块肥肉，又知此事不是儿戏，自己的子侄非但不是这块材料，自己也怕弄丢了郭家自己人的脑袋，便一心想要朱元璋去干这事，因此对朱元璋养病十分不满。
朱元璋明白其中原因后，毅然主动抱病请命，郭子兴大喜，假意推让安慰一番后，就毫不客气地下令朱元璋第二天便出发。
由于病未痊愈，朱元璋在途中曾经两次病倒，但在郭子兴的催促下，他每次都只医治了三天，没等病好就又起程。
果然，驴牌寨的寨主在初见朱元璋时虽言之凿凿，没两天就又翻悔了。在这危急时刻，朱元璋硬是凭着自己的智计，仅用三百人就制服了寨主，收录了寨中三千精壮兵员。
七天后，朱元璋率领这三千军士趁黎明时分突袭了元将老张的营帐。混乱中元将不知红巾军的底细，竟然弃军而逃。仅此一役，朱元璋就又收得了两万多兵，并一举夺得了滁阳。
就在朱元璋纵横转战之时，濠州城的红巾军正窝里斗得一蹋糊涂。彭大在火拼中丢了性命，郭子兴也成了赵均用等人的瓮中之鳖。
朱元璋听说这消息，便派人去贿赂赵均用的左右，并游说赵均用道：“大王穷迫时，郭公开门延纳，德至厚也。大王不能报，反听细人言图之，自剪羽翼，失豪杰心，窃为大王不取。且其部曲犹众，杀之得无悔乎？”
赵均用知道朱元璋得了滁阳，兵力已过三万，畏于朱元璋的威名，不得不放了郭子兴一家性命，还让他带走了名下的一万余兵。
到滁阳后，朱元璋不但没有仗势报复郭子兴，反而主动将自己千辛万苦打下的滁阳城以及整顿得纪律严整装备精良的三万多兵将都交给了郭子兴。靠着朱元璋，郭子兴不但保住了全家性命，兵力派头比从前还暴涨了数倍。
照说郭子兴应该很感激朱元璋才是，然而事实恰恰相反。对女婿的感激之情只维持了两个月，郭子兴父子便故态复萌，不但对朱元璋百般猜忌，就连他的亲信李善长等人都被郭子兴强行召用。朱元璋倒是一如既往的逆来顺受，李善长却不肯离开自己投靠的主人，涕泪交流地拒绝征召。结果郭子兴疑心更盛，此后再有出征带兵的差事，统统都不准朱元璋沾边。非但如此，就连朱元璋所居院落的门户，没有郭子兴的允许都不得擅自在夜晚打开。
然而郭子兴虽有心扼杀朱元璋的领兵权，可惜他的亲信子侄们与朱元璋相比，却实在都是些草包货色，有时偶遇元军确有猛将统领，一大帮子人就都不敢应命领兵，个个甘当缩头乌龟。无可奈何的郭子兴只能面对现实，大半年后（元顺帝至正十四年十月），又重新让朱元璋领兵作战。
从此朱元璋的战功更盛，投靠他的各路人马也越来越多。郭子兴虽然迫于形势起用了朱元璋，却始终对他百般猜忌，甚至于在他的身边派“监军”，即使如此，郭氏兄弟还是看得眼热，还曾经试图毒杀朱元璋。亏得马氏聪慧警醒，不但时时向丈夫报讯挫败养兄的阴谋，还将朱元璋部属送给自己的所有物事都尽数转赠给郭子兴的妻妾，博取郭子兴的好感，从而根本上挽救了朱元璋的性命前途。
此后郭子兴和朱元璋之间的关系，发展到最能胡思乱想的编剧也想象不出的地步。郭子兴一面完全依靠朱元璋应敌救命，一面又在两个儿子的撺掇下变着法子要置他于死地。可是当朱元璋被郭子兴死敌孙德崖之弟绑架后，郭子兴却又惊恐得吓出大病，不但立即答应放了孙德崖，还命令徐达去交换朱元璋回来。而且郭子兴的这场病直到朱元璋和徐达先后脱身返回滁阳城，都未能痊愈，再加上眼睁睁地放走了孙德崖，就更是郁闷。最后郭子兴竟就这么呜呼哀哉了。
郭子兴死后不久，（元顺帝至正十五年）春天，刘福通终于找到了“宋徽宗八世孙”韩山童的儿子韩林儿，将其迎至亳州拜为“宋国”皇帝，号小明王，以“龙凤”纪年。红巾军起义算是有了一个说得过去的牌位。
