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申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历答称：“先生劳苦。”这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，但相形之下皇爷则更为劳累，他还要到奉先殿去向列祖列宗祭拜，尔后还要参见慈圣太后。
万历步行祈雨，是迷信的驱使，还是出于维系人心？恐怕连皇帝本人也难以解释清楚。但有一点不能忽视，当一个人处于困境之时，他就不愿放弃任何足以取得成功的可能性，哪怕它极为渺茫，他也要把它当作精神上的支柱与寄托。皇帝躬亲求雨，不论是出于何种动机，这种虔诚的态度和奋进精神，最低限度地表示了他对一切尚未绝望。希望源于失望之中。他的挣扎、他的自责，以及他对臣僚所作的爱民训示，都可以安慰人心。既然我们的封建王朝一向认为精神力量超过客观实际，那么，这次求雨即是作为皇帝克尽厥职的最高表现。
在万历祈雨不到一个月的6月25日，一场甘霖突降人间。最初是雨中带雹，旋即转为骤雨，雨势一直延续到第二天方才停歇。万历当仁不让地接受了百官朝贺。他由衷地感到骄傲与自豪。在以后的若干年内，即是他再想做出这样激动人心的事，也身不由己了。
国本之争
在中华帝国，一个注定要当皇帝的小孩子生下来后，便不是被作为一个人而是作为一个神奉养起来。他一旦登上宝座，便成为权力的象征，神的化身。他拥有一切，主宰一切，而恰恰也是出于同一原因，他又成为整个帝国最不自由和最不幸的人。他的一切行动都要受到严格的限制，以便成为人们心目中的行为准则和榜样。为此，朱翊钧的母亲常常在他睡眼朦胧时催他去举行早朝，张居正要他读那些枯燥无味的书，群臣也不止一次地用祖宗的规范去劝谏他。麻烦的是他也是一个“劣根”未除的“凡夫俗子”，和常人一样有七情六欲。因此，当他临朝重复地看着臣下做着早已烂熟的动作，朝他日复一日地跪拜行礼时，当他退朝以后只能冷冰冰地厮混于六宫佳丽之中，看着他早已习惯而且千人一律的期待神情时，他生活上的不自由、精神上的空虚便可以想见了。尤其是，像他这样一个面对边疆危机四伏、朝政日益腐败而又无能为力的王朝后代，有什么办法能够寄托他的感情呢？
无论当朝和后人对郑贵妃作何评价，但她的聪明机灵、善解人意却是个无可否认的事实。这样一位才貌双全的女人，既然已被推上这个凄壮的祭坛，那么这个祭坛上的一草一木，一砖一瓦都会教她必须倾尽生命的本能与才华，去作殊死一搏，以便尽可能地获取上苍的恩宠，除此别无选择。但是，这个帝国制度却容不得她对命运的把握和抗争。1586年，郑贵妃生下儿子常洵。由于万历对王恭妃和郑贵妃的待遇不同，长达几十年的“国本之争”由此揭开了帷幕。
郑贵妃对于生下常洵后被万历册封为“皇贵妃”感到毫不意外，她认为以她和皇上的亲密关系，获得这一荣誉并不过分。册封之前，万历要预先公布礼仪以便有关衙门作必要准备。消息传来，就有一位老臣提出异议：“按照伦理和习惯，这种尊荣应该首先授予皇长子的母亲恭妃王氏；郑贵妃仅为皇三子（另一位皇子不知生者为谁，史书无记载）的母亲，后来居上，实在是本末颠倒。这一异议虽然引起万历的一时不快，但册封典礼仍按原计划进行。然而谁也没有想到，这个册封典礼竟成为一场影响深远的政治斗争的导火索，导致了此后数十年皇帝与臣僚的互相对立，而且涉及到整个帝国的安危。
册封郑贵妃为皇贵妃的仪式是极其隆重的。首辅申时行和定国公徐文璧，在身穿龙袍正襟危坐的万历面前，接受了象征权力的“节”，然后在礼官乐师的簇拥下，来到左顺门，两人以庄严郑重的态度把“节”和“册”交给早就恭候在门口的太监，最后再由太监送到郑贵妃手中。在这隆重的册封仪式上，当郑贵妃从太监手中接过上书“朕孜孜图治，每未明而求衣，辄宣劳于视夜，厥有鸡鸣之功”的“册”和金印时，她似乎再也无法抑制自己的感情，玉手微微颤抖着。在人数众多的宫女和妃嫔中，是她以自己的努力和心计争得了皇帝的宠爱，这种爱使她在回想自己的辛劳时也得到了极大的满足。如果这种情爱得以继续保持，儿子当太子以致当皇帝，而她自己成为皇后和皇太后，并不是十分遥远的梦想。
