随后，位于波士顿的《基督教科学鉴言报》以及其他十几家报纸都加入了发表“五角大楼文件”的行列。从而使得五角大楼文件一案不再是纽约时报和华盛顿邮报对司法部的对峙，而是美国整个新闻界对政府的一场总体对抗。
还是那天（6月22日），下午两点，在华盛顿与纽约两地，联邦上诉法院同时开庭分别审理司法部起诉《华盛顿邮报》和司法部起诉《环球时报》案，两地上诉法院全体法官到齐。这成为当时全国最引人注目的新闻。
在纽约的上诉法庭，司法部陈述：本案其实就是一个“报纸得到了失窃的对国家防卫至关紧要的高度机密文件是不是就可以随心所欲地自由发表它们？”的问题，或者说，“出于保护国家机密的目的，是否可以禁止报纸发表这样的军事和情报机密？”
而纽约时报则反驳说，报纸在第一修正案之下的特权高于国会，高于行政当局，也不受司法的剥夺。
司法部说，有国家就有机密，保护国家机密是政府的责任。他说，政府方面的证人已经证明，五角大楼文件中有一些信息是会危及国家安全的。
纽约时报递交了83页长的陈述，用来证明政府方面的证人没有能够证明五角大楼文件里的任何部分是不可发表的。纽约时报还指出，反间谍法从来就只针对通常意义的间谍案，从来没有用于针对新闻和出版。并说以前有人想把反间谍法扩大到新闻界，都遭到了国会的拒绝，认为这是宪法所不能接受的。
在法庭上，还有一些民间组织出席并向法庭提供陈述。这是美国上诉法庭和联邦最高法院的常用做法。美国公民自由联盟和全国紧急公民自由委员会的陈述说，政府的权力不能超越宪法第一修正案对新闻自由的保护。下级法庭的临时禁制令已经伤害了美国人民的利益，美国民众没有得知他们有权知道的信息。
在法庭辩论阶段，司法部请求法庭明白，“五角大楼文件”是失窃的政府财产，是通过政府雇员的违法失信才来到纽约时报手里的。而纽约时报的形势似乎不太好，最有力的武器说起来很简单：这是一件涉及宪法第一修正案的案件。根据听证过程和法官们的态度，报社预感到此案裁决前景不妙。
另一边哥伦比亚特区联邦上诉法院辩论华盛顿邮报一案，司法部派出了空前强大的队伍，联邦总检察长亲自担任司法部一方的代表，此人是最牛比的，如果上诉到最高法院的案子中有一方是美国政府，通常就是这个人代表美国政府出庭。
华盛顿邮报和司法部在上诉法庭的陈述，双方的理由几乎和纽约的对阵一模一样。政府方面坚持，新闻界手里的文件是‘失窃‘的政府财产。而华盛顿邮报方面则坚持，报纸得到消息就有权发表。而不是政府方面说了就算。否则，政府方面大笔一挥，文件都盖上保密章，新闻界就无可奈何了。
司法部则坚持，政府方面也有权力来保护行政工作的完整性。他也提出了政府方面的提议，给政府45天时间来决定什么是可以发表的，什么是不可以发表的。
华盛顿邮报坚决反对。‘新闻界必须可以自由地用它们认为最好的办法来探明真相‘。
到晚上，华盛顿和纽约的联邦上诉法院不约而同作出继续延长禁制令到明天的决定。
第二天，两个法庭继续开庭听取证据。然后法庭休庭长考，准备裁决。
两个地方的联邦上诉法院的17位法官，知道自己身上责任重大，在下判断的时候却都有点犹豫。根据他们对宪法及其修正案的理解，他们都不愿担当“预检”和压制媒体的事情，他们知道从理论上讲，在美国的法律传统下，新闻业是有特权的。消息到了报社手里，那就是报社的事情，政府要保密，只能自己看牢自己的文件。但是，他们从直觉出发，又觉得五角大楼文件是从政府那儿“偷”出来的，不比一般的消息。
