明年，授刑部主事，差往淮甸审囚，多所平反，复命。日事案牍，夜归必燃灯读《五经》及先秦、两汉书，为文字益工。龙山公恐过劳成疾，禁家人不许置钉书室。俟龙山公寝，复燃，必至夜分，因得呕血疾。
养病归越，辟阳明书院，究极仙经秘旨，静坐，为长生久视之道，久能预知。其友王思裕等四人欲访公，方出五云门，即命仆要于路，历语其故。四人惊以为神。
甲子，聘为山东乡试考官，至今海内所称重者，皆所取士也。改兵部武库司主事。明年，白沙陈先生高第甘泉湛公若水，一会而定交，共明圣学。
明年丙寅，正德改元，宦官刘瑾窃国柄，作威福，差官校至南京，拿给事中戴铣等下狱。公上疏乞宥之。瑾怒，矫诏廷杖五十，毙而复苏，谪贵州龙场驿丞。瑾怒未释。公行至钱塘，度或不免，乃托为投江，潜入武夷山中，决意远遁。夜至一山庵投宿，不纳。行半里许，见一古庙，遂据香案卧。黎明，道士特往视之，方熟睡。乃推醒曰：“此虎狼穴也，何得无恙？”因诘公出处，公乃吐实。道士曰：“如公所志，将来必有赤族之祸。”公问：“何以至此？”道士曰：“公既有名朝野，若果由此匿迹，将来之徒假名以鼓舞人心，朝廷寻究汝家，岂不致赤族之祸？”公然其言。尝有诗云：“海上曾为沧水使，山中又拜武夷君。”遂由武夷至广信，溯彭蠡，历沅、湘，至龙场。
始至，无屋可居。茇于丛棘间，迁于东峰，就石穴而居。夷俗于中土人至，必盅杀之。及卜公于盅神，不协，于是日来亲附。以所居阴湿，乃相与伐木为何陋轩、君子亭、宾阳堂、玩易窝以居之。三仆历险冒瘴，皆病，公日夕躬为汤糜调护之。
瑾欲害公之意未已。公于一切得失荣辱皆能超脱，惟生死一念，尚不能遣于心，乃为石廓，自誓曰：“吾今惟俟死而已，他复何计？”日夜端居默坐，澄心精虑，以求诸静一之中。一夕，忽大悟，踊跃若狂者。以所记忆《五经》之言证之，一一相契，独与晦庵注疏若相抵牾，恒往来于心，因著《五经臆说》。时元山席公官贵阳，闻其言论，谓为圣学复睹。公因取《朱子大全》阅之，见其晚年论议，自知其所学之非，至有诳己诳人之说，曰：“晦翁亦已自悔矣。”日与学者讲究体察，愈益精明，而从游者众。
时思州守遣人至龙场，稍侮慢公，诸役夫咸愤惋，辄相与殴辱之。守大怒，曰宪副毛公科，令公请谢，且喻以祸福。公致书于守，遂释然，愈敬重公。安宣慰闻公名，使人馈米肉，给使令，辞不受。既又重以金帛鞍马，复固辞不受。及议减驿事，则力折之，且申说朝廷威信令甲，其议遂寝。已而，僮酋有阿买、阿札者，摽掠为地方患，公复以书诋讽之。安悚然，操切所部，民赖以宁。
庚午，升庐陵知县。比至，稽国初旧制，慎选里正三老，委以词讼，公坐视其成，囹圄清虚。是岁冬，以朝观入京，调南京刑部主事，馆于大兴隆寺。予时为后军都事，少尝有志圣学，求之紫阳、濂、洛、象山之书，日事静坐；虽与公有通家之旧，实未尝深知其学。执友柴墟储公巏与予书曰：“近日士夫如王君伯安，趋向正，造诣深，不专文字之学，足下肯出与之游，丽泽之益，未必不多。”予因而慕公，即夕趋见。适湛公共坐室中，公出与语，喜曰：“此学久绝，子何所闻而遽至此也？”予曰：“虽粗有志，实未用功。”公曰：“人惟患无志，不患无功。”即问：“曾识湛原明否？来日请会，以订我三人终身共学之盟。”明日，公令人邀予至公馆中，会湛公，共拜而盟。又数日，湛公与予语，欲谋白岩乔公转告冢宰邃庵杨公，留公北曹。杨公乃擢公为吏部验封主事。予三人者自职事之外，稍暇，必会讲；饮食起居，日必共之；各相砥励。
