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当然，总督大人是不会白白咽下这口窝囊气的。因为得罪了胡宗宪和鄢懋卿，虽然海瑞治理淳安的政绩很好，但还是被排挤调职。不久，海瑞便在胡宗宪等人的参劾下，由知县降为湖广兴国州判官。尽管海瑞受到了降职处罚，但他不畏权势、刚直不阿的性格却始终不变。在任判官期间，他亲自审理过许多当地知名的大案、要案和疑案。他的不懈努力，终于换来了一个“海青天”的雅号。
在兴国一年半的时间内，他办了许多好事，清丈了田亩，减少了冗官，减轻了人民的负担。其中最快人心的事是惩处恶少张豹、张魁。张鏊作过兵部尚书，在南昌养老享福。而他的两个侄子张豹、张魁，却依仗叔父的权势，作威作福，无恶不作。一次到兴国买木材，以势欺人，鱼肉百姓。百姓到县衙诉苦告状，海瑞派人传讯张豹、张魁。这两个恶少不但不听，还突然跑到县衙大吵大闹。海瑞大怒，拿下二人送到府里，知府不但判他们无罪，居然把这两个恶少放回了家。海瑞气极，写信向上司力争。张鏊虽然设法四处求情，又出面写信求海瑞高抬贵手，但海瑞不理，终于把这两个横行欺市的家伙判了罪，大快了人心。
1562年，历任首辅二十年的大学士严嵩被嘉靖皇帝罢官免职。而严嵩所扶植的私党也相继倒台。其中包括胡宗宪和鄢懋卿。由于海瑞在他们当权的时候，敢于和他们抗衡，为此他的声望再度大增。这就使他在权势更替的时期分外引人瞩目，并成为众人心目中的偶像。三年之后，由新任吏部人选司郎中陆光祖推荐，海瑞做了户部主事，由江西调到北京。但不久发生的一件震惊朝野的奇事，却使他差点丢了性命。
在严嵩罢职三年后的1565年8月，嘉靖皇帝突然在几案上和被子里发现了一粒金丹和一只桃子，急忙询问是谁所为，然而左右侍卫没人承认。长期祈祷神灵、寻觅道家秘方以求长生不死的嘉靖，见无人承认，便鬼迷心窍，认为是上天的恩赐，当场服下，并洋洋自得地到太极殿去拜谢天地，随后又到太庙告知祖先。这件事，朝廷上下议论纷纷。有人祝贺，也有人不满，暗中讥笑。这种天赐仙桃的把戏，不过是皇帝身边的内侍所为，无非是想博得皇帝的欢喜。因为嘉靖时常为寻不到仙药和秘方而无故地痛打内侍，使得他们为此胆战心寒，不得不想点办法对付。果然，嘉靖上当了。
对于皇帝的这种愚昧行为，海瑞当然明察。于是，他经过一番考虑，决定置死上疏，来揭穿这场闹剧。他在奏疏中说，日前严嵩罢相，严世蕃受到极刑，算是大快人心。但严嵩罢相之后，同严嵩为相之前的情况相差无几，当今政治并不清明，比之汉文帝差之甚远。他说，天下不满陛下已久矣。古代君王有过，靠臣子匡正，今陛下修斋建醮，群臣相来进香。陛下得仙桃、天药，群臣纷纷称贺。陛下之事错，群臣顺从陛下亦为错矣。而满朝群臣没有一人肯来向陛下说出“真情”，实为诌谀之人，并为欺君之罪！而陛下最大的过错莫过于斋醮炼药以求长生。陛下受长生之术于陶仲文，并称为师。然陶仲文已死矣，他自不能长生，陛下又怎独求长生？仙桃天药，尤其怪妄。桃必采而后得，药必制而后成。今无故得之，是自跑来还是天有手送至？实为陛下左右奸人欺骗所为，而陛下以为真，实为大错矣……今愚民们传言，嘉者，家也；靖者，尽也！嘉靖的寓意则是“民穷财尽，家家皆净！”疏文的结尾说：“今群臣为保禄位而谄谀，百姓则惧怕责罚而闭言，臣实乃不胜愤恨，冒死上疏，以表区区微忱，敬希陛下垂听。
