国特混舰队的三艘航母‘约克城’号、‘企业’号已经严重受损，无法迎接舰载机的降落，只有‘大黄蜂’号还可以接受飞机的降落，但是由于返航的飞机油箱内的油料存量已经很少，有的只有五分钟的油量，在军舰上都可以听见空中的飞机发动机粗重的喘息声。而且由于已经陷入了黑暗，有部分飞行员还没有接受过夜间航母降落训练，在他们看来在海面上的军舰的尾迹都差不多。
转移到‘大黄蜂’号航母上的斯普鲁恩斯也知道了天上的情况，在‘企业’号受袭后有部分舰载机已经通知他们去中途岛备降。但是还有有一部分飞机要么油料不足以飞到中途岛，要么没有接受到命令，现在再转到中途岛已经来不及了。现在已经有部分飞机开始在海面上迫降了。
但是令斯普鲁恩斯忧心的还是在美国舰队中间还有一艘敌人的潜艇，现在美国驱逐舰群一边要搜索反潜，另一边还要去救援在海面上挣扎的飞行员。明显的应付不过来。而且敌人的潜艇是不是只有一艘，如果还有别的潜艇，趁夜色掩护再次发动突袭那美国舰队损失可就大了。而且对于航母来说，飞机失去了还可以再补充，如果失去了经验丰富的飞行员，那损失可就大了。而且日本海军是以夜战擅长，他们在白天吃了大亏，肯定会想在夜色的掩护下捞回来，根据自己的情报，南云率领的舰队除了航母外，还有几艘战列舰，而自己的舰队除了航母外，最大的军舰就是巡洋舰，如果日本人借助夜色的掩护迅速向自己的舰队靠拢，要和自己比试炮战，无疑自己在白天吃下的东西要全部吐出来。
他从椅子上站了起来，下达了命令：“停止反潜，只留2艘驱逐舰监视可疑潜艇，其余的迅速救援在海面上的飞行员。另外派出4艘驱逐舰参加‘企业’号的损管作业，只要有可能就要把它给拖回去修理。”
此时经过了紧急修理，‘企业’号航母恢复了部分航行能力，开始接受在空中盘旋的部分战机。在甲板上的导航军官挥舞着手中的荧光棒引导飞机降落，由于空中的飞机处在盘旋状态，秩序比较混乱，有一架轰炸机和战斗机同时在‘大黄蜂’号上降落，战斗机挂住了第二条阻拦索，而轰炸机则挂住了第四条。幸好空中的飞机数量不是太多，半个小时后没有在海面上迫降的飞机就降落完毕。同时美国驱逐舰和小艇也在使用探照灯在海面上寻找幸存的飞行员。就在这个在天空的舰载机即将降落完毕的时刻，斯普鲁恩斯接到报告，在外围的警戒驱逐舰遭到了敌鱼雷攻击。斯普鲁恩斯不敢怠慢，他根据对日军作战特点的了解，认定一会将会在这个海域集结大批的敌人潜艇干扰他们的撤退，以方便他们的主力舰队赶到这个海域，他立即命令特混舰队唯一完好的‘大黄蜂’号航母立即向西撤退。留下一些驱逐舰继续执行搜寻幸存者和救援受伤航母的任务。
在搜寻工作和救援工作完成后，已经过去了两个小时，此时有一艘驱逐舰已经将缆绳固定在‘企业’号航母上了，开始拖着它缓缓向西撤退，而整个舰队也早就开始了向西撤退。以躲避日本舰队有可能发动的攻击。
多蒙德事前预料美国舰队会因为救援掉在海里的飞行员而乱成一团，虽然比他预料的时间晚了很久，但是毕竟还是来了，于是他借助这个机会开始脱离和美国舰队的接触，向东驶去他所规定的会合点。
6月4日清晨，“大和”号已驶到中途岛西北800海里处。5时35分，“大和”号收到‘利根’号侦察机发来的电报，说发现了一架美军水上飞机。山本和他的幕僚焦急地等待着，他们估计这架美军飞机很快就能发现南云部队。
5点55分，‘利根’号的侦察机又报告有十五架敌机飞来，南云的编队即将遭到攻击。但是山本对此并不担心，因为空袭中途岛的攻击机群已经起飞，南云的战斗巡逻机很容易对付这几架美国飞机。战幕已经揭开，一切都在按计划进行。人们的注意力都集中在从无线电室转接过来的扬声器上，扬声器把收到的电报向全舰转播。
