伦（古代妻子杀死丈夫是以下犯上，被视为“逆伦”），因而不在特赦之列。不过之前审案时杨乃武、小白菜双双翻供的消息已经被《申报》报道出来，由于案情反复，扑朔迷离，引来朝野瞩目。朝中不少大臣尤其是一些浙江籍京官开始密切关注此事。本来一桩单纯的刑事案件，终于因为有朝中官员的介入，而引入了错综复杂的党争背景。
光绪元年（1875）四月二十四日，刑部给事中王书瑞（浙江长兴人）率先上疏弹劾浙江巡抚杨昌浚等人“复审重案，意存瞻徇”，指责浙江官员是有意拖延案情，目的就是要让杨乃武、小白菜二犯和相关证人不堪折磨，瘐死在大牢中，从而可以草率结案，维持原判，以利考成（指官吏的升迁降贬）。王书瑞还进一步分析了造成这一现象的深层原因，说是杨昌浚明显怀有私心，以致“明知事有冤抑，只以回护同官，碍难从实办理，不承审此案，现俱设法脱身。以致日久未能昭雪”，并指出如果继续拖延，只会给杨昌浚机会让他暗中布置杀杨乃武、小白菜等人灭口。
这一奏疏言辞非常尖锐，矛头直指浙江巡抚杨昌浚。而且王书瑞奏疏上后，京官应者云集，纷纷紧跟着上书弹劾。杨昌浚一时间成为众矢之的，不得不上书为自己辩护，说决非有意迁延案情，实在是因恰逢封篆，又遇上国恤，兼有本省科考；又指出杨乃武、小白菜虽然翻供，但药铺老板“钱宝生”供词始终如一；杨乃武家人还多次到药铺闹事，胁迫“钱宝生”翻供。
尽管如此，由于此案闹得朝野耸动、家喻户晓，受到的关注度实在太高，慈禧太后还是决定不理睬杨昌浚的辩护，派刚简放浙江学政的礼部侍郎胡瑞澜（湖北武昌人）就近复审，并严命杨昌浚好生看管犯人和证人，一旦有瘐毙发生，将给予严惩。这里特别要强调一句，杨昌浚（湖南湘乡人）是湘军的重要将领。关于湘军与中央朝廷的矛盾，《刺马案》中已经有明述。实际上，从政治力量开始介入杨乃武和小白菜案后，更为复杂的暗中角力就已经开始了。案情开始笼罩上一片阴霾。
胡瑞澜是个典型的文官，其人以饱学闻名，所著传世的作品有《读史日抄馆课诗赋》、《湘帆杂咏》、《越吟草》、《星轺杂纪》、《星轺续纪》、《海槎日记》、《海槎续记》、《训士质言》、《教士申约》、《教士隅说》等。慈禧太后选中他，就是因为他在浙江当地很有些名望。这样学富五车的人来审案，结果应该能令人心服口服。不过胡瑞澜的名望完全是来自学术，他本人丝毫不谙刑名，所以当杨乃武得知新任审讯官是胡瑞澜时，知道翻案无望，在狱中自挽一联道：“举人变犯人，斯文扫地；学台充刑台，乃武归天。”
杨乃武小白菜已经成为举国瞩目的疑案，胡瑞澜被钦命为主审官，受命于浪口峰尖，本人压力也相当大。而他一到杭州，浙江巡抚杨昌浚就派人来告知说：“此案已经反复审问多次，无偏无枉，不宜轻易改动，不然引起士林不满，地方官吏今后也难以办事了。”这实际上是一种威胁，既是说给胡瑞澜听的，也是说给朝廷听的。
胡瑞澜看了几天卷宗，也看不出个所以然来。他也知道自己从没审理过案件，能耐实在有限，所以又临时选了宁波知府边葆诚，嘉兴知县罗子森，候补知县顾德恒、龚世潼四人共同审理。特别要强调的是，这四人均由杨昌浚向胡瑞澜推荐，其中边葆诚和罗子森均是杨昌浚湖南同乡，边葆诚还是余杭知县刘锡彤的姻亲。胡瑞澜这位老夫子，办事堪称认真，但他一上来不是查看案件源头，而是抓住了杨乃武写的申诉状不放，所以这次复审从一开始就偏离了方向。
