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元显将发，闻玄已至新亭，弃船，退屯国子学，辛未，陈于宣阳门外。军中相惊，言玄已至南桁，元显引兵欲还宫。玄遣人拔刀随后大呼曰：“放仗！”军人皆崩溃，元显乘马走入东府，唯张法顺一骑随之。元显问计于道子，道子但对之涕泣。玄遣太傅从事中郎毛泰收元显送新亭，缚于舫前而数之；元显曰：“为王诞、张法顺所误耳。”
司马元显刚刚准备出发，听说桓玄的大部队已经到了新亭，便马上扔掉船只，反身上岸，退到城中的国子学里驻守，辛未（初三），又到宣阳门外去排列开战阵，扎下大营。军营之中惊恐不安，传说桓玄的部队已经抵达南桁。司马元显带着部队准备回宫，这时，桓玄派遣先头部队拔出刀来，紧跟在他们的后边大声呐喊着说：“放下武器！”司马元显的部队彻底崩溃。司马元显乘着一匹马跑进了东府，只有张法顺一个人骑马紧跟着他。司马元显向司马道子询问有没有什么办法，司马道子也只是面对着儿子哭泣不止。桓玄派遣太傅从侍中郎毛泰把司马元显收押起来，送到新亭。桓玄把他绑在大船的前头，一条条列举他的罪状，司马元显说：“我不过是被王诞、张法顺所迷惑耽误罢了。”
壬申，复隆安年号。帝遣侍中劳玄于安乐渚。玄入京师，称诏解严，以玄总百揆，都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐·荆·江三州刺史，假黄钺。玄以桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓为徐、兖二州剌史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹杨尹。
壬申（初四），东晋恢复隆安这个年号。安帝派侍中到安乐渚去慰劳桓玄。桓玄进入京师，宣称皇帝下诏书，命令解除戒严。朝廷于是便任命桓玄统领文武百官，都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，兼任徐、荆、江三州刺史，加授给他黄钺。桓玄任命桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹杨尹。
初，玄之举兵，侍中王谧奉诏诣玄，玄亲礼之。及玄辅政，以谧为中书令。谧，导之孙也。新安太守殷仲文，觊之弟也，玄姊为仲文妻。仲文闻玄克京师，弃郡投玄，玄以为谘议参军。刘迈往见玄，玄曰：“汝不畏死，而敢来邪？”迈曰：“射钩斩，并迈为三。”玄悦，以为参军。
当初，桓玄起兵的时候，侍中王谧曾经到江陵来见桓玄，传达安帝的诏书，桓玄亲自接待他，礼遇非常优厚。等到桓玄入朝辅佐国家政要，便任命王谧为中书令。王谧是王导的孙子。新安太守殷仲文是殷觊的弟弟，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子。殷仲文听说桓玄征服了京师，所以，也放弃了自己所辖的新安郡，前来投靠桓玄，桓玄任命他做谘议参军。当年曾经指责过桓玄的刘迈前去晋见桓玄，桓玄说：“你难道不害怕死，还敢来见我？”刘迈说：“射中带钩的管仲，斩断衣襟的勃，再加上我刘迈，正好合为三个。”桓玄非常高兴。任命他做参军。
