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下面是提审行贿人程光奎、吴泌。二人被带进大堂后，钦差张鹏翮听说这两名举人是有名的文理不通，于是先简单考了下二人的学识，结果吴泌连两句《三字经》都背不下来，程光奎写《百家姓》中，“赵、钱、孙、李”四个字中就错了三个，唯一写对的“钱”字也是七扭八歪，不成样子。张鹏翮愤慨至极，一拍桌子，怒问道：“你们到底行贿多少买来这举人功名？快从实招来。”程光奎哪里见过这等阵势，吓得立即招供说：“小人出了黄金十五锭，每锭二十两，一共是三百两。”吴泌马上也跟着承认自己行贿了三百两黄金。
这样一来，问题就出来了——程光奎和吴泌各出三百两黄金，一共是六百两，可副主考官赵晋供认只收到三百两黄金，另外的三百两到哪里去了呢？追问之下，吴泌供出他的三百两黄金是托前任安徽巡抚叶九思的家人李奇代转的，这三百两到底给了谁，只有李奇知道。
李奇当即被拘到了堂上，一见到现场钦差高坐，督抚各坐一边，差役环伺，顿时吓得战战兢兢，一经喝问，便立即交代另外三百两黄金贿款交给了泾县知县陈天立，由他代转给两江总督噶礼。此言一出，全场愕然。
噶礼首先跳了出来，下令将李奇拖下去乱棍打死。张伯行立即出面制止，坚持继续审讯李奇，将事情弄个水落石出。噶礼暴跳如雷，一定要对证人用刑，并极力阻挠再审下去。堂上气氛顿时紧张起来，眼见督抚之间剑拔弩张，一个要打，一个不准打，差役们也不知所措。最后还是钦差张鹏翮站出来宣布暂且将李奇收监，押后再审，然后下令退堂，一场闹剧才就此结束。
一审结束，通同作弊的大后台两江总督噶礼已经浮出水面。钦差张鹏翮应该立即将实情上奏康熙皇帝，但一向刚正的他却在此时犹豫了起来。他有两个儿子：长子张懋诚，次子张懋龄，均工诗，但张懋龄因为娶山松衍圣公孔毓圻（孔子六十七世孙）之女为妻而名气更大。当时其长子张懋诚任安徽怀宁知县，刚好归两江总督管辖。噶礼一度派人威胁张鹏翮，扬言要对张懋诚下毒手。
张鹏翮爱子心切，心有顾虑下，又考虑到清朝历来扬满抑汉，在汉大臣与满大臣的相争中，从来就是以汉大臣惨败而告终，更何况噶礼还与康熙皇帝有着特殊的关系，最终决定偏袒噶礼一方。他不但不据实上报，还微服私访张伯行，劝说道：“噶礼是封疆大吏，又是皇上信赖的大臣，事情万一闹大，皇上的面子过不去，我们都不好交代。这件事，还是就这么算了吧。”张伯行却义正词严地回答道：“钦差一向有清正廉洁、执法如山的名誉，切不能因为个人恩怨袒护权臣。如此一来，天下将无正义可伸，上负天子爱才之心，下屈壮士报国之志。我不能赞成息事宁人的态度。”
张鹏翮虽然心有惭愧之意，但为了自己的利益，还是抹下面子，竭力劝说张伯行让步，就此结案停审了事。孰料张伯行也是个牛脾气，坚决不肯屈服。二人就此不欢而散。
！】几天后，两道加急奏折先后送到康熙皇帝案前：第一道是江苏巡抚张伯行弹劾两江总督噶礼的。说外间舆论盛传总督噶礼与监临、提调各官暗中受贿而鬻卖举人头衔。又传说事情败露后，总督噶礼勒索银五十万两。对噶礼的种种不法行为，张伯行痛心疾首：“督臣忍负皇上隆恩，擅作威福，卖官卖法，复卖举人，贪残暴横，恶贯满盈，只缘权势赫奕，莫敢撄其锋以贾祸。仰祈敕令解任，一并发审，俾舞弊之人，失所凭借，承审之官，亦无瞻顾，庶几真情得出，国法得伸。”（《历朝四百五十人传记》）请求皇帝立即将噶礼解任审查。第二道则是噶礼弹劾张伯行的。声称张伯行阴谋诬陷，有意败坏总督名声。又因为当时刚刚发生了戴名世《南山集》的文字狱，举报《南山集》在苏州（江苏巡抚驻在苏州）刊刻，张伯行知情不报，且与为《南山集》作序的方苞交好，甚至有意包庇。又罗织了其他多项罪名，指责张伯行玩忽职守。
