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但是，当时努尔哈赤制定这套制度，并未想到要用成文“宪法”的方式加以确定，不过是在口头上和各位旗主进行了约定，一旦出现一位有实力、有野心、有手段的旗主，这种“口定宪法”的约束力就不太可靠了。当然，真碰上雄猜英果不世出的伟人，就算有白纸黑字的成文宪章，也不过是擦屁股纸一张而已。努尔哈赤的儿子皇太极，即清太宗，便是这么一号人物。他于天聪十年改国号为大清（以前国号为金，或大金，亦称後金），做了“宽温仁圣皇帝”，年号崇德；而在此之前，他即已一步步将八旗共和的国体改造成君主专政的国体。至于他如何改造制度，因与本书主旨关系不大，仅略述幾句，以“四三二一”概括之：努尔哈赤在世时，皇太极便以战功着称；努尔哈赤卒，皇太极便挟威独领正黄、镶黄两旗，破坏了一人一旗的老规矩。尔後，他将旗主划分成大、小两档，自己与其它三旗主称大贝勒，召开旗务会议时，四人“并坐而治”，渐渐将话语权集中起来。不久，以战败失地及其它罪名废掉一个大贝勒，于是，四人帮变作三人行。一年後，三人中掌管正蓝旗的大贝勒去世，其弟接掌，不多久，其弟亦死；突有旗下之人追诉两兄弟的“罪恶”，皇太极正好做个顺水人情，将正蓝旗收归麾下（双黄与正蓝，盖即後世所谓“上三旗”之雏形）。至此，三人行变成哥俩好：皇太极正位南面专坐，其兄代善旁侍而已。待到登基称帝，则哥俩好之局亦不复存在，满洲定于一尊矣。
虽然，皇太极于努尔哈赤所定制度，并未尽废。以前的八旗共主，公推而出，现在，皇帝代替共主，选举变成世袭。但是，各旗之人对旗主具君臣之分，则仍未改变，皇太极且专门立法保障这份权利。譬如，每逢旗主生辰及元旦，或喜丧大事之日，在旗之人不上门庆吊者，治罪。正因为有这么严格的规定，後来，便发生过堂堂一品大臣因为赴旗主家丧事，“着白衣冠，在主家门前执打鼓之役”，从而耽误了皇帝的召对。皇帝是主，旗主也是主，一仆二主，好生为难。皇帝为此哭笑不得，只好将他“抬入”自己领辖的上三旗，免得以後再被主家“压抑”。雍正皇帝并特地颁布一道谕旨，进行“修宪”，说，嗣後旗主家再有丧事，必须将所属旗人现任文武大臣者，开具名单奏告後，方令成服；若其人有要事在身，则照常办事，毋庸吊丧、执役。此外，皇帝所领之上三旗，与其它五旗，亦无轩轾；旗人无论身在何旗，都享受平等的“国民”待遇。所以，皇太极时期的八旗制，“联邦自治”的局面并未破裂，只是多出来一个超乎一切之上的皇帝。不论内财、外交、军事、礼仪，八旗自治的权力全部上缴给皇帝，这个专制的大工程，直到雍正朝才告完成。
各旗军事，此先已由皇帝派遣都统管理，旗主已无兵权，全国唯一的军阀便是自将三旗的天子。户婚田土等民事，则设御史稽察，并令各旗交互代管；这一招，便渐渐消泯了各旗自为主属的界限，并不啻是对各旗财税情况做了精确审计。同时，通过各种手段抬高旗员，特别是已入朝为官为公务员之旗员的身份，以抑制旗主的威权。例如，不许旗主将已为朝廷命官之旗员挑选为包衣、哈哈珠子等仆从；旗员毋庸互尊他旗旗主；有旗主及旗内权贵敢于勒索、刁难本旗出任地方官之旗员，特准旗员举告，“朕不治以干犯举首之罪”。这些手段，都是为了将旗人对旗主的尊敬驯服转移到皇帝身上；普天之下，莫非王臣，既然走上了帝王专制路线，就不可能再容忍一仆二主的现象。此术之发扬光大，则见于雍正以降蔚为盛况的密奏制度：官有等阶，进言则不论卑贱；事有大小，汇报皆朕所欲闻。上官固可以斥罪下僚，卑职也有机会告一告御状，由此，上下相制，人人谨慎，而操其柄转其枢者，惟皇帝一人而已。语云，秀才不出门，能知天下事；我看，倒是皇帝不出宫，能知天下事，秀才哪有这么顺畅、多元的情报渠道！