癸酉，有司奏会稽王道子酣纵不孝，当弃市，诏徙安成郡；斩元显及东海王彦璋、谯王尚之、庾楷、张法顺、毛泰等于建康市。桓为王诞固请，长流岭南。
癸酉（初五），有关部门呈上奏章，指责会稽王司马道子放纵酗酒，忤逆不孝，应该斩首弃尸示众。东晋朝廷下诏，命令把他赶出京城，贬逐到安成郡居住；把司马元显及其儿子东海王司马彦璋和谯王司马尚之，以及庾楷、张法顺、毛泰等人，押到建康城的街市上，全部斩首。桓为王诞竭力求情，所以，把他长期流放到大庾岭以南的偏荒地区去了。
玄以刘牢之为会稽内史。牢之曰：“始尔，便夺我兵，祸其至矣。”刘敬宣请归谕牢之使受命，玄遣之。敬宣劝牢之袭玄，牢之犹豫不决，移屯班渎，私告刘裕曰：“今当北就高雅之于广陵，举兵以匡社稷，卿能从我去乎？”裕曰：“将军以劲卒数万，望风降服，彼新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，广陵岂可得至邪！裕当反服还京口耳。”何无忌谓裕曰：“我将何之？”裕曰：“吾观镇北必不免，卿可随我还京口。桓玄若守臣节，当与卿事之；不然，当与卿图之。”
桓玄任命刘牢之为会稽内史。刘牢之说：“刚开始就来剥夺我的兵权，大祸就要来了。”刘敬宣向桓玄请求回到京口去劝告刘牢之，让他赶快上任，桓玄派他去了。刘敬宣回到京口后，却劝说刘牢之袭击桓玄，刘牢之犹豫，拿不定主意，只是把部队移到班渎去驻扎，并在私下里告诉刘裕说：“现在，我们应当北上，去到广陵和驻守在那里的高雅之会合，一同发动部队，来匡扶社稷，你能跟着我去吗？”刘裕说：“将军以拥有几万精壮士卒的实力，对桓玄也还都听见风声就去投降臣服，所以，他刚刚得以实现志向，声威震动天下，从朝廷到民间，人们的心愿都已经归附到他那里去了，您要去广陵，怎么可能顺利到达呢？我刘裕可要脱去军服，穿上百姓的衣服，回到京口去了。”何无忌对刘裕说：“我怎么办才好？”刘裕说：“我看镇北将军一定难逃一死，你可以跟随我回京口去。桓玄如果遵守做臣属的节度，我和你应当去为他做事；如果不那样，我便当和你一起想办法对付他。”
于是牢之大集僚佐，议据江北以讨玄。参军刘袭曰：“事之不可者莫大于反。将军往年反王兖州，近日反司马郎君，今复反桓公，一人三反，何以自立！”语毕，趋出，佐吏多散走。牢之惧，使敬宣之京口迎家，失期不至。牢之以为事已泄，为玄所杀，乃帅部曲北走，至新洲，缢而死。敬宣至，不暇哭，即渡江奔广陵。将吏共殡敛牢之，以其丧归丹徒。玄令斫棺斩首，暴尸于市。
在这个时候，刘牢之把各级将领僚属，全部集中到一起，商议据守长江以北的地区来讨伐桓玄。参军刘袭说：“不可以去做的事情中，最大的不过于谋反。将军在以前反王恭，近些日子反司马元显，现在又要来反叛桓玄，一个人连续三次谋反，还能用什么使自己在天下立脚？”话刚说完，便快步走了出去，其他的将佐官吏也多一哄而散地走了。刘牢之非常害怕，派刘敬宣去京口迎接家属，过了约定的日期，也没有来。刘牢之以为谋反的事情已泄，被桓玄杀掉了，所以率领现有的部下向北逃跑，到达新洲的时候，终于上吊自杀。刘敬宣赶到这里之后，没有时间痛哭，便渡过长江，投奔广陵去了。刘牢之手下的将帅官吏们一起把他装敛起来，并把他的棺木运送回丹徒。桓玄下令劈开棺木，把刘牢之尸首上的脑袋也砍了下来，并把他的尸体扔到街上示众。
＇10＇大赦，改元大亨。
＇10＇东晋实行大赦，改年号为大亨。
