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而在校外，研究系、安福系等旧派文人也对蔡元培发起了猛攻。林纾更是通过写小说的方式影射攻击蔡元培等人。林还给蔡写公开信，说学校里提倡非孝，要求斥逐陈独秀、胡適诸人。蔡回复道，《新青年》并未非孝，即使有此主张，也是私人的意见，只要在大学里不来宣传，也无法干涉。林深为恼怒，借徐树铮对蔡施加压力。后“五四”风潮勃发，这场新旧之争才平息下来。
旧派学者对蔡元培责难最深的便是对陈独秀的任用。周作人回忆：“北京御用报纸经常攻击仲甫（陈独秀），以彼不谨细行，常作狭斜之游，故报上记载时加渲染，说某日因争风抓伤某妓下部，欲以激起舆论，因北大那时有进德会不嫖不赌不娶妾之禁约也。”但蔡元培却极力维护陈，他还抬出辜鸿铭、刘师培两个旧派学者来保护陈独秀：“对于教员，以学诣为主，以无背于第一种之主张（按：指学术自由、兼容并包）为界限，其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指罪人者也，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之。嫖赌娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾挟妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱使学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。”
但即便如此，蔡元培的兼收并包亦取得了很多旧派学者的拥护。在蔡、林之争中，辜鸿铭直接撰文支持蔡元培，称蔡“实为我孔孟旧学大功臣也”。五四运动后的“挽蔡”运动中，辜鸿铭在会上直言：“校长是我们学校的皇帝，所以非得挽留不可。”而黄侃则说：“余与蔡孑民志不同，道不合，然蔡去余亦决不愿留。因环顾中国，除蔡孑民外，亦无能用余之人。”
1920年，北大马克思学说研究会成立。1921年7月1日，中国共产党成立，北大马克思学说研究会拟在《北大日刊》上登出启事，正式公开自己的身份。启事写好后，罗章龙和另一个同学一起去找蔡元培，要求登载在日刊上，蔡同意登载。之后，研究会又准备在北大会议厅召开成立大会，蔡元培不仅答应了罗等人的要求，还出席会议并发表了讲话。之后，他又拨给研究会两间房屋，作为办公之用。
蔡元培还请国外知名学者到北大讲学。美国哲学家杜威从1919年5月开始在北大讲学两年。之后，英国哲学家罗素、法国数学家班乐卫、印度诗人泰戈尔、德国学者杜里舒和卫礼贤、法国学者维勃吕尔、日本学者福田德三、美国生物学家柯脱、银行家斯蒂芬、计划生育学家山格夫人等相继来校。1922年春，蔡元培请被日本政府驱逐出境的苏联盲诗人爱罗先坷到北大教世界语，月薪200元。
1921年，蔡元培在德国时，曾访问爱因斯坦，并邀请其访问中国。次年6月，爱因斯坦准备借到日本讲学之机，顺便到中国赴北大之邀。他让蔡出示一封正式邀请信，不想在日本等了五个星期，不见蔡回复，以为北大不想践约，遂改变行程。其实，当时蔡元培因请各团体联名邀请爱氏，文件往返耗时过长，而耽误了时间。等邀请信寄到爱因斯坦处时，爱氏的行程已经改变。
梁漱溟论及蔡元培时说：“所有陈（独秀）、胡（适）以及各位先生任何一人的工作，蔡先生皆未必能作；然他们诸位若没有蔡先生，却不得聚拢在北大，更不得机会发舒。聚拢起来而且使其各得发舒，这毕竟是蔡先生独有的伟大。”