海瑞的疏文洋洋洒洒数百言，深刻尖锐，咄咄逼人，实乃古今罕见。连三百年后中国的一位新生巨人毛泽东都大加称赞。但当时的嘉靖读罢，却暴跳如雷，将疏文扔在地上，颤抖着身子喊道：“快把海瑞抓起来，别让他跑了。”
有太监在一旁回答：“这个海瑞根本无逃跑之意，听说他连棺材都做好了，还安排了后事。同时把他的老仆人也打发回家，免得受到牵连。”
嘉靖一听，愤怒中不免吃了一惊。他又拾起疏文看了一遍，觉得海瑞说得似乎有些道理，但那尖刻的笔锋和语言让他感到极为刺眼。嘉靖迟疑很久，和首辅徐阶商量，徐阶替海瑞说了一些好话。嘉靖思前想后，没有找到一个合适的处理海瑞的办法，只好把疏文留中不发。
1566年2月底，嘉靖皇帝终于一病不起。他感到胸腹坠闷，肠胃疼痛，再也不敢吞服金丹，而不得不请太医院的医生来诊治。病中的皇帝想起海瑞的疏文，还气愤难平，下令锦衣卫把他逮捕，押到东厂禁锢。海瑞在监狱一住就是十个月。
一天，狱中忽然设酒相待。海瑞以为自己死期已至，这是生前最后一餐，便对狱卒说：“这一天终于到了。”说完，神色不变，同往常一样地吃喝起来。提牢主事走到海瑞跟前，悄悄告诉他：“皇帝业已升天，并留有遗诏。”说着把从宫中抄来的皇帝遗诏递给海瑞。只见上面写道：
朕奉宗庙四十五年，享国长久，累朝无有，一念惓惓，惟敬天勤民是务。只缘多病，过求长生，遂至奸人诳惑。自今建言得罪诸臣，存者召用，殁者恤录，现在监者即释复原职。特此遗谕！
海瑞看完遗诏，双膝跪下，伏地大哭，伤心得呕吐不止，最后倒地昏迷不省了。
六十岁的嘉靖皇帝终于命归西天，葬入十三陵中的永陵。他的儿子朱载垕继位，是为隆庆皇帝。
隆庆帝按照先皇的遗诏，一一作了处理，海瑞也回到了户部。至于海瑞的官职问题，却是一件令人头痛的事。内阁大学士和吏部尚书再三思量，决定把他调出户部，加升为尚宝司丞，即管理皇帝大印的尚宝司的主官，官为正五品。由于他的一贯廉洁、忠心和刚正不阿的性格，上任不久就遭到一些同僚的反对。在这种情形下，吏部又将他调至大理寺担任寺丞。而海瑞的意见往往跟上司相左，很快又受到臣僚的仇视，在万般无奈中，吏部决定干脆让他闲置起来，但官职却是堂而皇之的南京通政司通政使，官阶也由五品升为正三品。
之所以说他被闲置起来，是因为此时留守南京的官员大多无事可干，无职可尽。通政司的职责，也只是把南方各省的奏章看后，再封好转往北京的通政司，由北京通政司转交皇帝。海瑞自然而然地被架空了。可怜这位三品朝廷命官，落了个英雄无用武之地。
海瑞当然不会安于现状，愤然向皇帝陈请：自己才疏学浅，连这个只管转送文件而无行政责任的差使都没做好，打算辞职为民。
这种“陈请”的方式果然奏效。当年夏天，即隆庆三年（1569年）他就被任命为南直隶巡抚，驻节巡抚衙门设在苏州。这南直隶共辖十府，其地明显地分为富贵与贫贱两大类，贫富悬殊，难以治理，许多朝廷大员都曾在此地栽过跟头。而任命他的内阁大学士张居正和吏部，也正是利用这只难缠的“刺猥”，在政治上置他于死命。
但对决策人的用心，海瑞没有察觉，即使察觉，也不会回头。海瑞最恨贪污，一上任便发出布告，严禁贪污，打击豪强，属下的地方官有贪污行为的，吓得胆战心惊，罪恶较大的自动提出辞职。有的大户本来用朱红油漆大门，听说海瑞巡抚来了，吓得把显眼的朱红大门改漆成黑色。管织造的太监，一向坐八抬大轿，这时也吓得改乘二人小轿了。
大地主们知道海瑞一贯主张限田，人人自危，坐卧不安。海瑞在江南作巡抚的短短八个月中，主要作了两件大事。一件是“除弊”，一件是“兴利”。
