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不过桓玄仍不敢停留在寻阳，决定返回荆州老家。三月十四日，大楚皇帝桓玄带上退休的大晋皇帝司马德宗，一同西上。留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨、相国参军胡籓和郭昶之一起，驻防湓口（今江西九江市，湓水，即龙开河入长江处），阻挡晋军追兵。
安排停当之后，桓玄从容上路，因为危机已暂时过去，桓灵宝又迅速恢复了“伟大”！在船上，他开始抓紧时间撰写《起居注》。在《起居注》中，桓玄摆事实、讲道理，雄辩涛涛，充分证明了在最近进剿刘裕匪帮的战争中，他桓玄所做出的全部决策，无论战略战术，全都是最最英明、最最合理、最最无懈可击的！之所以从建康“转进”回荆州，完全是因为众将没有完全服从他的英明指挥，不听调度，才导致战局不是十分顺利！这样的事实多让人痛心疾首啊！但大家要相信桓家，相信大楚，紧密团结到大楚皇帝周围，就一定能渡过目前暂时的困难，走向新的胜利！
这样一篇好文章自然不会从天而降，需要作者呕心沥血地字斟句酌，桓玄拿出原来查找错别字时那种认真严谨的工作态度，全心全意投入写作！这项工作是如此地辛苦，以至于这些天桓玄都没有时间来和部属商讨一下目前的局势，和应该采取的对策。等到撰写完成，桓玄下令将这份《起居注》颁布四方，好让人民群众都能学习体会精神实质，了解对目前局势的官方正版解释，狠狠打击一小撮散布谣言的反楚分子！
所谓《起居注》，大致可以翻译成《大皇帝工作生活纪要》，是古代史官记录帝王言行的例行文件，常常成为编写史书时需要参考的基础档案。最早开始于汉武帝刘彻时，此后成为定制。按常规，《起居注》的编写唯真唯实，为做到这一点，故皇帝无权干预。对于有责任心的皇帝，《起居注》制度是对他们的一项约束。如李世民就曾请求（注意，是请求，不是命令）史官谏议大夫褚遂良让自己看一看《起居注》，被褚遂良一口回绝。李世民不安心，又问：“如果我有什么地方做的不对，你也要记下来吗？” 褚遂良答：“臣职责所在，不敢不记！”就是这么牛啊！可见在这方面，李世民远没有桓玄牛气，亲自**刀，替自己写《起居注》者，桓玄为中国历史上第一人！也是唯一一人！
四月三日，作家桓玄回到江陵（今湖北江陵，时为荆州治所），荆州刺史桓石康前往迎接，把刺史的府第搬出来，成为楚朝的临时行宫。桓玄重新任命文武百官，以卞范之为尚书仆**，负责日常政务，楚朝的中央政府又在江陵重新建立，它仍然控制有原晋朝约一半的疆域，还不能算弱小。
但楚朝这次“天子西狩”，让桓玄的威信大减，他生怕别人因此看不起他，除了颁布《起居注》外，还决定采用严刑峻法来重树声威。但如此一来，人心更加不服，上下离心离德。殷仲文看出情况严重，劝皇上处事应该宽容一点，桓玄大怒说：“这次完全是因为诸将不服调动，无视中央权威，再加天像不利，我们才暂时回到故都。可少数别有用心的屑小之辈竟敢乘机散布谣言！对于这样的不河蟹分子，一定要严厉打击，决不可以姑息迁就！”见到如此丧失理智的主子，一向擅长见风转舵殷仲文不敢再说话。
不久，荆州、江州各郡的太守们，得知桓玄已回到江陵，纷纷上表问候，祝福皇上起居平安。桓玄看了大为不悦：这些个地方官，平日里不读书不看报，肯定没有认真学习《起居注》！字里行间没有体现出一点儿积极向上的乐观主义精神！好象我这次输得很惨似的（虽然确实如此）！
