小林示意他的飞行员悄悄地跟踪敌机。可是，有两架战斗机不明白小林的示意，一头扑向美机，从而暴露了目标，‘约克城’号航母发现来袭的日机，立即起飞战斗机迎战，并让返航的轰炸机暂缓着舰。附近的‘企业’号和‘大黄蜂’号也闻讯派出战斗机前来助战。
美军共出动28架战斗机进行拦截，由于日军战斗机数量太少，难以有效保护轰炸机，在空战中被击落了10架轰炸机和3架战斗机，余下的日机飞临目标上空，其中第一架立即被美舰高射炮火击落，第二架投弹命中了‘约克城’号飞行甲板的升降机附近；第三架投弹后被击落，炸弹在舰尾爆炸，引起火灾。还有三架轰炸机也投下炸弹，其中一枚命中了飞行甲板右舷中部，并引起火灾，这架飞机也在投弹后被击落。
在这次攻击中，日机一共投中了三枚炸弹。‘约克城’号由于锅炉气压下降，丧失了航行能力，但凭借着得力的损管，飞行甲板被炸开的大洞，仅用三十分钟就被修好。13时20分，‘约克城’号动力恢复，并达到了二十节航速，舰上的火灾也被很快扑灭。但是飞机还不能在飞行甲板上降落，它们只好飞到‘企业’号上降落。
空战的声音惊动了还在美国驱逐舰下活动的德国潜艇，多蒙德上尉一看时间，比他预料的时间提前了大概40多分钟，尽管现在海面上十分危险，但是德国潜艇此时必须离开这条掩护他们的美国驱逐舰了，不然等海面上的战斗结束，德国潜艇就不好混水摸鱼了。
多蒙德上尉指挥潜艇离开了美国驱逐舰的腹部，按照船位推算法向美国航母可能所处的位置前进。他要离开美国驱逐舰一定的距离才能把潜望镜浮出水面进行观测。
再回到日本人这边，在刚发现美军舰队后，南云就命令‘苍龙’号派出新式高速侦察机与美军舰队保持接触，查明敌兵力。
这架飞机起飞后一直没有发回报告，现在返回时发现‘苍龙’号中弹起火，无法降落，因此在‘飞龙’号甲板上降落。飞行员向山口报告说：“发报机发生了故障，无法及时报告，我只好返航回来报告，敌部队中有‘企业号’、‘大黄蜂号’和‘约克城号’三艘航母！”
虽然从美军进攻所使用的飞机数量已经说明，美军舰队绝不会是如前所报的只有一艘航母，但这个消息还是令日本人感到十分震惊。
山口决定使用现有的全部飞机发动第二次攻击，他命令‘飞龙’号飞行队长友永城市海军大尉带领仅有的10架鱼雷机（包括‘赤城’号的1架鱼雷机）和6架战斗机（包括‘加贺’号的2架战斗机）。友永的飞机左机翼油箱在空袭中途岛时受损，还没来得及修理。但他毫不在意，坚持起飞。
14时26分，日机发现‘约克城’号航母，两分钟后‘约克城’号雷达也发现来袭日机，立即起飞了12架战斗机迎战，友永命令战斗机上前迎战，以掩护鱼雷机攻击，自己率鱼雷机迅速下降到100米低空，并分散从不同方向接近，在‘约克城’号及其警戒舰只异常猛烈的高射炮火下，日机有4架鱼雷机和3架战斗机被击落，但仍有4架鱼雷机突破美舰防空火力投下鱼雷，其中两条鱼雷命中，将刚刚修好的‘约克城’号又击成重伤，该舰丧失全部动力、照明、通讯，并向左剧烈倾斜。
弗莱彻被迫转移到‘阿斯托里亚’号巡洋舰上，他考虑到只有在航母上才能根据飞行员的报告及时掌握战况，也只有在航母上才能有效实施战役指挥，便将指挥权移交给斯普鲁恩斯。
而在‘约克城’号航母附近的‘企业’号航母左舷8千米的水面上，出现了一个如同人头大小的潜望镜。这就是多蒙德上尉指挥的潜艇。
本来按照预案，多蒙德上尉指挥的潜艇担任突击的任务，另外两艘潜艇则负责吸引美国护航驱逐舰的注意力，以掩护多蒙德上尉指挥的潜艇实施突击，不过现在由于日本飞机的干扰，美国军舰的注意力集中到了天空，对水面和水下的搜索就不是很严密了，于是就让多蒙德上尉抓住了机会，单艇突入了美国舰队的内层防御圈。
