政府在政策上协调一致。但是事实证明裕仁不可能实现战争领导上的协调和统一，因为大本营再次促发了陆海军之间的对立，而联络会议是建立在——各国务大臣分别并且是独立辅弼天皇的原则基础上的——最终这一原则并没有得到遵守。
此外，内阁（从总体上）无法控制它的军事成员，因为它的统合能力很弱，另外陆军和海军大臣在内阁的地位独特——享有单独辅弼天皇的独立权限。海军既担心陆军会控制大本营，又害怕削弱自己独立的“统帅权”，在它的竭力主张下，首相和文职官员被排除在大本营之外。裕仁批准了这种设置，但是这种设置降低了效率，在整个战争过程中，妨碍了与文职机构的情报交换和协调。
大本营的设置，使裕仁体会到作为一个积极能动的大元帅在行使权力时变得容易了，而这是他的祖父明治天皇也未做到的事情。天皇的最高命令，被称为大本营陆军令（大陆命）和大本营海军令（大海令），在直接传达给各方面军司令官、军司令官、经常还有师团长和舰队司令官的过程中，参谋总长和军令部长起的是“传声筒”的作用。实际上，天皇不可能对大本营的所有命令都进行详细检查，但是对于这些命令的最高类型——天皇的最高统帅命令，在统帅部准备传达之前，都要受到裕仁的仔细检查。
统帅部长根据大陆命和大海令发布的较为重要的命令和指示亦是如此。首先是陆军和海军的作战课起草命令，部课长进行修改，然后沿着指挥系统传到次长和总长处，最后，在命令发布之前提交给天皇取得他的许可。就这样，裕仁不但作为一种力量推动了日本整个战争体制，而且作为可以自由行动的个人，仔细地审查和批准了实行侵略战争的政策、战略和命令，因此，天皇的责任是巨大的。
裕仁与大本营之间通过调查问题、告诫以及向统帅部和陆海军大臣认真重复他的指示和质询的方式相互作用。此外，他还学会了如何利用他的地位不断地向他们施加心理压力。平时，他行事温和，可以说更像乔治·C·马歇尔的礼貌仪态，而不像乔治·S·巴顿的风格。然而，他的“质询”相当于命令不能无视。天皇希望变更现行军事行动时，有时也会遇到反对意见，但是只要他坚持就会如愿——即便那意味着统帅部长不得不否定那些与天皇的政策相左的作战部长以及重要部局长们的主张。简言之，统帅部要对一个精力充沛、行动主义的天皇负责，他们永远无法按照自己的想法进行对中国的战争。陆海军大臣也是如此，他们也受到裕仁质询的管制，有时候要做他的出气筒。
此外，有文献史料为证，在各种关键时刻，裕仁不但参与制定战略、决定战役计划、选定时间等，而且还对进行中的现地军事行动进行干涉，以至于如果没有他的干涉某些变化根本就不可能发生，而且这样的行为不在少数，有时甚至每天如此。他还监管、甚至偶尔评论方面军司令向下属部队发布的命令，尽管不能确定他做到了什么程度。
裕仁即位以来一直听取的内阁非正式报告（内奏），1937年以后由于大本营的设置而得到了加强，它对裕仁的大元帅角色提供了正规的支持。从某种程度上讲，内奏属于天皇提问（御下问）上奏者回答的问答式会见。通常的参加者是统帅部和某几位特定阁僚。这种会见有时已经流于形式。在这些会见中，天皇默不作声地接受大臣或者统帅部的书面或者口头报告（上奏）。在内奏过程中，情报和意见的交换甚至会引发对政策、战略、甚至战术的讨论，然后以日本式的“意见一致”达成决议。其结果是，在内奏后再形成的内阁决议实际上是预先决定好的“成品”。它反映了裕仁的思想，因此不会再被修正。
“洗劫”南京
