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加尔文后来透露，他长时间地、固执地拒绝答应这令人惊奇的邀请。对于那些宁愿作精神上的追随者而不愿作肉体上追随者的人们，当他们被邀请离开纯思想的圈子（只为了进入黑暗和混乱的政治现实主义的领域）时，那将总是一个非常重大的决定。一种神秘的畏惧，片刻之间，控制了加尔文。他踌躇、动摇，说自己太年轻太没经验，他请求法里尔让他平静地留在书籍和问题的世界里。最后法里尔被这一固执地拒绝邀请的行动激怒了，他带着一种旧约先知者崇高的力量咆哮说：“你为你所研究问题的重要性辩护。我以全能的上帝名义宣告，如果你拒绝帮助上帝工作，追求尘世事务而不追随基督的话，上帝将诅咒你。”
这激动人心的呼吁，感动了加尔文并决定了他的事业。他宣称他自己准备建立日内瓦的新秩序。从前，他起草了文字和计划，现在他要将其付诸实现了。这以后，他不再将自己的意志印在一本书上，他要将它强加于一城一邦了。
人民对于他们生息于此的整个历史时代，知之甚少。那些极端重要的喧嚷并不引起他们的注意。而一个时代的关键性时刻，又很少得到年代史编录者的充分注意。在一五三六年九月五日日内瓦市行政会的会议记录中，我们读到法里尔建议任命加尔文为“圣经宣讲员”，但那记录员并不费心将那个会使日内瓦名扬世界的人的名字写下来。记录秘书枯燥无味地记录了法里尔如何建议让“那高卢人”——那法国人——以传教士身份继续工作。那就够了。为什么要费脑筋，去问清楚那个人名字的正确拼写并加以记录呢？看来我们读到的是一个不重要的决议——给那外国传教士一笔菲薄的薪水。因为日内瓦市行政会不相信这件事的重要性会超过任命一个下级官员，他将和其它任何一个小职员一样，恭顺地履行他的职责，就象一个招待员、一个乐队伴奏或一个刽子手一样。
那些尊贵的市行政委员们不学无术。在业余时间他们不读神学书，我们不能设想他们中间有任何人翻过加尔文的《基督教原理》。如果他们是学者，肯定会警觉到他们已把教会内部的全部权力让给“那高卢人”，即那个法国传教士了。加尔文在这次会上说：“这里详细说明教会授予传教士们的权力。由于他们被任命为神之旨意的管理人和公布人，他们必须冒各种危险；必须随时迫使尘世的权贵屈膝于上帝并为上帝服务。他们毫无疑问要统治最高贵者和最低贱者；他们毫无疑问要在此尘世实施上帝的意愿并摧毁撒旦的王国，保卫羊群，消灭恶狼；他们毫无疑问要告诫和指示驯服者，诅咒和消灭桀骜者。他们能张能弛；他们能挥动闪电击溃雷鸣。所有这一切均照《圣经》办事。”加尔文所说“传教士们毫无疑问要统治最高贵者和最卑贱者”这句话，无疑地被日内瓦市行政会成员忽略了，因为，如果他们注意到这句话，他们将不会把无限的权力托付给这个作出如此目空一切要求的人。从来没有人怀疑那法国的流亡者，那个他们任命为教会的传教士的人，从一开始就已经下定决心成为自治城的主子了。他们给予他公职、薪水和尊严。但从此以后他们的权力就完给了。加尔文具有不可抵抗的能量，他将抓紧权力的缰绳，无情地实行他极权主义的野心。就这样，他将一个民主的共和国转变成为神权的专政。