【人！】康熙皇帝看到奏疏后大怒，认为督抚互参有失大臣体统，下令将噶礼和张伯行二人一并免职，责令钦差大臣张鹏翮会同漕运总督赫寿再审。清朝漕督衙门设在淮安（黄河、运河交会之处，漕运咽喉之地，今江苏淮安），赫寿接旨后不敢怠慢，立即从淮安起程，坐船经大运河赶往扬州。
！】总督和巡抚均是地方最高长官，即所谓的封疆大吏，督抚互相攻讦弹劾是朝廷大事，而江南更是朝廷的财赋重地。督抚互参一经传出，一时间成为轰动天下的大奇闻。这场科场案的审理，实际上已经变成了贪官和廉吏之间的较量。朝臣也各有立场，本来简单的科场案立即牵扯上了朋党之争和满汉之争，局势开始复杂化。
！】《清稗类钞》还记载了富有戏剧性的一幕，噶礼和张伯行奉旨革职、于行辕对簿完毕后，二人出门时因相争不下，继而大打出手。噶礼身材雄壮，张伯行也是高大魁梧，噶礼最终被张伯行踢了一脚，“踣于地而滚”。
远在京师的康熙皇帝无时无刻不在关心江南的发展，密令曹寅和李熙多方打探。几天后，江宁织造曹寅的密折送到，其中说：“臣留心打听张鹏翮与赫寿所审吴泌、程光奎之事。吴泌买举，只追问李奇夫妻金子下落，意在就李奇撞木钟，以结吴泌之事。程光奎只认夹带，以结程光奎之事。至于左必蕃、赵晋二人及房考等，俱未细问。众论以为张鹏翮外则调停总督抚院了结此案，而本意则不欲重伤主考、房考，以塞科甲侥幸之路。赫寿亦因循可否，以观成败。总督噶礼实无包揽卖举之事，护庇叶九思（前任安徽巡抚）事或有之。解任之后，虽有人众保留，皆以下官吏粉饰曲全，殊无真爱戴之者。巡抚张伯行实因粮道参处，自己亦诖误调用，当封印之际，预闻京信，两下纷争，以有此疏，欲复噶礼之仇，亦非为科场持公起见也。解任之后，亦有人众保留，率多秀才，亦皆以下官吏粉饰曲全，殊无真爱戴之者。众人议论，皆云江南百姓蒙天恩视如赤子，屡免钱粮，时加抚恤，督抚二臣不体贴圣衷，安静保护，徒博虚名，各为己私，互起朋党，殊无大臣之体。张鹏翮身为大臣，理宜秉公持正，力决是非，而反周旋主考、房考，曲全两造，迁延时日，不能无私。自去年至今，已经四月，每日吊开单审，并不对口，并不再问程光奎之事，只审吴泌一案，并不问主考、房考如何字眼关节，只问原出首撞岁（钟）之人。目下闻光棍李奇当审鞫之际，颇多放肆之语，谓众人合谋，将金子诬陷于彼，以脱安抚藩司，蔓延无辜，总无断决。两江官吏，俱集扬州听审，地方辽阔，数月之久，未必不误事宜。”（《关于江宁织造曹家档案史料》）
大致的意思是说：张鹏翮没有用心审案，只关注考生个人代笔、夹带之事，而不愿意触及主考官与江南官员收贿舞弊内幕；噶礼在乡试案中是清白的；张伯行是挟怨报复噶礼，并非为科场公平起见；督抚互参，不过是以此结党营私，各博虚名而已。
曹寅先祖本为汉人，但自其祖父起，身份摇身变为清朝贵族的包衣（奴仆），隶属于正白旗。基本上，他的奏折能代表当时满人的态度。
