李冲在一旁对孝文帝道：“任城王是忠于社稷哪！”
孝文帝不以为然，说：“任城王的意思，听朕话的就是奸佞，不听朕话的难道都是忠臣？所谓的小忠，正与大忠相对！”
拓跋澄不服，还辩道：“微臣愚钝，我的小忠就是要全心全意为国谋利，不知道陛下所谓的大忠应该怎么做呢？”孝文帝还是不听这位他曾誉为“朕之子房”的“忠臣”，下令兵发洛阳，大军开往边境重镇悬瓠。
一年前在计迁洛阳之中表现得从容不迫的魏孝文帝，一年之后就变得这么急躁冒进，连当初完全支持他迁都的拓跋澄、李冲的话都置之脑后，看起来让人觉得不可思议。其实这正体现了同一问题上君臣之间的差异。对任城王拓跋澄而言，迁都之后最重要的自然是安定，要想安定，自然得避免战争，所以要让南迁之民重新投入到生产重建中去，慢慢淡忘对故土的思念。孝文帝所要考虑的，是整个帝国的百年大计，那就不可能只专注于做好一件事。他想要达到的目的，就是尽快让国民意识到南迁的好处。洛阳离淮水并不远，如果能借此尽取江北诸郡，并让汉、胡（鲜卑）两方进一步融合，那么他的后续汉化措施必将阻力大减，否则，他的统治时刻都潜藏着危机。当年苻坚力排众议，坚持要灭东晋，核心思想与孝文帝是类似的。所以说，南征这一选项本身并不错，需要商榷的其实是时机问题，换而言之，在这个时候劳师动众，是否值得？
（“自古君王多寂寞”，孝文帝的决策或对或错，我们今人大可评说，然而从孝文帝的那一席感叹中，我们却也读出了雄才大略背后的些许寂寞与无奈。）
南朝自从宋明帝丢了淮北四郡后，重新迁置了州郡治所。江北的几个大州中，徐州的治所在钟离，司州的治所在义阳，豫州的治所在寿阳。孝文帝的攻略是，徐州刺史拓跋衍攻打钟离，大将军刘昶与平南将军王肃进攻义阳（这是一对恨南齐入骨的难兄难弟，刘昶乃前朝宗室自不必说，王肃的父亲王奂曾是南齐的雍州刺史，因为擅用职权杀了长史刘兴祖，一家老小被齐武帝诛杀，唯有王肃逃出虎口投奔了北魏），自己则率大军经由悬瓠，主攻寿阳，另外，由于曹虎没有真正投降，只好命令进攻襄阳的卢渊与城阳王拓跋鸾一起改而攻打雍州重镇赭阳（今河南方城东），意图夺取南齐粮仓以充军用。
钟离和义阳的两路先后受挫。齐明帝萧鸾派在徐州、司州两地的刺史都是萧氏宗族，徐州刺史是刘宋大将萧思话之子萧惠休，司州刺史则是萧谌的哥哥萧诞。两人的策略都是严守拒敌，萧惠休还多次出城反击，打得拓跋衍毫无脾气。
孝文帝的这一路如一个世纪前的苻坚一样渡过淮水，兵临寿阳。魏军号称三十万，实际上大约也就十万左右。孝文帝登上八公山，并派人到城里传话，要会一会南齐的守将。
守卫寿阳的是萧鸾之侄、豫州刺史萧遥昌，他派遣参军崔庆远与朱选之出城会见拓跋宏。一场南北君臣舌战在寿阳城外展开。
崔庆远并没有被旌旗招展的北魏大军吓倒，进到拓跋宏帐中，他就首先“慰问”：“旌盖飘摇，远涉淮、泗，未免太过辛劳了？”
拓跋宏道：“我军将士如龙腾虎跃，倏忽间已过千里，经过的路途并不远，算不得辛劳。”
崔庆远听出对方话中的火药味，便说：“当年楚王曾问率领诸侯的管仲：‘不虞君之涉吾地也，何故？’今天我也想问问魏国兴师动众，究竟是何原由？”
拓跋宏答道：“当然是有原因了。你是想要我给你们留点面子呢，还是直言斥责啊？”
崔庆远一脸不屑：“足下本居北方，我也不懂您为啥前来，还是直截了当地说吧！”
拓跋宏就问：“好，那我就有什么问什么了。你们齐国的皇帝为什么废立啊，有先例么？”