14时45分，1架侦察机发现了‘飞龙’号航母，斯普鲁恩斯接到报告后，认为发现的日军航母就是日军的第四艘航母，决心集中最大兵力予以攻击，务求将其消灭！他立即下令从‘企业’号起飞25架轰炸机，从‘大黄蜂’号起飞16架轰炸机，其中10架原是‘约克城’号降落在这两艘航母上的，它们先后向目标海域飞去。
14时50分，‘约克城’号横倾近25度，已无法恢复平衡，舰长巴克斯特上校只好下令弃舰。弗莱彻派出几艘驱逐舰前来接走舰员，并命令‘休斯’号驱逐舰留在‘约克城’号附近，以便在最后时刻将其击沉。
当‘飞龙’号的第二攻击波最后一架飞机于16时30分在航母上降落时，‘飞龙’号只剩下了6架战斗机、5架俯冲轰炸机和5架鱼雷机。山口很清楚，要靠这点兵力在白天组织进攻是难以奏效的，决定等到夜里再发起夜袭。
16时45分，战斗出现了短暂的平静，‘飞龙’号利用这个空隙时间开饭了，人们狼吞虎咽地吃着香甜可口的年糕团。即便在这短短的间歇时间里，6架战斗机还要在航母上空保持战斗巡逻，夜袭的准备工作也在紧张进行。为了找到美军航母的具体位置，山口决定派一架高速侦察机进行搜索。
17时3分，侦察机刚要起飞，瞭望哨就大声喊道：“敌俯冲轰炸机！”
由于美机是从西南背朝太阳方向飞来的，加上‘飞龙’号没有雷达，日军未能及时发现，面对呼啸而下的美机，‘飞龙’号高射炮纷纷开火，舰长加来止男大佐急令：“右满舵！”
‘飞龙’号动作笨拙地向右猛转，避开了投下来的头三枚炸弹。但是，更多的美机俯冲下来，接连有四枚炸弹命中舰桥附近，舰桥上的玻璃窗全被猛烈的爆炸震得粉碎，前部升降机附近的舱面甲板被炸得面目狰狞地朝上翻卷，完全挡住了指挥区的视线。大火在飞行甲板上装好炸弹的飞机间蔓延、爆炸。巨大的黑色烟柱腾空而起，‘飞龙’号的航速开始减低下来。
17时20分，‘大黄蜂’号的舰载机也赶到了，见‘飞龙’号已经燃起冲天大火，便转而攻击其他日本军舰，‘榛名’号战列舰、‘利根’号重巡洋舰、‘筑摩’号重巡洋舰先后遭到攻击，但都未被击中。
不久从中途岛起飞的39架B—17轰炸机也飞来助战，‘飞龙’号再度中弹，伤势更重。21时23分，‘飞龙’号完全丧失航行能力，并因为大量进水，倾斜增加到十五度。第十驱逐舰分队司令阿部俊雄海军大佐的旗舰‘风云号’靠在航母旁边，协助灭火，并为艰苦奋战的舰员提供食物和饮水，‘夕云号’驱逐舰则在旁警戒。
最后，眼看回天无力，山口通过‘风云’号驱逐舰向南云报告，他已下令弃舰。
凌晨2时30分，山口对集合在甲板上的大约八百名舰员最后训话：“我身为航母战队司令官，对‘飞龙’号和‘苍龙’号的损失负全部责任。我将与本舰共存亡，我命令你们全体离舰，继续为天皇陛下效忠。”
山口的参谋请求跟他一起留在舰上，但被山口坚决拒绝了。他们只好忍痛以水代酒与山口黯然饮别，山口随手把他的黑色战斗帽送给了首席参谋伊藤海军中佐，作为纪念。第十驱逐舰分队司令阿部海军大佐亲自来到‘飞龙’号上，再三请求山口和加来舰长离舰，也没有达到目的。
遵照山口的最后指示，阿部海军大佐下令‘风云’号和‘夕云’号驱逐舰击沉‘飞龙’号。5时10分，‘风云’号和‘夕云’号向‘飞龙’号发射了鱼雷，在一阵震耳欲聋的爆炸声后，‘飞龙’号缓缓下沉。
就在美国舰载机对日本联合舰队‘飞龙’号航母的攻击结束时，舰载机回到美国航母上空，盘旋着等待降落。