康熙皇帝看到密折后，与王公大臣谈论说：“噶礼有办事之才，用心缉拿贼盗，然其操守则不可保。张伯行为人老成，操守廉洁，然盗劫伊衙门附近人家尚不能查拿。”又说：“据张伯行参疏云，噶礼得银五十万两，未必全实，亦未必全虚。即噶礼所参张伯行之事，亦必有两、三款是实。”（《清圣祖实录》）实际上是将噶礼、张伯行各打了五十大板，噶礼的乡试贪污案也被有意说成了互参案，这就为江南乡试案的最后结果定下了基调。
扬州这边，钦差大臣张鹏翮与漕运总督赫寿听到皇帝的口风后，断定圣上认为噶礼是能臣，即使操守有亏，也是真小人；而张伯行则是庸臣，表面虽然清正，却是个伪君子。最关键的是，前面那位是满人，后面那位是汉人。
再次开审时，审讯官已经与第一次大不相同：多了一位钦差赫寿，却少了三位督抚——噶礼、张伯行已经被免职，安徽巡抚梁世勋则每日在公馆静坐养病，也不再参与同审。赫寿刚刚由侍郎升为漕运总督，一切依旧以张鹏翮为主导。表面上，这二审倒也轰轰烈烈，当审问同考官句容知县王曰俞时，还动了大刑。不过正如曹寅所说，张鹏翮最终的目的还是想两面调停、草率完结而已。
没过几天，关键证人泾县知县陈天立突然上吊自杀。他上吊后，被看守官通判发现了，及时救下，于是没死成。第二天，看守官将情况禀告张鹏翮、赫寿二人。张鹏翮竟然说：“陈天立不过是吓唬人，不要理他。”结果，三天后的五更时分，陈天立在床上自缢而死。张鹏翮、赫寿二人假模假式地还发文书给安徽巡抚梁世勋（泾县属于安徽），要他追查陈天立的死因。陈天立家属却坚决地报称是因为病发而自缢，并无人逼勒灭口。
而另一个重要证人李奇竟然被判立即充军新疆，于押解途中染病身死，并有当地县衙的文书为证。
不管陈天立是自杀还是他杀，李奇是病死还是被害死，最直接的结果就是造成了死无对证的局面，一切对噶礼不利的证据都消除了。但江南士民人心不服，开始聚众闹事。有人在闹市传唱歌颂张伯行的歌谣，四处张贴揭帖，到各衙门投递呈文，要求张伯行留任。也有人贴出文章为噶礼抱不平，并将噶礼大门用砖石堵住，不准他交还总督印信。双方支持者你来我往，煞是热闹。
曹寅将陈天立自杀一事密奏康熙皇帝后，康熙皇帝朱批道：“众论瞒不得，京中亦纷纷议论，以为笑谭。审事也不是这样审的理，但江南合省都甚没趣了，想比（必）满洲恨不得离开这差才好。”于是密令安徽巡抚梁世勋暗中调查陈天立的死因。几天后，安徽巡抚梁世勋汇报说，江南刑狱官员，上自臬司，下至州县提点刑狱，均为噶礼亲信，封锁消息密不透风，证人陈天立之死因难以查明。言下已经暗示噶礼与证人之死脱不了干系。
不久，张鹏翮、赫寿二次审案的结果就出来了：科场一案，副主考官赵晋，同考官王曰俞、方名及所取士子吴泌、程光奎交通关节，夤缘贿卖，应按科场舞弊律论罪；张伯行生性多疑，随便“诬告”噶礼，造成江南人心浮动，应当撤职，拟徒准赎；噶礼与张伯行“互参”，有失体统，应降一级留任。
这个调查结果与康熙皇帝之前的基调完全一致，除了对张伯行稍微严厉了些，其余的处理差不多正是他想要的。然而，就在他要下令结案的时候，突然出了一点意外。康熙皇帝到后宫去给孝惠章皇太后（顺治皇帝的第二位皇后）问安时，刚好遇到了他的乳母——也就是噶礼的亲生母亲。康熙皇帝一时感慨，询问噶礼到底与张伯行有何个人私怨。不料噶礼母深明大义，不但揭发了噶礼贪污受贿的行为，还主动替张伯行辩护。噶礼母的态度对康熙皇帝的态度产生了决定性的影响，他后来很是动容地说：“其（噶礼）母尚耻其行，其罪不容诛矣。”（《啸卒杂录》）