＇11＇桓玄让丞相、荆·江·徐三州，改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州剌史，总百揆；以琅邪王德文为太宰。
＇11＇桓玄辞去丞相及荆、江、徐三州刺史的职佐，改任太尉、都督中外诸军事、扬州牧，兼任豫州刺史，统领文武百官。任命琅邪王司马德文为太宰。
＇12＇司马休之、刘敬宣、高雅之俱奔洛阳，各以子弟为质于秦以求救。秦王兴与之符信，使于关中募兵，得数千人，复还屯彭城间。
＇12＇司马休之、刘敬宣、高雅之都逃奔到洛阳，各把自己的儿子兄弟送到后秦做人质，以此向后秦请求救助。后秦王姚兴交给他们兵符印信，让他们到关中一带去招募兵丁，招到了几千人。然后，他们又回到彭城一带驻守去了。
＇13＇孙恩寇临海，临海太守辛景击破之，恩所虏三吴男女，死亡殆尽。恩恐为官军所获，乃赴海死，其党及妓妾从死者以百数，谓之“水仙”。余众数千人复推恩妹夫卢循为主。循，谌之曾孙也。神采清秀，雅有材艺。少时，沙门惠远尝谓之曰：“君虽体涉风素，而志存不轨，如何？”太尉玄欲抚安东土，乃以循为永嘉太守。循虽受命，而寇暴不已。
＇13＇变民首领孙恩又来进犯临海，临海太守辛景把他打得大败，孙恩所抢掠的三吴地区的男女百姓，在战乱中全部被杀死。孙恩恐怕自己被朝廷的部队抓获，于是跳海自杀，他的部下党羽以及姬妾艺妓等人中跟着他一起自杀的有上百人，人们把这些人称为“水仙”。其余的部众几千人又推举孙恩的妹夫卢循为首领。卢循是卢谌的曾孙，神态风采清秀雅静，多才多艺。小的时候，佛门僧人惠远曾经对他说：“你虽然体态状貌比较有素雅的儒风，但是心里却隐藏着不遵守法度的志向，是不是？”太尉桓玄打算用安抚的手段使东部地区的局势稳定下来，于是，任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受了任命，但是却依然为非作歹，行劫施暴。
＇14＇甲戌，燕大赦。
＇14＇甲戌（初六），后燕实行大赦。
＇15＇河西王秃发利鹿孤寝疾，遗令以国事授弟檀。初，秃发思复爱重檀，谓诸子曰：“檀器识，非汝曹所及也，”故诸兄不以传子而传于弟。利鹿孤在位，垂拱而已，军国大事皆委于檀。利鹿孤卒，檀袭位，更称凉王，改元弘昌，迁于乐都，谥利鹿孤曰康王。
＇15＇南凉河西秃发利鹿孤病重，卧床不起，遗嘱命令把国家的政事交给弟秃发檀管理。当初，他们的父亲秃发思复喜爱、推重秃发檀，对儿子们说：“秃发檀的气度和见识，不是你们哥儿几个能赶得上的。”所以几个哥哥都不把王位传给儿子，而只是传给弟弟。秃发利鹿孤登位之后，实际上也只是垂衣拱手地不做什么实事，军队国家的大事都委托给秃发檀处理决定。秃发利鹿孤去世，秃发檀继承王位，改称凉王，改年号为弘昌，并把都城迁到乐都，追谥秃发利鹿孤为康王。
＇16＇夏，四月，太尉玄出屯姑孰，辞录尚书事，诏许之；而大政皆就谘焉，小事则决于尚书令桓谦及卞范之。
＇16＇夏季，四月，太尉桓玄出都城建康，去姑孰驻扎，辞去了录尚书事的官职，安帝下诏同意，但是凡是大政方针，却都还要去他那里请示，其他小事就由尚书令桓谦和卞范之决定。
自隆安以来，中外之人厌于祸乱。及玄初至，黜奸佞，擢隽贤，京师欣然，冀得少安。既而玄奢豪纵逸，政令无常，朋党互起，陵侮朝廷，裁损乘舆供奉之具，帝几不免饥寒，由是众心失望。三吴大饥，户口减半，会稽减什三、四，临海、永嘉殆尽，富室皆衣罗纨，怀金玉，闭门相守饿死。