突然一架美国鱼雷攻击机发现在‘企业’号航母附近的海面上有一个异样的东西在水面上浮动，飞行员好奇的按低机头查看，等他降低高度接近海面的时候，他看清楚那是什么东西了。
他立即在无线电里叫道：“发现不明潜艇。发现不明潜艇。。。。。。。”还没有等他说完，就看到四条雪白的航迹出现在海面上。
中途岛战役的结束（下）
在‘企业’号航母上的观测哨稍后也发现了那四条雪白的鱼雷航迹，他激动的大声喊道：“左舷发现4条鱼雷，距离8000英尺。”
在船长室里面的‘企业’号航母舰长哈迪森上校听到了观测哨的报告，立即下令：“停止接收飞机，全速前进，左满舵。”
由于此时已经是黄昏时分，在飞行甲板上的美国海军航空军官除了操纵探照灯发出停止降落的信号，并且向天空挥舞着手里的荧光棒，要求在天空盘旋等待降落的飞机继续盘旋，轮机舱里的水兵也在疯狂的忙碌着。而航母巨大的舵则在操纵室里的水兵拼命操作下扭到了最大角度，‘企业’号航母疯狂的在海面上划出了一个大圆圈，试图躲避那四条射来的鱼雷。而航母上能够的着这些鱼雷的武器则拼命向鱼雷开火，试图在鱼雷接近前就能击毁它们。
当‘企业’号航母上的观测哨看着那四条雪白的航迹快速向航母逼近，舰上的火炮发射的炮弹在水里爆出一朵朵水花，他不知道‘企业’号航母能否躲过四条鱼雷，不停在祈祷上帝，并在胸口划着十字。
上帝好像是站在美国人这边，随着航母的疯狂左转弯，四条鱼雷航迹终于没有命中‘企业’号航母，从‘企业’号航母的船尾射向远方。
‘企业’号航母上的观测哨看着那四条鱼雷航迹射向远方，一边划着十字，一边在嘴里念叨：“赞美圣母玛利亚。。。。。。。。”
还没有等他念完，脚下的军舰突然猛烈的一震。随后就听见了沉闷的爆炸声从下面传了上来。
这就是多蒙德的狡猾的地方，他先是使用了4条G7a蒸汽鱼雷，这种鱼雷设计比较简单，采用蒸汽驱动单桨推进，最大航速为44节，射程6千米，最大缺陷是在航行过程中产生的大量气泡形成的明显尾迹，但多蒙德知道自己潜艇所占领的发射阵位并不好，距离美国航母相当远，如果在这个距离上发射鱼雷未必能击中美国航母，但是靠近航母这个办法也由于美国航母现在正在高速航行，凭借自己潜艇在水下的速度是很难到达一个良好的鱼雷发射阵位的。现在与其犹豫浪费时间还不如铤而走险，因此他先发射了4条蒸汽鱼雷，以吸引美国航母的注意力，他估计美国航母在发现鱼雷后会全速前进并使用左满舵来躲避他所发射的鱼雷。因此他还装了两条G7e（III）改进型电动鱼雷，此鱼雷外形上和G7a区别不大，但动力装置改为一台100马力的电动机，鱼雷尾部安装两个反向旋转的螺旋桨进行推进。G7e鱼雷没有明显的尾迹，在以30节航速航行时射程为7。5千米。向他推算美国航母在发现鱼雷来袭，作出全速前进和左满舵后的方位射了过去。
在鱼雷发射结束后多蒙德上尉立即收起潜望镜并发出命令：“航向转向西北150度，潜深150米，潜艇双车二分之一动力。”
‘企业’号航母舰长哈迪森上校也感觉到脚下的军舰甲板剧烈的震动了一下，经验丰富的他很快就察觉到那是鱼雷的爆炸，看来水下的敌人发射的不止那4枚被躲过的鱼雷，他很快就镇定下来，拿起通话器发出命令：“我舰已被敌潜艇发射鱼雷击中，各部门报告损失。”然后要信号兵用灯光信号告诉周围的护航驱逐舰，航母已经被敌人的潜艇发射的鱼雷给命中，要求他们派出增援部队协助航母进行损管作业，同时命令空中盘旋待降的飞机到‘大黄蜂’号航母上降落。
