这些一般的通行的生克关系之外，还根据同性同斥，异性相吸的事物规律，形成了相冲、相合、相刑的等等关系。
这就是子、午相冲（子、午均属阳，阳水克阳火，而且在九宫格中处于对立位置，故相互冲克），卯、酉相冲（二者均属阴，阴金克阴木，而且位置相对立），丑、未相冲（二者均属阴土，同性相斥，又处在对方位置），寅、申相冲（二者均属阳，阳金克阳木，又处在对立位置），辰、戌相冲（二者均属阳土，同性相斥又在对立方向），巳、亥相冲（二者均属阴，阴水克阴火，又在对立方向）。
按照异性相吸的原则，十二地支又形成六对相合的关系，这就是：子、丑合（阳水与阴土结合，合中又有克，即丑土克子水，故表示先合后分的关系）。寅、亥合（阳木与阴水相合，合中相生，即亥水生寅木，故表示越合关系越好），卯、戌合（阴木与阳土相合，合中又有克，即卯木克戌土，故表示先合后分的关系），辰、酉合（阳土与阴金相合，合中相生，即辰土生酉金，故表示越合越紧密），巳、申合（阴火与阳金相合，合中又相克，即巳火克申金，故表示先合后分的倾向），午、未合（阳火与阴土相合，合中相生，即午火生未土，故表示越合越好的趋向）。
两个阳性相互排斥，不能相合；两个阴性相互排斥，也难以相合。但三个阳性却可以相合，所谓 “三个男人成一帮”，“三个臭皮匠，赛过诸葛亮”。三个阴性也可以相合，所谓“三个女人一台戏”，“三朵鲜花可成林”。其实也就是老子道德经中所讲的“三生万物”。
根据上述原理，申、子、辰三个阳支相合，申金生子水，子水入辰库，即水长生于申，帝旺于子，库于辰，这样把水从生成到帝旺到入库三个主要阶段都概括了，故申子辰合成水局。寅、午、戌三个阳支相合，寅木生午火，午火入戌库，即火长生于寅，帝旺于午，库于戌，这样把火从生成到帝旺到入库三个主要阶段都概括了，故寅午戌合成火局。亥、卯、未三个阴支相合，亥水生卯木，卯木入未库，即木长生于亥，帝旺于卯，库于未，这样把木从生成到帝旺到入库三个主要阶段都概括了，故亥卯未合成木局。巳、酉、丑三个阴支相合，巳火生酉金（火炼矿石而成金属，地支巳中含天干丙火为本气，同时含戊土、庚金之中，金藏于戊土之中，所以经火一炼就出来了，故实际也等于土生金，不过是含有矿石的土罢了）。酉金入丑库，即金长生于巳，帝旺于酉，库于丑，这样把金从生成到帝旺到入库三个主要阶段都概括了。故巳酉丑合成金局。另外，还有辰、戌、丑、未四个土合成大地之土局（土为大地，古人认为天圆地方，故四土合成正四方形），寅、卯、辰会成为东方木局（因为按方位五行关系，中国哲学认为东方属木），巳、午、未会成南方火局（按方位与五行关系，中国哲学认为南方属火），申、酉、戌会成西方金局（按方位与五行关系，中国哲学认为西方属金），亥、子、丑会成北方水局（按方位与五行关系，中国哲学认为北方属水）。这些在奇门中不常用，就不详细讲了。
地支之间还有相刑的关系。这就是子刑卯，卯刑子，古人称之为无礼之刑。本来子水生卯木，怎么反而成为无礼之刑呢？这可以从两个方面进行理解：一者子为帝旺之水，卯为帝旺之木，旺水遇旺木，虽然相生，都难免做出无礼的行为，比如夏季洪水泛滥，将大树冲倒漂走，下如两个强者相遇，虽然相生，但难免“娆娆者易折”，做出非礼之事；二者，子水为木的沐浴之地，卯木为火的沐浴之地，（沐浴之地称为咸池，又名桃花，周易中咸卦，即泽山咸，泽为少女，山为少男，咸为阴阳交感之意），两个正走桃花运的青年男女，一个好比干柴，一个好比烈火，两人相遇，虽然相生相爱，但难免做出出格的行为，未婚先孕，给对方造成伤害，甚至触犯刑律。所以称之为无礼之刑。
