被削弱。同治二年（1863）初，清廷任命多隆阿为钦差大臣，西进攻打回民武装起义，相继攻陷了回民的后方基地羌白旗、王阁村等地，并以“护汉”为借口，大肆屠杀回民，史家河一带六十里之内尽成白地，渺无人烟。任武遭受巨创后，率部退往甘肃一带。此后，甘肃、宁夏、青海广大地区的回民也纷纷起义，逐渐形成了四支主要的军事力量：以马占鳌为首的起义军活动于甘肃南部；以马化龙为首的起义军活动于宁夏南部；以马文义为首的起义军活动于青海东部；以马文禄为首的起义军活动于甘肃西部。这其中，以马化龙部的力量最强，马化龙也因此成为整个西北回民起义军的一杆大旗。西北局势如此动荡，清廷深感不安。同治七年（1868），清朝廷派左宗棠以钦差大臣的身份西征。左宗棠经过周密计划后，没有直接进攻甘肃回民军，而是先将矛头对准了在陕甘交界处活动的董福祥部。董福祥部在重兵围困下被击溃，董福祥本人突围而出，但其父董世有和弟弟董福禄被清军招降。左宗棠又通过董世有招降了董福祥。从此，董部成为清廷对抗回民军的急先锋。清军的下一个目标是回民军中势力最大的马化龙。马化龙见清军势大，多次请求投降，并改名为马朝清。同治八年（1869）八月，清提督刘松山率老湘军到马五寨受降，被回军中反对投降者开枪打死。回军乘势反攻，清军大败。左宗棠认为马化龙“阳虽就抚，阴实助逆”，主张“痛剿以服其心”，此后加强了对马化龙部的进攻，由刘松山之侄刘锦棠继统老湘军力攻马化龙基地中心金积堡。同治九年（1870）底，马化龙再次投降。左宗棠阴谋“先抚后剿”，命令马化龙召各地回军至金积堡就抚。结果各地回军被骗到金积堡后，左宗棠大开杀戒，一人不留，马化龙也被处死。不久，左宗棠在太子寺击败甘肃南部回民军，并打败了青海回民军马文义部，占领西宁。同治十二年（1873），甘肃西部回民首领马文禄战败，向清军投降后被杀，清军占领肃州。至此，坚持十二年之久的西北回民起义全部失败。］
此供一出，匪夷所思，惊世骇俗。审讯官员惊愕相视，难以相信。录供者也停下了笔，不敢记录。江宁将军魁玉知道了后，不断摇头，连称“荒唐”。他亲自审问张文祥，张文祥只说：“我为天下除了一个通回匪的叛逆，有什么不好？”
被追问得急了，张文祥干脆说：“将军是主使人。”魁玉问道：“将军是谁？”张文祥大笑：“就是江宁将军你呀。”魁玉因此十分难堪。
后来时金彪被官府逮捕，带来江宁与张文祥对质。时金彪竭力否认张文祥的供词说：“张文祥诬我说过马大人勾通回匪的话，我伺候马大人多年，他家虽是回教，总没见他与回教人来往。现在官至一品，更不敢遵奉回教，我如何敢昧良心说马大人通回匪，实在是他诬报我的。”
面对时金彪的对质，张文祥也改了口供：“小的所供时金彪曾向小的告说马大人勾通回匪的话，是小的前因救过时金彪性命，将他报出帮同作证，好污蔑马大人的。现与时金彪对质，小的也不敢狡执了。”
张文祥说马新贻通“回匪”，是有意为之，将马新贻绕到勾结回民谋反的大罪里，主审官员有所顾忌，便不敢再多追问。但这供词实在太过荒诞，明显是无稽之谈。不过，张之万、魁玉为了维护马新贻的清誉，刻意隐瞒，没有奏报朝廷。尤其是张之万、魁玉提审时金彪时，只有布政使和按察使参加，且连审两次均未录供。这就难免有欲盖弥彰的嫌疑，是以物议纷歧，讹言蜂起。