经过紧锣密鼓的调查后，胡瑞澜发现杨乃武申诉状中有许多捏造的事实，正是前面所提到的，如小白菜与粮胥何春芳有奸情等等。甚至连之前长工王阿木冒名王廷南到都察院递交申诉材料都被胡瑞澜穷追猛打地挖了出来。在这样的情况下，胡瑞澜认为杨乃武有意欺瞒，一心要掩盖事实、销证灭迹，因而提审犯人过堂时，胡瑞澜命人对坚持翻供的杨乃武和小白菜动用了酷刑。杨乃武双腿被当场夹断，小白菜的十指也全部被拶脱，露出了白骨。二人受不了严刑拷打，再次照原供诬服。
得到了口供，胡瑞澜还没有就此高枕无忧。此案因为案情变幻反复，审理多次，其间犯人、证人供词多有矛盾之处，为了让案情尽快了结，成为定谳，他很是费了一番心思。比如有证人说同治十二年八月二十四日葛品连因腌菜迟误殴打小白菜，小白菜自剪其发欲出家为尼，杨乃武听闻后前往探问，走到王家门口见房内人多，没有进去就返身而回；但又有证人说看见杨乃武在小白菜房中调情，被葛品连撞见后，杨乃武逃走，葛品连一怒之下殴打小白菜，邻居前来劝解时，葛品连借口说是因小白菜没有腌菜。这两种说法差别很大，胡瑞澜经过考虑后，改成“该日虽为腌菜迟延争闹，实为与杨奸情引起”。又如葛品连母亲喻氏怀疑儿子死因盘问小白菜一节，喻氏先是说小白菜拒不招认谋毒情节，后来又说从小白菜口中盘出与杨乃武勾结谋毒情形。前后说法不一，明显矛盾，胡瑞澜改为“葛毕氏初则言语支吾，继称杨乃武交给流火药”。这样，经过刻意的修饰后，整个结案报告的漏洞均被弥补，看起来天衣无缝。
光绪元年（1875）十月初三，胡瑞澜将案情审结上报朝廷，称此案无有冤滥，拟按原审判罚定罪：葛毕氏以因奸同谋杀夫罪，拟凌迟处死；杨乃武以奸夫起意杀死亲夫罪，拟斩立决，又以作假呈词京控，罪加一等；“钱宝生”拟以私卖砒霜致成人命罪，拟杖八十；王阿木以强令“钱宝生”递交悔呈，又为叶杨氏作抱京控，与王廷南、姚士法等拟杖八十；杨恭治、吴玉琨等为杨乃武具呈作证，递具公禀，因不知杨乃武因奸谋命情事，与并未通奸之何春芳，并未诈赃之阮德，均不予追究罪责。
除了结案报告外，胡瑞澜还向朝廷上呈了《招册》，即包括案犯杨乃武、小白菜的供词和沈喻氏、王林、“钱宝生”等证词在内的详细记录。本来按照惯例，总督巡抚审理的死刑案件只需呈报审结报告，不需要人犯供述和证人证词。胡瑞澜这样做，自然是为了表示自己秉公执法，没有徇私舞弊。
由于胡瑞澜审理此案是以钦差的身份，案情审结后，原承审官员均如释重负，弹冠相庆，还设宴宾客，都以为此案历经七审，铁证如山，不会再有反复了。然而，杨乃武案当时已经众所瞩目，成为舆论的热门话题。而案情牵扯进来的两方力量，一派是握有重权的浙江巡抚及湘军势力，一派是手无寸铁的小民，在大多数人的心中，自然而然地同情弱者，不少人更是坚信这是一桩酷刑下造就的冤案。没想到被寄予厚望的胡瑞澜最后审理的结果，依旧是维持着小白菜凌迟处死、杨乃武斩立决的原判。《申报》将胡瑞澜的审结报告予以报道后，朝野一片哗然，舆论汹汹，愤愤不平的人大有人在。
光绪元年（1875）十月十八日，户部给事中边宝泉率先发难，上奏揭发胡瑞澜与浙江巡抚杨昌浚素来交好，胡瑞澜办理杨乃武案时“外示严厉，中存偏袒”，有官官相护的嫌疑。尤其在关键环节上，胡瑞澜没有详加追究：一来是因为胡瑞澜本职掌学政，没有办过刑事案件，抓不住要害；二来胡瑞澜为杨昌浚的下属，其考成决定于杨昌浚，他当然不敢翻案得罪杨昌浚。为了表示公正，边宝泉建议该案应该交给刑部从头审理。