加尔文采取的第一个步骤显示了他高瞻远瞩的逻辑性，也暴露了他深思熟虑的目标。“当我第一次来到这教堂”，他后来写道，“日内瓦的宗教活动已停顿了。人们在那儿讲道，那就是一切了。他们收缴并焚烧圣像，但与宗教改革名不副实。所有的事都乱了套。”加尔文是一个天生的组织者，厌恶混乱。他的天性象数学那样精确，他憎恶任何不规则和无系统。任何人如希望教育人民去接受一个新的信仰，必须使人民了解他们已经声明信仰的。他们一定要能够清楚地辨明什么是允许的，什么是禁止的。精神的王国同尘世的王国一样，需要有明确的界限和法律。不出三个月，加尔文提交给日内瓦市行政会一整套教义问答手册。它包括新教规的原则共二十一款，阐述得十分精确、通俗、朴实。这本教义问答手册和忏悔书，可以说是新教的十诫，被市行政会原则上接受了。
但加尔文并不满足于半心半意地接受教义，他坚持要人民无保留地服从，哪怕是一个标点符号也罢。他认为，光是系统地阐述一下教规仍是不够的，因为那可能让个人留下一定程度的自由，决定他是否和在什么范围内照办。加尔文从来不是一个在原则问题或者日常生活方面能容忍自由的人。在宗教和精神事务方面，他丝毫不能容忍别人与他平等地交换意见；在个人信仰方面决不同人休战。他认为教会不仅有权利而且有责任要求所有的人服从，必要时可使用武力，并象惩罚公开的反抗一样野蛮地惩罚那些持冷漠态度的人。“别人可能有其它的想法，但我自己不相信我们的职责仅局限于如此狭仄的范围之内，以至于认为，当我们宣讲了训诫，我们就已尽了我们的全部责任，便可以袖手旁观让事物自行发展了。”加尔文的教义问答手册不仅为真正的信徒奠定了指导的路线，而且有系统地阐明了自治城的法律。他要求市行政会强迫日内瓦城的自由市民逐个宣誓，公开接受这一忏悔书。他们被几十个人一组带到长老之前，就好象将小学生带到老师之前一样。他们来到大教堂，由城秘书向他们大声宣读教义问答手册，接着，他们举手宣誓，要无保留地接受手册。任何人，如果拒绝宣誓，将被立即驱逐出城。这清楚地、永远地表明：从即日起，要在日内瓦城墙里生活的自由市民，在宗教事务上没有人敢冒风险，同加尔文的要求和观点有丝毫的分歧。在这个行政区域里，要求“基督教徒的自由”，要求把宗教当作按个人的良心办事的时期已结束了。理性观念战胜了宗教改革的精神气质、法律战胜了精神。现在，加尔文已进了城，在日内瓦将不复有自由。个人的意志统治了一切。
没有武力，独裁就不能想象，也站不住脚。无论谁要保持权力，一定要把权力的工具掌握在手中：想要统治，一定要有用刑的权力。任命加尔文的决议，并未授权他可以将触犯教规的自由市民逐出日内瓦。市行政会议员只任命他为“圣经宣讲员”，他可以向信徒阐述圣经；他们只任命他为传教士，他可以讲道，可以引导全体教徒走向真正的信仰。他们认为自己手中还保留着用刑之权。是他们，而不是加尔文或者任何一个传教士，要对自由市民的行为负责。路德、兹温格里，或任何其他改革者，在这以前都未曾试图夺取过那保留在市行政当局手中的权力。加尔文生来是一个独裁主义者，他立即着手使市行政会成为只执行他的命令和法令的机构。由于他没有合法的权力去干那样的事，他用开除教籍的方法为自己建立权力。他灵机一动，把“圣餐”的宗教神秘，变成推进他个人权力，并对他的放手施加压力的一种方法。在一段时间内，加尔文主义的传教士决定只让道德行为令人满意的人参加上帝的圣餐。如果传教士拒绝让一个人参加上帝的圣餐，此人从此就被黜出教门，也将被开除市籍。这一新武器威力无比。谁也不准再同那犯错误的人说话，按小学生的说法，没人再同他来往了。谁也不能卖东西给他或向他买东西。这样，这一开始看来是纯宗教的手段，应由教会当局处理的，就变为社会的和商业的抵制了。如果宣布对一个人实行抵制后，此人还不投降，还拒绝公开检讨罪行，加尔文就对他毫不客气，下令将他流放。虽然是最受尊敬的公民，一旦为加尔文所厌恶而成了加尔文的敌人，就不能再在日内瓦容身。无论是谁，如果公开同加尔文持有不同意见，他虽生之日，犹死之年。
