为太子了。讲官黄辉猜到了这一秘密后，立即秉报给事中王德完，并说：这是国家大事，不测的事情随时都会发生。若万历和郑贵妃遂愿，写在史册上，后人就会笑朝中无忠臣。王德完听完后，遂叫黄辉写了奏章草稿，再由自己修改誊写后送给皇帝。结果是王德完被廷杖一百后除名。尚书李戴等连疏力救，忤旨被责。
万历在打了王德完后对群臣愤然说：“诸臣为皇长子耶？为德完耶？如为皇长子，慎无续扰；必欲为德完，则再迟册一岁。”这些自相矛盾又令人哭笑不得的话，使群臣大为惊讶。他们觉得万历似乎真的在期待什么。
就在万历和大臣们在立皇储问题上争吵不休、僵侍不下之际，一个已经在人们心目中消失了的“幽灵”，在这关键时刻突然出现了。这就是万历的生母慈圣太后。
处于风烛残年的慈圣，虽在深宫中颐养天年，不问朝政，但对立储一事她却时时关注着这一情势的发展变化。在这个问题上，她再度站到王恭妃和群臣一边，觉得已经到了她应亲自出面干涉的时候了。当万历来到她的深宫请安时，这位老太后面色严肃地问道：“为何迟迟不立常洛为太子？”
可能是慈圣太后威风犹在的缘故，也可能是万历事先没有准备而过于慌张，竟脱口说了一句关键性的错话：“彼都人子也。”
明时宫内称宫女为“都人”，万历居然忘记了母亲也是“都人”出身。当慈圣太后怒气冲冲地指着他说：“尔亦都人子”时，万历才幡然醒悟，惊恐得“伏地不敢起”了。
万历的失误，加剧了慈圣太后的决心。无奈之下，万历皇帝只得在1601年10月立常洛为“皇太子”。
郑贵妃听到万历要立常洛为太子的消息，虽然感到大势已去，但她还是要作最后一搏。早在几年前，万历皇帝为讨郑贵妃的欢心，曾许愿将来封朱常洵为太子。郑贵妃施展聪明，让皇帝写下手谕，珍重地装在锦匣里，放在自己宫中的梁上，以为日后凭据。既然现在时机已到，她就不能不出示这张王牌以制其敌了。可是，当郑贵妃满怀希望地打开锦匣时，不禁大吃一惊：一纸手谕让衣鱼（蠹虫）咬得残破不堪，“常洵”二字也进了衣鱼腹中！迷信的皇帝长叹一声：“此乃天意也。”终于不顾郑贵妃的泪眼，而把朱常洛封为“太子”，常询封为“福王”，封地洛阳。
至此，前后争吵达十五年，无数大臣被斥被贬被杖打，而且使得万历皇帝身心憔悴、郑贵妃悒郁不乐，整个帝国不得安宁的“国本之争”，才算告一段落。但事情远远未有结束。
朱常洵没有成为太子，不仅使郑贵妃大为气恼，也使万历皇帝感到内疚与不安。无奈之下，只得以倾国之富重加赏赉进行补偿。而此时的王恭妃正盼望能像慈圣太后一样，过上花团锦簇般的好日子。遗憾的是死神已向她悄悄逼近。这位可怜的女人，替朱家生了儿子，没得到恩典，反而被打入冷宫，即便是常洛被封为太子，她凄惨的处境也丝毫没有改变。她慨叹命运的不公，皇帝的薄情寡恩，又思念儿子。她在愁苦中消磨，在泪水中度日。花开花落，秋去冬来，总盼不到出头之日。正所谓：“泪湿罗中梦不成，夜深前殿按歌声，红颜未老恩先断，斜依熏笼到天明。”
王恭妃先是双目失明，渐渐卧床不起以至无翻身之力了。等到朱常洛在万历的允许下去探望母亲时，玉恭妃所住的宫门竟深锁不开。砸开铁锁抉门而入后，常洛看到母亲惨卧榻上，面色憔悴，只剩一口气，不禁悲从中来，跪抱母亲放声大哭，随行太监宫女无不潸然泪下。尽管儿子身为太子，母亲却要在凄苦悲愤中死去。尤其令朱常洛痛心的是，母亲再也无法睁开眼睛看一下儿子了。王恭妃在昏迷中听到儿子的哭声，将枯瘦如柴的胳膊伸出，颤颤巍巍地摸着儿子的头，泣不成声地说道：“我儿长大如此，我死也无恨了。”说完气绝身亡。死时年仅四十七岁。
