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然而，裕仁及其助手无法确定裕仁能否逃过审问——或是作为证人或是作为被告，因此1946年3月，他的5个助手开始着手帮他进行辩护的准备。当时，日本媒体充斥着关于战争审判的猜测，认为起诉将主要集中于把战争扩展到美英方面的责任上。因此，裕仁和他的亲信们感到有必要主要针对英美开战问题，而不是他在中国战争中所起的作用问题，进行辩护。麦克阿瑟司令部希望得到天皇回答的问题由新任命的宫廷和GHQ之间的联络官寺崎英成传给了裕仁及其助手。寺崎的妻子是美国人，交战的几年间在日本生活，而她又是费勒斯准将的亲戚。助手们向天皇提出美国方面的问题，然后又把他的回答记录下来。
口授会议进行了5次，用了8个小时。然后，寺崎用铅笔记下了这份长长的速记誊本的某些部分，速记誊本主要是以宫内省内记部长稻田周一编集和遴选的记录为基础。寺崎的记录日期是6月1日，东京审判已经开庭了近1个月。更长的口述文本，最初题名为“昭和秘史回顾录”，稻田的记录就参照了这份文本，对这份文本的整理工作一直持续到6月末。之后，这份文本被更名为“天皇谈话录”（圣谈拜听录），不过寺崎没有再参与而且也许他连见也没见过它。
反人道的罪行
1946年2月至3月，当日本民众正在逐步了解新宪法的时候，IPS的活动也在继续进行着。IPS执行委员会主要由组成法庭的各国“参与检察官”构成，首席检察官基南担任主席。在职员中最富有经验的律师的协助下，IPS集中精力审问和挑选那些将以“反和平罪”被起诉的嫌疑犯。美国检察官汇编的A级嫌疑犯名单上有30个人的名字，而英国检察官的名单上只有11人，两份名单都没有提到天皇。但是，澳大利亚检察官提交的一份应被起诉的“百人临时名单”中包括裕仁，指控他犯下了“反和平和反人道罪”。澳大利亚人还提供了一份详细的备忘录，作为指控天皇的证据。备忘录强调，“在任何时候” 裕仁都不是“被胁迫签署同意文件”发动侵略性军事行动的。备忘录带有修辞色彩地问道：“正因为他批准了连自己都不认为是正确的事情，他的罪行不就更重大了吗？”
执行委员会将被告的范围集中在28个人身上。被排除者中有满洲事变的策划人石原莞尔。石原在起诉准备阶段就没有被约面谈。将他从被告名单上除去可能是因为他反对东条并试图推翻其统治； 基南为此对他持正面印象。但这同时也反映了美国检察官的错误认识，他们认为中间层幕僚，就同美国的情况一样，绝对不可能成为发动侵略的原动力。
最终，26名被告人被起诉。曾经鼓吹过军国主义和种族狂热主义的实业家、大学的知识分子、佛教徒、法官和记者都没有在内。4月13日，苏联代表团姗姗来迟后，曾试图将在战争经济活动中起过主导作用的3名企业家包括进去，但最后只是将梅津美治郎大将和外交官重光葵的名字加进了名单。前外务大臣松冈洋右和前海军军令部总长永野修身在审判结束之前死亡。另一位被告——大川周明——被诊断为精神失常。
由于美国在亚太地区巨大的军事和经济支配力量以及麦克阿瑟手中过度的权力，东京审判被告的选定以及后来的审判本身都给人一种严重的扭曲感。不过首先，这种扭曲来自于所有的同盟国政府实行的国际法从属于现实政治的政策。那些政府都将本国的国家利益放在首位，法律和道德居后。裕仁和他的顾问们也是如此，在展开的法律戏剧的幕后偷偷摸摸地活动着。
