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李世民就此事征求秦王府僚属的意见，大家都说：“齐王凶恶乖张，是终究不愿意事奉自己的兄长的。近来听说护军薛实曾经对齐王说：‘大王的名字，合起来可以成为一个唐字，看来大王终究是要主持大唐的祭祀的。’齐王欢喜地说：‘只要能够除去秦王，捉拿太子就易如反掌了。’李元吉与太子谋划作乱还没有成功，就已经有了捉拿太子的心思。作乱的心思没个满足，又有什么事情做不出来呢！假使这两个人如愿以偿了，恐怕天下就不再归大唐所有。凭着大王的贤能，捉拿这两个人就像拾取地上的草芥一般容易，怎么能够为了信守平常人的节操，而忘记了国家大计呢！”李世民仍然没有做出决定。大家说：“大王认为虞舜是什么样的人呢？”李世民说：“是圣人。”大家说：“假如虞舜在疏浚水井的时候没有躲过父亲与哥哥在上面填土的毒手，他便化为井中的泥土了，假如他在涂饰粮仓的时候没有逃过父亲和哥哥在下面放火的毒手，他便化为粮仓上的灰烬了，还怎么能够使自己恩泽遍及天下，法度流传后世呢！所以，虞舜在遭到父亲用小棍棒笞打的时候便忍受了，在遭到父亲用大棍棒笞打的时候便逃走了，这恐怕是因为虞舜心里所想的是大事啊。”李世民让人卜算是否应该采取行动，恰好秦王幕府的僚属张公谨从外面进来，便将龟甲拿过来扔在地上说：“占卜是为了决定疑难之事的，现在事情并无疑难，还占卜什么呢！如果卜算的结果是不吉利的，难道就能够不采取行动了吗？”于是，大家便定下了采取行动的计划。
世民令无忌密召房玄龄等，曰：“敕旨不听复事王；今若私谒，必坐死，不敢奉教！”世民怒，谓敬德曰：“玄龄、如晦岂叛我邪！”取所佩刀授敬德曰：“公往观之，若无来心，可断其首以来。”敬德往，与无忌共谕之曰：“王已决计，公宜速入共谋之。吾属四人，不可群行道中。”乃令玄龄、如晦著道士服，与无忌俱入，敬德自他道亦至。
李世民让长孙无忌秘密地将房玄龄等人召来，房玄龄等人说：“敕书的旨意是不允许我们大家再事奉秦王的。如果我们现在私下去谒见秦王，肯定要因此获罪致死，因此我们不敢接受秦王的教令！”李世民生气地对尉迟敬德说：“房玄龄与杜如晦难道要背叛我吗！”他摘下佩刀交给尉迟敬德说：“您前去察看一下情况，如果他们没有前来的意思，您可以砍下他们的头颅，带着回来见我。”尉迟敬德前去，与长孙无忌一起晓示房玄龄等人说：“秦王已经将采取行动的办法决定下来了，您们最好赶紧前去秦王府共同计议大事。我们这四个人，不能够在街道上同行。”于是让房玄龄与杜如晦穿上道士的服装，与长孙无忌一同进入秦王府，尉迟敬德由别的道路也来到了秦王府。
己未，太白复经天。傅奕密奏：“太白见秦分，秦王当有天下。”上以其状授世民。于是世民密奏建成、元吉淫乱后宫，且曰：“臣于兄弟无丝毫负，今欲杀臣，似为世充、建德报雠。臣今枉死，永违君亲，魂归地下，实耻见诸贼！”上省之，愕然，报曰：“明当鞫问，汝宜早参。”
己未（初三），金星再次白天出现在天空正南方的午位。傅奕秘密上奏说：“金星出现在秦地的分野上，这是秦王应当拥有天下的征兆。”高祖将傅奕的密状交给了李世民。此时，李世民暗中奏陈李建成与李元吉淫乱后宫嫔妃，而且说：“我丝毫也没有对不起哥哥与弟弟的地方，现在他们却打算杀死我，似乎是要为王世充和窦建德报仇。如今我含冤而死，永远离开父皇，魂魄回到地下，如果见到王世充等人，实在感到羞耻！”高祖望着李世民，惊讶不已，回答说：“明天就审问此事，你最好及早前来朝参。”