未几，升文选员外郎，升考功郎中，而学益不懈。士大夫之有志者，皆相率从游。如此二年，而湛公使安南，予与公又居一年。壬申冬，予以疾告归，公为文及诗送予，且托予结庐天台、雁荡之间而共老焉。湛公又欲买地萧山、湘湖之间，结庐，与予三人共之。明年癸酉，升南京太仆寺少卿，从游者日益众。甲戌，升南京鸿胪寺卿，始专以良知之旨训学者。乙亥，朝廷举考察之典，为疏自劾，力乞休致，以践前言。不允。八月，又上疏力以疾甚，乞养病。又不允。
明年，丙子十月，升都察院左佥都御史，抚镇南、赣、汀、漳等处。先是南、赣抚镇，屡用非人，山谷凶民初为攘窃，渐至劫掠州县，肆无忌惮，远近视效。凡在虔、楚、闽、广接壤山谷，无非贼巢。小大有司束手无策，皆谓终不可除。兵部尚书王公琼独知公，特荐而用之。又恳疏以辞，亦不允，督旨益严。公遂受命。
既至南、赣，先严战御之法。时龙南贼二千余突至信丰，又纠合广东龙川、浰头诸贼酋分队以进，势甚猖獗。公于未战之先，令兵备官调兵断贼归路，又委官统领，前后夹击。又曰：“此贼既离巢穴，利在速战。”又令乘险设伏，厚集以待，及各乡村往来路径，多张疑兵，使进无所获，退无所据，不过旬日，可以坐擒。一违节制，以军法从事。先时，在官吏书门皂及在门军民阴阳占卜，皆与贼通，日在官府左右詗觇，不惟言出于口，贼必先知，凡意向颜色之间，贼亦知之。公知其然，在此则示以彼，在彼则示以此；每令阴阳择日，日者占卜，或已吉而不用，或欲用而中止；每励兵蓐食，令俟期而发，兵竟不出。贼各依险自固，四路设伏，公潜令三省兵备官各率兵从径道与贼交锋，前后大战数合，擒斩首俘获无算。余党奔聚象湖山拒守。谕令佯言犒军退师，俟秋再举，密探虚实，乘贼懈弛，以护送广东布政使邵贲为名，选精兵一千五百当先，重兵四千二百继后，夜半，自率数十骑至，密招前军来，令分三路，各衔枚直趋象湖山，捣其巢穴。我兵夺据隘口，贼犹不知。贼虽失险，其间骁悍犹能凌绝谷超距如飞，复据上层峻险，四面飞打滚木垒石，以死拒敌。我兵奋勇鏖战，自辰至午，三省所发奇兵复从间道鼓噪突登，始惊溃大败。我兵乘胜追杀，擒斩俘获无算，堕崖壑而死者不可胜计。余党复入流恩、山冈等巢，与诸贼合势。明日复战，贼又不利，遁入广东界上。黄蜡、樟溪、大山贼酋詹师富等恃居可塘洞山寨，聚粮守险，势甚强固。公命分兵五路攻击，与贼连战。令知府钟湘破长富村等巢三十余处，擒斩俘获益多。其胁从余党悉愿携家以听抚安。公委官招抚，复业者四千余人。又令佥事顾应祥等委官统领军兵，会同福建克期进剿，扬言班师，出其不意，从牛皮、石岭脚等处分为三哨，鼓噪并进。贼瞻顾不暇，望风瓦解。攻破古村、柘林、白土村、赤石岩等巢，直捣箭灌。及攻破水竹、大重玩、苦宅溪、清泉溪、曰罗、南山等巢，直捣洋竹洞、三角湖等处。前后大战十余，俘获四千人有奇，牛马货物无算。
尝上疏申明赏罚，以励人心，因请教便宜行事，及请令旗、令牌，不报。及是大庚、南康、上犹三县畲贼虏掠居民，广东浰头等处强池大鬓等三千余徒突围南康县，杀损官兵，与湖广桂阳、广东乐昌等巢相联，盘据流劫三省。时兵备等官请调三省狼达等兵，与官兵夹剿。又上疏论狼兵所过，不减于盗，转输之苦，重困于民。仍请便宜行事，期于成功，不限以时，则兵众既练，号令既明，人知激劝，事无掣肘，可以伸缩自由，相机而动，日剪月削，可使澌尽。复请添设清平县治，通盐法，以足兵食。会湖广巡抚都御史秦公金奏请夹剿疏下，复上疏议处兵粮事宜。六月，召知府季斅，县丞舒富等密授方略，领兵分剿，生擒贼酋陈曰能等，捣其巢，俘获贼党无算。又上疏论三省交剿方略。先是屡请敕便宜行事，众皆笑公为迂，惟尚书王公慨然曰：“朝廷此等权柄，不与此等人用，又与谁用？我必与之。”故因公疏覆议，奉旨改公提督南、赣、汀、漳等处军务，赐敕书及前所请旗牌，便宜行事。廷议以公前攻破长富村、象湖山，可塘洞诸处，擒斩首从贼级数多，降敕奖励，升俸一级，赏银二十两，紵丝二表里。
