紧接着，菱湖北岸与南岸的太平军营垒相继失守。这样一来，陈玉成的援军失去凭依，更为被动，基本与安庆城内的太平军隔绝往来。
气恼之余，陈玉成与洪仁暇螅油┏欠较蛄嗬铮质反缶グО睬斓那寰豢耍薰Χ怠！�
不久，由于黄文金生力军驰至，陈玉成又组织新的大规模进攻，不料湘军勇猛异常，在外拒太平军援军的同时，向内对从安庆城冲出的太平军守军发动反击，最终牢牢控制安庆战场的主动权。
弹尽粮绝情况下，安庆终于1861年9月5日被清军用地雷炸毁城墙后攻克。太平军守将叶芸来与手下两万多将士皆在接阵中被杀。
可恨的是，湘军陷安庆后，在城内大杀无辜百姓，把全城财物抢掠一空。
安庆之失，原因诸多，从大方面讲，太平军失误如下：
其一，太平军“二次西征”的战略毫无新意，其实就是抄袭二破江南大营那次的“围魏救赵”之法，即几路军合击武昌，攻清军空虚之地，基本谋略是想诱调安徽境内清军出境回救武汉，以缓安庆之围。对此，曾国藩一眼看穿这是太平军仍“抄写前文”之策。太平军谋略之陈旧，使得清军沉着应付。加上太平军诸路在武昌未能果断进攻，牵制和诱引安徽清军的计划完全落空。
其二，二破江南大营后，李秀成等人倾意东进，陈玉成部也在东线滞留，西线的湘军从容进逼，进围安庆，二次西征为时过晚，已经种下安庆之失的败因。而且，李秀成固执己见，坚持从长江南岸进发，洪教主要他“扫北”，二人相拗，内部不谐。
其三，太平军各自为政，各自为战，在军力占极大优势的情况下，没有像样的统一指挥，巨掌化为散指，轻举妄动，率意出击，散漫后退，而作为主力军之一的李秀成部竟然在武昌兜绕一圈后扬长而去，完全置安庆于不顾。反观湘军，曾国藩一统指挥大权，江南江北清军协调一致，步调一致，未雨绸缪，最终毕功于安庆。
其四，陈玉成等人心急，犯了速战速决的冒失错误。此举正让安庆周围清军从容不迫地施行围城打援战略，一口一口吃掉太平军来援之军。假使陈玉成当时能冷静下来，不恃气，不凭威，在从外线凭优势兵力对安庆等地围城清军采取大包围的同时，率先进攻太湖一带的胡林翼清军（都是新募的没经验的新兵），继攻桐城挂车河一带清军，安庆城外的清军势必会撤围反顾。如此一来，清军先前精密的内外濠垒完全丧失作用，反而会受太平军牵制，处处落入被动挨打局面。但历史总是不能假设，陈玉成急躁求成，直接进攻安庆，人肉终不敌深沟高垒和密集如雨的枪林弹雨，一挫再挫，最终反攻为守，自困愁城。不仅安庆失掉，他本人性命也失掉。
大丈夫死则死耳，何饶舌也！（5）
安庆援战失败后，陈玉成自此大走下坡路。他从集贤关撤退，奔往庐州。当时，部将赖文光劝他迅速与苗沛霖、张乐行等人联手，出奇兵四处，进取荆襄。陈玉成不听，他上表天京，要求封部将陈得才、赖文光等人为王，分军去陕西，最终目的是让这些人在一路开辟过程中重新整出一支大军，再回来夺回安庆。由此，庐州只有陈玉成一支孤军留守。
天京方面，深居简出的洪秀全听说安庆失守，勃然大怒，立刻下令把陈玉成、洪仁镏啊Ｓ捎诶钚愠傻笔痹诮阋淮⒄沟貌淮恚止ハ潞贾荩远愎庑┑姑故拢挥形挝髡鞯氖О芴显鹑巍！�
洪仁发、洪仁达等人落井下石，在洪秀全前极力打压洪仁热耍链耍槭锨鬃灏镏匦略谔炀┱迫ā２唤鋈绱耍恕肮奈琛笔科巳趸钚愠伞⒗钍老托值艿耐ǎ樾闳剂耸嘉耷袄拇笏练馔酢幌伦臃饬硕甙俣喔鐾酰 �
