三公被架空，只有议事功能，没有实际权利，以后尚书台成为东汉时期的决策机构，国家中央权利全部集中在皇帝的宫廷办公厅内，且三公往往因小事而被辞退，三公地位逐步降低。最明显的就是（大）司徒，相当于西汉时期的丞相，再也没有西汉时期当皇帝上宾的好运气。如韩歆为司徒，因好直言，无所隐讳，光武帝不能容忍，把他免官，遣归乡里，并下诏责之。韩歆惶恐不安，与其子婴皆自杀。其后欧阳歙、戴涉为大司徒，皆以罪下狱死。
东汉时期增加了太傅、太保拜为上公。光武帝以卓茂为太傅，封褒德侯，食邑二千户，赐几杖车马。此后，每当新皇帝即位，辄置太傅录尚书事，总揽朝政。黄巾之乱后，董卓以太师自封，位在太傅、太保之上。这些官位均不常设，历任太傅，太保书事都在死后被除其官名。
东汉沿西汉旧制，同置九卿。其所职掌，也与西汉略同，只是机构的裁并，属官的精简，有异于前。此外，东汉的九卿，分别隶属于三公。太常、光禄勋、卫尉三卿，为太尉所领；太仆、廷尉、大鸿胪三卿，为司徒所领；宗正、大司农、少府三卿，为司空所领。抛开现实意义不说，仅从官制的创新上来看，这是一项创新。它削弱了司徒的职权，三公各行使一部分国家权利，使官制更加合理。但从权利的角度上来看，司徒所领太仆，大鸿胪均是虚官。太仆服侍皇帝，没有参与国家政事的权利。大鸿胪执掌少数民族及外交事务，这对一个自称天朝的国家来说，除了在某些施威仪时可利用外，其他时候无足轻重。仅仅留下一个管人头的廷尉还有点文字上的地位。
东汉自汉光武帝以来就战事频繁，所以除三公、九卿、尚书台以外，东汉又有各级将军，也是中央要员。有大将军，其次骠骑将军、车骑将军、次卫将军，又有前后左右将军。其中大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置。东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。
东汉末年，诸侯割据，董卓、曹操分别掌握过中央政权。董卓曾经以集太师、大将军、相国为一身。其中又以相国为尊，位居三公之上。曹操掌权时，罢去太尉、司徒、司空，又置丞相、御史大夫，曹操自为丞相，至其死。
曹操死后，其子曹丕继他老子的遗志，废了汉献帝刘协，自己当起了皇帝。自此以后，吴蜀陆续建国，三国争霸的局面形成，中国进入三国时期。
三国之中，窃汉朝天下的魏国实力最强，同时也是和东汉一脉相承的势力，在官制上也延续于曹操“挟天子以令诸侯”的时期。蜀国以汉朝正统自居，所以同汉朝遗风比较重，但是在诸葛孔明治蜀时有无尚书台一说还有待考证。吴国统治者坚持从自己的实际情况出发，在个别官职上动了动小手脚，但并没有值得一提的改革。房玄龄评价到：“孙吴、刘蜀，多依汉制，虽复临时命氏，而无忝旧章。”②在三国时期官制上的真正创新，大多出于魏国，其中有以置中书省影响最大。
曹操为魏王时，初置秘书令。曹丕称帝初，改秘书令为中书省，有监、令两臣，由通达文学的士人但任，当时的文学就是现在所说的学术。监、令之下有中书侍郎、通事舍人、著作郎等属官。中书省在名义上是皇帝的秘书班子，实际上有些机密命令的下达并不通过尚书省。从此尚书台的权利又渐渐转移到中书省，逐渐形成了书中“实握事要”，操纵政务的局面。曹魏加强中书权力和扩大官制组织不但是这一个国家的事情，而且是整个三国时代官制的一大变化，影响极为深远，也备受重规。历来被认为是中国官制史上中枢机要改变的一个标志。原来都认为秦汉机要之位，由丞相而归三公。东汉机要之位，由三公而归尚书。魏晋机要之位，由尚书而归中书。