庚申，世民帅长孙无忌等入，伏兵于玄武门。张婕妤窃知世民表意，驰语建成。建成召元吉谋之，元吉曰：“宜勒宫府兵，托疾不朝，以观形势。”建成曰：“兵备已严，当与弟入参，自问消息。”乃俱入，趣玄武门。上时已召裴寂、萧、陈叔达等，欲按其事。
庚申（初四），李世民率领长孙无忌等人入朝，将兵力埋伏在玄武门。张婕妤暗中得知了李世民上表的大意，急忙前去告诉李建成。李建成将李元吉叫来商议此事，李元吉说：“我们应当统率好东宫与齐王府中的军队，托称有病，不去上朝，以便观察形势。”李建成说：“军队的防备已很严密了，我与你应当入朝参见，亲自打听消息。”于是，二人一起入朝，向着玄武门走来。当时，高祖已经将裴寂、萧、陈叔达等人召集前来，准备查验这件事情了。
建成、元吉至临湖殿，觉变，即跋马东归宫府。世民从而呼之，元吉张弓射世民，再三不彀，世民射建成，杀之。尉迟敬德将七十骑继至，左右射元吉坠马。世民马逸入林下，为木枝所挂，坠不能起。元吉遽至，夺弓将扼之，敬德跃马叱之。元吉步欲趣武德殿，敬德追射，杀之。翊卫车骑将军冯翊冯立闻建成死，叹曰：“岂有生受其恩而死逃其难乎！”乃与副护军薛万彻、屈直府左车骑万年谢叔方帅东宫、齐府精兵二千驰趣玄武门。张公谨多力，独闭关以拒之，不得入。云麾将军敬君弘掌宿卫兵，屯玄武门，挺身出战，所亲止之曰：“事未可知，且徐观变，俟兵集，成列而战，未晚也。”君弘不从，与中郎将吕世衡大呼而进，皆死之。君弘，显隽之曾孙也。守门兵与万彻等力战良久，万彻鼓噪欲攻秦府，将士大惧；尉迟敬德持建成、元吉首示之，宫府兵遂溃。万彻与数十骑亡入终南山。冯立既杀敬君弘，谓其徒曰：“亦足以少报太子矣！”遂解兵，逃于野。
李建成与李元吉来到临湖殿的时候，察觉到发生了变故，立即勒转马头，准备向东返回东宫和齐王府。李世民跟在后面招呼他们，李元吉拉开弓射李世民，一连两三次，都没有将弓拉满，李世民箭射李建成，却将他射死了。尉迟敬德带领骑兵七十人相继赶到，他身边的将士将李元吉射下马来。李世民的坐骑奔入树林，被树枝挂住，倒在地上，不能起来。李元吉迅速赶到，夺过弓来，准备掐死李世民，尉迟敬德跃马奔来大声喝斥他。李元吉打算步行前往武德殿，尉迟敬德追着射他，将他射死了。翊卫车骑将军冯翊人冯立得知李建成死去消息以后，叹息说：“难道能够人家活着时蒙受人家的恩惠，人家一死便逃避人家的祸难吗！”于是，他与副护军薛万彻、屈直府左车骑万年人谢叔方率领东宫和齐王府的精锐兵马两千人，急驰玄武门。张公谨膂力过人，他独自关闭了大门，挡住冯立等人，冯立等人无法进入。云麾将军敬君弘掌管着宿卫军，驻扎在玄武门。他挺身而起，准备出战，与他亲近的人阻止他说：“事情未见分晓，姑且慢慢观察事态的发展变化，等到兵力集合起来，结成阵列再出战，也是为时不晚的啊。”敬君弘不肯听从，便与中郎将吕世衡大声呼喊着奔向前去，结果全部战死。敬君弘是敬显隽的曾孙。把守玄武门的士兵与薛万彻等人奋力交战，持续了很长时间，薛万彻擂着鼓，呼喊着，准备进攻秦王府，将士们大为恐惧。这时，尉迟敬德提着李建成和李元吉的头颅，给薛万彻等人看，东宫和齐王府的人马因而溃散，薛万彻与骑兵数十人逃进终南山。冯立杀死敬君弘以后，对手下人说：“这也足够略微报答太子了。”于是，他丢掉兵器，落荒而逃。