当然，这么一来，对皇帝个人素质的要求就太高了，不但须智足明辨，还得体气强旺，更重要的是能恒年累月保持对案牍工作的兴趣。终其一生，雍正身体力行，不愧干纲独断之帝。其子乾隆执政前期亦能克绍其裘，其孙嘉庆、曾孙道光则志或不隳，而智、力有所不逮，以至朝中养出一些上蒙下骗、欺君误国的所谓“奸臣”，乃培发出清社覆灭的萌芽。此後之咸丰、同治，更是一蟹不如一蟹，不论德智，光说动物性的生殖能力，都愧对列祖列宗。光绪、宣统，所谓道光之绪，宣宗（道光庙号）之统，其实都是别家的孩子，已经称不上货真价实的世袭，迷信一点，就得说，此之不亡，宁有天理乎。可见，世袭专制之为政，考较的乃是遗传基因是否变异，而高科技昌明无前之今日，对基因的研究仍未获得明晰结论，然则，二千年来世袭专制之屡屡破产又可得而言也。故窃常谓皇帝无可厚非，专制亦不可怕，至可怖者，在其位者非其人也。欲人与位相得益彰，除了有效选举，限期致仕（自明代以来，皇帝亲力亲为，其实就是在做丞相），还能有别的好办法么？清末之研究立宪，轰轰烈烈，其实就准备依此进行一遭末路狂奔，只是那个时候的八旗馀孽死到临头犹不晓好歹，治国如买小菜，讨价还价，令举国之人不胜其烦，遂经一声枪响，里应外合，断送了卿卿性命。噫？不是说雍正已经将八旗收拾得服服贴贴了么，怎么临末又跳出一帮不晓好歹的八旗馀孽？请为略述梗概。
八旗为清太祖所定国体，既如前所述矣。而自太宗、世祖（顺治）、玄烨（康熙）以迄胤禛（雍正），则渐渐将八旗制的国体更变为君主专制的国体，在此过程中，一切的迁变都将以政治理论的迁变为先决条件，那么，诸帝改制，舍儒家孔孟之说以外，那里还有其它更成熟、更方便的政治理论可供利用呢？因此，满洲作为原先僻处一隅的“夷狄”，挥师东来，伐其国、取其民，终能入主中原，奠定伟业，儒学之功不可没。清国建立，儒学之功用有二：
一、在内部统治结构上，以“天无二日、人无二主”的儒家原则，对旗员各遵旗主、旗主共治满洲（孟森戏称为“联旗制”）的祖制进行“解构”和“重构”。清代对所谓祖制的重视，较历代为最；因此，欲更动祖制，往往是一件麻烦事。太宗抑制各旗，不过未能遵守“三年无改于父之道”（《论语？学而》），“不孝”而已，还谈不上违反祖制。其後诸帝欲进行改革，则须与长年累月积聚而成的惯性作战；所谓惯性，代代遗传、日久养成之惰性也，实无理路可循。祖制之本质，亦即非理性之惯性也。而大多数、大多时候之人类，亦无理性可言，惟惯性是依，宜其好遵祖制、不思变改也；心理学家荣格定义人类之“集体无意识”，殊属有见。语云：以毒攻毒；既然祖制之本质为非理性，则要改变它，亦毋庸太过讲求理性，而自非理性入手反更容易见效。胤禛对各旗王公贵族尝有一段训词，即可视作以非理性手法改革非理性制度的典型，其词曰：
“当时上三旗风俗，只知有君上。……孟子云：‘遵先王之法而过者，未之有也’；朕事事效法祖宗，愿尔等亦效法尔之祖宗，忠诚自矢，一念不移。古人云：‘天无二日，民无二王’；臣子之于君上，乃天经地义，苟怀二心而存游移瞻顾之念，即为乱臣贼子。天理国法岂能容乎！……满洲风俗醇朴，尊君亲上之心最为肫笃。虽遇天潢宗室，未尝不加礼敬；而君臣之大义必明，金石之心肠不渝。朕今日之谆谆训诫，无非欲正人心、化风俗，使国家永享升平之福耳”；