时汀、漳、左溪贼酋蓝天凤与赣、南、上新、稳下等硐贼酋雷鸣聪、高文辉等相结，盘据千里，荼毒三省。公与诸从事议曰：“诸巢为患虽同，事势各异。以湖广言之，则桶冈诸巢为贼之咽喉，而横水、左溪诸巢为之腹心。以江西言之，则横水、左溪诸巢为贼之腹心，而桶冈诸巢为之羽翼。今不先去横水、左溪腹心之患，而欲与湖广夹攻桶冈，进兵两寇之间，腹背受敌，势必不利。今我出其不意；进兵速击，可以得志。已破横水、左溪，移兵而临桶冈，势如破竹矣。”议既决，命指挥邓文帅兵千余，自大庚县义安入；知府唐淳帅兵千余，自大庚县聂都入；知府季斅帅兵千余，自大庚县稳下入；县丞舒富帅兵千余，自上犹县金坑入；亲帅兵千余，自南康进屯至坪，期直捣横水，与诸军会；命副使杨樟，参议黄宏，监督各营官兵往来给饷，以促其后。是月初七日，各哨齐发。初十日，进兵至坪。会间谍詗知，各险隘皆设滚木垒石。公度此时贼已据险，势未可近，乃自率兵乘夜遂进。未至贼巢三十里止舍，使人伐木立栅，开堑设堠，示以久屯之形。复遣官分帅乡兵及樵竖善登山者四百人，各与一旗，赍锐炮钩镰，使由间道攀崖壁而上，分列远近极高山顶以觇贼，张立旗帜，热茅为数千灶，度我兵至险，则举炮燃火相应。十二日黎明，公进兵至十八面隘。贼方据险迎敌，骤闻远近山顶炮声如雷，烟焰四起，我兵复呼哨分逼，铳箭齐放，贼皆惊溃失措，以为官兵尽破其巢，遂弃险退走。公预遣千户陈伟、高睿分帅壮士数十缘崖上，夺贼险，尽发其滚木垒石。我兵乘胜骤进，指挥谢昹、马廷瑞兵由间道先入，悉焚贼巢。贼退无所据，乃大败奔溃。横水既破，遂乘胜进攻左溪，擒斩首级无算，俘获男妇牛马什物不可胜算。会雾雨连日，公令休兵犒劳。
是月二十七日，官兵乘胜进攻桶冈。公复议：桶冈天险，四山壁立万仞，中盘百余里，连峰参天，深林绝谷，不睹日月。因询访乡导，贼所由入惟锁匙龙、葫萝洞、茶坑、十八磊、新地五处，皆假栈梯壑，夤悬绝壁而上；惟上章一路稍平，然深入湖广，迂回取道，半月始至。令移屯近地，休兵养锐，振扬威声，使人谕以祸福，彼必惧而请服。其或不从，乘其犹豫，袭而击之，乃可以逞。纵所获桶冈贼钟景缒入贼营，期以翼日早，使人于锁匙龙受降。贼方恐，集众会议。又遣县丞舒富帅数百人屯锁匙龙，促使出降。遣知府邢珣入茶坑，伍文定入西山界，唐淳入十八磊，知县张戬入葫萝洞，皆于是月晦日乘夜各至分地。遇大雨，不得进。明早，冒雨疾登。贼酋蓝天凤方就锁匙龙聚议，闻各兵已入险，皆惊愕散乱。犹驱其男妇千余人据内隘，绝险隔水为阵以拒。我兵渡水前击，复分部左右夹攻，贼不能支，且战且却。及午，雨霁，各兵鼓奋而前，贼乃败走。桶冈诸巢悉平。
亲行相视形势，据险之隘，议以其地请建县治，控制三省诸瑶，断其往来之路。又进兵攻稳下、朱坑等巢，悉平。又以湖、广二省之兵方合，虽近境之贼悉以扫荡，而四远奔突之虞难保必无，乃留兵二千余，分屯茶、寮诸隘，余兵令回近县休息，候二省夹攻尽绝，然后班师。驱卒不过万余，用费不满三万，两月之间，俘斩六千有奇，破巢八十有四，渠魁授首，噍类无遗。又疏请三县适中之处立崇义县，移置小溪驿于大庾县城内，使督兵防遏。