这位边宝泉倒跟前面那位刑部给事中王书瑞不同，并非浙江籍官员。他原籍奉天辽阳，其祖先随清军入关，属镶红旗汉军籍。在严厉防范汉人的清王朝，边宝泉可谓是朝廷的亲信一派了。甚至当年风云人物直隶总督李鸿章献瑞表，他也敢上书揭发李鸿章其人妄言妄为，不过是媚上取宠。
边宝泉奏疏上后，不但得到百姓的一片叫好声，还得到了许多官员的鼎力支持。当时怀疑杨乃武案案情可疑的除了浙江籍官员如夏同善外，还有大学士翁同龢（江苏常熟人，光绪皇帝老师）、刑部分管浙江司刑狱的司官林拱枢（林则徐第五子）等官员，因而支持将杨乃武案交给刑部复审的官员势力很大。但出人意料的是，慈禧太后却没有批准，理由是按照清朝惯例，刑部作为职掌全国刑狱的部门，事务极为繁忙，凡外省审理过的案件，不能再递交到刑部重新审理。不过，慈禧太后虽然否定边宝泉的提议，但却同意将此案案卷交给刑部详细审研，看是否有可疑之处，一一标出后，再交胡瑞澜进一步查究明晰。显然，这既是慑于朝野的舆论压力，也有慈禧太后复杂的心理在里面。
江浙是朝廷赋税重地，也是慈禧太后心中最深的痛。自太平天国平定，江浙之地一直为湘军所把握，成为朝廷的心腹大患。清廷曾经想努力改变湘军坐大一方的局面，并为此采取了种种措施，然而随着同治九年（1870）七月两江总督马新贻在南京遇刺，朝廷从湘军手中夺回江浙的计划彻底破产。尽管湘军鼻祖曾国藩不久后去世，但江浙地方实权长期把握在湘军一系手中，即使是中央政令，也经常有力所不能及的时候。杨乃武小白菜案为浙江封疆大吏亲自审定的要案，如果轻易发到刑部复审，那些浙江地方官员如何能服气？浙江巡抚杨昌浚为湘军重要将领，在已经七审七决的情况下再怀疑他的审案结果，湘军那些人会不会又认为朝廷是有意针对他们？就算杨乃武小白菜有冤情，考虑到种种不稳定的因素，慈禧太后也不愿意轻易与地方失和。但另一方面，如果真的是冤案，也许反倒是向湘军下手的一个机会。正是在这种矛盾的心态下，慈禧太后这才同意将案情发给刑部审查。
刑部接到案卷后不敢怠慢，抽调大量人手日夜阅览材料，目的只有一个——那就是找出疑点。很快，一些疑点被罗列出来：如杨乃武向“钱宝生”购买砒霜，“钱宝生”作为最重要证人，却仅仅被余杭知县刘锡彤传讯过一次，其后各次审讯均未提鞫，也从来没有让杨乃武与其当面对质，这岂不是太不合情理？
刑部提出的疑问被发给浙江学政胡瑞澜，要求他如实答复。胡瑞澜本来就是个学者，擅长文字上的功夫，立即上了一篇长奏，不但回答了刑部的疑问，还对所有疑问都作了细致弥缝，整个案情看起来更加无懈可击。
因为众人心中已经认定杨乃武是冤案，而朝中大臣为了迎合慈禧太后想借机对浙江官员下手的人大有人在，胡瑞澜这种答复当然不能令人满意，质问他的声音此起彼伏。
就在这个时候，经手杨乃武案的重要人物浙江按察使蒯贺荪突然于光绪元年（1875）十二月初二病死。不久前，蒯贺荪之子也已经病死。街头巷尾将其父子之死与杨乃武案联系起来，为此议论纷纷，满城风雨。
红顶商人胡雪岩也没有停止对此案的关注。在他的努力下，翰林院编修夏同善召集了在京任职的浙江籍官员，发动大家要为家乡做实事，当然，这实事就是要为杨乃武翻案。如果杨乃武冤情不得昭雪，整个浙江的读书人都将没有面子。在夏同善的号召下，浙江籍京官包括内阁中书汪树屏、罗学成，翰林院编修许景澄，户部主事潘自疆，吏部主事陈其璋，户部主事张桢、何维杰、周福昌、吴昌祺、徐世昌、徐树观，刑部员外郎郑训承，刑部主事濮子潼，刑部员外郎汪树堂（汪树屏兄长），主事戚人铣，工部员外郎吴文谔、邵友濂，工部主事梁有常共十八人，联名写了一份呈词，其中举出了杨乃武一案中种种可疑之处，还增加了他们听闻来自家乡的消息，要求朝廷将此案交给刑部审理，并昭示天下，以释群疑。又说此案如不平反，浙江将无一人肯读书上进矣。呈词由二十八岁的浙江余杭人李福泉呈递到都察院。
