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建康保卫战 上
于是，战局发展至此就像一部编剧失败的三流电影，本该达到**的地方却冷了场。卢循等啊等，等到五月下旬，眼看建康城内一直安如泰山，根本没有发生变乱的迹象，守备力量反而越来越强大，他终于也有点沉不住气了，决定进行一次试探性进攻：派了十余条战船突击秦淮河口，靠近江岸时，放下小舟，载人入秦淮河，试图拨出河中的木障，为后续大军攻入秦淮河开路。但因为江面上无所隐蔽，这一行动才刚开始就为晋军所发觉，刘裕立即调一队弩兵火速赶往迎击。卢循军的小船一靠近木障，早已准备好的晋军一起放箭，小船上的卢循军士避无可避，纷纷中箭落水。晋军使用的弓弩中还有力道实足的“万钧神弩”，一般认为这可能是一种用绞盘上弦，安装在车辆或舟船的大型床弩，发**速度不快，但威力非常强大，可以一箭洞穿小船上的船板，把它直接送进江底。在这样猛烈的打击下，卢循军招架不住，败退回蔡洲。
初战虽然只是小挫，但已经显示出建康此时的防御实力，要想强攻得手，恐怕是不成，卢循只得放弃了以舟师攻入秦淮河，迂回到晋军防线侧后的想法。怎么办？他与徐道覆研究了战况之后，定下了一条声北击南之计。
五月二十八日夜，卢循把军中老弱集中起来，乘坐大部份战船，向建康城北白石垒方向实施佯动。与此同时，徐道覆率精锐部队借夜色与佯动部队的掩护，悄悄在新亭登陆，而后设伏于秦淮河以南的密林间（从历史记载的位置推断，埋伏地点可能在今雨花台附近）。
五月二十九日，天明，卢循军的佯动部队开始对白石垒实施佯攻，蔡洲的战船不断驶向白石，声势非常浩大。驻守石头城的刘裕担心北线有失，决定亲自率军驰援防御北面的刘敬宣。当然，刘裕也想过些道爷声东击西的可能性，为了防备卢循军从新亭北攻，特命参军沈林子、徐赤特、刘钟三将防守淮口以东秦淮河一线，并吩咐说：“如果敌军来攻，一定要守住木栅防线，但千万不要出击。”随后，刘裕会合留守建康城中刘毅、诸葛长民率军赶去支援白石垒。
随着晋军的主力被佯攻部队成功调到城北，徐道覆率领的精锐主力借着这个机会，派出小股部队进至张侯桥，袭击附近的木栅防线。眼见来袭的五斗米道军队不多，徐赤特打算出击，沈林子劝阻他说：“敌军声称要进攻白石，却突然在这里出现，可知他们一定是使用声东击西的策略，这定然只是诱饵。敌军总的人数很多，我们的兵力却很少，不如按刘公的吩咐坚守不战，等待北边的大军回援，再战不迟。”
但徐赤特不听，他认为卢循军主力都在攻白石，打败这支小股敌军的功劳不可放过，便不管沈林子与刘钟二人，独自率部出击。一出击果然中伏，徐赤特部大败，刹时就阵亡了百余人，徐赤特抛弃剩下的军队，独自爬上一条小艇，逃回秦淮河北岸。徐道覆乘胜追击，夺取丹阳郡城，猛攻木栅防线，沈林子与刘钟奋力死守，终于打退了徐道覆的第一轮猛攻，但刘钟也负伤退出了战斗。
徐道覆首轮进攻没有成功，决定让士兵稍事休息，再发动第二轮进攻。因为徐赤特部已经溃败，刘钟负伤，沈林子兵力不足，而秦淮河正面又太宽，已难以防守，沈林子决定不守木栅防线，而是渡河南下，扼守南塘。南塘是当时秦淮河以南的一个湖泊，清人所著的《上江两县志》中称，它就是今天的南京莫愁湖，但校之历史记载的位置相差太大，估计不确。真正的南塘今天可能早已干涸，在下查到所有南京古地图都未将它标注，其具体位置存疑，怀疑在今雨花台与秦淮河之间，因为当时从南面进建康的陆路主干道正要穿过这一地区。虽然没有地图的标注，但建康南塘的存在是确凿无疑的，有大量的历史记载和诗歌都提到过这个地方。南朝民歌《西洲曲》曾称赞说：“采莲南塘秋，莲花过人头，低头弄莲子，莲子清如水”，绝对是当时建康居民们闲睱时赏春游玩的绝佳去处。