罗家伦则认为：“蔡（元培）之取兼容并包主义，有时候也有太过度的地方。从前有一位刘少少，做了一部‘新改老’，可笑极了，蔡先生也让他在北大开门功课，可笑得很。”
【自由】
蔡元培主持绍兴府学堂时，学校风气相对自由。当时校中新旧两派师生常发生辩论，学堂餐厅便放多张方桌，每桌教员一位，学生六位，凡不与学生同桌的教员同坐中间圆桌，大家随意争论，气氛热烈。
在德国洪堡大学学习，蔡元培深受该校“思想自由、兼容并包”精神的影响。此外，蔡认为，中国教育传统就已经蕴含了这种精神，如《中庸》所言：“万物并育而不相害，道并行而不相悖。”只是这种兼容并包的思想因董仲舒罢黜百家，独尊儒术而受到压迫。因此，他认为，中国教育之改革必须循“思想自由之原则”。
萧禀原回忆：“1917年我考入北京大学中国文学门（即文学系），正值蔡元培先生任校长。……那年北大招收一批旁听生，我原来就读的河南省立二中有位姓杜的同学要求旁听，我去北大教务代为申请。教务处一位先生却说：‘座位满了，不能再收。’我说：‘座位没满，请你去教室看看。’教务处的先生不去。我气呼呼地去见蔡校长。校长室在红楼二楼上，也没有秘书阻挡，学生可以随便去找。我一进门，蔡先生看我怒气冲冲，便和蔼地说：‘你先坐下，休息五分钟，五分钟后你再讲话。’我坐了一会儿，便和蔡先生说了为杜姓同学申请旁听的事。我说：‘多收一个学生总比少收一个好。教室有座位，可是教务处的先生却说座位满了。请校长去教室看看是否有座位？’蔡先生听后，马上亲自打电话把教务处那位先生请来。我当着蔡校长的面对教务处的先生说：‘教室确实还有座位，不信你去看。’教务处的先生没有说话。蔡校长当即拿笔写了一个条子‘准予杜××到中国文学门旁听’，交给教务处的先生。于是这位杜姓同学终于入学旁听了。”
曹靖华记载：“当时社会上各行各业人士都可以进入沙滩红楼（北大）听课。那些求知欲望甚为强烈，但由于贫困而上不起学的青年，诸如商店的营业员、工厂的学徒等，都可以进入北大讲堂听课，学习文化知识。这在中国教育史上是空前绝后的，现在进入北大要有证件，当时什么都不要。”
北大的旁听生、偷听生极多。一日，蔡元培、陈独秀、胡適晚饭后在沙滩附近散步，不经意间走到了“偷听生”们居住的“拉丁区”。他们好奇地走进一间屋子，只见一个衣着寒酸的青年正借着微弱的灯光读书，身放着两个发硬的馒头。陈独秀性急，上前劈头就问，青年惊惶不已，结结巴巴地说，自己是一个穷学生，没钱办旁听证，但很想听豫才先生（鲁迅）讲课，所以……蔡打断了他的话，让他不要紧张，看了看那两个馒头说：“旁听证，明天你到我办公室去取，但现在，你要跟我去吃饭。”接着，三人便带着这个叫许钦文的青年到一个小饭馆吃饭。许像饿疯了似的大吃特吃，并对三人说：“人称咱北大有‘五公开’。一是课堂公开，不管有没有学籍都随便听课。有的旁听生来早了先抢到座位，迟来的正式生反而只好站后边了。二是图书馆公开，可以随便进出。三是浴室公开，莲蓬头反正一天到晚开着，什么人都只管去洗。四是运动场地公开，操场上外校学生有时比本校的还多。五是食堂公开，学生食堂都是包出去的，上饭馆和食堂价格一个样。北大校园里还有三种学生，一是正式生，另一种就是旁听生，还有就是我们这些偷听生。未办任何手续，却大摇摆地来校听课，我们多数就租房住在这‘拉丁区’里。”
许多年后，许钦文深情回忆道：“我在困惫中颠颠倒倒地离开家乡，东漂西泊地到了北京，在沙滩，可受到了无限的温暖。北京冬季，吹来的风是寒冷的，衣服不够的我在沙滩大楼，却只觉得是暖烘烘的。”