十八名官员联名呈控非同小可，都察院立即奏报给慈禧太后。慈禧太后尚在犹豫不决之时，与夏同善关系亲密的刑部侍郎袁保恒（河南项城人，袁保庆堂弟，袁世凯叔父）与大学士翁同龢也上奏疏指出胡瑞澜结案报告中疑点重重，如果再要胡瑞澜重审，只能适得其反，他必然全力掩盖案情中的漏洞和疑点，弥缝周圆，只有将此案发刑部重审，才能秉公论断。慈禧太后见杨乃武案已经轰动天下，又有这么多的浙江籍官员支持重审，疑虑被打消了，当即同意将此案发到刑部重审。刑部尚书皂保和桑春荣接奉谕旨后，不敢拖延，一面组织官吏阅览此案的全部卷宗，一面通知浙江巡抚杨昌浚，将有关犯人和证人押解到北京刑部。此时，已经是光绪二年（1876）的正月。
然而，光绪二年（1876）正月十六，杨乃武一案中最重要的证人“钱宝生”突然在杭州大狱中暴毙身亡。事情发生在最关键的时刻，“钱宝生”之死自然引来多方猜测。浙江巡抚杨昌浚和浙江学政胡瑞澜上报说“钱宝生”是在狱中病故。但有衙役说“钱宝生”是自缢身死。也有曾与“钱宝生”同狱的犯人出狱后说，“钱宝生”是余杭知县刘锡彤和杭州知府陈鲁联合买通狱吏杀死的，为的是杀人灭口。《申报》的报道则说胡瑞澜为答复刑部疑点，曾将“钱宝生”提杭州审讯，之后派差役押解其回余杭县，“钱宝生”回到家中，突然腹痛如绞，随即病故。
不论事实的真相如何，直接证人“钱宝生”一死，给审案带来极大的影响。无奈之下，只好由“钱宝生”的母亲姚氏和药铺店伙杨小桥作为替补证人。在临出发前，杨乃武家人找到杨小桥，送上银洋六百元，不求其他，只求他能说实话。
因为担心路途上再出意外以及犯人、证人串供，押解分批进行。最先被押解上路的只有小白菜一人，她坐在囚车当中，枷锁镣铐加身，四周都是戒备森严的兵丁衙役。虽然是生平第一次踏上了远途，但前方不知道什么样的命运在等待着她，心情之凄凉可想而知。当时舆论虽然支持翻案，但无论是官员还是百姓，同情的均是杨乃武，对攀诬杨乃武的小白菜则极尽辱骂鞭挞之能事。《申报》更是公然报道她“本为土娼”，并不是葛品连明媒正娶的妻子，她一个人下毒谋害了丈夫葛品连，又诬陷素有仇隙的杨乃武，作为报复。相比于杨乃武备受怜悯关注的处境，她可谓千夫所指了。
第二批押解的是证人，包括喻氏（葛品连母）、沈体仁（葛品连继父）、王氏（小白菜母）、王心培、何春芳、姚氏（“钱宝生”母）、店伙杨小桥等，一共数十人。浙江巡抚杨昌浚曾以姚氏患有癫痫病、王氏有年幼女儿为借口，请求免提二人进京，只写出证词画押即可。但被刑部断然拒绝。
杨乃武被单独安排在第三批。一路上，他和小白菜的刑伤都得到了治疗，这是因为之前胡瑞澜等人均上报说没有动用酷刑。因为刑部的严密关注，沿途均由当地官府照顾，路上倒是没有出什么差错。
光绪二年（1876）三月二十七日，第二批上路的证人抵达北京。在按照惯例搜身时，刑部人员从葛品连的母亲喻氏身上搜出一张字条，写着“刑部司员文起暨浙江粮道如山宅内居住之刘殿臣，余杭县署内姜位隆恳托”的字样。因为字条中涉及刑部官员，刑部立即如临大敌