崔庆远慨然应道：“废昏立明，自古如此。我们皇上与先皇武皇帝名为堂兄弟，情同鱼水，武皇帝临终托以后事。嗣君荒淫无道，才被废掉，群臣执意请求，皇上才登极为君，有何疑惑？”
拓跋宏又问：“既然如此，那齐武帝的子孙在什么地方？”
崔庆远答道：“七位藩王乱国，已经像周朝的管叔、蔡叔一样被诛杀了。其余二十几个藩王，要么在朝内为官，要么在地方上任职。”
拓跋宏见崔庆远对答如流，欣赏他的气度，命左右给他看座设酒。接着拓跋宏又问：“既然如此，你们的皇上为何不立近亲，学习周公辅佐成王，而要自取皇位呢？”
崔庆远说：“成王的品行高尚，周公才辅佐他，可是今天朝中近亲没一个比得上成王，所以不可以立。霍光不也立了远亲宣帝，而不立近亲吗？”
“要是这么说，霍光当初要是自立为君，还能做忠臣么？”
崔庆远冷笑一声：“您这个比喻可不恰当，应该说立或者不立宣帝有什么区别。当今皇上正可与宣帝相比，哪里是霍光比得了的？按照足下的逻辑，那么武王伐纣，为什么不立微子并辅佐他，而要自己称王，贪图天下呢？”
拓跋宏哈哈大笑，紧张的气氛顿时缓解。他说：“朕是兴师问罪来的，听你适才一席话，十分受用。”
崔庆远点头道：“古人云：‘见可而进，知难而退。’这才是圣人的军队。如今两国重修旧好，岂不是很好么？”
拓跋宏问他：“你是希望朕与贵国和好呢，还是不希望？”
崔庆远答道：“和好则两国交欢，人民幸福，否则两国交恶，生灵涂炭。和与不和，只在足下一念之间。”
崔庆远虽是个名不见经传的小人物，却在这次交锋中舌战魏孝文帝，不辱使命。崇尚汉文化的孝文帝又是钦佩，又是嫉妒，下令厚赏崔庆远等人，放他们回城。孝文帝明白在寿阳城讨不到便宜，只好挥师东下，增援钟离。
钟离的形势也没有半点好转。齐明帝担心防御吃紧，先期派了左卫将军崔慧景、宁朔将军裴叔业带兵救钟离，与魏军对峙。魏军在行军中遭遇疾疫，孝文帝的妹夫、冯太后之侄、司徒冯诞也身患重病，死于军中（冯诞的死还是外戚冯氏迅速失势的开端，待下文再讲）。北魏尚未开战，先损大将一名，士气异常低落。即便在孝文帝的全力指挥下，钟离依然久攻不下，魏兵死伤惨重，孝文帝无奈将主力调至淮水中的小岛邵阳洲上，修筑城堡，又在与之相对的淮水两岸分别筑城，以期全方位截断南齐增援路线。都督徐州一带战事的是萧坦之，他派裴叔业猛攻岸上两城，迅速将其拿下，魏兵纷纷逃命，乱军中淹死、踩死的不计其数。
孝文帝亲眼目睹魏军败相，意识到在淮南仍难立足，他采纳高闾、陆睿的建议，放弃进攻计划。为了避免重蹈苻坚覆辙，他命前将军杨播率领三千步兵和五百骑兵在淮水南岸布阵殿后，抵御齐军的进攻，然后才敢以大军从容北渡淮水。
杨播是此役中的唯一亮点。时值春天，河水满涨，南齐军水陆并进，从四面八方聚拢来。杨播命令部下排成圆形阵势，阻止齐军追击，并率领将士冲锋陷阵，将重重齐兵杀得尸横遍地，心惊胆寒。眼见得大军已渡，河水稍退，杨播带上剩下的三百骑兵，挥舞手中兵器对着南齐的舰船大喊：“我现在要渡河了，能战之人只管上来！”南齐军队竟然没有一个敢动一动，目送着杨播渡过淮水，扬长北去。
其余几路进攻同样毫无进展。义阳、南郑两路的魏军陷入艰苦的攻城战，终于因为后继不足，难以维持，只好撤退。赭阳方面则更糟糕，拓跋鸾手下的几员战将相互间协调不力，卢渊、韦珍想要通过暂时休战寻找机会，李佐则与他们相反，日夜进攻，死伤不少。南齐援军来到，对魏军发动总攻，李佐单军迎战，大败，其余魏军各自溃逃，被齐将垣历生一一击破。此战令孝文帝大为恼火，他降了拓跋鸾的爵位，又将卢渊、李佐、韦珍削爵为民，这是北魏与南朝作战以来最重的一次军事处罚。