王恭妃在不堪虐待的凄苦生活中不幸死去，举朝为之震惊。此时沈一贯已继任首辅，他和大学士叶向高上言万历皇帝：“太子之母病逝，礼应厚葬。”万历对此十分淡然，未予答应；后来在群臣的要求下，才给王恭妃谥号为“温肃端靖纯懿皇贵妃”，并准许埋葬天寿山“东井”左侧平岗地上。直到王恭妃死后十年，即1620年10月，在万历皇帝和其子常洛都已与她相会于九泉之后，才由她的孙子、继承皇位的朱由校（天启皇帝）把她和生前的丈夫万历皇帝撮合在一起，迁葬定陵寿宫。尽管如此，王恭妃仍然不过是点缀这个凄壮祭坛的贡品而已。
不得已的诀别
万历四十二年（1614年）二月，慈圣皇太后终于走到了生命的尽头，告别她为之费尽心血但仍牵肠挂肚的朱家江山和不争气的儿子，溘然长逝。就在临死之前，她又办了一件足以令群臣热血沸腾、让万历十分尴尬、而叫郑贵妃恨之入骨的大事。
按照明朝祖制，所封藩王必须住在自己的封国里，非奉旨不得入京。但郑贵妃的儿子朱常询却恃父母之宠，竟在皇宫中十多年不赴封国洛阳。大臣们为了保住已经取得的成果，也为向国家示忠，多次劝谏万历让福王常洵往赴封国。在这件事上，万历再次显示了他并不高明的狡辩才能。
他先是以福王府第尚未建成来要挟群臣，致使工部加紧给予修建；待王府建成后，万历又称寒冬腊月，行动多有不便，等来年春天再赴封国；可是到第二年春天，万历却说若要去封国，“福王非四万亩田庄而不应”。早已等得不耐烦的臣僚，见皇上如此出尔反尔，言而无信，立即群起而攻之。内阁大学士叶向高首先抗疏说，《大明会典》规定亲王禄米为一万石，不能随意增加。帝国田地之数有限，而圣子神孙不断，如此以往，不只百姓无田，连朝廷都会无田。景王、潞王要田四万顷，已被大家认为是败坏了祖制。前车之覆、后车之鉴，希望皇上不可效尤。
正当皇帝和群臣争得难解难分，行将就木的“幽灵”出现了，她先是召问郑贵妃：“福王何未赴封国？”
极端聪明伶俐的郑贵妃，不像上次万历皇帝在母亲跟前那样慌乱和愚笨，她沉着地回答：“太后明年七十寿诞，福王留下为您祝寿。”
慈圣太后毕竟深怀城府，她冷冷地反问：“我二儿子潞王就藩卫辉，试问他可以回来祝寿否？”郑贵妃无言以对，只得答应督促福王速去封国就藩。
万历皇帝敌不住太后和大臣们的轮番攻击，在慈圣太后去世一个月后，终于让福王赴洛阳就藩去了。临行那天早晨，天空阴沉，时有零星雪粒落下，北国的冷风从塞外吹来，使人瑟瑟发抖。宫门前，郑贵妃和儿子面面相对，泪如泉涌。万历皇帝在午门前和儿子话别，反复叮咛：“路途遥远，儿当珍重……”当福王进轿起程的刹那间，已是两鬓斑白、长须飘胸的万历皇帝再也控制不住自己的感情。他抬起龙袖，想遮掩自己发烫的眼睛，但浑浊的泪水还是哗哗地流了下来。
回到宫中，万历皇帝即卧龙榻，悲痛欲绝。他感到深深的内疚，因为自己到底还是辜负了郑贵妃的一片痴情，没能把常洵立为太子。自己虽贵为天子，而终被群臣所制，让爱子离京而去。一切都在失去，权威、父子深情、荣耀……，备受创伤的心中只剩一个郑贵妃了。他读过有关叔祖正德皇帝的《实录》，尽管这位生性刚毅不驯的皇帝一生都在想摆脱群臣对自己生活的干扰，但还是以失败而告终。万历深知文臣集团只要意志一致，就是一种坚不可摧的强大力量。几十年来的恩恩怨怨、是是非非，终于使他明白了做一个“皇帝”的含义。