冯友兰回忆他就学时的北大：“那个时候的北大，用一个褒义的名词说，是一个‘自由王国’，用一个贬义的名词说，是一个资产阶级自由化的王国。”
沈从文是北大庞大的“旁听生”队伍中的一员，学期结束时，他还冒充北大学生参加了考试，竟然还获得了3角5分钱的奖学金。这个浩浩荡荡的旁听生队伍中还有毛泽东、柔石、胡也频、李伟森等。
而曹靖华则是考上北大学生中的“旁听生”。因为曹交不起学费，便在北大旁听，学习俄语，后来得到李大钊的帮助，才正式成为北大学生。
陈顾远回忆，当时北大有一种“自绝生”，他们对蔡元培提出，要求废除考试。蔡答复道：“你要文凭，就得考试；你如果不要文凭，就不要考试；上课听你随便上，你愿意上就上，不愿意上就不上，但是你对外不能称是北京大学的学生，同时你也不能有北京大学毕业的资格。”
蔡元培主张白话文，但他认为不一定要绝对排斥文言文；他主张新文学，但相信旧文学也有起不容否定的价值：“旧文学，注重于音调之配置，字句之排比，则如音乐，如舞蹈，如图案，如中国之绘画，亦不得谓之非美术也”。正因如此，他既热心为沈尹默的新体诗集作序，也乐于为浦瑞堂的《白话唐人七绝百首》作序。
蔡元培说：“我对于学生运动，素有一种成见，以为学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等的政治组织。其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校。”
1919年7月23日，蔡元培在《告北大学生暨全国学生书》中肯定学生在五四运动中的爱国热情，但同时告诫学生不要因政治问题而牺牲学业，他说：“吾国人口号四万万，当此教育无能、科学无能时代，得受普通教育者，百分之几，得受纯粹科学教育者，万分之几。诸君以环境之适宜，而有受教育之机会，且有受纯粹科学之机会，所以树吾国新文化之基础，而参加于世界学术之林者，皆将有赖于诸君。诸君之责任，何等重大，今乃为参加大多数国民政治运动之故，而绝对牺牲之乎？”
陆宗达在北大读书时，整学期在南京中央大学旁听黄侃讲课，一天，他对黄侃说：“我已拿到北京大学毕业文凭。”黄侃甚觉奇怪：“你在南方上课，如何能拿到北方文凭呢？”从此例足可见北大之自由。
新中国成立后，钱端升发表文章说：“北京大学的自由散漫，蔡元培先生是要负一部分责任。”
【非难】
九一八事变后，国内群情鼎沸，全国各地学生奔赴南京请愿，要求国民党立即抗日。1931年12月15日，国民党中央正举行第四次临时常务会议，忽然会场门口出现了大批学生，他们愤怒地砸了门上的国民党党徽，缴了卫兵的德制驳壳枪，砸烂了传达室和会客厅。会议决定让陈铭枢和蔡元培出面救火。据台湾1986年出版的《中华民国史事纪要》记载：蔡、陈二人刚出会场，便闻呼打之声。蔡甫发数语，学生即将蔡拖下殴打。现场总指挥李时雨回忆，北平艺术学院的女同学薛迅打了蔡一记耳光。学生们又以木棍猛击陈的头颅，陈当即昏厥倒地。中央党部的职员警卫立即上前救护，但学生中有人向他们开枪，然后冲进会场，用木棍殴打众人，绑架蔡向门外冲去，警卫只好向天空鸣枪示警，并追出营救蔡。
时蔡元培年事已高，腿脚有残疾，学生们便强行拖着他向前跑。走了几百米，蔡的右臂即红肿异常，实在跑不动了，学生们先是把他放在黄包车上，后来又是背着他，沿荒野小路向中央大学一路狂奔。警卫们直追至玄武门附近的荒田中，才将蔡救回。