南云的旗舰还没有发来消息，显然还保持着无线电静默。过了一会儿，空袭中途岛的攻击机群指挥官友永大尉报告，空袭任务已经完成，并建议实施第二次空袭。
山本和他的参谋期待着第二攻击波起飞的消息，山本从前一天起就深受胃病的折磨，而此时却是精神焕发。但是，接着的消息却使他们大吃一惊，‘利根’号的侦察机报告：“发现十艘敌舰。”
和战前的估计完全相反，美军舰队就在附近，一支美军舰队进入可与机动编队直接交锋的距离内了。人们立刻想到，一个星期前美军无线电通信异常频繁，现在才明白是怎么回事了。现在最大的悬念就是，美军这支舰队包括哪些兵力呢？
直到8时20分，‘利根’号的侦察机才报告，敌舰队的组成是5艘巡洋舰和5艘驱逐舰。大约十分钟后，又补充道：“敌舰队殿后有一艘航母。”
这可是一大块肥肉。‘大和’号舰桥上的人们兴奋得不得了。联合舰队首席参谋黑岛问道：“南云不是要求准备好第二攻击波，可能攻击敌水面部队吗？”
航空参谋佐佐木十分自信地回答说：“是的，第二攻击波很快就能干掉它们。”
三和作战参谋插话说：“第二攻击波是不是已经出发去空袭中途岛啦？”
刚才不久大家都还在期待南云派出第二攻击波去空袭中途岛，以歼灭敌岸基航空兵呢！佐佐木显得一阵慌乱，他急忙打电话问无线电室，有没有第二攻击波已经飞往中途岛的消息。
“还没有消息。”无线电室的回答是这样的。大家这才松了口气，心想敌航母很快会被第二攻击波干掉。
8时47分，‘利根’号的侦察机再次报告，在中途岛东北250海里处发现另两艘美军巡洋舰。
9时，侦察机报告，十架敌机正飞向南云部队。在这以后差不多有两个小时，没有任何南云部队的消息。
但是山本和他的幕僚们对于即将发生的战斗，没有丝毫感到担心。然而犹如晴天霹雳，10时50分，通信参谋和田雄四郎海军中佐一言不发地把阿部海军少将从‘利根’号发来的电报送给山本。
电报说：“遭敌舰载机和岸基飞机攻击，‘赤城’号、‘加贺’号和‘苍龙’号起火。拟以‘飞龙’号与敌航空母舰交战。我们暂时北撤，重新集结兵力。”
这样的惨重损失实在令山本和所有人难以置信。现在，只有一个办法也许还能使整个作战计划不致于全面失败。那就是集中所有兵力，凭借数量优势继续作战。山本决定，立即亲自指挥主力编队的战列舰去支援已遭沉重打击的机动编队。12时20分，山本向各部队下达第155号命令：
一、主力编队12时的位置是北纬35度08分，西经171度05分，航向120度，航速20节；
二、中途岛的登陆编队（近藤部队）派出部分兵力掩护运输船队并暂时撤往西西；
三、第二机动部队（角田部队）火速加入第一机动部队（南云部队）；
四、第二潜艇战队和第五潜艇战队在丙警戒线上展开（丙警戒线的位置是在西经168度，北纬26度到36度之间。）
此时山本最关心的是在中途岛海域美军究竟还有多少兵力，因为这是制定下一步作战计划时必须加以考虑的。虽然机动编队的3艘航母都失去了战斗力，但“飞龙”号还完好无损。此外，还可采取水面夜战以及别的攻击手段。但是压制美军岸基航空兵只能依靠航母，而第一次空袭中途岛的结果还不清楚，所以联合舰队参谋长宇垣少将致电南云，要求详细报告第一次空袭的结果，但没有回答。山本判断，第一攻击波的攻击不会很成功的，这可从友永建议对中途岛实施第二次空袭得到证明。山本因此担心，如果不立即摧毁中途岛的航空基地，美军可能从夏威夷调去更多的飞机，这样的话，占领中途岛就更难了。联合舰队首席参谋黑岛大佐建议，派出一支水上舰艇部队对中途岛实施夜间炮击，山本立即采纳了这个建议，命令离中途岛最近并有高速军舰的近藤部队主力去执行这一任务。山本还决定，把原定的中途岛和阿留申群岛的登陆作战推迟到歼灭敌航母以后。根据这些决定，山本于13时10分又发出了第156号命令：