第二场魏齐大战（又称淮汉之战）以北魏进攻失败而告终。痛定思痛，孝文帝决定回归正轨，将一度中断的改革计划推行下去。改革的精髓是，要由外而内地改造鲜卑人。
大举进攻南齐之前，孝文帝就发布了一道诏书，禁止官吏、百姓着胡服。这道禁令显然是针对鲜卑为主的胡人的，大家穿惯了民族服装，可不习惯一下子换成汉服，何况很多武将出身的鲜卑统治者骨子里看不起汉人。于是大家私底下都骂孝文帝背弃祖宗，怨声载道。
不满的声音传到孝文帝耳中，他明白，是向群臣摊牌，以讲明改革习俗重要性的时候了。在这位“鲜卑种汉人骨”的皇帝的眼里，汉化的好处实在是明摆着的：一是承接正统，不再是老百姓眼中的夷戎，从而使统治稳固；二是促进经济，以农耕文化取代游牧文化，在当时就等同于先进取代落后；三是消除矛盾，从制度上来消除汉人与胡人之间的界限与隔阂。
太和十九年（公元495年），孝文帝大会群臣，忽然问道：“众卿是希望我大魏与商、周一样呢，还是连汉、晋都比不上呢？”
皇弟咸阳王拓跋禧马上说：“臣等愿陛下超越从前的君主！”
孝文帝又问：“那你们觉得应该移风易俗呢，还是因循守旧啊？”
拓跋禧回答道：“臣等愿陛下朝政日新！”
孝文帝笑道：“那是希望止于朕一身而已，还是希望传于子孙后代啊？”
拓跋禧说：“当然愿我朝千秋万代了！”
孝文帝就对群臣说：“既如此，朕自当发布诏令改革汉俗，你等不得违背。”
穆泰、拓跋丕、陆叡几个鲜卑老臣在旁边开始嘟哝起来，说：“我们鲜卑人一向骁勇善战，起于代北，而建都平城。现在迁都洛阳，一些百姓无法适应这里的气候，已经有不少人患病；如再改革汉俗，恐怕要亡族亡国了！”
孝文帝眉头一皱，就问仆射李冲等人：“诸卿有何见教？”
李冲本是汉人，自然大力拥护全盘汉化，盛赞改革汉俗的英明之处。以拓跋禧为首的年轻皇族也一力支持，说：“上令下从，谁敢违反！”
孝文帝这才点点头，说：“子曰：‘名不正则言不顺，言不顺则事不成，事不成则礼乐不兴’。（这哪里还是胡人皇帝，活脱脱一位满嘴“子曰诗云”、摇头晃脑的老先生哪！）现在朕就下令，废除北语（即鲜卑语），改说汉语正音。三十岁以上的人，口音很难一下子改变，允许慢慢来；三十岁以下的人，和在朝廷上的人，不可再像从前那样说北语。如有违背，当即降黜。众卿以为如何？”拓跋禧等人立即拥护，穆泰等老臣虽然心里老大不乐意，可众寡不敌，只好依了大流。
于是，孝文帝从这年开始连续发布改革令：禁止在朝中使用北语，违者免官；改革度量衡，使用汉朝的尺、斗，并铸造货币“太和五铢”，结束了过去没有货币的历史；学习春秋鲁人制定圜丘祭天之礼；在洛阳兴办学校；规定丧葬礼节，迁到洛阳的鲜卑人死后就地在河南埋葬，不得回葬故里。
次年，孝文帝下诏：“北人称土为拓，后为跋。魏的祖先出于黄帝，以土德王，所以为拓跋氏。土乃万物之元，现改姓为元（从此以后我们把拓跋氏一律改称元氏）。诸功臣旧族，不少姓氏十分繁复，分别改为汉姓。”鲜卑的复姓多取其中的一个音节，改为汉族的单姓，比如：丘穆陵氏改为穆氏，步六孤氏改为陆氏，贺赖氏改为贺氏，独孤氏改为刘氏，贺楼氏改为楼氏，勿忸于氏改为于氏，纥奚氏改为嵇氏，尉迟氏改为尉氏。这八个姓自建国以来一直功勋显著，位极王公，被定为鲜卑大姓。