除弊，主要是打击豪强和大地主，要他们把非法侵占的农田退出一部分还给农民。这件事海瑞做得非常坚决，就连曾在嘉靖面前替他说好话、救过他一命而罢官在家的首辅徐阶也不放过。徐阶只好退出一部分。海瑞很不满意，写信给徐阶，要他退出大半，徐阶虽然怀恨在心，也只好照办。还有徐阶的弟弟徐陟，作过侍郎，在乡里为非作歹，残害百姓，海瑞同样没有给徐阶留面子，逮捕了徐陟依法制裁。
兴利，是兴修水利。江苏的吴淞江，沿江的田亩全靠这条江水灌溉。但年久失修，河道淤积，一有暴雨，便成小灾，淹没田地，水利变成水害，海瑞亲自进行调查，决定治理。正月动工，结合赈济饥民，用工代赈；他亲自坐小船往来江上，监视工程的进行，不久就完工了，人民大得利益。
海瑞的这一切做法却被在朝的官僚，在野的乡官大族痛恨至极。他们找出种种借口，先后向皇帝告状，说海瑞偏激过火，包庇坏人，打击乡绅，只图自己的好名声，而破坏朝廷的政策。一时海瑞成为大官僚、大地主的公敌。果然，海瑞上任八个月后便被迫退职，回到天涯海角的琼州老家闲住。这样的结局对于海瑞来说，无疑是一种莫大的痛苦。
海瑞在忧郁的精神状态中孤零零地耕耘祖传的四十亩土地。退隐在荒凉瘴疠之地，如果有一个美好幸福的家庭，也许多少还能排遣一些寂寞和空虚，然而海瑞在这方面却没能得到任何慰藉。他曾三次结婚，又有两个小妾，他的三位夫人先后为他生过三个儿子，但都不幸天折。他的两个妻子都在性格乖僻的母亲的吵闹中，先后离他而去，刚娶的小妾也在太夫人的威逼下不明不白地死去。他已没有任何亲人可以倾吐愤懑，只是把心中的积愤与痛苦连同他从政以来的文件信函加以整理印发，聊补生活的缺憾。
1585年，已退职15载的海瑞被万历皇帝重新起用，任命他为南京右佥都御史，后改为南京吏部右侍郎。这时的海瑞已是72岁的高龄了。
海瑞风尘仆仆地从海南来到南京，一路上的劳顿还没恢复，便立即给皇帝上了一篇疏文，大意说：“陛下励精图治，而吏治却很不理想，原因就是对贪官的刑罚太轻。诸臣找不到这个原因，反而说只要侍官们以‘礼’，他们自会廉直，这其实是文过饰非。这样的‘待士以礼’，老百姓又怎么办？太祖洪武三十年明订刑律，凡贪污枉法八十贯的，便处绞刑。贪污再多的，依太祖的规定是剥下皮来装上稻草，公开示众。现在也应该这么做。”
海瑞此议一出，舆论鼎沸，反对的居多数，认为这不符合本朝提倡的“仁政”。但也受到青年学子和下级官员的拥护，结果不但在朝廷上，也在社会上掀起了一场大辩论。那时海瑞已改任南京都御史。他的一个部下，提学御史房寰竟破例参劾了自己的顶头上司。说他到任后“无一善状”，只知道“诈伪荒诞，夸耀自己，贬低别人。”又玩弄造谣诽谤的故伎，无中生有地捏造说他“以圣人自许，奚落孔孟，蔑视天子。”这种抓住片言只语便想绳人以罪的手法博得一些人的喝采，但也遭到一些人的愤怒驳斥。
两京的官员为这件事纷纷扰扰争吵不休。万历便叫吏部考虑个妥善办法。吏部的官员们商讨之后，提出处理意见，认为海瑞那剥皮实草的主张过于偏执，“不协于公论”，建议不任命他以重要实职，但仍保留他都御史的正二品的官阶待遇。万历同意了这个意见，批示说：
“海瑞屡经荐举，故特旨简用。近日条陈重刑之说，有乖政体，指责朕躬，过于迂戆。朕并不怪罪而加以优容。不过海瑞虽然当局任事，恐非所长，而用以镇雅俗、励颓风，未为无补，合令本官照旧供职。”