纽约的上诉法院最终达成一项妥协，8位法官以5比3作出一项意见书，将案子退回重审，审查司法部一方提出的证据，以再次确定到底有没有什么信息是发表了会危及国家安全的。意见书说，到6月25日星期五，纽约时报就可以随意发表五角大楼文件中除了司法部一方在法庭上列出禁止发表的内容以外的任何部分。
华盛顿的上诉法院的九个法官，相当一致地支持下级法官所作出的对华盛顿邮报有利的判决。他们在裁决书中指出，司法部提出的理由，不足以证明对报纸的禁制令是正当的。但是，上诉法院的裁决中同意将现有禁制令再一次延长，以便司法部有时间向联邦最高法院上诉。
6月24日星期四，纽约时报向联邦最高法院提出上诉，要求审查第二巡回法区上诉法院的裁决。几乎与此同时，司法部也向联邦最高法院上诉，要求推翻华盛顿的联邦上诉法院的裁决。
联邦最高法院一反常态，迅速作出了反应。6月25日，经由五位大法官提议，联邦最高法院宣布将接受这两个上诉案，回答所有人都关心的新闻自由对国家安全的问题。
当6月25日星期五最高法院宣布接受这两个上诉，两案并一案来作出裁定的时候，正好也就是上诉法庭所裁定的时间线，即由司法部提出五角大楼文件中不可发表部分的清单，然后报纸可以发表任何其他部分。
然而，纽约时报和华盛顿邮报现在就面临着一个问题：他们要不要按照这一要求，照着司法部提出的清单，剔除清单中列出的内容，然后继续发表五角大楼文件中余下的内容？
如果接受这种安排，这等于说，机密不机密，政府说了算。以后，当媒体得到一条新闻或一份内部消息的时候，需要遵循政府部门对此信息的保密分类，如果列为机密，你就不能发表了。这样的安排，从美国人的政治传统眼光来看，就是一种‘预检‘，就是由政府单方面地无可抗争地确定了什么不可发表。
而报纸现在争的就是这一条：报社自己决定什么是可以和不可以发表的，不受某个特定政府行政部门的约束。民众和政府必须处以一种对抗平衡的态势，才能够保证民众的权利不受蚕食。这种观念在美国成为常识。就象平民说‘我不信任政府‘，说得理直气壮。
反过来说，如果把能不能发表的判断权全部归于政府，政府盖上一个保密章报纸就不再能发表，权力的平衡就被打破了，政府的这种判断权就可能单方面地膨胀。
考虑再三，最后，纽约时报拒绝司法部提出的不可发表的清单。纽约时报公开声明：“有条件地发表新闻，我们不会这样做。”
华盛顿邮报一方，一开始是准备接受这一安排的。但是当司法部把清单交给两家报社的时候，他们吃惊了。
司法部开出的保密清单，是如此庞大繁复，覆盖了“五角大楼文件”的大部分。如果按照这份清单的话，文章就会割得所剩无几。
华盛顿邮报原来还有合作打算，现在终于拒绝了司法部的要求。
司法部恼羞成怒，这两家报纸居然都不合作，而且都责备司法部。司法部发表声明说：司法部曾经一再地要求报社向法庭公布他们手上有哪些五角大楼文件，这两家报纸都予以拒绝。如果他们向法庭公布他们手上有什么文件，他们打算发表什么文件，那么我们司法部就会负起这个重担，来逐条告诉他们什么是可以发表的，什么是不能发表的。可是他们不肯公布，而现在反过来责备司法部让他们的工作没法做。
在这个具体冲突上，最集中地表现了，政府和报社对于民众知情权的理解有多么大的差距。看起来好象大家同意的原则是同一句话，‘危及国家安全的机密是不应该公开发表的‘。然而对机密的判断，政府方面和媒体方面的着眼点完全不同：政府方面是，只要有可能是机密就一定是机密，只要有一部分是机密就全是机密，只要有一刻是机密就长久是机密；而媒体方面是从民众的眼睛来看的，只要民众知道了不会出大事儿的就不是机密，民众有权知道的就不是机密，需要保密的那一刻过了就不是机密。