因此，在斯大林的指示下，苏联代表团选择了跟随主导国家的做法，只有在美国主张的时候才会要求控告裕仁。仅有的参与了法庭审判的亚洲三国代表——中国、菲律宾和印度——也试图尽量避免与美国政策的冲突，努力贯彻各自的调查方针。
没有哪个国家比中国遭受的日本侵略更严重；也没有哪个同盟国领袖比蒋介石更了解日本君主制与军国主义之间的密切关系。但是蒋也认为裕仁将成为阻止共产主义传播的屏障，所以他也选择了不起诉裕仁。尽管蒋介石自己的军事法庭在10个城市因战争罪行起诉并审判了883名日本人，但他没有将东京审判放在较高的优先考虑的位置上。蒋与共产党的战争即将重新开始。他需要美国的财政资助和军事援助，并希望劝说日本军事人员在投降后留下来，这样他就可以在与共产党的战争中利用他们。
蒋派遣到东京的规模很小的法律小组就反映了上述优先考虑：一名法官（梅汝璈）、一名检察官（向哲濬）外加两名秘书。后来，蒋派了更多的人员并让他们收集了与战争犯罪有关的资料，不过这些远远不足以使中国人取得审判的主导权。1946年夏天，检察方面进行与中国有关的立证时，对日本犯罪行为的指控调查中起主导作用的是美国检察官，中国的向检察官只起了协助作用。另一方面，向积极地调查了有关南京暴行和日本军在中国许多城市杀害平民及解除武装的士兵的行为。他也提出了关于强奸罪的证据，可是当时没有把这种罪行当做反人道的罪行处理。
蒋的“抗日战争公私损失调查委员会”1938年以来收集了大量关于中国战争伤亡人数的数据，可是中国国民政府决定不把这些数据交给IPS调查官。它也没有追究日本对平民强征劳工，在华北进行的“杀光、烧光、抢光”活动（三光作战）以及毒气的使用。由于这些“反人道罪行”（使用毒气除外）大多数是发生在共产党的根据地，所以蒋介石对其是漠不关心。这也许能解释为什么蒋的总参谋长何应钦将军将扫荡作战的策划者冈村宁次及其部下军官“在南京及周边地区……待如上宾，而不是战败的敌人”。1948年7月，当南京的中国军事法庭宣告冈村犯有战争罪时，蒋保护了这位将军，先是下令假释冈村，让他在上海的医院治疗肺结核，而后又让他安全地返回日本。1年后，在GHQ的默认下，国民党最高指挥部通过在东京的驻日代表，在征募日本高级军官作为军事顾问赴台湾，帮助重建台湾武装力量一事上，曾秘密地得到了冈村的效力。
共同宣言书
战争中，菲律宾失去了一百多万非战斗人员并遭受了巨大损失。大多数菲律宾人认为裕仁负有责任。菲律宾政府任命巴丹“死亡行军”的经历者哈拉尼那法官作为政府的代表法官，而后又任命了罗佩兹任副检察官。在为菲律宾的审判立证期间，罗佩兹提出了144件日本军对菲律宾非战斗人员及美军、菲军战俘犯下的残暴罪行，从而为后来的赔偿请求打下了基础。由美国政府雇用的罗佩兹，和哈拉尼那一样，从未对裕仁不在指控名单上提出过异议。
印度向法庭派出的代表法官是加尔各答最高法院的拉德哈比纳德·帕尔，60岁。帕尔曾是亲轴心国的印度民族主义者钱德拉·鲍斯（Chandra Bose）的支持者，一个为时甚久的亲日派。与大多数既谴责英国帝国主义又指责日本帝国主义并绝不接受大东亚共荣圈思想的印度精英人士不同，帕尔是彻头彻尾的日本帝国主义的辩护者。5月到达东京后，他接受了依照法庭宪章对他的任命，可是态度却很不诚实，他不认为同盟国拥有审判日本的权力，更不要说任何方式的依法裁决了。从一开始就决心要看审判失败的帕尔打定主意，无论其他法官如何裁决，他都要写出独立的反对意见。对他拒绝签署“公正执法共同宣言书”，亦不必感到惊奇。