10月下旬，上海及周边地区的阵地战显露了临近结束的迹象。11月9日，中国陆军开始了部分撤退。上海市约5平方公里的城区和大部分的郊区被来自陆海空的轰炸所破坏。将近25万中国人被杀害，包括许多在前线战斗的妇女和儿童。日本方面的死亡人数是9115名，受伤人数为31257万名。11月中旬，中国军队的抵抗全线崩溃。当时的形势是，中岛今朝吾中将率领的上海派遣军第十六师团在长江沿岸的白茆江没遇抵抗地成功登陆，并且将与一周前在杭州湾北岸登陆的柳川平助中将率领的第十军会合，对中国军队造成威胁。丧失了斗志、组织混乱的蒋介石士兵，暴露在日本海军航空队的猛烈轰炸和机关枪扫射下，还有日本炮舰的炮轰之下，他们穿过长江沿岸的村庄和城镇慌乱地撤向约300公里之外的南京。
日本军拥有装备优势，但是休息和补给严重不足，尽管如此，日军各纵队继续向西推进，对中国军队进行紧急追击。上海派遣军当初的目的只是在上海地区从事有限度的战争并避免与英国和美国发生摩擦。然而，随着战地司令官无视东京的上级指挥权开始独断滥用职权，这些制约都被置之不顾。第一次与中国普通平民直接接触的部队（他们在整个上海战役中一直都在杀害俘虏），现在被命令可以无视战斗人员和非战斗人员的区别。例如，11月11日的步兵第六连队第二大队的攻击令名言：“一般良民皆于城内避难，因此，所有城外者均按怀有敌意者论处予以消灭。”“烧毁房屋、准备物资便于扫荡行动。”
向南京进军的日本军各部队沿主要干道和铁路干线向内地推进时，烧毁劫掠村庄和城镇，对大批中国军队和避难的平民进行了追击。12月1日，裕仁新设立的大本营命令第十军和上海派遣军从不同方向包围南京。第二天，朝香亲王被任命为上海派遣军司令，当时健康状况不佳的松井石根大将被提升统帅中方面军，这支部队由上海派遣军和第十军组成。12月8日，朝香率领的部队开始攻打南京防御阵地。只经过了5天的抵抗，拥有大约40到50万人口、有城墙环绕的南京于12月13日陷落。
没有任何“洗劫”南京的命令。大本营也没有下令将消灭全体敌人作为南京包围战役的最终目标。不过，确实有不留俘虏的明确命令。南京一陷落，日本兵便开始集体处决俘虏和缴械投降的逃兵。他们还进行了空前的、作战计划外的纵火、掠夺、杀人和强奸等残暴行为。由此导致的大屠杀在城内和附近6个村庄持续了3个月，远远超出了前期在上海战役和沿着中国军逃往南京的路上所犯下的暴行。中岛中将的第十六师团仅在进入南京的第一天，就杀害了近323万名中国俘虏和逃兵。不过日本人的估算将这个总计降到了24万人。
当松井和朝香将军坚持要在12月17日骑马沿着宽阔的南京主要大街行进举行胜利游行时，朝香的参谋长饭沼守命令第十六和第九师团加强对被占领的南京及其周边村庄进行扫荡，以保证皇室亲王万无一失。12月16日晚到17日清晨，已取得了战斗胜利的日本军围剿了基本上已经放弃了武器、褪去了军服，在拼命逃跑的中国残余部队，单是在南京城内就杀害了超过17万名的成年男子和未成年男子。如此同时，第九师团在南京的外围行政区域加强了歼灭作战。
12月17日下午2点，在海军大将长谷川陪同下，松井将军向东方的皇宫遥拜，并在前国民党政府办公大楼前升起太阳旗，以此结束了胜利庆典。松井高呼三遍：“大元帅陛下万岁！”集结的2万多名战斗部队——相当于占领南京部队的1/3，也同声唱和。