传闻说，马新贻是回人，信伊斯兰教，其父是山东菏泽回人的首领，与甘肃回王一直保持着紧密的联系。马新贻与太平军、捻军作战时，军火多来自回民的资助，所以才屡立战功，一路升迁。马新贻对回王感恩，一直想要有所回报。马新贻的亲兵徐义本是太平军侍王李世贤部下，与张文祥是旧识。有一天，张文祥在杭州偶然遇到了徐义，徐义告诉他说：浙江巡抚马新贻正与甘肃回部联络，要与回王一起逐鹿中原。张文祥听了很是愤慨，认为马新贻背叛清朝是坏了良心，当场怒骂：“此等逆臣，吾必手刃之！”刚好此时马新贻下令取缔非法营业的小押店，张文祥的小押店也在其中。张文祥生计被断，联想到马新贻私通回部、蓄谋造反的行为，便决定刺杀他，一是为国除害，二是泄己之愤。
在这个版本中，张文祥已经成了保卫清室、报效朝廷的有功之人，而马新贻则是通敌的叛国贼。而这个故事之所以广为流传，得力于漕帮盐枭在茶坊酒肆中大肆宣扬。以漕帮和湘军的亲密关系，可想而知，如此刻意丑化马新贻形象的故事，只能出自被马新贻以高压手段对付过的湘军将领之口。只是不知道曾国藩听到这一版本的传闻后，在面对传说中的“英雄”张文祥时，会不会是哭笑不得的感受。
第三种传闻是张文祥“为天地会复仇”说。
传闻说，张文祥曾经是湘军鲍超部下。鲍超是有名的湘军将领，其部号称“霆字营”，为湘军主力，不过军纪败坏，经常公然掠夺地方民众，号称“所过残灭如项羽”。张文祥加入霆字营后，由于作战勇猛，受到鲍超赏识，被提拔为新兵营哨官。当时湘军内部时兴结盟自保，不少人都是哥老会成员，霆字营也有哥老会组织，张文祥加入了哥老会，并成为一个小头目。湘军后期，霆字营受哥老会煽动，在湖北金口闹饷，发生哗变。张文祥趁乱逃到天目山，躲进一座寺庙里。刚好寺庙长老是天地会首领，以出家人的身份做掩护，指挥山下的天地会从事反清复明的活动。张文祥知道真相后，加入了天地会。后来马新贻任浙江巡抚，在宁波、台州大肆“剿匪”，捕杀了不少天地会成员。寺庙长老十分痛心，便委托张文祥杀马新贻为天地会会友报仇。
这是第一个公然将刺马案与湘军联系起来的传闻。
第四种传闻是“洋教”说。
传闻说，马新贻在上海与小刀会作战时受了伤，在董家渡医院治疗时受洗加入了天主教。他上任两江总督后，与法国天主教江南教区的主教郎怀仁来往密切，关系极为特殊。安庆教案发生后，法国驻华公使罗淑亚到江宁同马新贻交涉，马新贻对罗淑亚极其友好，一切照法国人的要求办理。事后，马新贻与安徽巡抚英翰联衔发布告示，极力宣扬天主教的善行，劝人维护外教，并勒石竖碑保卫天主教。马新贻又派兵保护在江宁等地的天主教堂。同治九年（1870），江宁发生反洋教活动，组织者是提督陈国瑞。陈国瑞还得到了江苏布政使梅启照的暗中支持，帮助印刷了大量宣传传教士残杀中国幼童的材料。马新贻知道后十分生气，派兵捉拿陈国瑞。陈国瑞逃离江宁，经扬州到天津，参加了反洋教的活动，并得到了醇亲王奕的支持。天津教案发生后，法国传教士及驻华公使公开以武力威胁，要求惩办陈国瑞，但由于醇亲王的庇护，被军机处敷衍过去。马新贻被刺杀后，传教士反应强烈，镇江城里的传教士还公然为他搞悼念活动。刚好张文祥供词中有“养兵千日，用兵一时”的说法，又因为如没有内线指引，张文祥根本就无法进入马新贻由校场回署的箭道，不可能在光天化日之下、在刀枪林立之中，一刀杀了两江总督大人。于是，江宁城中又流传着是醇亲王奕和陈国瑞指使张文祥刺杀了马新贻。而更为离奇的是，陈国瑞后来被发往黑龙江齐齐哈尔当差，于光绪八年离奇死于黑龙江戍所，风传他是被人杀死。