一、采取C号作战方案；
二、中途岛登陆编队派出部分兵力于今夜炮击并摧毁中途岛航空基地；
三、中途岛和阿留申登陆作战暂时推迟。
‘C号作战方案’是指集中中途岛和阿留申方面的全部兵力，与敌舰队进行决战。
在下达上述命令一个多小时以前，即11时50分，山本收到南云转移到“长良”号后的第一次来电，报告他的三艘航空母舰受到的破坏程度和打算用他尚存的兵力攻击敌舰队，然后北撤。14时30分，“大和”号又收到南云发给在阿留申群岛的第二机动部队的电报：
一、6月4日14时，第一机动部队的位置是北纬30度48分，西经178度31分。我拟向东，歼灭敌特混舰队后北上。
二、望第二机动部队速与我会合。
16时15分，山口报告击伤美军两艘航母，这使山本心里还有一丝安慰。人们一心指望着角田海军少将的‘龙骧’号和‘隼鹰’号2艘航母迅速南下，支援南云部队，但15时30分角田复电：“第二机动部队收回攻击荷兰港的飞机后，立即南下。6日晨，我部将在北纬44度40分，西经176度20分加油后南下，与第一机动部队会合。6月4日15时，我部位于荷兰港西南一百二十海里处。”
这份电报清楚表明，角田部队仍按计划冒着大雾袭击了荷兰港，但是也说明，在8日下午以前，角田部队不可能到达中途岛地区参加战斗。
17时55分，山本又收到南云电报，“飞龙”号中弹起火。最后一艘航母也失去了作战能力。
19时15分，山本向他的全体部队下达了第158号电令：
一、敌舰队已几乎被我歼灭，正在东撤中；
二、附近的联合舰队各部队正准备追击残敌，并同时占领中途岛；
三、6月5日3时正，主力将到达北纬32度08分，东经175度45分，航向90度，航速20节；
四、机动编队、登陆编队（除第七巡洋舰战队）和潜艇部队，即将接触并攻击敌人。
日军渴望通过夜战来挽回败局，但是这种希望显然已不可能实现，因为21时30分，南云报告说：“敌兵力共有5艘航空母舰、6艘巡洋舰和15艘驱逐舰。敌人在西航中。我军掩护‘飞龙号’向北西撤退，航速十八节。”
“南云部队不打算夜战啦！”宇垣参谋长沮丧地说，但山本仍决意要进行夜战，为确保夜战胜利，必须要有统一的指挥，因此命令近藤统率夜战部队。
但是很明显，拂晓前同美军舰队接触的希望极小，日军的最后一线希望也慢慢地熄灭。
‘大和’号上的联合舰队司令部在放弃了夜战的想法之后，马上即转而考虑下一步行动。每一个人心里都认识到已经被打败了，但没有一个人建议中止作战。相反地，他们都拼命想方设法要从失败中捞回一些东西，犹如溺水者拼命抓住水中的稻草一样。
各种各样的补救方法都提了出来，有建议用‘瑞凤’号和‘凤翔’号两艘轻型航母上不多的飞机，加上战列舰、巡洋舰上的全部水上飞机组成一支航空队，再去攻击敌舰队。
也有人主张，应按照原定计划由近藤部队的重巡洋舰执行对中途岛航空基地进行夜间炮击。
还有人乐观地认为，战列舰的高射炮火足以击退美军航母对山本部队的攻击。
黑岛海军大佐根据大家的意见制定出的初步方案更为荒唐，该方案要求所有战列舰，包括“大和”号在内，于6月5日白天逼近中途岛，用大口径主炮轰击中途岛的航空基地。