此时，曹寅的密奏再次送到，说“此案亦有未妥，人心不能悦服”，张鹏翮如此潦草了局，在江南声名大损，人人说其糊涂徇私，而其人竟然不等案情了结，便已经动身前往福建，导致扬州民心不定，议论纷纷。康熙皇帝感到如果按照二审的结论结案，尤其是只处置清名在外的张伯行，而放任胡作非为的噶礼，实在难以向江南民众交代，于是下诏斥责张鹏翮等人“掩饰和解，瞻徇定议”，下令撤换张鹏翮、赫寿，而改派户部尚书穆和伦、工部尚书张廷枢前往江南，令其务必严加审明。
到了这个时候，前往江南的钦差要调查的重点已经不是科场案，而是督抚互参案。康熙皇帝的本意，只要保全张伯行，大致处罚一下噶礼，令江南人心稳定下来就了事了。然而，穆和伦、张廷枢却没有弄清“圣意”，也不愿意得罪噶礼和两位前任钦差。二人一到江南，不但不立即问案，还立即派人前去找张伯行说和，以噶礼“党众”为由，劝他向噶礼低头。但张伯行却依旧坚持己见，给了两位新钦差一个大钉子。
两位新钦差商量来商量去，最终决定大做表面文章——一连十几天，轮流提审科场案的人犯，煞是热闹，大有要明察秋毫、伸张正义之意。但结果一出来，还是叫人大失所望。
康熙五十一年（1712）十月初五，科场案案发一年后，穆和伦、张廷枢将三审结论奏上：主考左必蕃纵容舞弊，革职查办；副主考赵晋，同考官王曰俞、方名因受贿判斩立决；程光奎、吴泌等生员贿买考官，骗取功名，分别拟绞或枷责；两江总督噶礼卖举无迹，但审案不力，该受切责；江苏巡抚张伯行捕风捉影，诬劾朝廷重臣，当革职论处；噶礼参张伯行各款“俱实”，免议。
这一次的结果可谓煞费苦心，表面做足了文章，公开处置赵晋、王曰俞、方名等一干查有实据的考官、举子，为江南士子出了一口气。看起来，似乎比前任钦差要厉害得多，但在互参案上，一如他们的前任张鹏翮所奏，称噶礼与舞弊案无关，张伯行所参噶礼各款“皆虚”。
已经被免职的张伯行倒是依旧无所畏惧，又上了一道奏折，说：“科场舞弊只惩从犯，不惩首恶，难抚江南人心。朝廷王法不治枉法封疆大吏，此风若长，大清朝刑律将名存实亡。我张伯行革职事小，朝廷安危事大，请陛下再派贤臣重新审理。”
康熙皇帝看了三审的结论和张伯行的奏章后很是感叹，说，“张伯行居官清正，天下之人无不尽知，允称廉吏，但才不如守，果系无能。噶礼虽才具有余，办事敏练，而性喜多事，并未闻有清正之名。伊等互参之案，皆起于私隙，听信人言所致，诚为可耻。”但他也知道科场案到了这个时候，已经完全变成了满汉大臣之争，即使再追究，也不会有什么结果，所以没有应张伯行的要求再派钦差审理，只是下令九卿、詹事、科道就穆和伦等所审的结果进行讨论，这就是所谓的四审。
四审之前，康熙皇帝特意召见相关官员，说：“伯行居官清廉，噶礼操守朕不能信。若无伯行，则江南必受其削几半矣。此互参一案，初遣官往审，为噶礼所制，致不能得其清；再遣官往审，与前无异。尔等能体朕保全清官之意，使正人无所疑惧，则海宇升平矣。”（《清史稿》）然而，议奏的结果是：噶礼、张伯行二人不思和衷协恭，互相讦参，有失大臣体统，都应撤职。最后还是康熙皇帝下旨：噶礼著革职，免于严查深究，由漕运总督赫寿接任两江总督；张伯行著革职，但留任江苏巡抚。这样，这桩轰动一时的江南科场案最终以互参案了结。
而本已经被从轻处理的噶礼并没有就此安分守己，他恼怒母亲曾经在皇帝面前替张伯行说话，与弟弟色勒奇、儿子干都勾结，暗中在母亲的食物中下毒，想害死母亲。东窗事发后，被怒其不争的