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后来，杜鲁门总统批准了1947年的国家安全法案，建立了中央情报局，受中央情报局局长的领导。联邦调查局的游说，加上担心出现一个美国的“盖世太保”，最终导致联邦调查局负责国内安全和反间谍的职能。美国中央情报局被认为“没有警察、传讯或者执法力或国际安全职能”，这种结构造成了中央情报局和国防部的情报机构以及中央情报局和联邦调查局之间的紧张关系。
国家情报局和秘密行动方案
因为这样的历史，美国中央情报局传承给“9·11”时代一个养之有素的精英组织，认为自己是在国家的前线对付美国的敌人。它的国家情报局的官员们，在行动理事会的领导下，分散到位于国外的各个站点。每个站点的负责人是该组织中的重要人物，其另外一个职务就是中央情报局在那个国家的代表。他（偶尔也有女士）受到行动指令的约束，该指令列举了由行动理事会相关地区部门确定的首要行动任务，并受到由中心任务决定的资源分配的限制。
因为间谍行为是高风险的活动，对情报目标的确定、人员的招募、问题的处理和情报线人的终止以及对收集的信息的散布，均要求华盛顿方面的批准和行动。但是，这个分散的体系与联邦调查局在美国的实地办公室的机制很相似，其行动理事会中的每一个人都认为，总部的任务是支持实地工作，而不是管理实地的活动。
20世纪60年代，中央情报局流放古巴人到猪仔湾的败笔被揭露，越南战争受到更多的批评。“水门事件”时期的主导新闻是由参议院的弗兰克·切奇和众议院的奥蒂斯·派克领导的委员会对中央情报局的调查。他们公开了中央情报局秘密计划刺杀菲德尔·卡斯特罗和其他外国领导人的证据。总统并没有对这些判断承担明确的责任。中央情报局的官员们承受了大部分谴责，他们辩解说，这样做是为了维护总统的“似乎合理的否认”。
“水门事件”之后，国会建立了监督委员会来确保中央情报局不会实施与美国基本法律相违背的秘密行动。中央情报局的国家情报局的专案官员解释了立法，例如，休斯—賴安修正案要求总统批准和向国会报告任何秘密行动，暗示秘密行动经常会导致麻烦，并可能严重地毁灭一个人的职业生涯。20世纪80年代中期，围绕中美秘密行动计划发生的争议导致了国家情报局的几个高级官员被提起指控。20世纪90年代，正如对“基地”的态度，决策者和警觉的中央情报局领导者之间关系时常紧张，前者想让中央情报局实施更多的侵略性秘密行动，而后者则忠告要谨慎，要确保他们的行动有明确的法律依据和不可否定的总统授权。
国家情报局感受到了自从1992年开始裁编以来冷战后和平分解的影响。由于官员的数量减少，海外的机构也关闭了，面对巴尔干和非洲地区日益增长的危机，中央情报局局长和他的管理人员作出的回应“一浪接一浪”，或者抽调各个情报机构的人员来处理这些紧急的问题。很多情况下，繁忙的官员们对这些新发事件并不熟悉，不可避免地会出现不能全面或根本无暇顾及世界上某些地方和某些情报收集的目标。这个战略也强调了要与外国联络机构建立紧密的联系，因为，需要它们的帮助来得到美国自己没有能力收集的信息。
国家情报局最低潮的时候是在1995年，那时只有25个受过训练者成为新的官员。1998年，中央情报局局长说服中央情报局和国会，批准了一个长期的重建计划，一个新兵需经过5年到7年的培训和语言学习工作经验，然后才能合格。
分析中央情报局的情报理事会保留着战时大学的原本特点。其中的男士和女士都倾向于通过发表作品的数量和质量来判断对方（这里指的是机密作品）。除了自己的同行，他们还向决策者们征求批准和指导。在20世纪90年代和今天，具有特殊价值的分析作品将被录入其中一份机密日报——高级行政人员的情报简报——或更好的，被选入《总统每日简报》。
中央情报局的建立是为了进行冷战。它稳定地集中在一个或两个主要的敌手上，数十年都一样，从而至少产生一个积极的效果：它创造了一种环境，身在其中的管理人员和分析人员在基础研究上能安全地投入时间和资源，并且是详细地和经过沉思地进行研究。结果可能不会很快，但当他们写了他们的评估时，即使是简短的评估，他们也能根基于对问题的深入了解。
但冷战结束后，这些投资不可能轻易地被再分配到新的敌手上。文化的影响更加深远。在一个更具有流动性的国际环境中，目标和利益变幻不定，情报管理人员不再感到他们能够为长期积累情报资本而承担这种有耐心的战略方法。具有各种版本的书籍和文章的大学文化让位给了新闻编辑文化。