6月26日星期六早上6点，最高法院的听证开始了。
最高法院的听证过程虽然不经电视或电台转播，却从来就是公开的，公众不论什么身份，都可以去旁听，法庭内只有174个旁听席，但是到了这时，最高法院大楼前已经排了1500个人，都想有机会进去一睹这个历史场合。连一直在最高法院门口摆摊卖明信片纪念品的女士也放弃这个做生意的好机会，排到了队伍里。
在最高法院出庭辩论的，代表纽约时报是比盖尔，代表华盛顿邮报是格林顿，代表司法部的仍然是美国总检察官格列斯沃特。
在书面的陈述中，三方重复了他们各自在上诉法庭的理由。
司法部陈述，现在司法部并不想要完全阻挡新闻界发表五角大楼文件，只要求法庭发布一个相当狭窄有限的禁制令。特别有意思的是，司法部第一次公开承认，保密分类是政府行政机构内部的事情，新闻界不受这种方面的约束，就算盖了保密章，报社也可以不管。并且，报纸是怎么弄到这些保密资料的，是偷来的还是拣来的，也跟报纸能不能发表没有关系。
但是司法部指出，此案中涉及的文件，存在对国家造成巨大伤害的可能，所以，以往禁止对报纸实行预检，政府只能在报纸发表以后追求事后惩罚，这样的规则对此案没有意义。因为事后即使政府寻求惩罚，对国家的伤害却已经造成。政府必须防止这种伤害发生。
纽约时报的陈述主要是根据宪法第一修正案对‘事前约束‘的概念提出强烈质疑。说国会从来没有立法让行政分支用‘事前约束‘的办法来对付新闻界和防止他们泄露秘密。并且指出：在新闻界和政府之间，政府是强大的，而新闻界只有宪法第一修正案所保证的力量。要保持这两者的平衡是不容易的。对新闻界的压制和削弱，最终必然伤害到宪法第一修正案。
华盛顿邮报的陈述则直截了当地揭司法部的失误，指出司法部在此案进行中的立场和诉求不断在变，一开始甚至要引用反间谍法，而国会在1950年对反间谍法的修正案中，明确点明，不能用此法案来限制和预检新闻界。
最高法院的辩论是非常简短的，一般各方都只有半个小时的时间，还包括大法官们随时打断律师的话，节外生枝地提出问题来。有意思的是，到辩论的阶段，三方都表现出一种温和而中庸的立场。
听证在下午一点就结束了，然后大法官们将退到后面去作出他们的裁决。到第三天星期一，首席大法官宣布，原来按日程要闭庭休假的最高法院，现在无限期推迟，一直推迟到此案作出裁决的时候。在这一段时间里，国会开始有机会接触五角大楼文件，而全国其他的二十来家大小报纸用各种可能在披露五角大楼文件的内容，纽约时报和华盛顿邮报却在继续等待最高法院的裁决。
6月30日下午2点半，最高法院宣布它的裁决。除了一位大法官请假以外，最高法院的八位大法官在法官席上落座。
首席大法官伯格简短地宣布了一个没有经过签署的最高法院命令，宣布解除对纽约时报和华盛顿邮报发表五角大楼文件的禁制令。
最高法院并没有对这个案件发出一份裁决书，而是每个大法官各自写下了自己的意见，这样等于有了九篇意见书，其中六篇的意见是对新闻界有利的，而另外三篇是对政府的立场有利的或者是拒绝发表意见。
大法官PotterStewart的意见书里说：总统和政府有着的无可匹敌的强大权力，唯一能够约束他们的是获得充分信息的公民大众。所以，警觉的、无所不晓的、自由的新闻界本身，对实现宪法第一修正案的目的是最为重要的。他说，‘没有一个自由的、获得了充分信息的新闻界，就不可能有脱离蒙昧的人民。‘
