遵循的一般原则有：1、研究程序的公开性；2、收集资料的客观性；3、观察与实验条件的可控性；4、分析方法的系统性；5、所得结论的再现性；6、对未来的预见性。
而至于科学的研究方法，朱由校也专门写了一篇文章来阐述。他认为，进行科学研究，第一是要认识到问题的存在。例如，在研究物体的运动时，首先应当注意到物体为什么会像它所发生的那样进行运动，亦即物体为什么在某种条件下会运动得越来越快（加速运动），而在另一种条件下则会运行得越来越慢（减速运动）。
第二是要把问题的非本质方面找出来，加以剔除。例如，一个物体的味道对物体的运动是不起任何作用的。
第三是要把你能够找到的、同这个问题有关的全部数据都收集起来。例如，可以有意地让一些球从一些斜面上滚下来；这样做时，既可以用各种大小不同的球，也可以改变球的表面性质或者改变斜面的倾斜度，等等。这种有意设计出来的情况就是实验。
第四是有了这些收集起来的数据，就可以作出某种初步的概括，以便尽可能简明地对它们加以说明，亦即用某种简明扼要的语言或者某种数学关系式来加以概括。这也就是假设或假说。
第五是在有了假说以后，你就可以对你以前未打算进行的实验的结果作出推测。下一步，你便可以着手进行这些实验，看看你的假说是否成立。
第六，如果实验获得了预期的结果，那么，你的假说便得到了强有力的事实依据，并可能成为一种理论，甚至成为一条“自然定律”。
朱由校总结了一句话：大胆假设，小心求证，这就是科学研究的基本方法。这个世界有太多我们不懂的知识，都可以通过科学的研究方法搞明白。
朱由校明白，自己的智力最多算得上是中等水平，与大明人相比，多的不过是一些见识。所以他要把自己强于这个世代的一点点东西充分地发挥出来，与大明人的聪明才智结合起来，让大明的科学技术水平有长足的进步。
他呼吁大家，把精力放在研究自然规律上，平日里司空见惯的一些事，其实是有深刻的道理在其中的。格物致知这事，是圣人教导大家探究真理的重要途径，只要把这世界上的道理都弄明白了，更好地理解这个世界。等到有一天，点灯不用蜡烛，耕地不用牛马，就能使大明人过上象三代之治的好日子。
大明科学报的目的是让大家提出奇思妙想，彼此交流自己的研究心得，希望能够让大家的想法碰撞而产生新的火花。科学研究是一个长期的过程，但交流非常重要。在首期的报纸上，就登载了伽利略的水中浮体对话集的一部分，并且传教士答应，每次从欧洲来的教士，都会将最新的书籍带来大明，与大明的研究工作相印证。
第296章 研究院的学生们（一）（）
大明科学报开始发行后，朱由校就开始了在兵器局实验室的实验研究。今年京师大学堂的招生考试比之去年更加热闹，特别是师范学堂和吏员学堂的学生开始分到各地当起了教师和吏员后，原来心存顾虑的人都明白过来了。大量的学子来到京师考试，一时客栈和食铺赚得合不拢嘴。
研究院又招收了六百名新生，而朱由校教过一年后，他的讲义就成了新生的课本，由其它精通某一方面的教师去上课。当然，也有些学生问得教师哑口无言，特别是医药班和农学班的。
于是朱由校就决定每十天去京师大学堂一次，不是讲课，而是解惑。
这天是到京师大学堂去的日子，他带着一定要跟着去京师大学堂玩的朱徽媞，来到了专门为他准备的一个房间。
一会儿，医药班的学生来了，是个大约四十来岁的中年人，一进门他就跪倒在地叩头。朱由校让人扶他起来道：“新来的不懂规矩，朕在京师大学堂是不接受跪拜礼的，作揖即可。”
中年人站起来后道：“陛下，礼不可废。学生吴有性，前些时日听先生说，水中或者气中有细菌，学生不明白细菌是什么样子的，先生也不知道，只能叫学生来请教陛下。”
朱由校想了想道：“兵器局和玻璃厂合作，要造出一种器械，可以看到水中的小虫，现在还在实验阶段，可能几个月后就能成功，所以朕现在也不能让你看到。但朕以前曾经在一个地方见到过水中的小虫。而有很多病是因为很小的细菌引起的，这个没有问题。”
吴有性不敢不信，又说道：“陛下，各种疾病是如何产生的，学生平日也有思考。但一般的医图只是标出各处穴位，身体里面的情况并不清楚。而陛下的讲义中将血管的类型和样子都分得清清楚楚，学生不知道是从哪本书中看到的。”
朱由校道：“你想知道人的身体里面是什么样子的吗？”
吴有性点了点头道：“学生确实想知道。”
朱由校道：“你胆子够大吗？敢把人剖开吗？”
旁边的朱徽媞睁大眼睛，吓得啊地一声大叫。吴有性有些奇怪，这个小太监怎么敢在君前如此失礼。