上方泛舟海池，世民使尉迟敬德入宿卫，敬协擐甲持矛，直至上所。上大惊，问曰：“今日乱者谁邪？卿来此何为？”对曰：“秦王以太子、齐王作乱，举兵诛之，恐惊动陛下，遣臣宿卫。”上谓裴寂等曰：“不图今日乃见此事，当如之何？”萧、陈叔达曰：“建成、元吉本不预义谋，又无功于天下，疾秦王功高望重，共为奸谋。今秦王已讨而诛之，秦王功盖宇宙，率土归心，陛下若处以元良，委之国事，无复事矣！”上曰：“善！此吾之夙心也。”时宿卫及秦府兵与二宫左右战犹未已，敬德请降手敕，令诸军并受秦王处分，上从之。天策府司马宇文士及自东上阁门出宣敕，众然后定。上又使黄门侍郎裴矩至东宫晓谕诸将卒，皆罢散。上乃召世民，抚之曰：“近日以来，几有投杼之惑。”世民跪而吮上乳，号恸久之。
高祖正在海池划船。李世民让尉迟敬德入宫担任警卫，尉迟敬德身披铠甲，手握长予，径直来到高祖所在的地方。高祖极为震惊，便问他说：“今天作乱的人是谁呀？你到这里来做什么？”尉迟敬德回答说：“由于太子和齐王作乱，秦王起兵诛杀了他们。秦王担心惊动陛下，便派我担任警卫。”高祖对裴寂等人说：“不料今天竟然会出现这种事情，你们认为应当怎么办呢？”萧和陈叔达说：“李建成与李元吉原来就没有参与举义反隋的谋议，又没有为天下立下功劳。他们嫉妒秦王功勋大，威望高，便一起策划邪恶的阴谋。现在，秦王已经声讨并诛杀了他们，秦王的功绩布满天下，我国疆域以内的人们都诚心归向于他。如果陛下能够决定立他为太子，将国家政务交托给他，就不会再发生事端了。”高祖说：“好！这也正是我平素的心愿啊。”当时，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信交战还没有停止，尉迟敬德请求高祖颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，高祖听从了他的建议。天策府司马宇文士及由东上阁门出来宣布敕令，大家便安定下来。高祖又让黄门侍郎裴矩前往东宫明白开导各个将士，将士们便都弃职散开。于是，高祖传召李世民前来，抚慰他说：近些日子以来，我几乎出现了曾母误听曾参杀人而丢开织具逃走的疑惑。”李世民跪了下来，伏在高祖的胸前，长时间地放声痛哭。
建成子安陆王承道、河东王承德、武安王承训、汝南王承明、钜鹿王承义，元吉子梁郡王承业、渔阳王承鸾、普安王承奖、江夏王承裕、义阳王承度皆坐诛，仍绝属籍。
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等人都获罪被杀，还在宗室的名册上除去他们的名字。
初，建成许元吉以正位之后，立为太弟，故元吉为之尽死。诸将欲尽诛建成、元吉左右百余人，籍没其家，尉迟敬德固争曰：“罪在二凶，既伏其诛；若及支党，非所以求安也！”乃止。是日，下诏赦天下。凶逆之罪，止于建成、元吉，自余党与，一无所问。其僧、尼、道士、女冠并宜依旧。国家庶事，皆取秦王处分。
当初，李建成答应李元吉在自己即位以后，将他立为皇太弟，所以李元吉为李建成尽死效力。各位将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛除，将他们的家产没收官府，尉迟敬德再三争辩说：“罪过都在两个元凶身上，他们已经受到死刑的处罚了。倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”于是各位将领停止追杀下去。当天，高祖颁诏赦免天下罪囚，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项政务，全部听候秦王的处置。
辛酉，冯立、谢叔方皆自出；薛万彻亡匿，世民屡使谕之，乃出。世民曰：“此皆忠于所事，义士也。”释之。