关于南京城墙内和近郊农村的中国牺牲者总数，至今仍在激烈地争论中。日本人估算的比较适当的数字为“不少于20万人”同时他们也承认实际数字也许永远无法知道。战后东京战犯法庭接受了“20万以上”的平民和俘虏于“最初的六周内，在南京及其附近地区被杀害”的估算值。在南京举行的战犯审判接受的数值是“30万人以上，”后来中国又将牺牲者人数提高到34万人，但是这个数值未被证实。1937年12月，西方关于南京大屠杀的最初报道以有限的来自市内的消息为基础，推测在最初几天被杀害的人有1万到2万以上。谈到导致日本兵犯下如此骇人听闻罪行的特殊的战场状况，日本历史学家们最常论及的是军纪的败坏、种族沙文主义、报复心理和“心理上的极度愤怒。”
强奸受害者的人数也处于争论之中。当时的外国观察员估计，在占领初期，当日本帝国陆军将南京与中国的其他地区完全隔离封锁起来时，每天大约有1000名各年龄层的妇女和少女遭到性攻击和强奸。这种状态一直持续到3月下旬，军队的秩序得到恢复为止。此时，“慰安所”的数量开始激增，在里面被迫充当妓女的是从日本全国各地征集来的妇女。陆军在华中新建了一个“中华民国维新政府”，与3个月前在北京建立的政府（中华民国临时政府）相对应。然而，对中国平民的大规模暴虐行为仍在继续。从1937年7月对中国战争开始到1939年末，共有420名日本士兵因强奸和杀害中国妇女受到军事法庭判决。但是，没有一名日本士兵因此被判死刑。
当时有几百名日本记者和新闻纪录片摄影者在中国做随军记者，相比之下，欧美记者为少数。然而，只有后者向世界报道了事实真相。受到审查的日本新闻界被禁止引用国外批判日本的新闻报道。没有报纸提到屠杀、战争犯罪、对平民的恐怖行为和强奸，被提及的仅仅是在南京抓到许多俘虏，大量中国人的遗体没有被掩埋。不过，2名日本军少尉比赛用军刀砍死一百名中国士兵的消息在南京被占领之前倒是在《东京日日新闻》上出现过几次，为了解日本军在中国战场上的暴行提供了线索。在日本，只有像基督教学者矢内原忠雄那样极有洞察力的日本读者和能读到外国报纸的人才知道真相，才能意识到身着军服的杀人者犯下的罪行与日本理想化的自画像差之千里。
南京暴行
皇室成员都听说了大屠杀和几近全面崩溃的军纪情况，其中包括良子皇后的叔父、50岁的朝香亲王，他在松井大将指挥进攻南京时任司令官，是大屠杀最激烈时南京城中最高将领。陆军航空本部长、49岁的东久迩亲王也是良子皇后的叔父。陆军参谋总长、71岁的闲院亲王。当然，陆军大臣杉山也掌握这一切，还有许多大本营高中层军官。众议院议员，后备役的江藤大将也知道。外务省无疑也知道，其东亚局长石射猪太郎在日记中吐露道：“上海有信来，详细报告了我陆军在南京的暴行，掠夺、强奸，触目惊心。天哪，这是皇军吗？”战后，作为外交官，老练的中国通重光葵记述了当时他是如何“为了补偿占领南京时犯下的罪行，做出极大努力促进对中国善政的。”
因此说，近卫政府知道在南京的强奸和抢掠，而经常听汇报的裕仁却不知道，这看起来不太可能。裕仁位于指挥系统的顶部，在最初阶段，即使指挥系统有缺陷，也很难使他对高层或者中层的决策不知情。他密切关注着日本军队的每一个行动，浏览外电，每天阅读报纸，并经常就他在报纸中发现的问题询问近臣。作为批准夺取和占领南京的最高司令，作为国家的精神领袖——赋予“惩戒”中国以合法性的人，无论是宪法上的责任还是最低限的道义上的责任，他都有关注军纪的义务，哪怕是非公开的。然而他似乎从未这样做过。