朱由校连忙道：“媞媞，你让王都监带去外面各处玩一下，我这里有正事要办。”
朱徽媞被皇帝哥哥的话吓坏了，急忙站起来和王承恩一起出去了。朱由校看着吴有性，等他回答。
吴有性犹豫了一会道：“陛下，学生不敢杀生，但死人还是敢剖开的。”
朱由校道：“很好。朕让你在医药班找几个和你一样想了解身体内部结构的人，一起去辽南，那里有建奴可以让你解剖。你们仔细观察记录，然后写一本人体结构的书出来，如何？”
吴有性学医几十年，读了很多医书，诊治过很多病例。他发现，有些病不是六淫之邪所致，而是四时不正之气所为，他一直不明白得病的原理，而在医药班，竟然听到细菌致病之说，觉得正好可以解释他遇到的这些病例，所以才有来请教皇帝之事。如今皇帝准许他去解剖人体，自然不会推辞。
他作了一揖道：“学生谢过陛下厚恩，学生一定不会辜负陛下的期望。”
朱由校道：“国内不允许解剖人的尸体，所以朕只能把主意打到建奴身上。蛮夷与我大明人的区别是在精神，肉体并无不同。朕会给你们一个钦差令牌，近卫军各个部队都会全力支持你的。”
吴有性接过魏忠贤递过来的钦差令牌后，跪倒谢过皇帝。朱由校这次没有阻拦，只是说道：“早点动身，等到显微镜研制完善后，朕会派人给你们送过去的。”
第二个进来的学生却不是农学班的，而是一个十三四岁的少年。他作了一揖道：“陛下，器械班学生方以智申请到兵器局去实习。”
朱由校打量着这个少年：十多岁的少年努力装出老成的样子，只作揖显然是听了外面的人说的，而面对着皇帝，终究不能镇定自如，腿微微地抖着。
今年研究院的器械班新生并没有直接进入兵器局实习，因为朱由校认为还是先学一些基础知识了再去后更好一些，而且已经有了去年的学生，对研究院学生的需要并没有那么迫切。
朱由校笑笑道：“你为什么要直接去实习？应该学习的功课你都学好了？”
微微颤抖的双腿渐渐有不支之势，方以智满头大汗地说道：“陛下，学生，学生已经学了课本上的知识，觉得只有和实际相对照，才能真正学到知识。”
朱由校有些奇怪，于是问道：“你在哪里学的？”
方以智回道：“陛下，学生在家里由母亲和姑姑教了一些西方的学识，在这里有些东西学生已经学过了。”
朱由校问道：“你是哪里人？”
方以智道：“陛下，学生是安庆府桐城县人，家父现任兵部职方司郎中。”
原来如此，朱由校点了点头道：“兵器局有许多研究方向，有蒸汽机车，有火铳，有大炮，还有其它的一些研究，那你想去哪里实习？”
方以智想了想说：“火铳大炮，杀人之器，不学也罢，我去学习制造蒸汽机车。”
朱由校大笑道：“小小年纪，倒有些老气横秋的样子，有意思。杀人之器也有其可用之处，象建奴猖獗，如果没有火铳大炮，如何能够杀退他们。朕准你去兵器局实习，希望你能帮助兵器局，造出更好更快的蒸汽机车。”
第三批学生更奇怪，竟然是地理科的两个学生。一个三十多岁，一个二十多岁。两人作揖后，二十多岁的学生开口道：“陛下，学生张岱想要退学。”
朱由校奇道：“你想退学，为什么？别人想进研究院都进不了呢，你竟然想退学？”
张岱道：“学生当时来考，本来想治史的，但是没有历史班，想着历史地理相近，所以报的地理班，但后来才发现，其实学生对地理不感兴趣，既然没有历史，学生觉得还是回家写文治史比较合适。”
第297章 研究院的学生们（二）（）
朱由校想了想道：“是朕疏忽了，研究院确实要多开一些科才行，你看这样好不好，朕在研究院里多加文史一科，戏剧一科。你先留在研究院，对于如何设立文史科仔细思考一下，然后给朕一个建议，朕再开文史和戏剧科，你看如何？”
张岱摇头道：“陛下，学生功名也无，如何能知道文史科如何建立，朝中诸公，文采斐然者多矣。倒是学生祖父曾经在家中建立戏班，学生算是略懂一二。”
朱由校道：“不是说你文采出众才能知道文史科如何建立，只是想让你以一个热爱文史之人的身份，看看应该如何建立文史科，你提供的只是一个方面的意见而已，朝中诸公，朕也将会问询的。既然你也知戏剧，那就一起给个意见吧。”
张岱行礼退后。另一个三十多岁的学生上前作揖道：“陛下，学生徐弘祖觉得我们地理科的更应该外出实习，考察我国各地的山水地形，不管是在经世方面还是在军事方面都会有作用，所以众同窗特意推举学生来向陛下请求。”
朱由校突然想起一个人来，那个著名的旅行家，于是问道：“你的字是什么？”
徐弘祖很是奇怪，低头回道：“学生表字振之。”