为了与南朝汉人门族制度接轨，孝文帝又将范阳卢氏、清河崔氏、荥阳郑氏和太原王氏四姓定为北方汉人的四大姓，将这几家的女儿纳入后宫。他自己“以身作则”，将李冲的女儿召入后宫为夫人，并指定自己的六个弟弟分别娶四大姓以及陇西李氏（即李冲一族）的女孩为妻。这一招虽有包办婚姻之嫌，但却大大有利于鲜卑政权品定姓族，并与汉人士族全面融合。（可见所谓的民族融合，在起初的时候也非全是出于自愿。漫漫历史长河中，很多人的命运都是不能以个人意志为转移的，对个体而言，或许尤为痛苦，但对民族文化而言，却可能功及后世。）
齐整清流经过魏孝文帝几番“手术”，获得初步成功。耐人寻味的是，汉人与鲜卑人之间的矛盾日益减小的同时，北魏内部却由于人为划分士族寒族，出现了另一种社会阶层的分化，以至不出三十年，北魏就陷入了完全的分裂。我们可以这么说：“北朝盛于孝文帝，也亡于孝文帝。”历史的悖论。
孝文帝推行汉化措施，他的太子元恂却打心里头不赞成。原来元恂与孝文帝截然相反，不喜欢读书，人又长得肥胖，在平城的草原上骑骑马还比较适合，跑到黄河以南的洛阳，可就犯了愁咯。到了夏天，他就热得受不了，一心想着要回旧都。孝文帝赐给他汉服，他却只在公开场合穿上摆摆样子，回到东宫府就换回以前的胡服。东宫府中庶子高道悦屡屡语重心长地劝说，他不但不听，反而怀恨在心。孝文帝到嵩山祭祀，元恂负责留守洛阳。他与左右商量好，备了一匹快马，杀掉眼中钉高道悦，准备连夜跑回平城。
洛阳城中的领军元俨觉察到元恂的行动，立即关闭了城门。元恂没法出城，又回到东宫。尚书陆琇密告孝文帝，孝文帝大惊。得知城中局势暂时已经安定，他也不作声张，照常完成祭祀回到宫中，命人逮了太子带到身前，劈头就是一顿狠骂，然后与元禧等人轮流棒打太子，打得太子皮开肉绽，几乎昏死过去，才让左右将奄奄一息的太子扶走。
过了几个月，孝文帝的怒气稍稍消了一点，便召集群臣商议废太子之事。太子太傅穆亮等人都不同意，脱了帽子磕头求情。孝文帝想了想，说：“众卿求情，所为私事，我讨论的，是为国事。古人云：‘大义灭亲’。如今元恂竟敢违背我的命令，想要叛据北方。这是目无君父，岂可饶恕？！若是饶了他，乃是国家之祸，只恐我身后，魏国也会有永嘉之乱！”下令废元恂为庶人，立次子元恪为太子，并派兵将元恂软禁。元恂的遭遇与以前宋国的刘义康一模一样，不久后风传有人要谋反拥立他，孝文帝不放心，一杯毒酒，赐他自裁。
元恂被废后，以穆泰为代表的反对改革派并没有善罢甘休。冯太后当年曾一度想废掉孝文帝，穆泰死命劝谏，才使冯太后回心转意，所以孝文帝一朝他本来是十分受宠的。现在大批鲜卑贵族对改革不满，都找到穆泰，想要变天出头。
穆泰、陆叡等人暗中策划拥立皇叔阳平王元颐为帝。元颐倒是个明白人，表面上答应了穆泰，私下里派人向孝文帝报告。孝文帝请出有病在身的任城王元澄，一举拿获穆泰、陆叡及其同党，并全部处死。这一回合的打击之后，反对改革派的势力几乎灭亡，孝文帝的怀柔、铁腕两手措施显示了威力。
孝文帝在颁布诏令改革风俗的同时，也进一步巩固冯太后时代实施的三大制度。到了太和二十一年（公元497年）六月，他觉得内部重新整顿得差不多了，就下令调集河北的冀、定、瀛、相、济五州二十万兵力，从洛阳出发，御驾亲征，并以最得力的一个弟弟彭城王元勰都统主力，大举攻打南齐。魏孝文帝与齐明帝之间的第二次较量开场了。（魏、齐之间一共三场大规模的