此后，根据辩护律师欧文·坎宁安的估算，帕尔在466天的“审判日”中缺席了109天，是第二名缺席者，审判长威廉姆·韦布爵士（53个“审判日”）的两倍以上。只要帕尔出庭，他一定会向被告鞠躬，他认为这些被告是亚洲解放运动的发起者。作为法官当中政治上最独立的人，帕尔拒绝让同盟国的政治关心和意图，更不要说法庭宪章，以任何方式影响他的审判。他会做出法庭上最具情绪化充满批判色彩的政治判决。后来，许多批判东京审判的人在坚持战时的“大东亚战争”的政治宣传论点的同时，认为亚洲遭受苦难的主要原因在于西方的白种人——即帕尔所说的“胜利者”。他们会赞赏地引用帕尔的论点。那些认为“白人”对亚洲的剥削是战争的主要起因的人也同样。
在选定被告的整个过程中，检察官们保持着快节奏的工作。他们时时留意着时钟和纽伦堡的动静，担心德国对22名主要战犯的审判一旦结束，世界的关注就会消失。纽伦堡既是他们的法律模范，也是他们心理压力的来源。麦克阿瑟通过基南向检察官们施加压力，要他们尽快结束准备阶段，进入案件审理程序。他拒绝给予检察当局审问裕仁的权力。他还决定既不让裕仁作为证人在法庭上提供证词，也不要求他提供日记或其他私人文件。
日记和（巢鸭）监狱的供词，不论是正式的还是非正式的，在决定起诉时都起了决定性作用，因为大量能表明罪行的日本文件都被烧毁或依照口头传达（为了避免留下书面证据）的内阁决定被处理掉了。日本陆军的秘密记录也被藏匿起来。虽然不是全部，但大部分的证词是在4月9日完成的，即基南命令他们停止处理的1周后。所有的证人都试图保卫天皇，都把战争责任推到被选定的少数几个陆军军官身上。在幕后参与审判的亲英美的“稳健派”们，通过他们自己的证词，向导致战败的陆军领导层进行了报复。与其他在法庭上为检察方提供情报的人同样，一些重臣如海军大将米内光政和冈田启介，为海军作了辩护，在夸大陆军影响的同时，将天皇及其随从的影响最小化。
开庭审判
1946年5月3日，开庭审判。法庭设在靠近东京都中心市谷的旧陆军省建筑物内刚刚装修过的大礼堂。基南让人将这个日本军国主义的神经中枢改装成法庭，并用深色木质镶板重新整修，还为法官们制作了长长的、高高在上的桃花心木法官席。装备了一台审判长专用的麦克风。证人席设在靠近屋子中心的地方，旁边有为律师和法庭速记员准备的桌子和长凳。修缮班为首席检察官和首席辩护律师搭了高高的讲台，还为拍摄审判全过程的同盟国的摄像师和摄影师搭建了平台。另外，还为国内外的新闻社、广播电台的记者以及约30位将用两种正式审判语言工作的日语和英语翻译预备了特别席位。后部上层的楼座能容纳660名旁听者，加上第一层的座席，共有旁听席近1000个。法庭书记员拿着移动式麦克风在庭内跑来跑去，悬挂在天花板上的巨大的强弧光灯将整个场景照得雪亮。
3天后召开了第三次公审，上午9点15分，被告、法官、律师、头戴白色头盔的宪兵（MP）以及为了旁听被告的抗辩从世界各地赶来的几百名外交官和记者挤满了法庭。开庭后，首先对辩护律师进行了介绍，随后，围绕起诉书中的误译发生了一阵争论。误译问题解决后，从荒木贞夫开始按字母顺序点名，被告听到自己的名字被点到时起立。所有被告对每一项指控都主张自己无罪。最具有教育意义的公审秀——即对主要战犯的审判将从积极的方面教育人们认识战争的犯罪性，而不是像斯大林的公审秀那样教给人们谎言——即将开场。法庭上挤满了旁听者，仍处于食物危机中的日本国民也在观看。