很快损管中心的报告就上来了，命中航母的是两枚鱼雷，一枚鱼雷命中了I号锅炉舱，造成了大量入水，损管人员和该舱的值勤水兵在损管无效的情况下被迫封闭了该舱。以阻止海水的继续蔓延，另一枚鱼雷命中了船舵，现在船舵已经被卡死，暂时失去了航行能力。在I号锅炉舱里工作的水兵在鱼雷爆炸中和随后的大量进水中死伤近半。
在水下的德国潜艇也听见了两声爆炸，但是现在不是庆祝的时候，多蒙德他们现在顾虑的是美国护航驱逐舰将会发动的深水炸弹的攻击。现在要做的事情就是趁着美国人还处在混乱的状态中尽可能的逃远一点。以更好躲避美国护航驱逐舰的深水炸弹的打击。
很快声纳兵就报告：“警告，有主动声纳在探测我们！在我们左舷，距离我们4500米。”
多蒙德上尉知道美国护航驱逐舰已经高速从外围的警戒阵形中赶了过来，来的肯定还不止一艘。他拿起通话器：“轮机舱，双车动力降至五分之一。”随后下令道：“潜艇潜深至200米。航向不变。准备施放声纳干扰。”
美国护航驱逐舰主动声纳发射的声脉冲信号经过声纳装置中外差振荡器转换为砰，砰的声音，在水中传播。此时在赶来的美国驱逐舰上声纳操作员听到了嘟嘟的回声，立即报告：“发现水下目标。”
随即声纳操作员开始操作声纳进行转向以探测刚才探测目标的长度，以探测他探测到的水下目标是不是潜艇。
多蒙德上尉知道在水面上的美国护航驱逐舰的声纳操作员要做的事情是探测自己的潜艇长度，以此判断他探测的目标是水下的潜艇还是其它的什么东西，现在要做的事情就是进行转向，以迷惑对方的声纳操作员。他毫不犹豫下命令道：“潜艇转向西北200度，主机三十秒钟后停止运转，潜深不变。”
停止主机的运转是不在对方的声纳上产生多普勒效应，然后看对方会有什么反应。会不会把他当作一个固定的东西。
不过显然这个措施没有起到什么作用，因为一会多蒙德上尉就听到了深水炸弹滋滋的在水中下沉的声音。
“撞击警报！”声纳兵通过艇内广播发出了警告。
“轰”巨大的爆炸响起，虽然距离还远，潜艇还是震动了一下。紧接着，巨大的爆炸声连续响起，距离也越来越近。德国潜艇震动着，摇晃着，艇壁发出“咯咯吱吱”的扭曲声，有灯管爆裂声响起。此时潜艇的灯光全灭，只有红色的警报灯和应急灯还亮着。
多蒙德上尉知道很快水面上的美国驱逐舰就会停止投掷深水炸弹，然后使用声纳探测自己是不是被击沉了，然后根据探测的结果决定是不是再次发射深水炸弹。
他发出命令：“三十秒后施放声纳干扰，声纳探测海底深度和海床情况，准备坐沉海底。”
很快声纳兵就向他汇报了海底的深度和海床的情况，海床是一个丘陵地带，只有很少的地方可以供潜艇坐沉，海床深度倒是符合坐沉要求。
多蒙德上尉发出命令后，一会潜艇施放了声纳干扰，然后借声纳干扰的掩护开始缓慢下潜，准备坐沉海底躲避美国驱逐舰的声纳搜索。
潜艇慢慢坐沉在海床上一块还算是平整的地方。在坐沉后多蒙德上尉要求各舱室检查受损情况。得到的回答令他还算满意，基本上没有在刚才的被攻击中受到什么损伤，特别是轮机舱，那修好的柴油机输油管并没有出问题。
果然不出多蒙德的所料，一会美国驱逐舰的声纳探测又开始了，现在潜艇内已经关闭了内部灯光，只留下应急灯做照明。在红光照射中的日本海军观察员铃木海军中尉凑了过来问道：“多蒙德上尉，接后我们该做什么？”
多蒙德的回答很干脆“等待，等待有利于我们的时机。”
虽然美国驱逐舰还在海面上搜索，但是随着返航的美国舰载机越来越多，海面上的美国舰队开始出现了一丝慌乱，现在美国特混舰队的三艘航母‘约克城’号