西晋虽承魏制，但相对于魏国改革汉代官制一样，西晋在中央官制的变动上迈的步子则更大了。虽然都还有三公，也有九卿，也还听得到太傅，太保之类的官名。但西晋已经逐渐继承并发展出了，尚书省、中书省及门下省。这就是隋文帝所制三省六部的雏形了。
自秦以来皇权和相权就一直国家中央机构矛盾的焦点。在汉武帝时，置尚书台，宰相的权利向尚书台转移，东汉时这样的转移更甚，尚书台位至宰相之上。
汉魏军职
春秋之晋国以卿大夫为军将，遂有将军之号。自战国以至秦汉，将军皆主征伐，临事而设，事毕而罢。后汉以来，将军成为军队常设统帅，地位日重。起初，将军依次有大将军以及骠骑、车骑、卫、前、后、左、右等名号，权位相当于公卿，可开府治事、参与朝政，故将军之位不轻授于人，唯重臣可以任之，有时则因征伐事由或者作用设立其余诸将军，如度辽将军。汉末以至魏晋，征伐频繁，战事日增，故设立名目繁多的将军称号，即为杂号将军，逐渐形成了一系列的将军名号。
大司马：西汉时汉武帝废太尉设大司马，加于大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军之上。东汉光武帝又废大司马为太尉，为掌管军政和军赋的最高官职，即全国最高军事长官。东汉时太尉与司徒、司空并称三公。东汉光武帝刘秀时削弱三公的权利，后来三公几乎无实权只是荣誉的象征。东汉末年，三公（太尉、司徒、司空）已成为虚职，在三公之外另设大司马，大司马和大将军均位在三公之上，如刘虞、权臣李傕。三国时期，各国在三公之外另设大司马，一般由大将军升迁而来。如：魏国的大司马曹仁、曹休、曹真；蜀汉的的大司马蒋琬；吴国设有大司马和左大司马、右大司马，一般由大将军或者上大将军升迁而来，如丁奉、吕岱、陆抗、施绩、朱然。
大将军：武将之首，其官职位比三公，时而在三公之上，时而在三公之下。秩万石。东汉末年，其位在三公之上，时汉朝天子以曹操为大将军，另以袁绍为太尉，袁绍以太尉位在大将军下，故“耻班在太祖下”。属官有长史、司马。
骠骑将军：位在大将军之下，品秩同大将军，时而在三公之上，时而在三公之下。将军中位比三公的共两级：大将军、骠骑将军
车骑将军：位在骠骑将军之下，位比上卿。
卫将军：位在车骑将军之下，位比上卿。
前后左右四将军：即前将军、左将军、右将军、后将军。周末始有，汉朝时并不常置，金印紫绶，位次列于上卿。职务或典京师兵卫，或屯兵边境。汉末以后，将军名号繁多，名称素朴之前、后、左、右之类，遂渐废弃。三国时常设的高级将军位。负责京师兵卫和边防屯警。位次列于九卿，高于其他临时设置的杂号将军。
中郎将：汉朝武官的级别分：将军、中郎将、校尉三级。由于将军并不常置，有战事时才冠以统兵者将军之称，所以平时一般武官所能获得的最高官职为中郎将，品秩为“比二千石”，掌管皇家卫队，属光禄勋管辖，如五官中郎将、左中郎将、右中朗将、虎贲中朗将、羽林中郎将。汉末三国时期，有军功者越来越多，众多被封为杂号将军，中郎将反而成为了中下级军官的职位。
校尉：校尉是比中郎将略低一级的武官官职，品秩为“比二千石”。在汉代设八校尉分掌南北军。汉末三国时期，有军功者越来越多，众多被封为杂号将军，校尉反而成为了低级军官的职位。
八校尉：汉武帝起所置京师的屯兵八校尉，分掌中央军队。分别是长水校尉、屯骑校尉、越骑校尉、步兵校尉、射声校尉、中垒校尉、胡骑校尉、虎贲校尉。东汉时，省中垒校尉、胡骑校尉、虎贲校尉。到三国时期，八校尉的职权越来越小，最后沦为低级官员。