特别是洪秀全两个哥哥重掌大权后，只要有人送钱送物，只要干部是广西“老人”，只要有亲戚裙带关系，无不为王。封王太多，无可再封之下，太平天国的洪教主又创制一字用于封爵，意思是“准王爷”，导致“人心更不服，多有他图”（李秀成语）。当然，据黄文英在《自述》中称，太平天国王爷虽多，其实还是分等级的：
“那天朝的王有五等：若从前的东、西、南、北四王、翼王，现在的干王，执掌朝纲，是一等王；若英王、忠王、侍王，执掌兵权，是二等王；若康王、堵王、听王，会打仗的，是三等王；若我与恤王是四等王；那五等王一概都叫列王。起初是有大功的才封王，到后来就乱了，由广东跟出来的都封王，本家亲戚也都封王，捐钱粮的也都封王，竟有二千七百多王。”
但是，毕竟是二千七百多个，分封太滥，上至70岁在天王府中管钥匙的“工友”董金泉得封“梦王”，下至洪仁发几十天的儿子洪金元得封“同王”，太平天国后期真是“王爷满地走，丞相不如狗”，个个爵位“显赫”得吓人。
陈玉成方面，由于受到处分，年轻人一时想不开，心烦意乱，枯守孤城。
洪秀全恨陈玉成不争气，在1862年初就下令催他与扶王陈得才会兵为天京取粮。但是，当时陈得才、赖文光等人早已经进入河南，不可能远途行军过程中及时赶回。
得知清将多隆阿率大军来围攻庐州，陈玉成着急，四下给捻军张乐行和陈得才等人发急信，希望他们伸手来援，但信件均为清军截获。至此，庐州的陈玉成所部情势十分危急。
虎落平阳被犬欺
大凡英雄落魄，自是一步一个错，越行越气短。
坐困庐州之内，昔日威风八面的陈玉成无计可施。这时候，苗沛霖派一名从人化装成乞丐，把密信写于绢上，塞入打狗棍中带入城中。他在密信中表示说要迎接英王到寿州，要把手下四旗人马（说成120万，显然吹牛）都交予陈玉成，直扑汴京，横扫北中国。
这苗沛霖何人也？乃一心计多端的反复小人。苗沛霖，字雨三，安徽关店人，秀才出身。太平军第一次北伐，淮河一带大乱，苗沛霖不忧反喜，大叫“此大丈夫得志之秋也”。开始兴办团练武装。这位苗爷文韬武略真在行，几年内就训练出一支实力超强的队伍，雄踞淮北。咸丰七年，由于苗沛霖对在安徽督军的胜保大献殷勤，得授五品官，主持淮北团练。苗沛霖感激涕零，三年多时间内为清廷尽鹰犬之力，打灭了一拨又一拨“捻军”，最终得到二品布政使的赏衔。孰料，咸丰十年英法联军进攻北京，清廷要他入京勤王。他以为大清要玩完，竟然予以拒绝，准备自己独霸安徽，占地为王。于是，他忙向南京的太平天国表示忠心，为自己多备了一条后路。咸丰十一年，由于与寿州的官绅孙家泰等人有过节，他率兵杀入寿州，把孙家泰家族以及当地几个大姓灭族，杀得一个不剩。清廷与英法等国讲和后，苗沛霖见风使舵，派人向胜保表示忠心，并带去大批财宝进献。同时，他派人向太平天国在南京的洪秀全以及庐州的陈玉成送信，剖示“心迹”。陈玉成大喜，表奏他攻克寿州的功劳，天京方面就封苗沛霖为“奏王”，派使团来赏他美女多名以及几大车金宝。同治元年（1862年），苗沛霖听说胜保率大批清军南下，陈玉成又被清朝荆州将军多隆阿包围于庐州，他急忙给胜保写信，表示说自己要诱执陈玉成立功。所以，他才卑躬屈膝写下那么一封信。
大丈夫死则死耳，何饶舌也！（6）
英王与属下将领商谈，多数人都认为苗沛霖反复小人不可相信，但英王不听。于是，他先派前军从北门外死拼往外冲，杀出一条血路后，他本人率后军冲出，直奔寿州。由于事先陈玉成手下有个将领余安定在寿州充当联络人，故而他不疑而来。岂料，余安定早已与苗沛霖通气，共谋执捕英王。