辛酉（初五），冯立和谢叔方都自动出来。薛万彻逃亡躲避起来以后，李世民多次让人晓示他，他也出来了。李世民说：“这些人都能够忠于自己所事奉的人，是义士啊！”于是都免除他们的罪。
癸亥，立世民为皇太子。又诏：“自今军国庶事，无大小悉委太子处决，然后闻奏。”
癸亥（初七），高祖将李世民立为皇太子，还颁布诏书说：“从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部交付太子处置决定，然后再报告朕知。”
臣光曰：立嫡以长，礼之正也。然高祖所以有天下，皆太宗之功；隐太子以庸劣居其右，地嫌势逼，必不相容。使高祖有文王之明，隐太子有泰伯之贤，太宗有子臧之节，则乱何自而生矣！既不能然，太宗始欲俟其先发，然后应之，如此，则事非获已，犹为愈也。既而为群下所迫，遂至蹀血禁门，推刃同气，贻讥千古，惜哉！夫创业垂统之君，子孙之所仪刑也，彼中、明、肃、代之传继，得非有所指拟以为口实乎！
司马光曰：将嫡长子立为太子，是礼制的正常法则。然而，高祖之所以拥有天下，完全是由于李世民的功劳。隐太子李建成平庸低劣，却位居李世民之上，所处的地位易生嫌猜，所拥有的权力相互威胁，兄弟二人必然不能相容。假如高祖有周文王的明智，隐太子李建成有泰伯的贤达，太宗有子臧的节操，变乱又会从哪里产生出来呢！既然不能如此，太宗这才打算等待李建成首先发难，然后采取相应的行动。这样说来，太宗也是出于不得已，尚且算是做得较好的了。接着，李世民被各位下属施加压力，于是导致宫廷门前发生了流血事件，对自己的同胞兄弟白刃相加，为后世所讥剌，真是太可惜了！一般说来，创立基业传给后世的君主，是子孙后代学习的典范，后来中宗、玄宗、肃宗、代宗的帝位传承，能不是在对太宗的指顾与效法中找到借口的吗！
＇27＇戊辰，以宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。悉以齐王国司金帛什器赐敬德。
＇27＇戊辰（十二日），朝廷任命宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程知节为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马，还将齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给尉迟敬德。
初，洗马魏徵常劝太子建成早除秦王，及建成败，世民召徵谓曰：“汝何为离间我兄弟！”众为之危惧，徵举止自若，对曰：“先太子早从徵言，必无今日之祸。”世民素重其才，改容礼之，引为詹事主簿。亦召王、韦挺于州，皆以为谏议大夫。
当初，太子洗马魏徵经常劝说太子李建成及早除去秦王，李建成事败以后，李世民便传召魏徵说：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢？”大家都为他担惊受怕，魏徵却举止如常地回答说：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”李世民素来器重他的才能，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任了詹事主薄。李世民还将王和韦挺从州召回，让他们担任了谏议大夫。
世民命纵禁苑鹰犬，罢四方贡献，听百官各陈治道，政令简肃，中外大悦。
李世民命令将宫苑的鹰犬放生，免除各地进献贡物，听凭百官各自陈说治理国家的方法，行政措施与法令简明