浰头贼酋池大鬓等闻横水诸巢皆破，始惧加兵，乃遣其弟池仲安等率老弱二百余，徒赴军门投降，随众立效，意在缓兵，因窥虚实，乘间内应。公逆知其谋，乃阳许之。及进攻桶冈，使领其众截路于上新地以远其归途。十一月，池大鬓等闻复破桶冈，益惧，为战守备。公使人赐各酋长牛酒，以察其变。贼度不可隐，诈称龙川新民卢珂等将掩袭之，是密为之防，非虞官兵也。亦阳信其言，因复阳怒卢珂等擅兵仇杀，移檄龙川，使廉其实；且趣伐木开道，将回兵浰头，取道往征之。贼闻之，且喜且惧。卢珂、郑志高、陈英者，皆龙川旧招新民，有众三千余，为池大鬓所胁，而三人者独深忌之，乃来告变。云池大鬓僭号设官，及以伪授庐珂等金龙霸王官爵印信来首。公先已谍知其事，乃复阳怒，不信，遂械系卢珂，而使人密谕其意。珂遂遣人归集其众，待时而发。又使人往谕池大鬓，且密购其所亲信头目二十人，阴说之同部下百八十人使自来投诉。还赣，乃张乐大享将士，下令城中散兵，使各归农，示不复用。贼众皆喜，遂弛其备。池大鬓等乃谓其众曰：“若要伸，先用屈。赣州伎俩，亦须亲往勘破。”率其麾下四十人自诣赣。公使人探知池大鬓已就道，密遣人先行属县，勒兵分哨，候报而发。又使人督集卢珂等兵，俱至，令所属官寮以次设羊酒，日犒池大鬓等，以缓其归。会正旦之明日，复设犒于庭，先伏甲士，引池大鬓入，并其党悉擒之。出卢珂等所告状，讯鞫皆伏，置于狱斩之。夜使人趋发属县兵，期以初七日入巢。诸哨兵皆从各径道以入；自率帐下官兵，从龙南县令水直揭下浰大巢，与各哨兵会于三浰。先是贼徒得池大鬓报，谓赣州兵已罢归，皆已弛备，散处各巢。至是骤闻官兵四路并进，皆惊惧，分投出御；悉其精锐千余据险设伏，并势迎敌于龙子岭。我兵聚为三冲，犄角而前，大战良久，贼败。复奋击数十合，遂克上、中、下三浰。各哨官兵遥闻三浰大巢已破，皆奋勇齐进，各贼溃败。
遂进攻九连山。于是选精锐七百余人，皆衣所得贼衣，佯若奔溃者，乘暮直冲贼所，据崖下涧道而过。贼以为各巢败散之党，皆从崖下招呼。我兵亦佯应之。贼疑，不敢击。已度险，遂断其后路。次日，贼始知为我兵，并势冲敌。我兵已据险，从上下击，贼不能支。公度其必溃，预令各哨官兵四路设伏以待。贼果潜遁，邀击而悉俘之，前后擒斩首级无算，俘获男妇牛马器仗什物不可胜计。余党张仲全等二百余人，及远近村寨，一时为贼所驱，从恶未久者，势穷计迫，聚于九连谷口呼号痛哭，诚心投降。遣邢珣验实，量加责治，籍其名数，悉安插于白沙。相视险易，经理立县设隘可以久安长治之策，留兵防守而归。赣人皆戴香遮道而迎，为立生祠，又家肖其像，而岁时祭祷。
上疏乞休致，不允。又以龙川诸处系山林险阻之所，盗贼屯聚之乡，当四县交界之隙，乃三省闰余之地，政教不及，人迹罕到。其间接连闽、广，反覆贼巢，动以百数。据而守之，真足控诸贼之往来，杜奸宄之潜匿。遂疏请于和平地方建设和平县治，以扼其要害。又以大贼酋龚福全、高仲仁、李斌、吴＇王凡＇等邀路劫杀军民，攻掠郡县，命三省将官剿平。上三省夹剿捷音疏。朝廷论功行赏，升右副都御史，荫子一人锦衣卫，世袭百户，写敕奖励。恳疏辞免，乞原职致仕。温旨慰留。因奏平定广东韶州府乐昌县等贼捷音，查例加升子本卫，世袭副千户。
在赣虽军旅扰扰，四方从游日众，而讲学不废。褒崇象山陆子之后以扶正学。赣人