沈林子决定守南塘，当然不是因为风景好，而是因为这里的地形有利。由于受周边复杂水道和大量民居的影响，南塘只有一条不宽的堤道可以穿行（虽然卢循军拥有不少船支，但由于无法突破秦淮河口的木障，故无法使用这些水道进军），是往来的捷径。由于堤道狭窄，只需百余人就可以封死，大部队只能站在后边干着急，所以这是个以少抗多的良好阵地。八十六年前，晋朝发生第二次王敦之乱，晋将苏峻等人正是在这里大败进攻建康的王敦部将沈充、钱凤，而一举平定叛乱的。不过，如果进攻一方不攻堤道，肯走点远路绕过南塘也是可以的，那样晋军的布防将完全破产，但花费的时间要长多了，沈林子就是把宝押在刘裕大军能够及时回援上了。
建康保卫战 下
再说刘裕到达白石垒，发现卢循军战船虽多，却只是用弓箭与岸上晋军对**，并不真正靠近，马上意识到这是怎么回事，立即命令回师。发现晋军的行动后，卢循也认为决战将至，停止对白石垒的佯攻，亲率大军乘船南下，支援徐道覆。刘裕回师到达石头城，已得知南线正在交战，但考虑到晋军士兵在数小时内往来奔跑，已经比较饥饿疲劳，为避免以劳击逸遭致败仗，同时他对沈林子的能力也有信心，便命兵士们在石头城解甲休息，洗浴用餐之后再南下增援沈、徐、刘三将。
没过多时，却见败将徐赤特也逃到石头城，刘裕问清原委，极为怒火：今天差点因为你小子的过错全盘皆输！当即责备他违背军令，擅自出击，败阵之后又弃军而逃，说罢吩咐立即斩首示众。然后刘裕命将军朱龄石率一千名精锐的鲜卑兵士先行赶往南塘支援沈林子，其余大队人马随后跟进（从此项命令来看，这一千鲜卑兵士要有能力赶在其他各队晋军之前先到南塘，他们的机动性应该高于其他晋军，因此他们很可能就是前不久索邈带着沿江做秀的那一千鲜卑重骑兵）。
徐道覆的第二轮攻击开始了，他没想到兵力微弱的沈林子不退反进，已抢先占住南塘堤道的北端，五斗米道的大军拥挤在堤道上无法展开，无从施展兵力上的优势，两军便杀作一团，交战多时仍不分胜负。徐道覆挥军反复攻击，将战线一点点往北挤，沈林子毕竟兵少，在五斗米道军的车轮式攻击下渐渐难以支撑，但正在此时，朱龄石的援兵到了。
虽然朱龄石率领的这一千鲜卑兵士可能是骑兵，但南塘的狭窄地形根本没给战马提供驰骋的空间，因此他们全部步战，排成密集的队形，端着四米多长的长槊，像一道长满锋利矛尖的钢铁城墙，沿着堤道缓缓推进。
卢循军的强项在水战，其陆战使用的主要是短兵器，如果是在开阔地上一对一的格斗，用这些武器对战笨重的长槊并不落下风。但在这样重兵对抗的战场，面对密集的槊尖，卢循军士兵无处可避，根本没有机会靠近对手便一个个地被乱矛捅死！而且因为兵力太密集，前面的人想撤退都不容易，于是一番战斗下来，徐道覆军前锋数百人战死，后边的人惊骇而退，晋军损失却非常微小。徐道覆见已无力再攻，只好收兵退回丹阳郡城。