对于此时的朱元璋来说，郭子兴的死和韩林儿的登基都是好消息。郭子兴死后，韩林儿以“宋皇帝”的名义，封郭子兴的儿子郭天叙为“都元帅”，舅子张天祐为“右副元帅”，朱元璋为“左副元帅”，统领滁阳红巾军。朱元璋的名衔虽然最低，但他的威望才干远比另两人要高得多，军中良将精兵都只肯听从朱元璋的调遣。
不久，巢湖反元首领廖永安、俞通海率战船千艘指名归附朱元璋，滁阳红巾军从此有了水师，当年六月便渡过长江攻克太平（今当涂）。而倒霉的郭天叙张天祐却在攻打集庆（应天）时上了诈降元将陈也先的大当，被元王朝的守将福寿给砍了脑袋。
朱元璋遂帅部转攻集庆，福寿苦守多日，最终在巷战失利后自刎。自朱元璋起事以来，福寿是他所遇到唯一一个为元王朝死节的蒙将，他因此对福寿的英勇深表钦佩，予以厚葬。直到建立明王朝以后，朱元璋仍然对福寿念念不忘，直到洪武四年，仍然下令为福寿以大夫礼立庙祭祀。
十月，小明王韩林儿下令提拔朱元璋为枢密院同佥，李善长为经历。不久又升其中行中书省平章政事，李善长为左右司郎中，其亲信大将均为元帅。而郭子兴最后一个儿子郭天爵则为中书右丞。
郭天爵对自己所得的待遇以及在军中虚有其名的事实，感到愤愤不平，想了许多办法要暗害朱元璋。然而此时的郭天爵已经不再是当年那个呼风唤雨的郭少爷了。事情败露后朱元璋毫不手软地诛杀了郭天爵。虽然小张夫人和郭小姐靠着马氏的情面留在朱元璋身边妥善供养，但郭家却就此绝后了。后来郭子兴虽被追封为“滁阳王”，可是为他奉祀的却只有旧邻舍了。
与郭家父子的恩怨，看在朱元璋的得力部下眼里，恐怕很容易使他们觉得自己跟随的上司，是一个极有江湖义气、滴水之恩报以涌泉的好主子（郭家虽然绝后，但郭小姐和小张夫人得到了优待，郭天爵之死也可算是咎由自取），加上他智勇俱全又有逢凶化吉的好运气，谁都会觉得应该充分信任朱元璋，对他竭尽全力，也因此完全相信日后能够成就功名，安享富贵。
然而与郭家父子的前前后后，对于朱元璋本人来说，就是另一番滋味在心头了。想当初自己是如何全心全意地报效郭子兴？与自己对郭子兴曾有过的忠诚和功绩相比，自己的部属们还没谁能及。可那又如何？自己还不是变了么？还不是绝了郭家的后嗣，夺了郭家名份下的权力么？郭子兴在生时曾经多次想向自己下手，最后总是功亏一篑，要是他毫不顾虑地当真下了杀手，只怕郭氏兄弟最后也不会落得如斯下场。
这么一想之后，恐怕朱元璋在称帝后很容易就会得出一个结论：功臣元勋们都是有真本事的，若想要保住自己的儿孙不重蹈郭氏兄弟覆辙，唯一的办法就是把他们统统灭光。于是他顺理成章地效仿了自己祖籍沛县的老乡刘邦，不但在称帝后大封朱氏儿孙，还毫不手软地将开国元勋们一个个地消灭干净。
郭天爵死后，滁阳大军无论是名份还是在事实上，都彻底由朱元璋统辖了。在很短的时间内，他的军队先后攻克了江阴、常熟、宁国、扬州、池州、徽州等地，并采纳老儒朱升“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议，让自己打下的地盘有足够的时间休养生息，积蓄力量。接受了小明王韩林儿所封的“吴国公”爵位。
小明王韩林儿龙凤九年，朱元璋率领朱家军经过艰苦作战，付出三十五名大将阵亡、数万军士丧命的代价，击溃陈友谅的“大汉国”，丰饶的鄱阳湖平原就此成了他的势力范围。第二年（公元1364）正月，朱元璋在应天称吴王，韩林儿也只能默认。