自庐州血战杀出后，陈玉成损失惨重，手下仅剩两千多人。抵至寿州城下，余安定开城来迎，英王不疑有诈，令两千多士兵在城外驻扎，他仅率二十多人入城，准备以寿州为大本营，开始他北伐的宏图伟略。
入城后，呆了大半天，也不见苗沛霖来迎接自己，英王内心纳闷。到了傍晚时分，苗沛霖的一个侄子苗天庆头戴蓝顶花翎一身清朝打扮走进大厅，先向英王施一礼，说：“我叔父见清朝洪福过大，现望能与英王一起共享大清洪福！”闻此言，众人知道被出卖，皆抽出刀剑要动手，但被英王拦住。
陈玉成站定，怒斥苗天庆：“你叔父真是无赖小人！墙头一根草，风吹两面倒。龙胜帮龙，虎胜帮虎。如此为人，将来连一个‘贼’名也落不着。本王只可杀，不可辱。势已至此，看你如何发落！”
苗沛霖不敢见英王，派人把陈玉成随从尽数杀害后，把他押送胜保大营。
胜保闻讯大喜过望，即刻开中军帐，排列森严，摆定仪仗之后，人五人六一声大喝，喊：“把陈逆押上！”
英王入帐，左右清军喝跪。英王手指胜保大骂：“你这个胜小孩，在妖朝乃第一误国庸臣。本王乃天朝开国之勋，三洗湖北，九下江南，你与我交战四十一场，场场皆败，有何面目让我跪你！白石山一战，你全营皆没，仅率十余骑狼狈窜逃，还是我止兵不追，饶你一条狗命。如此这般，你怎配我跪，好一个不知自重的物件！”
骂毕，陈玉成席地而坐。
胜保脸上红一阵白一阵，自取其辱。
多隆阿闻知此事，幸灾乐祸说：“胜帅真是自寻无趣。如果我是他，绝不与陈玉成相见，待之以宾礼，好好软禁，等北京的圣旨裁处。”
清廷谕令胜保把陈玉成押送北京受审。行至延津，胜保越想越气，加上僧格林沁撺掇，他就在当地凌迟处决了英王陈玉成。
陈玉成此时，年仅26岁。由于他儿童时代以艾草烧炙治病，在眼下各留下一块疤痕（也有说是两块浅紫斑），清军上下称其为“四眼狗”。但这位“四眼狗”英王的俊拔和英勇，着实让清朝将士心服口服。
有关陈玉成被俘后的记载，最详细的出自赵雨村写的《被掳纪略》，此人在咸丰十一年在河南光山被英王部下掳入军中为兵，当时还是一个少年人。虽然被迫入太平军，但他本人对英王十分钦佩，记述中写了不少真实的见闻，对陈玉成印象极佳，盛赞这位一身金黄服色胯下骑白龙马的王爷有三样好处：第一爱读书的人，第二爱百姓，第三不好色。
胜保方面，也有一份简单的《陈玉成自述》，显然是经过他手下书吏的篡改，半真半假：
我系广西梧州府藤县人，父母早故，并无兄弟。十四岁从洪秀泉为逆，自广西随至金陵，后历受太平天国指挥、检点、丞相、成天豫、成天燕、成天福、成天安、成天义、前军主将、掌卒（率）、文衡又正总裁等官，加封英王，提掌天朝九门羽林军。
自咸丰四年五月，同韦志俊攻破武昌，回打岳州。五年七月，在湖北德安打破官兵营盘数十座，伤官兵甚多。旋即围攻庐州，复至芜湖解围。又至镇江解围，将吉抚台打败。六年三月，攻破扬州，回至金陵打破长濠，将向军门打败，官兵退守丹阳，我追至丹阳受伤。七年，打破江北地方州县城池甚多，我记不清。
（咸丰）八年将李孟群打败，攻破庐州、天长、盱眙等处。九年，在三河＇镇＇地方，将李续宾打败，攻破江浦、六合、定远等处。十年，攻破金陵长围，将张国梁追至丹阳，落水而亡。其余破黄州、徽州、严州、玉山、随州、无为、浦口等处，我皆在内。何处官兵多，我即向何处救应。
大丈夫死则死耳，何饶舌也！（7）