稍后，卢循率领大军到达丹阳郡城，刘裕也率军渡过秦淮河，在南岸筑垒布阵。卢循见徐道覆打了败仗，而刘裕也已赶到，不敢再打，便又从丹阳郡城撤回蔡洲，结束了这次雷声大雨点小的会战。此战卢循、徐道覆开局打得不错，他们第一次成功地算计了老对手刘裕，将晋军主力调到北线，然后又用诱敌埋击战术击灭徐赤特，差点洞穿晋军南线的木栅防线，实属难能可贵。但徐道覆的后续行动没打好，尤其是不该在第一轮攻击后，在南塘以南休整军队，导致沈林子抢先控制了南塘要隘，使这次进攻功败垂成。晋军方面，沈林子是此战的最大功臣，正是他临危不乱，应对得当，撑到朱龄石的援军到达，终于转败为胜。刘裕在此战中表现略失水准，整个过程有点被动，这大概与他在此时只想坚守不战，等待时机有关。刘裕最大的失误是用人不当，但本身的指挥并没有大的破绽，且此时晋军的处境比起卢、徐二人初到时已大幅度改善，就算徐道覆成功突破了沈林子的防御，要想真正打败刘裕，夺取建康，恐怕成功率仍很渺茫。
卢循在精心策划的军事行动小败之后，再不敢贸然发动攻击，只是分兵袭击京口和沿江各城，但晋军防备严密，都未获得太大战果。刘裕因为晋军此时还缺少足够的战船，当然不愿以己之短，去击敌之长，也没有进攻蔡洲，只是任命庾悦为江州刺史（总部寻阳，现在还在卢循的控制之中），让他组织力量去骚扰卢循军队的后方。因此在之后一个多月内，双方都未再发生大的交战。
时间一久，人数众多又远离后方的卢循大军渐渐感到支持不住了。在建康附近的各郡县，要不是守备太强，要不就是已经坚壁清野，都弄不到多少粮食。这什么世道？要抢点儿东西也太难了！于是卢循找徐道覆商议说：“如今军队已经疲惫不堪，再留在这里，不被刘裕打垮也要被饥饿拖垮！不如先回寻阳，然后攻取荆州。我们占有了荆、江两个大州，就可以依仗天下的三分之二，与建康对抗。”徐道覆虽然心有不甘，但面对如今的客观情况也只能如此了。
五斗米道军的两大头目达成共识之后，七月十日，卢循大军从蔡洲西撤，回师寻阳，只留下将军范崇民率五千兵守卫南陵（今安徽贵池县西南），阻挡晋军的追兵。在确定卢循军已经退走后，建康城宣布解严，历时约两个月的建康保卫战终以晋军的胜利而告结束，刘裕终于凭借着过人的毅力、才华，还有运气，渡过了他一生事业中最大的一次危机。
荆州争夺战 上
在刘裕看来，卢循、徐道覆从建康城外撤走，所代表的意义并不仅是朝廷渡过危机，也意味着卢循大军已经永远丧失了主动权，接下来的仗怎么打，就要由我刘裕来决定了！卢循、徐道覆，你们的死期快到了！
七月十四日，刘裕命辅国将军王仲德、广川太守刘钟、中军咨议参军孟怀玉和河间内史蒯恩等四将，率军沿江西上，做为追击卢循第一波攻击部队。鉴于此时卢循军在水军实力上较之晋军仍有很大优势，真要在长江上与卢循交战，晋军还没有取胜的把握，所以刘裕故意等卢循开拔四天之后才命这支军队出击，并不真打算让他们追上卢循。说清楚一点：第一波攻击部队的作用是象征性的，主要是作个样子给天下看，让天下各州郡知道朝廷已经渡过难关，已有余力出击了！这样做对于维系外地州郡的人心，使它们不至于叛离，是有很大作用的。由于刘裕判断，卢循此次撤退后一定会进攻荆州，所以又派了淮陵内史索邈率领骑兵（可能又是那一千鲜卑重骑）从陆路西进，设法进援荆州。但这支军队兵力不多，又沿途受到卢循军队的阻拦，进展非常缓慢。
而刘裕本人，则赶往东府（其实就是京口，原称“北府”，由于晋朝疆土向北扩展，这地方离北部边界已经越来越远，故改称“东府”），大力督造新战船，为第二波真正的攻击做准备。