朱由校想，原来不是徐霞客呀。他说道：“你这个提议很有道理，地理确实更应该实习，你让你们的司业向院长和副山长申请，自己制定好计划，然后给朕过目一下就行了。”
徐弘祖想不到竟然如此容易就得到皇帝的批准，大喜之下深深地作了个揖道：“学生等谢过陛下的大恩，学生等一定会让实习对朝廷有用的。”
朱由校摇摇头道：“具体的效用倒是其次，朕希望你们实习时，能够把你们路途所见所闻都记录下来，写上一本游记，让大家都知道我大明河山是如何美丽，这才是最主要的。至于军事上我们有专门的测绘人员，找矿开矿你们也应该不擅长，当然如果能发现他们没有发现的东西自然更好。”
这徐弘祖十五岁时，应过一回童子试，但没有考取。他生来有奇癖，很想外出探询名山大川的奥秘，而且想绘天下名山胜水为通志，但因为有年迈的母亲，不忍成行。
徐母心胸豁达，通情达理，积极鼓励徐弘祖放心远游。万历三十六年，二十二岁的徐弘祖终于正式出游，他游历了浙、闽两地，旅途中听说京师大学堂招收地理方面的人才，他深感一人独行有诸多不便，于是便来京师考入了地理班。
他本以为既然是地理科，自然应该是到各处游览考查，不想却是在学一些地理知识。他不淡定了，想要退学，而他去找司业时，司业听了他的意思后，让他来找皇帝阐述自己的意见，他抱着最后一丝希望来问询，不想却得到这样好的结果。
当然，朱由校并不知道，徐弘祖就是后世有名的徐霞客，霞客是他的号而不是他的字。
最后一个是个四十多岁的落拓士子，他作揖道：“陛下，学生凌濛初本是器械科学生，但学生不懂机械制作，所以请求退学。”
朱由校依稀听过这个名字，却一时想不起来这个人是干什么的。但既然自己听过名字，那就不能放过。他笑笑道：“既然不懂机械，当初为何要报考器械科呢？”
凌濛初面带愧色道：“陛下，学生十八岁充补廪膳生，然多次赴考，均未能中试，到现在还是个副贡。因见陛下开新科取士，便欲改弦易辙，因学生曾经做过印书之事，想来学习印刷之术，故而考取了器械科，不想器械科都是如何制造火铳大炮或者蒸汽机的，并没有印刷之术，学生无能，只好申请退学。”
在凌濛初回话时，朱由校绞尽脑汁，还是没有想起来这个人是干什么的，只好放弃。听他说自己擅长印书，便开口道：“其实印书之事，也确实与器械科有关。器械科除了造火铳大炮，也能制造一切机械，印刷也可以用水力甚至蒸汽机做动力。你既然有志于此，不如专门负责研制印刷机械如何？”
凌濛初想了想回道：“其实学生更想要编书，当然对研制印刷机之事也有兴趣，那就来研制印刷机械吧。”
他说到编书，终于让朱由校想了起来，他就是初刻拍案惊奇和二刻拍案惊奇的作者。
他立即说道：“既然你对机械之事不大精通，正好朕要准备在研究院加开文史和戏剧两科，不如你来文史科如何？印刷机械让别人去研究。”
凌濛初自然求之不得，问道：“陛下，学生愿意去文史科。”
朱由校大笑道：“刚才有地理科的张岱也想进文史科，朕要他想一想文史科要如何才能建好，现在这个任务也交给你，到时一起给朕交一份提议书来。”
凌濛初激动不已，谢恩后满心畅快地去了。
朱由校将研究院院长毕懋康找来道：“朕今日遇到几个想要退学的研究院学生，因为他们觉得没有适合自己学习的东西。故而朕准备在研究院新开两科，一门文史，一门戏剧，毕卿觉得如何？”
毕懋康想了想道：“陛下，文史科倒也罢了，这戏剧科是干什么的，专门用来写杂剧的吗？为什么不把戏剧也加在文史里面呢？还有也可以加进来。”
朱由校一想也是呀，戏剧不都是文学类吗，那加进来也不错呀。毕懋康又说道：“陛下，研究院六科并不能包括各种人才，当日报考时说的是某一方面有特长的就可以报考，而报考后却又限定在六科里面，这样自然就会有学生觉得不能学到想学的东西。而今陛下新增了两科，日后又会有人觉得八科之中亦没有想要学习的内容，是不是又要变成九科十科呢？”
朱由校道：“是呀，朕也是这么想的，毕卿可有教我？”
第298章 研究院的新科目（）
毕懋康道：“陛下，臣是这样想的，不如在研究院里专门设一科，名曰杂科，这样不管什么样的人才都可以放在杂科里，然后根据他们的特长，找到相应的教师或者是让他们自行研究，这样会不会好一些？”
朱由校拍手道：“这个办法好，只是听毕卿所言，应该不是一时性起，而是早就有考虑此事，为何不与朕商议呢？难道朕就这么可怕，让你们有话不敢说。”
毕懋康摆手道：“陛下，臣只是有些初步的想法，还未能考虑清楚，自然不敢贸然进言。陛下于研究院里，一直都平易近人，臣怎么会因为怕而不敢说呢。”
朱由校道：“那就好，毕卿能