［同治八年（1869）初，法国天主教教士韩石贞（Plerre Hende），英国内地会教士密道生、卫养生等人来到安庆，以超低价格强行购买民房，拆除后改建为教堂，由此引发当地民众的不满。当年五月，湖南反教揭帖（传单）传到安庆。当时正值府院考试，安庆府各地文武考生云集于此，看到揭帖后群情激奋，对外国传教士强取豪夺的行径十分愤怒。到了九月，考场附近贴出了揭帖，号召大众在某个日期一起去拆毁教堂。九月三十日，英教士密道生、卫养生乘轿赶到安庆府署，要求查办散发揭帖之人。民众和考生听说后，十分愤慨，武举王奎甲率众捣毁了位于西右坊、东右坊英法传教士的住所，密道生、卫养生逃入安庆府署，韩石贞连夜乘船逃往上海。这就是安庆教案。当年十月初三，英国驻华公使阿礼国和法国驻华公使罗淑亚联合对清廷进行要挟。为了达到恫吓的目的，罗淑亚还与法国水师提督一起率六艘兵船赶往上海，又派四艘兵船赶赴江宁，另派两艘兵船经安庆、九江至汉口查办教案。清廷立即屈服，立即命两江总督马新贻等迅速结案。马新贻对罗淑亚的无理要求一一答允：将安庆城内的官地或仓廒衙署拨给教会作为堂基；赔偿损失四千元；惩办“肇事首犯”等。］
曾国藩本人就是在天津教案上栽了个大跟头，与洋人有关的一切都令他避之如虎。而醇亲王奕是恭亲王奕？亲弟，慈禧太后亲妹夫，正受太后力捧，广结八旗子弟，整顿神机营，隐有制约湘、淮两军的用意，是个绝对碰不得的人物。因此对于这个版本的故事，他不愿意相信，也不敢追查。
第五种传闻是“督抚不和”说。
传闻说，是江苏巡抚丁日昌花三千两银子买通张文祥，谋杀了马新贻。
江苏巡抚为两江总督下属，管辖苏州、松江、常州、镇江四府和太仓直隶州，驻在苏州。之前，太湖水师哨勇徐有得、刘步标陪同哨官王有明到苏州看病。当晚，徐有得、刘步标二人闲逛妓院，刚好遇到丁日昌族人都司丁炳、范贵等人。双方因为争夺一名美貌妓女起了冲突，打起架来。刚好苏州亲兵营游击薛荫榜带兵巡夜，将滋事的双方都抓了起来，各打四十军棍，以示警戒。偏偏徐有得很不服气，结果又被加打了四十军棍。这件事就此了结。
不料四天后，徐有得伤重而死，事情一下子就闹大了。江苏巡抚丁日昌为了表示自己公正，主动上奏，自请议处。此时他还不知道当天晚上在妓院参与打架的还有自己的儿子丁蕙蘅（时为候补道员）和侄子丁继祖，后来知道事情经过后，后悔莫及，但也无可奈何。
朝廷将案件交给了两江总督马新贻处理。马新贻接案后，倒也十分认真地秉公处理，但丁蕙蘅始终不肯来江宁投案，派人前去传唤，丁日昌则推托说儿子夜里越墙逃匿，不知去向。而实际上，许多人亲眼见到丁蕙蘅在巡抚衙门进进出出，毫无顾忌。这期间，丁日昌多次向马新贻请托，希望他高抬贵手。马新贻认为丁蕙蘅拒不投案是故意藐视自己，又因丁日昌是曾国藩亲信，十分警惕，置之不理。就是从这个时候，“督抚不和”的故事开始广为流传。
由于丁蕙蘅拒不到案，此案拖了将近一年也无法结案。马新贻十分恼怒，决定强行结案，将丁炳、薛荫榜、丁蕙蘅、丁继祖等人都处以革职，并判出款一万两白银以安置死者。丁蕙蘅仗着父亲是江苏巡抚，坚持不肯归案，马新贻也有办法处理，上奏请交朝廷议处。
以上全部是真事。四十天后，马新贻遇刺。最可疑的是，马新贻遇刺当天的阅射，按照惯例总督和巡抚都要参加，但江苏巡抚丁日昌却并未到场。他已经在刺马案发生前夕自苏州赶赴天津。