一般说来，武器装备的优劣，对水战的影响要大于陆战。在建康之战中，刘裕已经亲眼见到卢循军战船的精良，所以在京口建造的新战船全是按照能够压倒卢循军战船的标准，重新设计制造的，有不少是多层的大型楼船，高度也有十余丈，完全不逊色于徐道覆建造的八槽船（在那个年代新武器的研制周期，有时会短得惊人，但整个兵器科技进步的速度却非常慢，不知是何道理）。这样，等到刘裕亲统大军出师的时候，卢循军将要面对的，就不再是他们熟悉的，欺负惯了的晋军小船了。
那么现有残存的晋军老战船怎么办，刘裕会让它们退役去打渔吗？刘裕制定的答案令江浙沿海的鱼虾们欢欣鼓舞：这些旧战船将被集中起来，交由建威将军孙处与振武将军沈田子率领，再配上水军三千人，沿海路南下，穿过今天的台湾海峡，前去袭击卢循的后方老巢番禺（今广东省广州市）。这个计划一出，刘裕身边的不少人都表示明确反对，他们认为：“船队航行在大海之上，常会碰上难以预测的大风大浪，路途又遥远艰险，不见得能够到达。而且现在大战在即，正是用兵之际，也不该分出三千人去做这种不靠谱的事。”
在历史上，我们常常看到这种现象：一些天才的想法，因为超出常人的理解力不为众人所接受，最终被平庸所淹没。不过这次没关系，因为靠不靠谱，最后还是要由刘裕来决断的。刘裕不理睬所有反对意见，坚持派出这支奇兵，并在出发前，对带队的孙处、沈田子二将说：“估计到今年十二月，卢循、徐道覆一定会被我打败！你们的任务就是要赶那个时候之前攻占番禺，夺取广州，捣毁他们的巢穴，让败退的卢、徐等人无路可逃，无家可归！再没有东山再起的机会。”后来的历史表明：刘裕这番话处处料敌先机，堪称神机妙算！
再说晋军在东线建康转危为安的时候，在西线的江陵却正处于危急之中。随着荆州军团在长沙、寻阳两次失利，荀林率领的五斗米道军已推进到江陵东面已不过百里的江津（今湖北荆州市江陵区东）。而且这还不是最糟糕的，对荆州更大的威胁，还是来西面，谯蜀任命的荆州刺史桓谦。
两年前，由于刘裕派刘敬宣讨伐谯蜀，谯纵很慌张，除了派谯道福统军抵御，并向后秦讨要援兵外，还上书秦主姚兴，请求派桓谦来蜀，一同谋划攻讨刘裕。对谯纵的请求，姚兴征求桓谦的意见，桓谦见有恢复桓氏祖业的机会，立即表示赞成，并颇为乐观的说：“我们桓家数代治理荆楚，对百姓有恩德，如果能借助巴蜀的兵力顺江而下，荆州一定会有很多人响应！”姚兴见他积极性很高，便同意了，但提醒他说：“我听说小沟里容不下大鱼，谯纵如果有进取荆楚的能力，就不会找你去帮忙。而如果他没有能力，又岂能重用一个有能力的外人下属？你要去巴蜀，就自求多福吧。”桓谦一心沉浸在恢复祖业的梦想中，没听姚兴的劝告便来到巴蜀。到达成都后，桓谦兢兢业业，礼贤下士，努力招揽各方的人材，很像当年刘备应刘璋之邀入蜀，只差没带军队。这样扎眼的表现果然让谯纵起了疑心，马上将桓谦一行人软禁在龙格（今四川双流县），派军队严加看守，禁止他们与外人接触。至于精诚合作讨伐刘裕的事，自然也就太监了。失去自由的桓谦后悔不迭，流泪对诸兄弟说：“天王（指姚兴）真是料事如神啊！”
本来桓谦差不多也认命了，这辈子也就老死龙格得了。但卢循、徐道覆出人意料的北伐，以及之后更出人意料的节节胜利，让原本没多大野心的谯纵红眼病发作，终于又产生乘火打劫的念头，决定出兵荆州。
要打荆州，当然不能浪费了桓家这张大牌，所以谯纵又把桓谦放出来，任命他为荆州刺史，随同谯道福出征。要是某位黑社会老大无缘无故把你海扁一顿之后，又拉你去喝鸡血酒，一起海誓山盟，你还会相信他是你的真朋友吗？反正在龙格享受了两年高级