在20世纪90年代，全天候的新闻报道和互联网的出现增加了分析员的压力，他们要快速地将新鲜的报道传递给决策者，还要尽量增加背景知识或补充决策者们正从媒体获知的消息。对全部信息来源和战略进行分析所具有的弱点被海军上将大卫·耶利米领导的小组和1999年唐纳德·拉姆斯菲尔德领导的小组明确指了出来，前者批评了情报机构没能预测到1998年印度和巴基斯坦进行的核武器试验；后者讨论了情报机构在估测弹道导弹对美国的威胁的能力上的局限。两份报告均注意到重点任务太多而致精力分散、战略分析的技术水平的下滑以及安全规则阻止了信息的适当共享。冷战的另一项技巧是对突袭作出警告的一套巧妙的方法，但是这些技巧都在分析新的危险（诸如恐怖主义）中萎缩了。
第三章 反恐怖主义的发展情报机构内的适应与不适应（3）
安全影响中央情报局对付新的恐怖主义的另外一组经验，要追溯到冷战早期，当时该局非常担心（近乎妄想）前苏联克格勃的渗透。詹姆斯·耶稣·安格尔顿直到20世纪70年代早期一直在中央情报局中领导反情报工作，他一直怀疑中央情报局内安插有不止一个前苏联的“奸细”。虽然在安格尔顿被迫退休后情况有所缓和，但是好景不长。前苏联渗透的事实摆在眼前，又加重了这种忧虑。然后，在20世纪90年代早期，发生了奥尔德利·艾姆斯间谍案，这使中央情报局十分尴尬。尽管明显地不可靠，但在艾姆斯将美国特工和侦察人员名单卖给前苏联而收取报酬致使该名单上的许多人都因此而牺牲后，他还是受到同行们的保护并且得到提拔重用。
对安全的担心使信息共享极大地复杂化了。为了保护信息不被高明的精于高科技的敌手获得，信息被隔封起来。因此，对处理信息设置了很多的限制，并且对通过新兴的电子系统（诸如电子邮件）传递给美国政府的其他机构也产生了高度的怀疑。
对安全的担心也增加了招募合格反恐官员的难度。美国很少有大学开设中东语言和伊斯兰研究方面的课程。2002年在所有美国大学取得阿拉伯语学士学位的毕业生总共只有6个。许多人在美国境外漂泊了很久，其入境手续需等待很久才能得到处理。任何在外国出生的人和有许多海外亲戚的人被建议最好不要提出申请。随着冷战结束后，对美国中央情报局经费预算的减少，并不令人惊讶的是（有一些值得注意的例外），保密局新雇员的素质倾向于担任一些类似服务性的工作，也就是说，他们符合传统的招募条件或者适合利用与外国机构的联络关系，但并不要求其寻找和使用恐怖主义组织网络内部的资源。
早期的反恐怖主义努力
在20世纪70年代和80年代，恐怖主义主要是与一些地区性冲突连在一起，主要发生在中东。大部分恐怖主义集团或者是由政府支持，或者是致力于建立政府的好战分子（如巴勒斯坦解放组织）。
20世纪80年代中期，根据由副总统乔治·布什领导的特遣队作出的报告，在罗马和雅典机场恐怖袭击发生之后，中央情报局局长建立了一个反恐中心，负责统一行动理事会和情报理事会的活动。反恐中心在联邦调查局和其他情报机构中也选有代表。在正式的组织职能中，反恐中心向中央情报局局长报告工作，但是事实上，中心的大多数长官还是保密局的成员，他们经常受到行动理事会领导的指导。
反恐中心促进和协调了由中央情报局各站点作出的情报收集，并编辑情报收集的结果，然后将专门的报告传送给适当的站点、情报理事会的分析员、情报机构的其他部门或者决策者们。该中心保护自己的官僚政治地盘。中央情报局局长曾经让一个负责反恐怖主义的国家情报官员负责情报分析；该官员所在的办公室在20世纪80年代后期被撤销了，其职能被反恐中心部分接管。虽然派往该中心的分析员作出了大量的报告，但其中心任务都是支持行动。中央情报局监察长在1994年的报告中批评了该中心在提供恐怖主义袭击警告方面的能力。
后面的章节将提出这个问题，即尽管投入了大量的人才、精力和心血，情报机构是否仍不能在应对本·拉丹和“基地”的挑战中发挥充分的作用？面对这个问题，情报机构的管理官员们经常抱怨说他们工作的资源匮乏。
冷战结束后，国家安全经费的削减导致了国家海外情报计划预算从1990～1996年财政年度的削减，以及从1996～2000年财政年度的持平（除了对1999财政年度预算所谓的金里奇预算的追加，和后来两次更小量的预算追加）。这种削减预算增加了情报机构工作的难度。决策者们要求他们紧跟数字化潮流，要对付将来的计算机之间的通讯和现代通讯系统，但同时又要保持对付传统通讯系统的能力，例如，高频无线电通讯和超高频和高频（视频）系统，它像旧式的电视天线一样工作。继1991年海湾战争成功之后，塑造形象的呼声也与日俱增。这两点变化反过来又要求为计划下一代的卫星系统提供经费。这个开支对剩下的情报预算经费又产生了很大的压力。其结果，情报局只得精简人员，这样既影响了行动又影响了情报分析。