作为此时的万历皇帝，对这次册封不免有些心虚，他料定事过之后必定有人要跳出来加以反对。事实证明了他的预见，就在册封郑贵妃的当天，户科给事中姜应麟即上疏，给他正在热血沸腾的心中泼了一瓢冷水。
还在常洵出生以前，首辅申时行就曾建议万历早立太子。但万历皇帝不愿把自己不喜欢的女人生的儿子立为帝位的合法继承人，便以皇长子年龄尚小为借口推托过去。常洛五岁时，王恭妃还未受封，而常洵刚刚出生，郑贵妃即获殊宠，这不能不令那些早就疑心重重的大臣们怀疑万历要废长立幼。他们不愿因这事让步而被记入史册，让后世觉得朝中无忠君爱国之人。
姜应麟在疏中用的言辞极为尖锐而沉重：“礼贵别嫌，事当慎始，贵妃所生陛下第三子犹亚位。中宫恭妃诞育元嗣，翻令居下，揆之伦理则不顺，质之人心则不安，传之天下万世则不正。请收回成命，先封王恭妃为‘皇贵妃’，而后及于郑妃。则理即不违，情即不废。”
姜应麟无非是希望万历能收回成命，名义上说先封王恭妃，而实际则是要万历封皇长子为太子。万历在处理此事时，再次体现了他的性格：懦弱使得他既想保住既得成果，又想叫群臣承认他所作所为是公平合理的。所以他在接到姜应麟的上疏之后，煞有介事地勃然大怒，气冲冲地召集身边的宦官，似发火又似解释般地恨恨说道：“册封贵妃，初非为东宫起见，科臣奈何讪朕？”边说边用手不断地敲击书案。宦官们出于对皇上身体的考虑，不断地叩头求他息怒。万历觉得他的苦心得到了宦官的理解，但还是降下旨意说：郑贵妃之所以特加殊封，只是由于她敬奉勤劳，此事与立皇储毫无关系。立储自有长幼之分，姜应麟疑朕有私心，应降处极边。
臣僚在幕后勾心斗角，但唯其在这件事情上却显得齐心协力。这不只是由于“明臣好诤”的缘故，按照他们的思维方式认为，太子的设立关系到国家的根本利益。姜应麟为立皇储一事受到贬谪，居然无人出来替他鸣冤叫屈，这对于食国家俸禄的大臣们来说是极不光彩的。他们饱读史书，深知礼教，自然知道这件事应当如何来做。
吏部员外郎沈璟、刑部主事孙如法继姜应麟之后再次上疏指责此事，其结果是一并获罪。接着又有南北两京数十人上疏申救。万历对此虽置之不理、我行我素，但心中却极其恼火。四百年后，明史研究学者黄仁宇先生在论述万历这一时期的生活和政见时，曾有过独特的见地：作为万历皇帝，他对于自己的“私生活”被人干预感到难以忍受，觉得这如同把金银首饰、玉器古玩赏赐给一个自已喜欢的人，别人无权干涉。而此时的臣僚对万历皇帝的作为越来越“出格”，感到同样困惑：贵为天子，怎好如常人那样感情用事，为所欲为呢？像历朝大臣一样，他们总是把希望寄托在一个好皇帝身上，而最要紧的就是那个“好皇帝”是他们辅佐之人。这样，他们获得赏赐时，不管是官阶或者财物，都会随着皇帝的声望而提高欣赏之物的价值。张居正改革社会的试验和培养皇帝的努力，虽然以身败名裂而告终，但大臣中仍不乏继续奋斗者，他们尤其不愿看到万历被一个女人“勾引”而误国误民。
自从册封郑贵妃为皇贵妃引起群臣几乎一致的反对以来，万历对临朝听政十分厌恶。这时候，慈圣太后已经在慈宁宫中安度晚年，五更时分不再到万历住所呼喊“帝起”并携之登辇上朝了。张居正已死，冯保被贬，那位被称为“和事佬”的当权者首辅申时行，抱着万历有朝一日自会觉悟的幻想，对皇帝一再迁就。这样，万历皇帝在那些国色天香、销魂荡魄的六宫佳丽与板着面孔吹毛求疵的大臣之间，选择了前者。只有置身其中，他才能感到片刻宁静与欢乐。尤其是在那位体态娇柔、情投意合的郑贵妃面前，他才感到作为一个人的真实存在。
既然大臣敢放胆抨击万历隐私，那么皇帝身边的宦官也就不再为向外廷传递一些秘闻而感到忐忑不安。随着万历皇帝日常生活放纵的消息不断传出，加上皇帝不时以“头眩”为由不举行早朝，那些虎视眈眈纠偏的大臣又发起新的一轮“攻击”。
礼部尚书洪乃春首先上疏道：前些时候就听到传言，说陛下由于骑马被摔下来伤了额头而托辞“头眩”不举行早期。如果真是如此，以一时的快乐，而忽视了对安全的考虑，为患尚浅。但如果是陛下所说的“头晕目眩”危险可就大了。“以目前衽席之娱而忘保身之术，其为患更深”。洪乃春这些话语，已经不像是一个大臣在劝谏皇上，倒像是一个长辈在训斥一个不肖子孙。更令万历怒发冲冠的是，洪乃春居然敢把自己不举行早朝一事的原因，归结到贪恋女色上，如此张扬，让他如何为人君父？如不采取断然措施，谁能保证不会有第二个“马嵬坡之变”呢？谁又能禁止人们明目张胆地骂他是贪色误国的李隆基呢？