以6月4日基南戏剧性的开庭陈述为开端，检察当局在近8个月的期间里分阶段对各案件进行了立证。基南指出，东京法庭即将审判的是“对文明宣战”的一些人，因此应将审判视为“为了保护整个世界免遭毁灭的文明之战”的一部分。接下来，基南对检察方面的立论概要作了说明。为了使人们理解美国和日本的外交政策的实况，随后几天中，检察官们每天在法庭上介绍一些条约、协定和其他的文件。检察方传唤了109名证人进行口头作证，另外让561名证人留下了书面证词（以书面证词、宣誓口供和询问调查书的形式进行）。对被指控人不利的证据扎实有效地积累起来。最初显现出来的情节是日本为战争所作的准备工作，通过宣传、审查制度和中央集权化的教育教化手段。然后是对侵略战争实况的叙述结构，以帝国军队在各国犯下的战争罪行为焦点。
早在开庭的第2周，美国律师本·布鲁斯·布莱克尼少佐就对苏联法官的参加提出了质疑，因为苏联政府早些时候因对芬兰发动的局部战争而被驱逐出国际联盟。辩护方则提出了同盟国在刚刚被定性的世界再分割时代（1938－1945年）的行为问题作为争辩。从而引起了彼此彼此（“你也一样”）的争论，其目的是要削弱检察方的指控，并不是实际上的反证。每一次法庭都驳回了辩护方的论辩——事实上是在告诉辩护方，什么样的暴力行为是“侵略”和战争犯罪，什么样的行为不是。
6月13日，澳大利亚的副检察官艾伦·曼斯菲尔德向法庭提交文件，证明了日本是海牙诸条约的签约国，并详细阐明了日本的政治和官僚体制。每位被告的个人经历都被当庭宣读，检察官对日本如何为战争作准备进行了概述。日本证人当中，特别是币原喜重郎和若槻礼次郎描述了陆军实质上的独立、“警察国家”体制和1930年代的政治精神状况。他们的证言加深了人们对“军国主义者”的印象，他们策划“事件”，挑战历届内阁的权威，并逐渐巩固了他们的权力。但是每当关于谁应当为军统帅部担负宪法上和道义上的责任这类问题出现时，便没人回答，因为裕仁一直被“隐藏在幛子的后面”。
在短短的夏季休庭期间，法庭安装了空调设备。法庭再次开庭后，开始听取满洲事变后开始的日本侵略中国的证言。6月27日，被暗杀的犬养义首相的儿子犬养健作为检察方证人出庭。作证时，他直接地、意想不到地提到了天皇，称他的父亲在拜谒天皇时，曾直接要求天皇命令陆军退出满洲，那时他是他父亲的秘书。犬养健没有直说天皇拒绝了他父亲的请求，只是声明总理大臣“想把军队从满洲撤出的目的没有达到”。在后来对犬养的交互讯问中，被告木户和东条的律师穗积重威问他为什么天皇没有批准总理大臣犬养的请求，下诏命令军队撤出。穗积说，无论是英文的还是日文的，证人犬养的“证词都可以被理解为天皇对满洲事变的扩大负有责任。”犬养试图更正他的证词，但是这种戏剧性且意想不到的将责任归咎于天皇的方式，已经在法官中引起了骚动。
第2天，韦布告知法庭，因为一些法官“认为关于陛下地位……有矛盾之处，所以希望证人今天对这一点作明确说明。”犬养部分地收回了他前一天的证词，只是说他和他父亲说“从满洲撤退”时，所指的是命令朝鲜部队退回朝鲜，以及铁道守备队退回铁路地区。然而，最终犬养也没能澄清他证言中的矛盾之处。7个月后，检察方写下了共同谋划的评语并结案。关于裕仁在各种事件中所起的作用问题就像一块乌云笼罩着审判过程。没有一位