于是，嘴比死鸭子还硬的大楚皇帝命将所有上奏的表章打回，让他们重写！规定好了，要统一口径：只允许大家祝贺朝廷乔迁新都！
做错事并不可怕，可怕的是知错不改，甚至硬把疮疤美化成荷花，楚欲不亡，可乎？
第一次桑落洲之战
刘裕等人之所以没有在攻克建康后立即出兵追击桓玄，是因为刚建立几天的义兵成军仓促，没有水军，于是桓玄才能从容的“迁都”江陵。但没过多久，建康的晋朝新政府经过高效率的紧张筹备，到四月中，一支约一万人的讨伐军便组建完成，，大军以刘毅为主帅，何无忌、刘道规为副，进军荆州。刘裕本人座镇京口，遥控中央，没有亲至。
楚帝桓玄得知晋军开始西进后，采取了三手准备：首先，当然是征发荆州各郡的武装部队，在江陵集结，重组军团；其次，为了重整军备赢得时间，他派武卫武卫将军庾稚祖，江夏太守桓道恭等，率数千军队增援在驻防湓口的龙骧将军何澹之，以加强江州的防御力量；第三，加了牵制刘毅西进兵团的行动，让侄儿桓歆联络氏族酋长杨秋，合兵进攻历阳，威胁刘毅军的侧后。
桓歆和杨秋行动很积极，首先出动，只可惜运气很糟。刚刚上任的豫州刺史魏咏之与诸葛长民、刘敬宣等率州兵迎头痛击，这几位都不是好招惹的，合力一战，大败桓楚帝国的这支少数民族雇佣军，雇佣军司令杨秋被斩于历阳以北的练固，桓歆只身逃脱。楚军在历阳方面的反攻失败，未能起到预期的的牵制作用，刘毅等部继续西进，抵达桑落洲（寻阳东面长江江面上的一个小岛，由于长江航道的变化，今天已不存在。具体位置约在今安徽省宿松县汇口镇归林滩一带）。
四月二十三日，驻守湓口的楚军大将何澹之、胡籓等主动出击，率领舰队进攻桑落洲。刘毅、何无忌、刘道规等晋将也不示弱，出动所有战船，两军在桑落洲以东的长江江面上展开对峙，暂时没有开打。何澹之的军队虽然只是楚军的偏师，但数量仍超过了刚刚组建的刘毅、何无忌部水军，从表面上看，楚军略占上风。
在楚军方面，何澹之的作战计划，是利用己方数量上的优势，从两翼包抄晋军。为此他离开阵营中央旗舰，悄悄转移到侧翼指挥作战，为了不让晋军察觉，他让人在自己原本乘坐的旗舰上插满军旗，布置得像开屏的孔雀尾巴，招摇于两军阵前。只可惜，他忘记了一点：戏一旦演过了头，也就不像了。
在东边晋军的战船上，何无忌注视着楚军的动向，实然发现一个不寻常的现象：楚军阵中有一条最大的战船特别醒目，装饰豪华，旗帜鲜明，像是要去参加狂欢节游行。何无忌不禁笑了：这招是刘寄奴用老了的，他跟随刘裕作战多次，也深知其详。这位何澹之不但在关公面前耍大刀，而且学得又不到家，照着东北虎，画成波斯猫！
于是，何无忌对众人说：“何澹之肯定不在旗舰上，我们应该集中兵力，从中央突破，俘获他的旗舰！”众人不解：“既然何澹之不在旗舰上，那么俘获旗舰又有什么用？”何无忌回答：“如今敌强我弱，硬打不易取胜。何澹之既然不在中军，那么敌人的中军必然很弱，我军集中兵力攻击，一定可以夺取他的旗舰。而且何澹之不在旗舰，他的部下兵士多半不会知道，一旦见旗舰被夺，必然惊慌失措，士气低落！而我军士气倍增，何愁不胜？”
刘毅、刘道规等都赞同何无忌的意见，于是晋军主动出击，猛攻楚军中央。何澹之的旗舰，虽然外表光鲜，但旗多人少，位置过于突出，移动也不灵便，晋军的战船迅速围上靠近，攀上船舷猛攻，很快将这艘战船夺了下来。得手后，何无忌、刘道规等乘机让士兵高呼：“何澹之被抓住了！”然后一船传一船，不一会儿，楚军主帅被擒的消息已响彻整个战场！由于楚军的旗舰被夺，楚军的士卒大多信以为真，再加上自刘裕起兵以来，楚军屡战屡败，本就是惊弓之鸟，此时无不心胆俱裂，纷纷溃逃！晋军士兵多数也上当，因而更加锐气百倍，奋力攻击！