这些可怕的权力使加尔文得以消灭任何敢冒险对抗他的人。他放胆的一击，犹如雷电闪光在手，就获得了日内瓦大主教从来没有控制过的至高无上的地位而不受到挑战。天主教会内有一个自较低到较高直至最高地位没完没了的各级僧侣统治当局，在教会直接决定开除它的信徒之前，可以向他们提出上诉。开除教籍是一个超个人的行动，完全不属于个人的专断权力。但是加尔文有一个比较明确的目的，在实行他的权力意志时更为冷酷残忍，他轻易地强迫传教士们和宗教法庭就除名一事表态。他把这可怕的开除教籍的威胁作为经常性的惩罚，这样就无限制地增强了他个人的权力。作为一个心理学家，他预测到恐怖的效果，也猜揣到那些怕遭到同样命运的人的焦虑。加尔文要求每月安排一次圣餐，市行政会好不容易才改为每季度安排一次。但加尔文决不允许从他手里夺走那最强有力的武器——开除教籍并随后驱逐出境。只有动用了这武器，他才能够开始他一直渴望着的战斗——为极权的战斗。
独裁、刻板的教规和好斗劲头的必然增长，这些暂时性好处，是以必须付出许多人的权利作为代价的；新的法律不可避免地冲击了古老的自由；当一个民族觉察到这些之前，一段相当长的时间已消逝了。在日内瓦，当几年过去后，公众才逐渐明确了。公民们赞同宗教改革，作为一个独立自主的人，他们自愿地集结在市场，举起自己的手表示承认这一新的信仰，但他们对于共和精神的骄做，使得他们对监督他们的巡捕产生反感。他们强烈反对把他们象犯人一样地在城里赶来赶去；强烈反对强迫他们到教堂向加尔文老爷颁发的每条法令宣誓效忠。他们不赞成严格的道德改革，因为他们发现自己有可能被剥夺公民权、被流放，而这些仅仅只是因为喝了一杯酒后情绪高涨唱歌取乐；或者只是因为穿的衣服看上去色彩太鲜艳而被加尔文老爷或法里尔老爷认为太奢侈了。人民开始询问：这些僭取如此高位的究竟是些什么人？他们是日内瓦人吗？他们是曾经帮助创造这城市的伟大和财富的那些古老移民的后裔吗？他们是几世纪来和显赫的家族联姻或者血缘相连的久经考验的可信赖的爱国志土吗？不，他们是新来者，从法国亡命而来，人民殷勤地接待他们，向他们提供生活必需品、栖身之所，以及高官。这来自邻国的税吏的儿子为他自己筑了一个温暖的窠，请来了他的兄弟和他的妻舅；而现在他竟然胆敢责骂和欺侮有名望的自由市民了。他，这个法国流亡者，是他们任命了其人以新职，而他竟擅自制订了关于谁可以和谁不可以在日内瓦居住的法律！
在独裁统治的初期，在自由精神被扑灭，具有独立思想的人们被放逐以前，对抗的力量坚持了相当一段时间，显示了高涨的激情。日内瓦带有共和倾向的一些人宣称：他们不允许自己受到“象扒手”那样的待遇。全城居民，而其中最主要的是阿莱芒大街的居民拒绝宣誓效忠。他们抱怨，桀骜不驯地宣称，他们永远不会服从一个法国的穷鬼，永远不对他唯命是听，决不离开自己的家。加尔文在笼络小市行政会方面确实取得了成功，他们忠于他的事业，支持他对拒绝宣誓者开除教籍的法令。但加尔文还不敢冒险实施那样不得人心的法令，因为新的选举结果清楚地表明：日内瓦的大多数自由市民已开始转而反对他的专横的法令。一五三八年二月，他最直接的追随者们已不复在市行政会中占多数。这样，日内瓦的民主派再一次能够维护自己的意愿反对加尔文的权力主义要求。