四征将军（四征大将军）：重号将军名称，即征东将军、征南将军、征西将军、征北将军。汉魏间始置，位次列于上卿，在卫将军之下。汉末三国时期有加大将军号，如征西大将军，位次列于三公
四镇将军（四镇大将军）：重号将军名称，即镇东将军、镇南将军、镇西将军、镇北将军。汉魏间始置，位次列于上卿，在四征将军之下。汉末三国时期有加大将军号，如镇西大将军，位次列于三公
四安将军：重号将军名称，即安东将军、安南将军、安西将军、安北将军。东汉时有此名号，位次列于上卿，在四镇将军之下。
四平将军：重号将军名称，即平东将军、平南将军、平西将军、平北将军。汉魏间始置，位次列于上卿，在四安将军之下。
大都督：源于汉末，曹魏置，第一品，不常置，属加官，全称“都督中外诸军事”。加此官者，赐与代表天子威权的符节与黄钺以节统领持节将军等高级将领。吴同魏制。蜀汉置中都护，统内外军事。
都督：东汉末年始置。因各杂号将军之间并无隶属关系，故设都督一职，督管几路军队，为军事统帅。后以“都督某州军事”，掌管驻扎在该州的所有军队，并兼管该州民政，权力非常大。
上大将军：始置于三国曹魏，魏文帝以曹真为上大将军，是诸大将军中最高称号。孙权亦曾封陆逊为上大将军。后吕岱亦任此职。
杂号将军：汉魏时期，有军功者比比皆是，授予官职的数量增加。故常在“将军”前冠以某个名号以作为他的官职，这种名号并无一定，名号之间也无上下级关系，因此称为杂号将军。以下皆为杂号将军：
军师将军（军师）：杂号将军之一。刘备以诸葛亮为军师将军，主内外军政事。另曹操设立军师祭酒，以荀攸为军师，凡军国选举及刑狱法制皆使决之。吴也曾以朱然为右军师。
·领军将军（领军、中领军）：杂号将军之一。曹操曾置领军一职，由史涣担任，与护军一起并掌禁军，后更名为中领军。曹丕更名为领军将军，主五校、中垒、武卫三营。蜀、吴亦置，为高级将军名号。
护军将军（护军、中护军）：杂号将军之一。与领军同时置，由韩浩担任护军，掌禁卫军。曹丕更名为护军将军。蜀、吴亦置，为高级将军名号。
奋武将军：杂号将军之一。东汉末年，关东群雄讨伐董卓时，袁绍以曹操代理奋武将军；沮授也曾在袁绍军中任奋武将军之职；吕布在杀董卓后，亦曾担任此职。
奋威将军：杂号将军之一。满宠曾任此职。
伏波将军：杂号将军之一。汉武帝始置，原统领水军，取其舟涉江湖，波浪伏息之意，武帝时卫尉路博德为首任伏波将军，汉末夏侯惇曾任此职。
度辽将军：杂号将军之一。汉武帝始置，范明友率军渡辽水东击乌桓，武帝后取其渡辽水之意，于是拜其为度辽将军，汉末高柔曾任此职。
游击将军：杂号将军之一。汉代所置，以负责统领游击机动部队，以相机出战迎敌，汉末乐进曾任此职。
骁骑将军：杂号将军之一。汉代统领骑兵之将领，骁骑意为骁勇精悍之骑兵。汉武帝时以李广为骁骑将军，率骑兵出击匈奴，三国曹魏之秦朗曾任此职。
都护将军（都护）：杂号将军之一。乃统率诸将之官。曹洪曾任此职。
越骑将军：杂号将军之一。曹彰曾任此职。
厉锋将军：杂号将军之一。曹洪曾任此职。
折冲将军：杂号将军之一。乐进曾任此职。
荡寇将军：杂号将军之一。张辽曾任此职。
灭寇将军：杂号将军之一。丁奉曾任此职。
虎威将军：杂号将军之一。于禁曾任此职。
虎牙将军：杂号将军之一。刘勋曾任此职。
平戎将军：杂号将军之一。步骘曾任此职。