自作聪明的大楚龙骧将军此刻估计傻眼了，费尽心力地精心布置，反而弄巧成拙！眼见已经一败涂地，何澹之也连忙脚底抹油，赶快开溜，逃回江陵！死心眼的相国参军胡籓还不肯逃，奋力苦战，结果所乘战船被晋军以火攻击沉。胡籓身穿着全套的盔甲，跳入江中，在江底潜行了三十多步，才得以登岸，欲投江陵，因为道路已被晋军封锁，只得向南逃往豫章（今江西南昌）。后来，刘裕听说胡籓忠直的事迹，派人到豫章殷勤相邀，拜他为参领军军事，胡籓便复出投晋，成为日后刘裕麾下的名将之一。
大胜的晋军乘胜追击，迅速占领了湓口，随后拿下寻阳，江州光复！因为安帝已被桓玄带去荆州，刘毅等人只得到了晋朝历代皇帝的灵位牌，派人将它们送回建康。至于那位被刘裕在檄文中宣布为“革命同志”的刺史郭昶之，此后下落不明。
峥嵘洲之战
荆州毕竟是桓氏家族经营了三代的老根据地，民众对大楚的忠诚度远比建康高，因此桓玄没有花太大的力气，就在这里重新调集了两万多水军，而且全都衣甲鲜明，装备精良，战船足备，看上去很美。再加上前些天写作太投入，他自己差不多都被自己的文采折服了，似乎已经相信了自己所写的内容：形势是大好滴，错误是没有滴，用兵是如神滴！至于前些天，是谁抱着儿子桓升痛哭流涕？估计早记不得了（这种自己成功骗信自己的情况，在一千多年后，太平天国天王洪教主身上我们还可以看到。）。
于是，桓玄的心情大为好转，于桑落洲战后第四天，即四月二十七日，楚国大军从江陵出发，东进迎敌。此次出征，桓玄挟持着下岗皇帝司马德宗，以前秦的前太子苻宏为先锋，自任主帅亲统大军进发。既然前几次都是因为诸将不听节制而失败，这回朕御驾亲征，还能不旗开得胜？
虽然“胜券在握”，但我大楚皇帝也不会赶尽杀绝，仁义为本嘛！桓玄先礼后兵，派散骑常侍徐放前往招安，游说刘裕、刘毅，开出的报价好像在说梦话：“只要你们停止反政府暴乱，解散非法武装，重新回到和平进程上来，那么改过自新的大道永远是向你们敞开的！我大楚朝一定会在政府内阁给你们安排一个合适的职位，包你们满意！滚滚长江为证，朕决不会失言！”
刘毅等人听了这样匪夷所思的和谈条件，有何想法，史书上没说，大概只会认为：以后需要加强精神病院的门卫建设吧？没人理睬桓玄的自言自语，沿着长江，刘毅军继续往西，桓玄军继续往东，五月十七日，两军相遇于峥嵘洲。
峥嵘洲，位置大约在今湖北黄岗县西北，当时也是长江中的一个小岛，后来由于江水的冲刷和沉积作用，位置渐渐向北移，终与北岸联为一体。说起来，长江的航道虽然不像黄河那样天南地北的溜达改道，但千余年来的变化也是不小的。其变化的总趋势，是身材越来越“苗条”。例如，在刘裕时代，京口北临的长江宽达四十里，一眼望不到对岸，过江如过海；如今在江苏镇江段，长江的平均宽度约是四公里，仅是当年的五分之一。
闲言少叙，此时，刘毅等所部的晋军不足万人，桓玄原在江陵集合的楚军已有两万，可能又汇合了败下来的何澹之余部和荆州各地后续赶来的援军，总兵力已有数万之众，在兵力上再次形成对晋军的压倒优势。不但有数量优势，起码在表面上，质量优势也属于楚军。楚军所乘的楼船都是原先政府军的制式装备，看起来就高大威猛，比起临时东拼西凑，DIY出来的晋军战船（估计多是临时征用的民间渔船吧），如同姚明对垒潘长江。