得救后的蔡元培立即被送往医院。当天下午，蔡接受记者采访时说：“予头部受棍击，似无伤害，惟右膀被暴徒扭拉，颇伤及筋络……”尽管挨了打，蔡却首先检讨自己的过失，他对记者说，“今日在场青年之粗暴如此，实为我辈从事教育者未能努力所致”，此次暴动，“绝非单纯爱国学生之所为，必有反动分子主动其间，学生因爱国而为反动分子利用”。他表示，对于合法的学生运动，“仍愿政府与社会加以爱护，绝不因今日之扰乱而更变平素之主张也”。
【忧国】
蔡元培主张革命、反满。1904年，慈禧生日，蔡发表时评《万寿无疆》，说：“每逢万寿，必定丧失土地。”
蒋梦麟回忆：“蔡先生年轻时锋芒很露。他在绍兴中西学堂当校长时，有一天晚上参加一个宴会，酒过三巡之后，他推杯而起，高声批评康有为、梁启超维新运动的不彻底，因为他们主张保存清朝皇室来领导维新。说到激烈时，他高举右臂大喊道：‘我蔡元培可不这样。除非你推翻清朝，否则任何改革都不可能！’”
蔡元培早年积极鼓吹革命。他曾办两所学校：爱国男校与爱国女校，他计划让男学生搞暴动，女学生搞暗杀（因为女生不引人注意）。蔡主持爱国女学校时，历史课常讲述法国革命史、俄国虚无党（无政府主义者）等故事，理化课则注重炸弹制造等内容。林语堂回忆，他到北大去请蔡元培为其文章作序时，北大校长候客室当中的玻璃架内，还陈列着一些炸弹、手榴弹。
蔡元培曾经是暗杀团的骨干成员。1904年春，他在东京留日学生中成立了秘密暗杀团，准备利用暗杀，推进反清革命。为了配合暗杀行动，蔡元培自行研制方便、秘密、快速且容易伪装隐蔽的化学毒药。他让爱国女校化学教员俞子夷研制毒药。俞配制出氰酸，蔡给一只猫灌下几滴，猫即死亡。后蔡又觉得液体毒药使用起来不太方便，易被人发觉，决定改成固体粉末，于是向日本购买了一批药物学、生药学、法医学的书籍，自行研究，但无太大进展。不久，他又开始研制炸药。经过试验，他们研制出一种体积小、威力大的炸药。蔡还让陶成章、龚未生翻译催眠术，以备暗杀之用。
蔡元培友人钟宪鬯研究化学，蔡介绍他入会，拼合炸药，炸药成后，又发觉无弹壳装盛。恰黄兴从东京到上海，秘携弹壳十余只。炸弹制成后，到南京雨花台偏僻处试验，竟不能爆炸。蔡下决心改良，与其介弟蔡元康等人废寝忘食研究，终于造出了一枚炸弹，用于暗杀出洋考察宪政的清室五大臣，投弹者为吴樾。
马鉴回忆，1904年，蔡元培办《警钟》时，已剪发易装，在中山装外穿了一件蓝色的棉大衣。当时天气寒冷，编辑室大而空，且无火炉。蔡右手生冻疮，手肿得像馒头一样，只能套一双半截露手指的手套，将左手放在大衣口袋中取暖，每天坚持写文言、白话文章各一篇。当时蔡不仅要负责编辑事务，还要负责报社的杂务，如伙食、印刷等。虽境况窘迫，但蔡总是心平气和，没有丝毫不悦之情。到了除夕，社中实在困难，蔡便向某君借得蜜蜡朝珠一串，让马拿去典当。到了典当行，朝奉说是假的，只能给一元钱。马回去告诉蔡，蔡只是微笑说道：“朝奉说是假的也没有办法。”最后这串朝珠没有典当，而年关总算挨过去了。
是年冬，蔡元培等人成立光复会，蔡出任会长。陶成章应蔡之邀入会。辛亥革命后，陶成章甫归国便被上海都督陈其美指派蒋介石、王祝卿暗杀。迫于陈的压力，当时沪上各报对此事不敢评论。唯《越铎日报》曾发表评论略谓：“陶之死，各方反应甚微，唯有光复会会长蔡元培在南京为陶举行之追悼会上致悼词，痛惜备至，甚至泣下沾襟。”
护法运动爆发后，蔡元培主张应通过和平谈判实现国家统一。1918年10月，他与熊希龄、张謇、王宠惠等人成立和平期成会，通