这一段话，就包含了解构和重构两重意思。“当时”，盖指顺治朝明定“上三旗”之名以前。揆诸史实，可知，那时候八旗共和的遗风犹存，旗员不仅知有“君上”，仍须效忠旗主，怎么会是“只知有君上”呢？但是胤禛心思甚巧，他在一段话之内，偷换“上三旗”与“满洲”两个概念，便完成了对八旗制的解构。上三旗既归皇帝亲统，皇帝就是三旗的旗主；三旗之人尊君、尊旗主的行为，便可以统一到同一个人身上。因此，他说“上三旗风俗，只知有君上”，并非无理。然而，其它五旗就不一样了，除了尊君，还要尊奉各自的旗主。他却不管，接着上三旗的话头，说“满洲风俗醇朴，尊君亲上之心最为肫笃”，说得好像上、下八旗间都以“只知有君上”为原则，而不复知有旗主了。此即解构。更进一步，他又将臆造的历史事实（“风俗”）升格为祖制，说这就是满洲祖宗定下的传统，“朕事事效法祖宗，愿尔等亦效法尔之祖宗”；三言两语间，便将太祖及与太祖共同定制的列祖“强奸”了一番。随後，他又将孟子扯过来壮声气、光门楣，开创了一个名为效法祖宗实则尽更祖制的新局面。此即利用儒学进行建构也。当然，改制之事延续时间甚长，绝非一段训词即可毕功，亦非胤禛一帝即可成事。但是，自太宗以来诸帝在此事上引为“理论资源”的儒学，其所以运用之法，当以此段训词最见其妙。
二、对外作战、夺取天下，乃至维系二百多年的统治，非有儒学之助，满洲难以成功。仅略论其入关前後的区别。顺治元年，即摄政王多尔衮率兵入关之年。在此以前，满洲作为武装部落，本身既无问鼎天下之心，故所作所为，无非“钞掠”：不时冲入关内，抢一些财货，抓幾个奴隶，如此而已。对明国君臣而言，满洲只是一个在经济上有无餍之求的讨厌鬼，而非在政治上有非分之望的堂堂敌国；对关内民众而言，亦只是不时来扰的强盗群体，而非可望于解己倒悬的新朝真主。然在顺治元年，大学士范文程上启建议，则说见今“中原荼苦以极，黔首无依，思择令主以图乐业”，摄政诸王亟应发兵入关，且此行务必“严申纪律，（对民众）秋毫无犯，复宣谕以昔日不守内地之由，及今进取中原之意，而官仍其职、民复其业，录贤能、恤无告”。以前做强盗，攻城只为取财，杀人只求得货，固无“纪律”可言，也不用恤怀百姓、安抚官吏；现在要作周武王，则是开拓版图，代育万民，故应讲文明、宣道德，“变钞掠之暴，为吊伐之仁”。多尔衮虚己纳言，清军此番出师遂尽遵范氏所拟之策，以故武战（主要对手实为李自成等“流寇”）、文战（对民众宣传王道）双线告捷，乃于二年之内，入北京，下南京，“明（朝）所以系人心者略尽”，至此，清之开国，规模粗具。而运用儒学，犹不止此。
顺治元年，加封孔子，行科举。明年，定祭孔之例。顺治三年，以满文翻译明朝的《洪武宝训》（即朱元璋语录，是明代的“祖训”），世祖御制序言，颁布天下，表示要与天下共遵明代的祖训。这些举动，不啻象征满洲已向华夏历代开国之君看齐，要继承由秦、汉以来延续至宋、明的“正统”，而不是像一些“夷狄”势力那样，仅仅试图用武力去颠覆华夏传统。近代以来关注政治制度的史家，如钱穆、雷海宗等，曾说过，二千年中国的政府权力（或曰政治上的主流意见）在大部分时间实都由士大夫群体掌控，绝非简简单单一句“独裁”（君主专制与独裁大有区别）可以概括。