事实上，万历缺乏他叔祖的勇气和主动性。他从小就没有尝到过自由的滋味，也不是凭借自己的能力获得臣下的尊重，既如此，他就只能顾影自怜并一再向臣下屈服。
然而，万历又不是一个胸襟开阔、坦荡豁达、宽厚待人的皇帝，他的自尊心一旦受到损伤，便设法报复；报复不是在于恢复皇帝的权威而制裁敢于冒犯他的人，而是整个帝国大业。积多年之经验，他发现了一个最有效的武器乃是消极对抗，即老子说过的“无为”。这一点，大臣们只是按照自己的思维逻辑，看到了事情表面从而抱怨皇帝的昏庸，却不能洞察其根本。唯独申时行对此有深切的了解。多少年后，这位在家闲居的首辅，追思大明帝国的路程，他既不埋怨皇上，也不指责自己。他在著作中只是提到了年轻人不知世务和兴衰之道，轻举妄动，以致弄得事情不可收拾，造成了大明帝国这艘飘摇不定的古船再次受到重创，从而彻底走向沉沦。不过，申时行开始思考这个问题时，万历皇帝已经朝着这条轨道滑去，帝国的倾覆是最终无可挽回了。
万历母子与德清和尚
万历的生父穆宗朱载垕元配陈氏，北京通州（今通县）人，1567年册为皇后，但身体孱弱，多病无子。万历对待这位非亲生母倒也孝敬如常，即位后上尊号为“仁圣皇太后”，与生母“慈圣皇太后”两后并尊。
万历的生母“慈圣皇太后”李氏，北京顺天府漷县人。漷县地处北京东南80里，地临通惠河，金代为县，元代为州，明代又降为县，今属通县，又降为村，称漷村镇。李氏家境清贫，父亲是泥瓦匠。为了生计，她幼年被卖到通州陈家作使女，与陈家姑娘相处很好，情同姊妹，陈姑娘即后来的“仁圣皇太后”，正因为有这层交往，以致被朱载垕看中，选为宫嫔。生下了万历，母以子贵，被尊为“慈圣皇太后”，但仍与“仁圣皇太后”友善相处如初。太后出身寒微，对娘家人等管束很严。有一次父亲李伟为军中织造布匹，以次充好，从中渔利，引起军中不满，万历得知，取布检验，果然如此。万历报告皇太后，皇太后十分生气，传谕严办。辅臣张居正为了照顾皇亲，处罚了下属人员，皇太后得知，认为处罚不当，又召李伟父子入宫，叫他们跪在仁德门前，她亲升隆道阁，历数他们的罪行，李伟父子慌恐服罪。慈圣太后一生笃信佛教，宫中人为讨她喜欢，说她是九莲菩萨化身，而她也以菩萨自居，北京长椿寺悬挂着她的九莲菩萨影像，她把佛祖舍利在宫中供奉之后，又送往京南房山云居寺在雷音洞安葬；她在京城内外建筑的佛寺不计其数，京西八里庄经她修建的慈寿寺，规模很大。现在佛寺已经倾塌，但十三级砖塔，至今高耸入云；又广行善事，修桥补路，京南数百里的祁州（今安国）伍仁村的大石桥，也是她建的，石桥与铭刻，现在也完好如初。北方的名山古寺、佛事道场，几乎都得到她的支持与资助。上行下效，使万历一朝，佛教盛极一时。慈圣以太后之尊，动用宫中的“金花银”、“脂粉银”与国库的“帑银”建寺事佛，祈天赐福，以期皇朝永固，自然会通行无阻，朝臣们不敢提出意见，不过，上天尽可以赐福，皇朝也可能永固，而这堂堂皇朝又由谁来继承大业呢？
万历十岁登基，十六岁大婚，但是，这位少年天子虽已成婚，却久久不能生下“龙子”，太后久久抱不上“龙孙”，她心急如焚。一个普通百姓人家香火失传，成为一个家庭的大不幸，堂堂的大明皇祚无人继承，这可是天大的事。宫中的九莲菩萨李太后再也不能等待下去，她觉得这个皇储大事只由她一人在宫中日夜祈祷已经远远不够，于是，她不得不号召天下名山大刹的佛门僧众广建道场、大作佛事，共同祈祷，以求佛祖俯允使皇孙早日降临。正在这个关键时期，一位高僧——德清和尚出现了。