今因楚军围攻庐州，城内乏粮，恐难久持。又因派出扶王陈得才、沃王张乐行并马融和、倪隆淮、范立川等，攻打颍州、新蔡及往河南、陕西等处去打江山。因不知颍州曾否攻破；河南、陕西一带打破几处，均未得到消息，是以率领全军由庐州北面攻破官营三座，连夜走到寿州。原想踞城铺排一切，亲带陈得才、张落刑等分兵扫北，不其中计遭擒。
然非胜帅亦不能收服苗沛霖，若非中苗沛霖之计，亦不能将我擒住也。是天意使我如此，我到今日，无可说了，久仰胜帅威名，我情愿前来一见。
太平天国去我一人，江山也算去了一半。我受天朝恩重，不能投降，败军之将，无颜求生。但我所领四千之兵，皆系百战精锐，不知尚在否？至我所犯弥天大罪，刀锯斧砍，我一人受之，与众无干。所供是实。
从中可以看出，其中什么“久仰胜帅威名，我情愿前来一见”等语，显然是胜保派人加进去的，但“太平天国去我一人，江山也算去了一半”，至痛之语，却是说到实处。
综观陈玉成一生，对“太平天国”劳苦功高，但最后关键性的安庆保卫战中失误多多。其一，捣溃清军江南大营后，应提军入安徽，不应在江浙作无谓逗留。待安庆清军合围才回皖北，已经大势失控。其二，枞阳一战，本来应该拼死苦攻，陈玉成竟一试而弃，失去自信。其三，舍武汉不打的情况下，他应该集大军全力入安徽，集中精力解安庆之围，却散军于黄州、随州等地，四散分布，削弱了军力。其四，退守庐州后，更不应该遣扶王陈得才等人西征，分军散势，再无重振之理。所以，从战略上讲，陈玉成的安庆指挥犯下诸多不可饶恕的错误。
自安庆失守，庐州失陷，无为州又为清军所攻占，运漕镇、东关镇、和州、西梁山、芜湖、秣陵关等地相继丢失，太平军完全丧失了安徽这一重要的粮食基地和税赋基地，加上当时李秀成短视，只专心一意在苏浙经营，终于让曾国藩实现了他“欲拔本根，先剪枝叶”的目的。
陈玉成之死，象征着太平天国回光返照期的结束。
杀了陈玉成之后，胜保也没活多久。
由于他在对待捻军的问题上与曾国藩、袁甲三等人意见不和，被调入陕西督办军务，与当时的乱回交战。胜保愤极，不仅没有立即听调，还上奏力陈己见，非要留在安徽扶植苗沛霖部团练与汉人巡抚李续宜一较短长。清廷不允，强令他往陕西就任。岂料，行进途中，先前由他招降的黑旗军宋景诗部突然反叛，让他尴尬异常。为了给自己遮羞，他就擅自抽调苗沛霖部入陕相助。由此，胜保倒了大霉。
苗沛霖被清廷派僧格林沁率部队阻于半路。于是，中外交章劾奏，弹劾胜保“骄纵贪淫，冒饷纳贿，拥兵纵寇，欺罔贻误。”本来，胜保在慈禧清除肃顺的政变中出力极大，但这妇人渐渐看出胜保桀骜难驯，加之暗嫌他与奕䜣走得太近，便下旨把胜保逮至京城治罪，大抄其家。
刑部审问，胜保不服，只承认“携妾随营”一项罪，而那位“妾”，正是陈玉成的美貌妻子。
不久，苗沛霖又反，清廷把罪过全归于胜保，认定他“养痈遗患，挟制朝廷”，判处胜保死刑。
最终，慈禧出面说“好话”，表示说毕竟胜保从前有战功，又是满洲贵人，甭杀头了，“赐”个自尽吧。结果，胜大人只得弄根白帛，把自己嘎叭一声吊成了萨达姆。
其实，苗沛霖在诱赚英王陈玉成后，“个人事业”干得真不错。他在淮北连败数部捻军，洋洋自得。胜保调他去陕西未成遭到逮捕，他本人也连遭清朝地方官员弹劾，手下的团练武装被勒令解散。
苗沛霖当然不干，团练一解散，他再无生存空间和依托。于是，情急之余，只有举兵反清一条路。开始势头看上去不错，苗沛霖攻占凤台、怀远、颍上等地。
僧格林沁自山东忽然回军，把苗沛霖包围在蒙城地区，最终全歼了这支日益强大的、反复多端的地方武装，杀掉了苗