自隆安以来，东晋全国上下的百姓，对接连不断的天灾人祸、动乱战争，深感厌倦。等到桓玄刚刚来到京师，罢黜奸佞的小人，选拔贤明的才俊，建康的百姓非常高兴，都希望能得到一点安定的生活环境。但是，不久，桓玄便骄奢横暴，放纵享乐，政令变化无常，朋雄奸党纷纷出现，甚至对朝廷也大加欺凌侮辱，并把皇家御用的车马轿乘、供奉的食品用具等，也都随意裁减，连安帝也几乎不免不挨冻受饿。从此，民众的心里非常失望。三吴地区发生大饥荒，住户人口都减少了一半左右，其中，会稽郡是十人之中，能减少三四人；临海、永嘉两地人口则几乎全部死亡。即使是富贵人家，也都穿着绫罗绸缎，怀里抱着金玉，关起门来相互之间看着饿死。
＇17＇乞伏炽磐自西平逃归苑川，南凉王檀归其妻子。乞伏乾归使炽磐入朝于秦，秦主兴以炽磐为兴晋太守。
＇17＇被留在南凉的乞伏炽磐，终于从西平逃回苑川，南凉王秃发檀把他的妻子儿女也都归还给他。他的父亲乞伏乾归又让乞伏炽磐去到后秦都城长安去晋见后秦国主姚兴。姚兴任命乞伏炽磐为兴晋太守。
＇18＇五月，卢循自临海入东阳，太尉玄遣抚军中兵参军刘裕将兵击之，循败，走永嘉。
＇18＇五月，东晋变民首领卢循从临海进犯东阳，太尉桓玄派遣抚军中兵参军刘裕带兵去进攻他。卢循失败，逃往永嘉。
＇19＇高句丽攻宿军，燕平州刺史慕容归弃城走。
＇19＇高句丽对宿军城发动进攻，后燕国平州刺史慕容归放弃城池逃走。
＇20＇秦主兴大发诸军，遣义阳公平、尚书右仆射狄伯支等将步骑四万伐魏，兴自将大军继之，以尚书令姚晃辅太子泓守长安，没弈干权镇上，广陵公钦权镇洛阳。平攻魏乾壁六十余日，拔之。秋，七月，魏主遣毗陵王顺及豫州刺史长孙肥将六万骑为前锋，自将大军继发以击之。
＇20＇后秦国主姚兴大规模地发动各支军队，派遣义阳公姚平、尚书右仆射狄伯支等带领步、骑兵四万人，征伐北魏，姚兴自己带领大部队，紧跟他们而来。他派尚书令姚晃辅佐太子姚泓镇守都城长安，派没弈干暂时镇守上，派广陵公姚钦暂时镇守洛阳。姚平对北魏乾壁城发动攻击，经过六十多天的激战，终于攻克。秋季，七月，北魏国主拓跋，派遣毗陵王拓跋顺、以及豫州刺史长孙肥，带领六万骑兵做先锋，亲自统领大部队跟着出发，前来迎击后秦军。
＇21＇八月，太尉玄讽朝廷以玄平元显功封豫章公，平殷、杨功封桂阳公，并本封南郡如故。玄以豫章封其子升，桂阳封其兄子俊。
＇21＇八月，太尉桓玄婉转地暗示朝廷根据桓玄平定司马元显的功劳，封他为豫章公，又根据他平定殷仲堪、杨期的功劳，而封他为桂阳公，并且还像原来那样，保持他原来受封的南郡公的爵位。桓玄把豫章公封给了他的儿子桓升，把桂阳公封给了他的侄儿桓俊。
＇22＇魏主至永安，秦义阳公平遣骁将帅精骑二百觇魏军，长孙肥逆击，尽擒之。平退走，追之，乙巳，及于柴壁；平婴城固守，魏军围之。秦王兴将兵四万七千救之，将据天渡运粮以馈平。魏博士李先曰：“兵法：高者为敌所栖，深者为敌所囚。今秦皆犯之，宜及兴未至，遣奇兵先据天渡，柴壁可不战而取也。”命增筑重围，内以防平之出，外以拒兴之入。广武将军安同曰：“汾东有蒙坑，东西三百余里，蹊径不通。兴来，必从汾西直临柴壁，如此，虏声势相接，重围虽固，不能制也；不如为浮梁，渡汾西，筑围以拒之，虏至，无所施其智力矣。”从之。兴至蒲阪，惮魏之强，久乃进兵。甲子，帅步