这个荒唐的方案交给了联合舰队司令部参谋长宇垣，还有几分理智的宇垣认为这是一个为了保全面子、不顾一切、自取灭亡的方案，他直截了当地否定了这个计划。
有些人想到要为战败担负责任，觉得不能忍受，他们为争取一个挽回面子的机会，不惜弧注一掷。有一位军官再清楚不过地反映了这种态度，他向宇垣抗议说：“那我们怎么向天皇陛下交待呢？”
在一旁听他们议论而一直保持沉默的山本这时突然开口了，他说：“这事交给我。对天皇陛下谢罪的只有我一个人。”
说完后，他走进自己的住舱，一连三天拒绝会见任何人。南云在返航途中对自己指挥失误深感内疚，试图自杀谢罪，但被部下阻止。
鉴于美军舰队已经东撤，与其进行水面舰艇决战的可能已不可能，如果日军继续东进，天亮后必将遭到美军舰载机和岸基航空兵的攻击，山本于6月5日2时55分，向所有部队下令：
一、撤销中途岛作战计划。
二、中途岛登陆编队部队和机动编队（除‘飞龙’号及其警戒兵力外）同主力会合，这支联合部队于6月6日上午在北纬33度，东经170度海域加油。
三、警戒部队、‘飞龙’号及其警戒兵力和‘日进’号水上飞机母舰应开往上述地点。
四、运输船队西撤，摆脱中途岛敌机攻击范围。
就在这个命令发出不久后，日本联合舰队旗舰接到了观战的德国潜艇发来的作战报告，称他们重创了一艘美国航母，有可能是‘企业’号，但是攻击的潜艇在随后的反潜战中受伤，需要回国进行修理。并纠正联合舰队先前错误的判断，即他们攻击的美国航母只有一艘，那就是‘约克城’号。
初到CQ
在41年中，也就是德国进攻苏联的前后，中国GMD军队已经根据《C英共同防御滇缅路协定》应驻缅英军请求，以第5、6、66三个军10万人组成C国远征军，入缅支援英军作战。本来按照日军的南下计划，日军陆军部队除在日本海军的掩护下进攻东南亚，并同时投入4个师团，共10万人分三路进攻缅甸，企图切断滇缅路，阻断英、美对C国的军事援助，由缅甸入侵C国YN。
但由于在G国GCD军队发动的BTDZ中，日军C国占领军损失惨重，在反应过来后又抽调大批部队对GCD军队占领的地区实施疯狂报复，因此在南洋行动的兵力不足，所以推迟了对缅甸的进攻。（小说中的这段历史与真实历史并不一致，真实历史是太平洋战争爆发后，日军实施南进战略，投入4个师团（10万人），在250架作战飞机支援下，分三路进攻缅甸，企图切断滇缅路，阻断英、美对华军事援助，由缅甸入侵云南。当时，英军在欧洲战场连接失利，驻亚洲军事力量薄弱，在缅英军只有两个师团兵力，无力阻挡日军进攻。1942年2月，根据《中英共同防御滇缅路协定》应驻缅英军请求，中国政府以第5、6、66三个军10万人组成中国远征军，入缅支援英军作战。）
但那不过也只是推迟而已，几个月后当日军C国占领军认为已经重创了G国GCD军队的实力的时候，于是开始进行缅甸作战。与原来的计划相比除时间有所推迟外，其它的并不变，原因是英军在该地区的兵力极为薄弱，日本并不认为推迟缅甸作战英国多上几个月准备的时间就能把他们的防御做的更好。
1941年6月中旬，C国远征军5、6两军在东枝、景洪与东瓜一线分别接替英军防务，第66军在曼德勒地域担任预备队。6月下旬，C国远征军同古防守部队（DAL指挥的第200师）与进犯同古的日军第五十五师团爆发激烈战斗。第200师士兵用集束手榴弹、汽油瓶与日军第五十五师团坦克反复拼杀，战况十分惨烈，双方伤亡惨重，日军承认此役为南线日军作战初次受挫。
7月中旬，日军攻击仁安羌，7000名英军及数百名记者被日军合围，C国远征军第六十六军