钱穆甚至说，中国的传统“一向是偏于法治”的，中国社会亦“早已是一个平等的社会”。法治、平等云云，可以讨论；士大夫治国则是极有见识的判断。自陆贾对刘邦说了一句“马上得之，宁可以马上治乎”，历代有识帝王无不心领神会，认识到“乃公居马上而得之，安事《诗》、《书》”这种无赖态度是行不通的，于是，不管是旧贵族还是小流氓，只要打了天下，九五之尊都不得不与熟读诗书的士大夫们“共治之”，而不敢但凭一己私意任性胡来。而士大夫之所以成为中国历史上一种最主要的政治势力，则在于他们不但在制度建设上具有专家的技能，而且能够集体出状证明政权的合法性。他们之所以能够提供合法性，则在于他们所遵信的儒家之道。对于儒学以及儒学代言人——士大夫在制度化和合法性方面所起的作用，孟森有一句极精辟的评价：“中国历代草昧时之陋态，经儒家以六经为标帜，以孔子所举之尧、舜为归极，乃渐入于国家之正轨，此所以为万世师表也”；世祖开国即引入儒学，无疑就是对这个评价的赞许。当然，此应归于摄政王多尔衮，盖世祖时尚年幼，军令政令具出诸多尔衮也。多尔衮于“草昧”之时，即究心于意识形态，并在军国大事上坚决贯彻儒学原则，其见识远高于当时诸公矣。多尔衮虽于身故後被世祖打倒，到了高宗（乾隆）朝，还得为他平反昭雪，此亦其光辉终不磨灭之一证。
儒学对满清立国及其八旗制的影响，既已略述，然八旗制之式微变质，犹有另外一个重要原因。清军入关，初期兵力自以八旗兵为主，但是，时间一长，地域更广，则区区十八万旗兵，实在不敷调用。要逐一追剿明帝後裔在南方建立的流亡政府，要维护各占领区的社会秩序，防杜民间骚乱，非有更多兵力不能为功，于是，绿营兴焉。然欲述绿营，先得介绍汉军。
汉军者，何谓？曰：汉人组织而成之旗也。入关前，明军中向满洲投降的汉人，自成牛录，不与满人混同，满语称为“乌真超哈”（其意为重兵）。清太宗秉政初期，将汉人牛录编为一旗，後因归顺汉人数量渐增，遂于崇德七年分编为八旗。至此，清国武装力量便分为三大支：满洲八旗，蒙古八旗，汉军八旗。前谓十八万旗兵，则包括满、蒙、汉共二十四旗言之。清军入关，碰到兵力不敷调用的困难，而关内明军望风而靡，降者甚众，当其时收编降人成军，令其作战驻防，正是顺理成章的事情；清帝不就说过：“自古汉人逆乱，亦惟以汉兵剿平，彼时岂有满兵助战哉？”且既已设立汉军，那么，将这些降军编入各旗，更为便捷。可是，入关後，这些降军却被组织成另外一支军队——绿营，而不令补入汉军，其意何居？
吾国向重资历，满、蒙、汉三种八旗，建立固有先後，待遇因有差别。在清代帝王心目中，满洲与己同族，且共同草创大业，自是第一等臣民。蒙古人曾建元国，为汉人所灭；蒙古与己族在中国，较之汉人，同属少数民族；蒙古兵之战力亦不可小觑；有此三者，蒙旗亦被优待。于是，满洲三旗军中，以汉军地位、待遇最下。但是，汉军与满人虽非同族，然其效忠满洲，为时甚早；且满洲入关前为壮大势力，招徕汉族之优惠政策甚多（至有让满洲人腾出原住屋舍以安顿新到汉人者），故汉军旗之汉人与入关後同为一国之民的汉人，其在清廷的地位及所受待遇迥然有别。故汉军虽非满种，遽谓其为汉人，彼心未必然也。今欲将新降人补入旧降人组成的汉军旗，表面上省去了另建新军的麻烦，实际上却增加了人际摩擦的风险。因此，清军入关後，每得一地，便将当地降军编为绿营。至于绿营之得名，则以“汉兵令皆用绿旗，是为绿营”。
绿营才是满洲戡定中国的功臣。
八旗建制甚早，而八旗之衰敝也速。早