吴王朱元璋为自己设置了下属百官（李善长为右相，徐达为左相，常遇春俞通海为平章政事）。
与此同时，和丈夫相濡以沫多年的马氏，也在她33岁这年成为“吴王妃”，她在战事颠沛中生下的长子朱标则当上了王世子。这一年，马氏已与朱元璋成婚十二年。
五、当上皇后
成为吴王后，朱元璋继续马不停蹄地四出征伐。随着势力越来越大，他与小明王韩林儿的决裂也势在必行。龙凤十二年（公元1366）五月，在声讨张士诚的檄文中，他公开宣称“……愚民误中妖术，不解偈言之妄诞，酷信弥勒之真有……聚为烧香之众……妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，荼毒生灵……”——“弥勒教”，就是白莲教，亦称明教，正是红巾军借以号召、韩林儿依此称帝的根据。——朱元璋的这番宣言表明他彻底脱离红巾军，决定另立码头的意愿。
然而依靠朱元璋维持局面的韩林儿却还被蒙在鼓里。就在朱元璋与他的最后一个对手张士诚作战已经胜利在望的时候，也就是龙凤十二年（公元1366）十二月，朱元璋派廖永忠去接小明王韩林儿“驾临”应天。雕梁画栋的“龙船”刚至瓜洲，就莫明其妙地沉进了江底，韩林儿当了十二年“宋皇帝”，就这么效法周昭王成了鱼虾之食。忠于韩林儿的红巾军也只能去向江水问答案了。由于这起“事故”，朱元璋对廖永忠“大发雷霆”，判他软禁数日，随后以“戴罪立功”为名再次重用。
韩林儿死后，龙凤纪年宣告终结，朱元璋下令改用“吴元年”纪事。
论起来，张士诚也是个“吴王”，而且称王的时间比朱元璋还早。为什么大家都称吴王？据记载说，元顺帝即位之初，民间便有童谣，说是：“富汉莫起楼，穷汉莫起屋，但看羊儿年，便是吴家国。”于是张士诚便在平江（今苏州）自封吴王。而朱元璋则是被韩林儿封为“吴国公”，也在随后称了“吴王”。为免混淆，史书遂将张士诚称为“东吴”，朱元璋称为“西吴”。
朱元璋的西吴元年（公元1368）九月，即元顺帝至正二十七年九月，“东吴王”张士诚所据守的苏州城终于在八个月围城之后被攻克。
张士诚的王妃刘氏与私盐贩子出身的剽悍丈夫倒真是天生一对，在得知城破的消息后，她将所有嫔妾都强行和自己一起统统锁入宫中齐云楼纵火自焚，张士诚本人则在巷战失利后自杀未遂被俘，又将西吴宰相李善长骂了个狗血淋头，最后被暴怒的朱元璋活活打死，并焚尸扬灰。一十四年帝王梦，顷刻之间化为乌有，哀哉！
“东吴王”张士诚败死，朱元璋遂于十月派徐达常遇春北伐中原，开始了真正推翻元王朝之战。
十一月，徐达攻占下邳、沂州、太平、济宁、益都、临淄、昌乐，常遇春攻占东昌，元王朝的大都城已指日可得。看到这样的局面，各路武装也只能赶紧向朱元璋俯首听命。浙东武装首领方国珍就是在此时投降的（明朝建立后官封广西行省左丞，只吃干俸不许上任）。
在这样的大好情势下，李善长率文武官员劝朱元璋称帝。在十二月十一日和十二日连续两天的劝进之后，朱元璋“勉为其难”地接受了大家的意见，并于八天后搬进了新建的皇宫。为了表示自己的诚意，他同时宣布，若上天果然应允自己称帝，则登基的正月初四日定当放晴。果然天从人愿，纷纷扬扬的雪花和阴沉的天色都在这天一扫而光，应天城（今南京）一片霁朗。朱元璋正式称帝，国号明，从此开始了洪武纪年（元年为公元1368）。