这份诏令由给事中六科衙门抄发公布，由各地的《邸报》传遍天下，海瑞还能有什么作为呢？连皇帝都说他“迂戆”，说他“任事非所长”，而他的“照旧供职”，也仅仅起个“镇雅俗、励颓风”的作用，他这个堂堂的二品大员，还有什么理由再干下去？海瑞愤而上疏辞请，一连上了七次辞呈，但每次的御批都是照例的四个字：“所请不准”。这样，海瑞整日在欲干不能，欲罢不休的处境中艰难度日。
万历十五年（1587年），74岁的海瑞，终于在极度的忧郁愤懑中走完了他的人生途程，在南京都察院的住所里逝世。
办理丧事的南京佥都御史王用汲，见这位骨瘦如柴、白发似雪的青天海大人躺在一张破旧的木床上，身边堆积着陈旧的粗布被褥和衣衫，不禁潸然泪下。海瑞惟一的积蓄只有十两纹银，还不够买一口棺材。王用汲在悲痛之余回到南京都察院，发动同乡捐款，才没有使海瑞暴尸荒野。
海瑞死后的情景催人泪下，恸彻肝肠。百姓万分悲痛，哀伤不已。街市停止营业，穿戴白色衣冠的送丧行列，夹着江岸悼祭哀哭的悲声，惊天动地，连成一片，百里不绝，无不显示了江南父老乡亲，对这位曾为他们造福的前南直隶巡抚的哀掉之情。
海瑞从政20多年，充满了各种各样的纠纷。他的信条和个性使他既被人尊重，又被人遗弃。正当万历皇帝和臣僚们集中精力和财力修筑定陵寿宫时，传来海瑞的死讯。他的谢世，无疑使万历皇帝本人和京都负责人事的官员又大大地松了一口气，他们再也用不着为这位大众心目中的清官去操心，为这位到处惹是生非的人物再做安排了。而为数不少的臣僚，却为自己面前少了一位对手而庆幸。
死尸复活
就在海瑞谢世三百年后的1959年4月，他的死尸复活，并登上了中国的政治舞台。这位海大人的出现，引起的社会震动要比他当年的骂嘉靖皇帝强烈得多。由此发生的整个国家民族的灾难，大概也是这位封建时代的正直官吏所无法预料的。
自1957年反右斗争扩大化后，不少干部怕招惹是非，开始对自己的言行细加斟酌了。在1958年的“大跃进”和人民公社化运动中，出现了以高指标、瞎指挥、浮夸风和“共产风”为主要标志的“左”倾错误，更使一些干部缄口无言，对许多问题报喜不报忧。毛泽东察觉了这个问题，并在1959年4月党中央召开的上海会议上，对这种不敢讲真话的作风提出了批评。一次，毛泽东正津津有味地看家乡的湘剧《生死牌》，戏到结尾时出现了海瑞。毛泽东主席精神为之一振，一个奇特的念头在心中滋生。戏散后，他把《明史·海瑞传》找来翻阅，那个念头也在心中渐渐地酝酿成熟了。
第二天，他向一位分管宣传的领导人讲了一段海瑞的故事。他说：“海瑞这个人对皇帝骂得很厉害，骂嘉靖是‘家家皆净’。他还把这话写在给皇帝的上疏里，以后被关进监狱。有一天，看狱的人忽然拿酒菜给他吃，他很奇怪，便问看监的老头，才知道嘉靖皇帝死了。他大哭，把吃的东西都吐了出来。尽管海瑞攻击皇帝很厉害，但对皇帝本人还是忠心耿耿的……”毛泽东讲完，指示这位领导要宣传海瑞刚正不阿的精神，找几个历史学家研究一下，从什么角度、用什么方法做宣传工作。
涉及到明史，就不能不想到作为专家的吴晗。这位领导把毛主席的指示给吴晗讲过之后，鼓励他来写有关海瑞的文章。于是，吴晗施展才华很快写成了一篇《海瑞骂皇帝》刊登在同年6月16日的（人民日报》上。这篇文章的内容，基本上就是毛泽东讲的那段海瑞的故事，也是明史《海瑞传》中的内容，中心思想突出一个“敢”字。之后，吴晗以极大的热情和驾轻就熟的技巧，又写了《海瑞》、《清官