其次是寅、巳、申三刑，即寅刑巳，巳刑申，申刑寅，古人称之为恃势之刑。本来阴火巳与阳金申相合，好比夫妇关系一样，这时阳木寅作为第三者插进来，追求阴火巳（寅木生巳火、阳生阴），自然遭到阳金申的激烈反对（申金冲克寅木），而寅为火的长生，巳为金的长生，申为水的长生，三人均处在长生之地，好象血气方刚的青年人一样，势力正旺，相互争头，故称之为恃势之刑。
三是丑、戌、未三刑，即丑刑戌，戌刑未，未刑丑。古人称之为无恩之刑。本来丑、戌、未三者均为土，好比志同道合的朋友或兄妹一样（四柱叫比肩、劫财、六爻叫拱扶），阴土丑前来帮助阳土戌，阴土未出于嫉妒之心（阴与阴相斥），激烈反对阴土丑（未、丑相冲），而阳土戌以前也曾帮助过阴土未，一看未土忘恩负义，自然也恼羞成怒，相互打起来，故而此三者称之为无恩之刑。
四是辰、午、酉、亥各自相刑，即辰见辰自刑，午见午自刑，酉见酉自刑，亥见亥自刑。这四个地支，好象四位性格内向、孤傲，喜欢刚愎自用的人一样，往往排斥同类，或者自己给自己造成伤害，古人称之为自刑。比如有的人有了病不吃药，有的人自杀等等。
例如《神》书第188－189页实例二女测父病，按常规断其父死于戌月即入墓之月也可以，但由于年命甲午辛在巽4宫形成午午自刑，即该女之父是位医生，知道吃药也没用，后来干脆什么药也不吃了，自己等死，所以提前到一进酉月就去世了。
另外，地支之间还有六害的关系，即寅、巳相害，卯、辰相害，丑、午相害，子、未相害，亥、申相害，戌、酉相害。这在四柱命理学，特别是在合婚方面古代用的较多，奇门中很少应用，这里就不详细论述了。
（二）十天干
下面再讲奇门九宫格所含的天干内容。
中国传统记时符号代表太阳对地球的影响，代表阳性的符号就是天干。中国古代传说天上原来有“十日”即十颗太阳，后来被后羿射下来九颗，只剩下一颗。现代又有学者研究，认为天干的物质基础与存在意义应被看作是：太阳系各星球之间相互交错运动产生的磁场效应。其中，“甲”为诸阳之首，故可视为太阳效应，乙为水星效应，丙为金星效应，丁为土星效应，戊为木星效应，庚为火星效应，壬为地球效应，己为天王星效应，辛为海王星效应，癸为冥王星效应（见《宇宙与人体揭秘》一书，中医古籍出版社1998年8月出版）。总之，我们祖先之所以把天干规定为十个符号，是长期观察体验天文现象的结果，是有其科学依据的。
甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸十天干代表阳，从空间角度上讲，它们在奇门九宫格内与方位是有对应关系的，即甲、乙位于东方，丙、丁位于南方，庚、辛位于西方，壬、癸位于北方，戊、己位于中央。（见图十三）。
因为十天干为阳性，应与奇数相对应，所以甲、乙位于东方，与震3宫相对应；丙、丁位于南方；与离9宫相对应；庚、辛位于西方，与兑7宫相对应；壬、癸位于北方，与坎1宫相对应；戊、己位于中央，与中5宫相对应。即壬、癸、甲、乙、戊、己、庚、辛、丙、丁分别与1、3、5、7、9五个阳数对应。
但是，十天干本属阳，阳的特性是动态的，故作为时间符号，十天干与十二地支相配，它们是游动的。虽说游动，却不是杂乱无章的，它们永远是按顺时针方向，并且以阳干配阳支，阴干配阴支的规律来运动的，以此来表示永远向前流动的时间：“逝者如斯夫！”