就在自己称帝的同一天，朱元璋册封发妻马秀英为皇后，嫡长子朱标为皇太子。而在追封朱家先祖的时候，他也没有忘记妻子的父母。洪武二年，连照面都没打过的岳父马公被追封为徐王，岳母郑氏为徐王夫人，在朱家太庙东向建祠祭祀。马皇后以“孝女”身份亲手将生身父母的灵牌捧入祠中供奉致祭。
洪武四年，朱元璋打听到马公夫妇葬于宿州，又派礼部尚书陶凯前去当地立庙，并亲自为马公夫妇写下了一篇祭文。
文曰：“朕惟古者创业之君，必得贤后以为内助，共定大业。及天下已安，必追崇外家，以报其德。惟外舅、外姑实生贤女，正位中宫。朕既追封外舅为徐王，外姑为王夫人，以王无继嗣，立庙京师，岁时致祭。然稽之古典，于礼未安。又念人生其土，魂魄必游故乡，故即茔所立庙，俾有司春秋奉祀。兹择吉辰，遣礼官奉安神主于新庙，灵其昭格，尚鉴在兹。”
“贤后”，这是朱元璋对妻子最真心诚意的赞誉。而马氏在明王朝建立后的所有言行，都显示着她确实无愧于“贤后”这个称号。
六、贤后举止
朱元璋生活节俭，马皇后在肃治内廷倡导俭朴方面，也与朱元璋互相配合。不但是平日自奉甚俭，遇到旱涝之年，还率举宫妃嫔蔬食；遇有战乱之年更是只吃粗粮野菜。做为皇后，她的日常服装不但毫无绣饰，质料也仅是粗丝所织，而且直穿到破旧时还不舍得更换。虽然自己如此节俭，她却命人织造被褥赐送孤寡及老年人，又让织工将剪裁所剩的原料残丝再次加工，织造成次等帛料赐给众王妃公主，警示她们当知百姓蚕桑艰难。
做为皇帝，朱元璋妃嫔众多。论起来他光是有名可查的妃嫔就有三四十人，总共为他生下了四十二名子女。对于这些分享了丈夫的女人和她们的孩子，马氏也都一一予以善待，在妃嫔面前她平等相待，在所有的儿女面前她都是一位慈母。没有象一般的妇人那样哭天抹泪地控诉“吃了一辈子苦，男人一发达就搞狐狸精”，她恪守了自己皇后的身份职责，对于孩子们，她不但关心宠爱，而且还格外重视他们的教育；对于朱家的亲眷，她也极其厚待，尽到了做主妇、做天下之母的义务。（再声明，请大家注意五百年前的道德标准和婚姻制度。我可不是在鼓励现在的男人出轨女人容忍，请不要给我上纲上线。）
关于马皇后教育子女的事，很多时候都有一个例子被举出来。说是朱元璋的儿子周王就藩，由于这个儿子脾性不好，马皇后对他很不放心，可是自己又不能随行管教，于是当周王来辞行时，她将自己身上的纰衣脱下交给江贵妃，派她随周王就藩，叮嘱她若是发现周王有过错，就披上皇后的衣服予以权责，周王若还不听话，江贵妃有权驰报朝廷。——只是在很多时候，这位“周王”被认为是朱元璋的第十五子朱植。然而朱植先为卫王后为辽王，离京就藩更要到洪武二十六年以后。而马皇后早在洪武十五年就去世了。所以按年代推算，故事中的“周王”应该是朱元璋的第五子周定王朱橚，他于洪武三年封吴王，十一年改封周王，十四年就藩开封，时间正好合缝。
对于自己的家族，马皇后严格要求。由于马公夫妇没有儿子，朱元璋不忍见老丈人就此绝后，不止一次曾经想要派人在民间搜寻马氏远支族人过继给马公，并继承马公的爵位。马皇后虽然终生思念父母，每当提及自己早逝的父母就要悲哀流涕，但对于丈夫的心意，她却坚决地推辞，并说：“爵禄私外家，非法。”不愿让大明王朝又增多一个可能会扰乱朝纲骚扰百姓的“后族”。有了她这样的以身作则，朱元璋的其它嫔妃家族、明王朝初期的各亲王郡王妃家族，都十分收敛。
如果仅仅是谨慎于妃嫔儿女与家族治理，只不过是尽到了一个皇家主妇的职司，还不足以被公认为“贤后