加尔文在冒险的路上走得太远太快了。理论家们在政治上容易低估精神的惯性力量，他们相信在现实世界里，能够象他们所预想的那样，迅速地建立起决定性的改革程序。加尔文发现有必要走得慢些，直到他能赢得世俗的权力作他的支持。他采取了温和的方式，因为他的地位还不牢靠。新选的市行政会仍密切地注视着他，但并不十分仇视他。在这一短暂的观望阶段，甚至他最狂热的敌手也不得不承认，加尔文狂热主义的基础是对道德的绝对热忱，推进这个急躁的人的事业的，不是他个人的野心，而是由于对一个伟大理想的爱。他的战友法里尔是青年人和暴民的偶像，因此只要加尔文同意显示一些外交式的机敏，让他的革命要求大体上适应自由市民不那么极端的观点，那紧张气氛就能很容易地松弛下来。
但是加尔文坚韧不拔的天性和钢铁般的僵硬对他本人是一个障碍。终他一生，这个彻底的狂热分子，至多只是表示一下和解的愿望而不想再越雷池半步了。他永远不懂得中庸之道的意义。对于他，只存在着一个方针——他自己的。要么全有要么没有：他一定要有至高无上的权力，否则就放弃他的全部主张。他从不妥协。他是那样绝对自信约翰·加尔文立场的正确，以致他简直不能设想，一个对手居然会相信另外的方针是正确的；不能设想，对手虽跟加尔文老爷的观点不同，但却一样的正确。后来，下面这句话就成了格言：加尔文的职责是教育而其它人的职责是学习。他真诚、沉着，信念坚定，宣称：“上帝命我教育，良心使我坚定。”他具有可怖的和不祥的自我狂妄，把自己的观点同绝对真理进行类比，说：“上帝何其仁慈，启示我辈善恶。”但此人一再被他自己的一种疯狂的着魔所苦，痛苦日重。当其他人有同样的信心，但与他意见相左时，他就会怒不可遏。不同的见解使加尔文的神经突然发病。他精神上的敏感影响了身体的机能。当他受挫折时，就倒胃口，还呕吐胆汁。他的敌手所提出的反对意见可能是最有见地的。但加尔文的着眼点并不于此，他只关心有人敢于持不同的意见，因而必然要把他们当作敌人对待。他们并不只是约翰。加尔文的敌人，而是整个世界和上帝自己的敌人。“嘶嘶作响的毒蛇”、“狂吠的狗”、“野兽”、“流氓”、“撒旦的爪子”——这些是这个神经质的狂人向他同时代最重要的人道主义者和神学家倾注的恶名。谁同加尔文意见不同，谁就贬低了代表“上帝的光荣”的上帝的仆人。即使那不同意见纯属学术问题，只要一发现有人敢于宣称那圣皮埃尔的传教士有独裁思想，“基督教”就立即“受到了威胁”。就加尔文而论，他所争论的焦点是其它宗派必须认错并转到加尔文一边来。加尔文在各个方面都表现出敏锐的见解，但终这个人的一生，在下面这个问题上却一直深信不疑：只有他一个人有资格解释上帝的语言，只有他一个人掌握了真理。正是由于这过分自负的自我信心，由于这预言家的自我吹捧，由于这超等的偏执狂，使得加尔文能够在实际生活中顶得住。那是一种僵化的沉着，一种冷冰冰的和非人的坚强，他在政治舞台上之所以能取胜，应归于那些品质。不是别的，只不过是那样的一种自我陶醉；不是别的，只不过是那样的一种对自我满足的异常限制，使得一个人在世界历史的领域里成了领袖。人民是易于接受建议的。这并不是由于容忍和正义，而只是由于偏执狂们自称他们的真理是唯一可以接受的真理，而他们自己的意志是世俗法律的基本模式。
就这样，当加尔文发现新选出的市行政会的多数派在反对他，同时却很有礼貌地恳求他，为了社会治安不要采