晋军众将没想到桓玄屡败之后，还能迅速集结起如此强大的一支军队，一时颇感意外，很多人主张退守寻阳，等待援军。但刘道规反对，这位刘裕的三弟向众人分析说：“绝对不可以这样做！如今敌众我寡，强弱分明，我们唯一的优势就在于屡战屡胜所带来的锐气，敌人唯一的劣势就在于连战连败而导致士气低落。如果我们现在胆怯撤退，等于主动放弃了我们的长处，重振敌人的士气，必定遭到他们的追杀。那个时候就算撤到寻阳，又怎么守得住？而且桓玄这个人，虽然名满天下，很多人都把他看成一时的豪杰，但其实内心胆小怯懦，累败之后更加缺少战斗的意志。两军决战之计，胜败主要起决于将领的勇气，岂在于兵力的多寡？”
拿破仑说过：狮子统帅的绵羊军队，绝对能够打败绵羊统帅的狮子军队！只是刘道规对桓玄的判断，是否正确呢？
桓玄指挥作战时，有一个充满人文关怀的“好习惯”：他总在自己的旗舰后边拴上一条轻快的小艇，里面装上他心爱的字画。曾有人问他为何要这样做？他回答说：“兵凶战危，可不是闹了玩的，万一打了败仗，轻快的小船逃起来比较方便！”宁可打败仗，也要保护文物！这是怎样的精神啊？生命是短暂的，艺术是永存的嘛！
可惜，楚军众将士大多数达不到桓玄这么高的思想境界，他们一看到，今天皇帝座舰后面又拴着的那条小艇，心中格外不平：没说的，打了败仗，皇帝可以跑没影了，就留下我们当炮灰！而且，就连他的字画都比我们的命值钱！如果一支军队的士兵都这样想，他们哪里还能有斗志？如果这支军队还能打胜仗，那就堪称奇迹了！
奇迹没有发生。刘道规带领部下，率先冲击楚军水阵，刘毅、何无忌等在后接应，两军很快在大江之上，杀作一团。楚军虽兵多船大，但战意阑珊，一时不分胜负。此时，东风突起，刘毅乘机命令顺风纵火，烧向楚军舰船，楚军顿时大乱（覆舟山之战的关键时刻就刮了一次大风，如今峥嵘洲又起风，真是天不佑楚啊）。晋军知道胜利已经在望，统统全力出击，争先恐后投入战场，乘势猛攻，楚军已然招架不住。眼看败局已定，楚军的前将军郭铨又很识时务地临阵倒戈，楚军的形势终于发展成为谁都无法阻止的大败！
溃败之际，桓玄匆匆下了一道命令：将辎重粮草一把火烧了，然后带上安帝司马德宗和几个亲信，乘着装满书画的小艇，连夜遁逃。失去指挥的楚军或降或散，几乎全军覆没！
仲文反正
夜色苍茫，一叶扁舟悄悄地逆流而上，舟中，几天前还信心十足的大楚皇帝，此刻欲哭无泪，输了！确凿无疑地输了！而且，这次再也没法用诸将不听指挥来推卸责任了！这时，同在小艇上的殷仲文上前这位安慰沮丧的小舅子：“此战我军虽然失利，但多数只是被打散了，我愿意前去找到这些军士，重新把他们组织集合起来，我军还可一战！”闻听此言，桓玄大为感动：到底是自己姐夫，一家人啊！患难之时见忠贞，这种情况下仍能不顾个人安危，挺身而出！好吧，这件事就全拜托给你了！
于是，一脸忠义的殷仲文离开了凄凄惨惨的大楚皇帝，换乘另一条小船，往东而去了。自然，殷仲文并没有去组织楚军余部，不过也不是完全说谎，他确实是去找人，只不过找得并不是因战败而四处逃散的那些大老爷们，而是一老一少两个女人：一位寡妇和一位准寡妇。
寡妇的名字叫何法倪，现在的头衔是零陵县君，今年已经六十五岁。她曾是晋穆帝司马聃的皇后，按辈份算，是安帝司马德宗的堂嫂。在何法倪二十二岁那年，她的丈夫穆帝司马聃便病死了，她寡居永安宫中，面对青灯流萤，渡过了漫长的四十三个春秋。
直到桓玄篡位，大晋朝改成了大楚朝，何法倪自然也不能继续留在永安宫了，先被命令暂时迁到司徒府。迁居时，途经晋朝太庙，何法倪让人停下车子，跪