对他的部队在上海－南京战区的行为，各国通过外交途径发来的抗议越来越多，这也许引起了裕仁天皇的注意。可以确定的是，它们引起了最高指挥部和外务省的注意，更不要说一些议会的议员了。就日本陆军在南京抢掠美国人的财产，亵渎美国国旗，美国大使格鲁曾经两次正式向外务大臣广田提出抗议。之后，广田在1938年1月中旬的内阁会议上提出了这个问题。
外交官日高信六郎在南京陷落后不久访问了那里，他也向广田做了详细的报告。尽管是推测没有确凿的证据，但是他很有可能在1月下旬向天皇汇报了那里的暴行。日高能讲一口流利的英语，他与纳粹党员的德国人约翰·拉贝有私交。南京市中心的西方人组建了南京安全区国际委员会，为难民提供避难所，拉贝是安全区的组织者之一。第一本关于南京大屠杀的书《日本人在中国的恐怖行动》（1938年）的作者、《曼彻斯特卫报》记者哈罗德·J·廷波利也是日高的个人朋友。另外，日高还与《纽约时报》特派员哈利特·阿本德就南京事件进行过讨论。日高甚至向外务省转达过南京安全区国际委员会成员们的抗议，包括拉贝和南京大学教授刘易斯·斯迈思所写的抗议书。如果日高或者外务大臣广田向裕仁汇报过陆军的暴行的话，那么事实上他应该知道得非常清楚。
然而，我们假设裕仁没有得到当局任何人就他的士兵在师团、连队、甚至是参谋的命令下，违反国际法而进行的大规模屠杀的实际情况的正式报告。即使如此，他还有来自非指挥系统的关于陆军军纪败坏的间接情报，比如国内外的报道，或者还可能从他的弟弟们那里听到传闻，从而了解被占领的南京发生的事情。因为他确实拥有这些间接情报，他应该下令秘密进行调查，但是没有关于天皇下令调查南京事件的文件性纪录。相反，却有裕仁对于皇军的犯罪行为保持沉默的事实记录。从皇军占领南京的那一刻起，他就一直密切地注视着军队的行动。还有一件同样无法否认的事实是，在事件初期，或是杀戮强奸的整个时期，裕仁没有任何公开表达他的不快、愤怒或者是遗憾的举动，而是积极地鼓励他的将领们在促使中国人“反省”的国策下取得更大的胜利。
南京陷落的3个多星期前，即新大本营设立的11月20日，裕仁向中国地区的舰队司令官长谷川清发出诏书，赞许舰队官兵与陆军合作，控制了中国的沿海，并阻断了其海上运输线。同时他告诫说：“前途尚远，希望你们更加努力奋斗，取得完全胜利。”
4天后，在参加第一次大本营的御前会议时，裕仁对中国中部方面军司令松井大将的进攻并占领中国首都这一重大决定予以事后认可。会议期间，陆军参谋本部的下村第一作战部长对部队的作战计划作了说明，他说因为赴中国华中的运输部队及炮兵部队距最前线尚远，所以“方面军的航空队要与海军的航空兵协力，轰炸南京及其战略要地。”因此说裕仁对轰炸和用机关枪扫射南京及其周边地区的计划是相当清楚的，他是在此基础上批准了作战计划的。他（事后）认可了撤销对陆军在作战范围上所有的限制，陆军和海军在没有东京事先授权的情况下对南京发动猛烈攻击期间，他没有任何表示制止他们的举动。12月1日，在对南京的轰炸以及海上、陆地的攻击开始几天后，裕仁向松井大将发布了正式的攻击命令：“中支那方面军司令要与海军协同行动，夺下敌国首都南京。”（大陆命第8号）
当时，与其他大多数高级将领一样，裕仁支持强有力的打击将会使蒋介石跪地求饶并使战争结束的观点，因此，他一直急切地想在“敌人的首都”进行一场决定性战役。结果，天皇不顾松井和朝香的行为所带来的外交上的危害，公开褒奖了他们。12月14日，南京陷落的第二天，他又向统帅部传下御旨，表达了他对攻陷并占领南京的报告的满意。1938年2月，当松井大将暂时离任