平狄将军：杂号将军之一。张合曾任此职。
捕虏将军：杂号将军之一。李典曾任此职。
破虏将军：杂号将军之一。孙坚曾任此职。
破羌将军：杂号将军之一。张绣曾任此职。
威虏将军：杂号将军之一。臧霸曾任此职。
平虏将军：杂号将军之一。周泰曾任此职。
征虏将军：杂号将军之一。张飞曾任此职。
讨虏将军：杂号将军之一。黄忠曾任此职。
讨寇将军：杂号将军之一。王平曾任此职。
讨逆将军：杂号将军之一。孙策曾任此职。
扬威将军：杂号将军之一。臧霸曾任此职。
扬武将军：杂号将军之一。满宠曾任此职。
振威将军：杂号将军之一。费观曾任此职。
振武将军：杂号将军之一。孙礼曾任此职。
建威将军：杂号将军之一。郭淮曾任此职。
建武将军：杂号将军之一。刘封曾任此职。
建德将军：杂号将军之一，曹操曾任此职。
建信将军：杂号将军之一。申仪曾任此职。
建忠将军：杂号将军之一。孟达曾任此职。
建义将军：杂号将军之一。阎晏曾任此职。
安远将军：杂号将军之一。于禁曾任此职。
安国将军：杂号将军之一。朱治曾任此职。
安汉将军：杂号将军之一。麋竺曾任此职。
辅汉将军：杂号将军之一。李严曾任此职。
辅国将军：杂号将军之一。陆逊曾任此职。
辅吴将军：杂号将军之一。张昭曾任此职。
武卫将军：杂号将军之一。许褚曾任此职。
武威将军：杂号将军之一。公孙度曾任此职。
宣威将军：杂号将军之一。步睿曾任此职。
昭武将军：杂号将军之一。韩当曾任此职。
绥武将军：杂号将军之一。蒋斌曾任此职。
中坚将军：杂号将军之一。许褚曾任此职。
中卫将军：杂号将军之一。庞会曾任此职。
冠军将军：杂号将军之一。丁奉曾任此职。
翊军将军：杂号将军之一。赵云曾任此职。
领军将军：杂号将军之一。曹休曾任此职。
副军将军：杂号将军之一。刘封曾任此职。
绥军将军：杂号将军之一。杨仪曾任此职。
镇军将军：杂号将军之一。赵云曾任此职。
镇远将军：杂号将军之一。魏延曾任此职。
抚军将军：杂号将军之一。步协曾任此职。
抚边将军：杂号将军之一。陆逊曾任此职。
抚戎将军：杂号将军之一。张嶷曾任此职。
昭德将军：杂号将军之一。简雍曾任此职。
昭文将军：杂号将军之一。伊籍曾任此职。
秉忠将军：杂号将军之一。孙乾曾任此职。
怀集将军：杂号将军之一。申耽曾任此职。
兴业将军：杂号将军之一。李严曾任此职。
绥远将军：杂号将军之一。孙瑜曾任此职。
绥南将军：杂号将军之一。全琮曾任此职。
忠节将军：杂号将军之一。杨洪曾任此职。
奉义将军：杂号将军之一。姜维曾任此职。
扶义将军：杂号将军之一。朱治曾任此职。
立义将军：杂号将军之一。庞德曾任此职。
威烈将军：杂号将军之一。韩当曾任此职。
横野将军：杂号将军之一。徐晃曾任此职。
横江将军：杂号将军之一。鲁肃曾任此职。
监军（中监军）：监督、巡查军队之职，有时也以军师或军司兼其职。
别部司马：军中司马，大将军属官有军司马，其中别领营属者称为别部司马。其所率兵士数目各随时宜，不固定。
偏将军：低级将军名号，位比杂号将军略低，高于裨将军。汉末战乱，出现了大量隶属于将军府的偏将，即为偏将军、裨将军，另外也有牙门将军。当时许多武将都曾被授予偏将军之职。如曹真、于禁、张郃、关羽、马超、赵云、周瑜、鲁肃、吕蒙、黄盖、全琮、韩当等名将皆担任过偏将军。
牙门将军（牙门将）：初为刘备所置，为偏将，位比杂号将军略低。赵云曾任牙门将军，赤壁战后后迁为偏将军，故牙门将军低于偏将军。魏延曾任牙门将军。曹丕于黄初年间也置牙门