雨果。布莱克大法官说：对纽约时报和华盛顿邮报的禁制令，每拖延一秒钟都是对宪法第一修正案的冒犯。美国的新闻自由，其目的是为被统治者服务，而不是为统治者服务。只有一个自由的，不受约束的新闻界，才能揭露政府的欺瞒。最后，他抨击了政府机构的保密观念，他说，国家安全这个词过于宽泛，过于模糊，是不能进入以宪法第一修正案为基础的法律的。以牺牲代议制政府知情权为代价来保护军事和外交秘密，这种做法不会为我们共和国提供真正的安全。
大法官道格拉斯的意见书里说，发表五角大楼文件可能会造成很大的冲击，但是这不是对新闻界实行预先约束的理由。宪法第一修正案的首要目的是防止政府压制新闻界，约束信息流通。他回顾历史说，先辈们确立宪法第一修正案，就是为了防止有权势的人，利用早期反颠覆、反诽谤的法律来惩罚信息的传播。政府内部的秘密性，本质上是反民主的，是在维护官僚系统的过错。对公共议题的公开讨论和争辩，对我们国家的健康，至关重要。
大法官布列南认为，对纽约时报和华盛顿邮报发出的临时禁制令就是错误的。在以后的类似案件中，政府必须证明，发表这样的新闻将‘不可避免地、直接地、立即地‘造成这样的灾难，相当于使已经在海上的船只遭遇灭顶，否则，就没有理由发出禁制令，即使是临时的禁制令。根据这样的标准，在本案中发出的所有禁制令，不管是什么形式的，都违反了宪法第一修正案。
大法官哈兰，布莱克蒙和首席大法官伯格投票反对最高法院多数意见。他们说，最高法院处理此案的时间太急促，宪法第一修正案对新闻自由的保障不是绝对的。但是，一个星期后，伯格在对美国律师协会的讲话中说，在新闻界拥有宪法第一修正案保障的新闻自由这样一个基本问题上，最高法院其实没有分歧。
最高法院6比3的裁决，在全国新闻界引起了难以言说的激动。不管各报在此之前有没有参与报道五角大楼文件，现在都为最高法院的裁决欢呼。即使是过去最胆小的报纸也开始刊登“五角大楼文件”，通栏大标题到处可见。
在《华盛顿邮报》新闻室，等待最高法院公布裁决的时候，办公室一片寂静。只看到总编室的编辑帕特森从电报室冲出来，跳上桌子，向同事们大喊：‘我们赢了！‘顿时一片欢呼。
7月1日星期四的上午版，华盛顿邮报开始继续刊登五角大楼文件的系列报道。
在《纽约时报》报社，最高法院将宣布的时候，新闻室里爆发出掌声和欢呼声，同事们互相拥抱，又跳又叫。纽约时报总编罗森塔尔说：‘这是光荣的一天。我们赢了，我们赢得了发表的权利。‘纽约时报随后的记者招待会说，这是一个里程碑式的案件。随后，已经准备好的五角大楼文件系列报道开始继续刊登了。
在波士顿，《波士顿环球报》的五角大楼文件资料都存在银行保险柜里。报社在等待最高法院公布裁决的时候，作出精心安排，一旦最高法院宣布解禁，他们就可以在银行下班关门以前把资料取出来。报社的一个助理编辑就站在银行保险柜门前等着。消息传到，他立即把资料从保险柜里取出。报社负责报道消防队新闻的记者，有一辆带警灯的车。他带着资料，亮着警灯，飞速把资料送往报社，准备继续发表关于五角大楼文件的报道。
由于最高法院的裁决，“五角大楼秘密文件”一案是以《纽约时报》和《华盛顿邮报》为代表的报纸业的胜利而告终的，并且成为一个里程碑案件，为此后报纸和政府在‘谁决定新闻‘的争议上制定了游戏规则：保密是政府行政机构内部