不过，丁日昌赶赴天津却是奉旨所为。当时，曾国藩处理天津教案不力，被全国上下痛骂，曾国藩感到难以支撑，便上奏请求另派大臣赴津协同办案。于是清廷选中了有“洋务能员”之称的江苏巡抚丁日昌。六月二十八日，清廷下谕令命江苏巡抚丁日昌赴津办理教案，因其路远，难以速至，又命工部尚书毛昶熙先赴天津。
奇怪的是，丁日昌接到谕令后，没有立即赶赴天津，而是一直拖到七月十四日。当时，从苏州到达天津需要十天左右，也就是说，丁日昌是在马新贻遇刺前十天就离开了苏州，并且刚好在刺马案发生的前一天——也就是七月二十五日到达了天津。一下船，丁日昌便直奔直隶督署，与曾国藩密谈良久。正是在当天，江宁大雨，马新贻阅射未能成行。
第二天，七月二十六日上午，身在江宁的马新贻被张文祥刺杀于回府衙的路上的时候，在天津，曾国藩正赶去回访丁日昌，秘密交谈了近一天。
第三天下午，马新贻因伤势过重而死时，曾国藩正在午睡，还在日记中记录当时的心情是“心不能静”。丁日昌随后赶到直隶督署，二人又是一番密谈，直到深夜。
刺马案后，丁日昌一直滞留在天津，直到朝廷让曾国藩回任两江总督的上谕到达。当时曾国藩处理天津教案不当，“残民媚外”，备受中外抨击，回任两江总督能够将他从泥潭中拉出来，绝对是一件好事。但曾国藩与心腹反复商议后，决定以身体多病为理由，固辞两江总督。不料朝廷的态度十分坚决，有病也必须去两江。
此时，太常寺少卿王家璧上奏，直接指出总督马新贻被刺与江苏巡抚丁日昌有关，说：“江苏巡抚丁日昌之子被案，应归马新贻查办，请托不行，致有此变。”还说，“闻此言者非臣一人，臣所闻者亦非一人所言，其言时皆相顾叹息，及向根询，则皆畏累不敢尽言。臣思陕西僻在西隅已有所闻，江南必有确实公论，属吏或难兼采，京师相距较近，亦必有所传闻。”连京官都这么说，可见“督抚不和”的传言流传很广，绝非一日之功。
丁日昌在马新贻遇刺前离开十分可疑。王家璧为此再次上奏说：“此其尤著者，丁日昌本系矫饰倾险小人，江南大小官员甚多，此事不疑他人，而独指该抚之子，难保尽出无因。或其子妄为而该抚不知，抑或与知而乘其驶赴天津，可以使人不疑，均难悬揣。”一针见血地指出丁日昌赶赴天津是有意要避开嫌疑。
尽管丁日昌有种种证据，可以证实他确实因公事才离开两江，并非刻意制造不在刺杀马新贻现场的证明，但朝野上下沸沸扬扬，将怀疑的目光投向丁日昌的大有人在。流言蜚语满天飞，丁日昌有一百张嘴也说不清。尤其是他到达天津后，奴相毕露，更加明目张胆地卖国求荣，比曾国藩有过之而无不及，以致被人称为“丁鬼子”。天津人还四处张贴告示，揭露他在江苏巡抚位上种种贪污丑行。
丁日昌看到时论的发展对他极为不利，急忙离开天津，火速赶回苏州。回去后也是如坐针毡，见到曾国藩始终在京城磨磨蹭蹭不起程，实在按捺不住，上奏请求朝廷敦促两江总督曾国藩尽快到任。
丁日昌是湘军一系的人物，曾是曾国藩的幕府和亲信，他上奏的本意，自然是希望曾国藩来江宁主持刺马案，局面会对自己更加有利。不过这道奏折倒也十分合慈禧太后的心意，立即下旨督促曾国藩起程赴任。
就在丁日昌日夜忧叹的时候，其母突然去世，他需回广东老家丁母忧。朝廷下谕旨免去丁日昌江苏巡抚之职，调漕运总督张之万任江苏巡抚。此时，曾国藩正在回任两江总督的路上。
这一版本除了丁日昌是否刺马主谋尚待商榷外，其他均为真事，顺理成章，是唯一得到了朝廷官方讨论的说法，看起来较为可信。尤其曾国藩先是推辞两江总督之位，不愿接手，之后又