首先是天干之首甲，与地支之首子相配，形成甲子，然后依次顺排：乙丑、丙寅、丁卯、戊辰、己巳、庚午、辛未、壬申、癸酉。这就是一甲，剩下地支后二位戌、亥逢空，因此就叫做：甲子旬中戌、亥空。（见图十四）
其次，开始第二轮干支相配。由天干之首甲与第一轮轮空的戌相配，形成甲戌，然后依次顺排：乙亥、丙子、丁丑、戊寅、己卯、庚辰、辛巳、壬午、癸未。这就是二甲，剩下地支申、酉逢空，因此就叫做：甲戌旬中申、酉空。（见图十五）
再次，第三轮干支相配。由天干之首甲与第二轮轮空的申相配，形成甲申，然后依次相排：乙酉、丙戌、丁亥、戊子、己丑、庚寅、辛卯、壬辰、癸巳。这就是三甲，剩下地支午、未逢空，因此就叫做：甲申旬中午、未空。（见图十六）
第四轮干支相配。由天干之首甲与第三轮轮空的地支午相配，形成甲午，然后依次相配：乙未、丙申、丁酉、戊戌、己亥、庚子、辛丑、壬寅、癸卯、这就是四甲，剩下地支辰、巳逢空，因此就叫做：甲午旬中辰、巳空。（见图十七）
第五轮干支相配。由天干之首与第四轮轮空的地支辰相配。形成甲辰，然后依次相配：乙巳、丙午、丁未、戊申、己酉、庚戌、辛亥、壬子、癸丑。这就是五甲。剩下地支寅、卯逢空，因此就叫做：甲辰旬中寅、卯空。（见图十八）
第六轮干支相配。由天干之首甲与第五轮轮空的寅相配。形成甲寅，然后依次相配：乙卯、丙辰、丁巳、戊午、己未、庚申、辛酉、壬戌、癸亥。这就是六甲，剩下地支子、丑逢空，因此就叫做：甲寅旬中子、丑空。（见图十九）
丙
至此，十天干与十二地支共配六次，就形成所谓六十花甲子。每一甲都剩下二个地支轮空，故就叫六甲旬空。中国古代就是以这六十甲子周而复始地来记载年、月、日、时。奇门遁甲就是把这六十甲子纳入九宫格这个时空模型之中。来摹拟时间的自然流动。
据南京大学古天文系教授卢央先生考证，以六十甲子纳入奇门九宫格来记时的模型，原来是一种很古老的历法。奇门遁甲这种预测方法，不过是利用了古历法而已。它绝非荒诞不经，而是有天文学依据的。
十天干不仅是记时符号，它们同时也是全息符号。古人根据阴阳五行的哲学观，对十天干也都赋予了不同的阴阳五行属性。
这就是：甲、丙、戊、庚、壬即奇数一、三、五、七、九属阳。乙、丁、己、辛、癸即偶数二、四、六、八、十属阴，同时又赋予五行的属性：甲、乙东方木，甲为阳木，乙为阴木；丙、丁南方火，丙为阳火，丁为阴火；庚、辛西方金，庚为阳金，辛为阴金；壬、癸为北方水，壬为阳水，癸为阴水；戊、己中央土，戊为阳土，己为阴土。
既然十天干具有阴阳五行属性，自然相互之间，也就有了生、克、合、冲等制化关系。相生、相克关系，自然也是水生木、木生火、火生土、土生金、金生水和水克火、火克金、金克木、木克土、土克水的关系，而其相合，也是阴阳相合，相冲也是阳与阳、阴与阴对冲。这就是：
甲、己合，阳木甲阴土己相合，古人称为中正之合；乙、庚合，阴木乙与阳金庚相合，古人称为仁义之合；丙、辛合，阳火丙与阴金辛相合，古人称为权威之合；丁、壬合，阴火丁与阳水壬相合，古人称为淫荡之合，戊、癸合、阳土戊与阴水癸相合，古人称为无情之合。
甲、庚相冲，（阳金庚克阳木甲，二者又处对立位置），乙、辛相冲（阴金辛克阴木乙，二者又自对立位置），丙、壬相冲（阳水壬克阳火丙，二者又处对立位置），丁、癸相冲（阴水癸克阴火丁，二者又处对立位置）（见图二十）。