在明代佛教史上，有四个影响深广的和尚，被誉为四大高僧，即祩宏、真可、智旭和德清，他们也都主要活动在万历朝前后，唯独这位德清和尚，对帝后宫廷，有着扯不断的千丝万缕，也产生了说不完的恩恩怨怨。
德清和尚字澄印，别号憨山。1546年生于安徽全椒县，俗姓蔡，母亲是个虔诚的佛教徒。怀孕之初，曾梦见观音菩萨带着小孩来家，因而她一直认为生下来的儿子就是菩萨所送，将来也必有作为。小德清很聪慧，儿时在寺中读书，听到僧人念观音经就能读诵；母亲烧香拜佛，他也跟着叩头，从小就受到佛教影响。母亲对他“督课甚严”，自然是希望他读书作官，步步升迁。在他自撰的《年谱》中有他十岁时和母亲的一段对话。
他问母亲：“读书有什么用呢？”
母亲说：“做官。”
他说：“作官一生辛苦，有什么意思。”
母亲也许是无心，也许是有意，又许是和他开个玩笑开开心，说：“像你这样只能出家做个僧人了，佛门弟子行遍天下，随处有供，你哪有这份福气？”
德清回答很坚决：“我有此福！”
也许他真的与佛祖有缘，十二岁那年，小德清迈入了南京报恩寺。
明代的南京是南方佛教中心。佛刹林立，高僧云集，报恩寺规模宏大，历史悠久，尤其儒学、佛学书籍都很丰富。不过，他虽到寺院，仍是攻读儒术，“学举子业”。以他的聪慧与勤奋，十七岁便能读《四书》，为文赋诗已经出人头地，然而，他并没走科举之路，十九岁时就在南京栖霞寺剃度出家了。
出家后的德清来往于南京各大寺间，尽谒名僧，聆听经讲。广泛接触佛门各宗派。因慕唐华严宗巨匠澄观的为人，乃取号澄印，后又专意学禅，发奋参究，未得其要，又醉心于净土宗，专事念佛，日夜不断。他有儒学根底，以之入释，几年的时间，他的佛学素养也在一般僧人之上了。26岁以后，竹杖芒鞋，云游南北，出入燕晋，京东盘山，京南五台山，都留下了他的足迹。在北台，他见到憨山奇秀，因又取别号憨山。1573年，他到了京师北京。此年，正是万历即位之时，皇帝下诏大赦天下，朝臣上疏称贺，僧众诵经祝禧，京城里一片热闹，德清在遍游京城诸寺的同时，又终日奔走于豪门贵戚，广泛结交重臣大吏，终于和朝门宫禁有了千丝万缕的联系。佛门一向是标榜超然世外，与政治无干，京城中朝臣、太监、宫廷的关系盘根错节，极为复杂，而他在京城广泛地结交权贵，涉足于无端的矛盾之中，对一个二十八岁的和尚来说究竟是福呢，还是埋下的一条隐祸？
他终于和皇宫里笃信佛祖的慈圣太后有了直接关系。为国祈福，选僧诵经，他被列名参加。从此，和皇室结下不解之缘，而且越来越深。
万历即位之后，辅臣张居正对明朝政治、军事等诸多方面进行了一系列改革。1579年，明令全国清丈土地，寸土不遗，严格执行，寺庙也在清查之列。五台山在北方寺庙中规模最大，占地最多，田粮又向来不登版籍，寺庙失去土地后果当然严重，公文又屡次催办，和尚们恐慌了，吵吵嚷嚷乱作一团，但都拿不出主意，只有德清镇定自若，他走出来说：“诸师第无忧，缓图之”，意思是叫大家先别发愁，他有主意。他究竟有什么好办法？当然是与宫中和权贵们的关系。他宛转上请，多方奔走，疏通关节，结果，五台山的土地竟没有清丈，真的被保护下来了。德清的名声也随之大震。多年来在京中的“奔走”，他开始受益了。第二年，他在五台又主持了“无遮”法会。不久，皇上有旨，祈降皇嗣，慈圣太后派专官