然而，至少对于中央情报局而言，处理恐怖主义问题的部分负担来自我们已经讲到的背景：这个组织能吸引干劲冲天的人员，但其体制又反对冒险，于是，其实施秘密行动的能力萎缩，制度上限制信息分配，对新型工作人员的吸收又存在难度，并且习惯于提供最近情报的描述性报道。换个说法，为了取得反恐的最大成效，中央情报局需要一次重大改革。1997年，克林顿总统任命乔治·特尼特为中央情报局局长，并且据大家说，对他而言，恐怖主义是最先考虑解决的问题。但是当调查委员会问他时，特尼特自己估计，2004年中央情报局的保密机构距离能很好地承担反恐怖主义的角色仍然还需要至少5年的时间。虽然特尼特明显是中央情报局的领导者，究竟谁应该负责整个美国情报工作，情报机构的联盟结构使这一问题未有定论。
第三章 反恐怖主义的发展国务院和国防部内的适应与不适应（1）
国务院
调查委员会在2004年问副国务卿理查德·阿米蒂奇：为什么国务院花了这么长时间作一些看来无用，结果也证明无用的努力来劝阿富汗境内的塔利班政权驱逐本·拉丹？阿米蒂奇回答说，“我们做国务院做的事情，我们不出去投炸弹，我们不做那种事情……在这些事情上我们做了我们应该做的事。”
早在50年前，处在阿米蒂奇的位置上的人不会说国务院有如此局限的作用。直到20世纪50年代后期，国务院主导着为总统和国会提供关于美国与世界上其他国家的关系的建议程序。国家安全委员会成立于1947年，其成立主要是由于五角大楼游说应建立一个论坛，在这里，如果军队认为国务院设定的目标，美国没有必要的资金来实现时，那么他们将提出反对意见。
国务院一直保持着首要地位。直到20世纪60年代，当时肯尼迪和约翰逊政府被罗伯特·迈克纳麦拉的国防部取而代之，在国防部内建立了一个小型政府负责分析对外政策问题。而后，尼克松总统将政策的计划和政策的协调职能集中于强大的国家安全委员会中，由亨利·基辛格负责监督。
后来，国务卿成为了重要的人物，但是国务院的职能继续受到削弱。到了20世纪90年代，政府的财力被其他部门超过了，并且国会和总统的管理和预算办公室对其财政预算也几乎不予支持。
正如联邦调查局和中央情报局的行动理事会，国务院也有强调实地工作胜过华盛顿的工作的传统。但是，甚至是大使们也经常发现所在国政府不但通过它们自己在华盛顿的使馆与美国政府联系，而且通过中央情报局的站点或者一个国防随员开展工作。大使馆已经逐渐地被强大的军区司令员替代，不再向五角大楼报告工作。
反恐怖主义
20世纪60年代到70年代，国务院制定反恐政策。它通过官方渠道与推测的恐怖主义背后的政府进行沟通。而且，因为这段时期的恐怖主义事件经常以谈判的方式结束，因此，大使或者其他使馆官员成为合乎逻辑的代表美国利益的人。
保持美国打击恐怖主义的外交成果的连贯性是一个连续的挑战。1976年，在国会的指导下，国务院将负责打击恐怖主义的协调者提升到了与助理国务卿同等的职位。作为一名“全权的大使”，该官员试图增加政府内反恐事务的透明度，并且帮助在政府机构中统一美国政策的执行。1979～1981年的长期危机中，53名美国人在德黑兰的美国使馆被劫持作为人质，该危机结束了国务院在反恐事务中的领导地位。从卡特总统的武断的国家安全顾问兹比格涅夫·布热津斯基主持工作后，协调员这一职能就在白宫被保留下来。
里根总统的第二任国务卿乔治·舒尔茨，提倡美国实施积极的打击恐怖主义政策，他经常建议动用军事力量。国防部长卡斯帕·温伯格反对舒尔茨，但后者对温伯格并没有表示反对，即使是在他自己的国务院内。虽然舒尔茨通过相继任命保罗·布莱默和罗伯特·奥克莉为协调员来提高反恐协调工作的地位和透明度，但是两个在国务院外事局中拥有高等职位的高级职业大使继续被区域局所主导，对区域局而言，恐怖主义不是第一关心的问题。
舒尔茨之后的国务卿在这个问题上表现出较少的个人兴趣。只有克林顿总统的第一个国务卿沃伦·克里斯托弗计划将恐怖主义事务合并入一个新成立的、也负责处理麻醉品和犯罪的机构，但遭到国会的阻止。马德琳·奥尔布赖特时的协调员告诉调查委员会，他的工作在国务院里被认为是微不足道的。虽然他的地位受到争议，并且国务卿奥尔布赖特强烈支持1998年8月对本·拉丹的打击，在“9·11”事件之前，国务院在反恐事务中发挥的作用经常是属于警戒性的。这现实地反映了反恐的首要任务只是美国政府更宽泛的对外政策目标中的一环。
不应该忘记的是，国务院在世界各地的领事官员们都不断地受到恐怖主义问题的挑战，因为他们负责处理去美国的旅行签证。当发现奥马尔·阿布戴尔·拉赫曼，即盲人谢克来去自由之后，国务院对其监视人员名单和签证办理程序政策进行了重大的改革。1993年，国会通过立法允许国务院保留签证手续费，用于边界安全建设；后来国务院使用这些费用来将恐