（三）二十四节气
最后奇门九宫格所包含的时间内容，不仅有天干和地支，而且含有二十四节气。二十四节气是根据地球绕太阳运转一周即一个回归年大致等分为二十四个阶段来定的。这实际上是阳历，是根据太阳对地球上的日照来定的冬至这一天太阳对北半球日照时间最短，即白天时间最短，夜晚时间最长，夏至这一天，太阳对北半球日照时间最长，即白天时间最长，夜晚时间最短。从冬至这一天开始，白昼一天天增长，到春分这一天日、夜等分，到夏至这一天白昼时间最长。由于日照一天比一天增多，白昼一天比一天长，即阳气渐长、阴气渐消，故奇门遁甲在半年之中就用阳遁。相反，从夏至这一天开始，白昼一天天减短，到秋分这一天日、夜等分，到冬至这一天白昼时间最短，夜晚时间最长。由于日照一天比一天减少，夜晚一天比一天增长即阴气渐长、阳气渐消，故奇门遁甲在这半年之中就用阴遁。
还有一个最大特点，按农历地支月份年含的节气与奇门八宫的对应关系，不是等分的，即一、三、七、九四正宫分别对应两个节气，而二、四、六、八四维宫则分别对应四个节气（见图十一）。但在奇门九宫格内，却把二十四气按八宫进行了等分，即一个宫平均对应三个节气。（见图二十一）
把二十四节气与八宫等分以后，原来十二地支月份所对应的节气则出现了错位现象。即子月（十一月）所对应的大雪、冬至二个节气分别跨在六宫与一宫之间；丑月（十二月）所对应的小寒、大寒二个节气则在一宫，不在八宫了；寅月（正月）所对应的立春、雨水二节气仍在八宫。卯月（二月）所对应的惊蛰、春分二个节气则跨在八宫与三宫之间；辰月（三月）所对应的清明、谷雨二节气则不在四宫，而提到了三宫；巳（四月）所对应的立夏、小满二节气仍在四宫；午月（五月）所对应的芒种、夏至二节气则跨在四宫与九宫之间，未月（六月）所对应的小暑、大暑二节气则不在二宫，而提到九宫；申月（七月）所对应立秋、处暑二节气仍在二宫；酉月（八月）所对应的白露、秋分二节气则跨在二宫和七宫之间；戌月（九月）所对应的寒露、霜降二节气则不在六宫，而提到七宫了；亥月（十月）所对应的立冬、小雪二节气则仍在六宫。
这样一来，地支子、午、卯、酉则分别跨在二个宫之间，辰、戌、丑、未则分别提前了一个宫位，只有寅、申、巳、亥仍在原来宫位。由于出现了这种错位现象（即时空对应的错位）加上阴历大月三十天、小月二十九天，往往又有闰月，故每月初一很难与节气对应，故而奇门遁甲术与四柱一样，也是以节气为准，进入立春节才算新的一年开始，从交立春节至雨水为寅月，交惊蛰节到春分为卯月，交清明节到谷雨为辰月，交立夏节到小满为巳月，交芒种节到夏至为午月，交小暑节到大暑为未月，交立秋节到处暑为申月，交白露节到秋分为酉月，交寒露节到霜降为戌月，交立冬节到小雪为亥月，交大雪节到冬至为子月。而不按阴历初一为一个月的开始。
今天，不仅在世界，在中国也是以公历（即所谓阳历）记时，随着世界的一体化进程，多数人只知道阳历时间，而不记阴历时间了，因此，我们运用奇门遁甲也应以阳历为主。而阳历时间与二十四节气的对应又比较稳定，一般错位只在一、二天之间，比如冬至节，一般不是阳历的12月21日就是22日，夏至节不是6月21日则为6月22日，其他节气也是如此，所谓上半年来六、二十一，下半年来八、二十三，每月两气日期定，最多相差一二天。二十四节气与公历时间的对应日期见图二十二。
由于二十四节气在八宫中进行