于是，不管阁臣还是御史们如何劝说呼救，都无济于事，洪乃春最终还是被拖到午门外廷杖六十，然后削职为民，以至最后愤郁而死。他是万历皇帝真正独立执政后，第一个因为干涉皇帝“私生活”而遭到廷杖的大臣。如果说以前廷杖大臣是由于张居正、冯保的缘故，那么这以后廷杖几乎成了万历对付那些对他和郑贵妃之间的关系敢于置啄的大臣们最主要的手段了。
仍然像黄仁宇先生指出的那样，大臣们被杖之后，立即以敢于廷争面折而声名天下，并且名垂“竹帛”。死是人人都惧怕的，但只是屁股上挨几板子就可以名垂千古；为此而冒险的也就大有人在。万历皇帝在这些前仆后继的劝谏者面前，到底还是精疲力尽了。他头脑中自当皇帝始就存在着的那点儿幻想也随之破灭。母亲和张居正赋予了他满腹经纶、道德伦理、为君准则、三纲五常……似乎一切都已具备，但就是没有赋予他坚强的意志和自信，而这一点恰是一个人最应该具备的精神财富。正因为如此，他才失去了祖宗们那样的真正至高无上的权力和权威。表面看来，他是为了郑妃的缘故，走上了一条在万念俱灰的心理支配下自我毁灭之路，而实际上他的灰心因为他无力驾驭这个庞大的帝国机器造成的。贪财好色并把希望寄托在虚无缥渺的来世，只是他消极对抗的手段，既然这个帝国机制造就了这样一个皇帝，那么，历史也只能让他沿着这个轨道走下去了。
正如黄仁宇先生所作出的结论，郑贵妃想让自己的儿子当太子这是肯定的。处于这样一种备受皇上宠爱的地位，产生这样的想法不足为奇。既然有希望，聪明过人的郑贵妃就不会放弃任何努力，她所做的一切也就无可指责。但是对于那些意志坚定、不屈不挠的大臣们来说，挫败郑贵妃的“阴谋”，如同阻止一个败坏朝纲、危害千秋帝业的“魔鬼”。在他们看来，郑贵妃要立自己的儿子为太子对本朝的危害，要比八旗大军的铁蹄更为严重。事实上，就在1587年即郑贵妃生下儿子常洵一年之后，辽东巡抚注意到北方一个年轻酋长正在逐步开拓疆土，吞并附近的原始部落。他觉察到此人必成明朝的心腹大患，就派兵攻打，但出师不利，几乎全军覆没。他认为失败的主要原因，在其部下一个开原道参政（朝廷派来监视巡抚的命臣），不照命令行事，而坚持改剿为抚的主张造成的。辽东巡抚参劾这位参政的奏折一到北京，被参者反而取得朝廷监察官的同情，他们又出来参劾这位辽东巡抚。当时的首辅申时行认为这完全是一件小事，不值得大惊小怪，引起内外文官的不睦。这位首辅再次运用了他的机智，以“和事佬”的身份出面调停，建议万历对双方参劾彼此对销。不必再论谁是谁非。然而这种处理的后果，却给了北方那位酋长一个难得的机会，使他继续大胆放肆地吞并其他部落，继续利用明朝内外官员的不和来发展自己的千秋大业，他开始创立文字、完善军队制度、研究攻防战略……这位酋长就是努尔哈赤。若干年后，他将成为八旗子弟的首领，死后谥号清太祖。
围绕着“国本之争”这件大事，朝廷的臣僚渐渐地形成了两大对立的派别：以首辅申时行、大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等人为首的一派态度暖昧且“依违其间”；而以顾宪成、高攀龙、钱一本等为首的一派以“东林书院”为据点，主张坚决按照“有嫡立嫡、无嫡立长”的成规，拥立常洛为太子，从而形成明末名震一时的“东林党”。因沈一贯是浙江宁波人，他在继申时行之后出任首辅期间，纠集浙江籍京官与东林党作对，因而被称为“浙党”。此外还有“齐党”、“楚党”等多种派别，他们共同联合起来反对东林党。而各党在相互争斗中，又都利用京察的机会排除异己。京察是明政府考察京官（南、北二京）的制度，六年一次，每逢巳、亥年进行。在京察中，根据官员的政绩、品行，分别予以升、降、调或罢官的奖惩。凡在京察中被罢官的，永不起用。所以，各党都想利用这个机会置对方于死地。但是，无论哪方获胜，都对解决明末社会腐败的积弊无丝毫益处。而这些势同水火的党派之争，只能使帝国大厦倾倒得更加迅速。
她在凄苦中死去
如果万历像他的祖父嘉靖一样，为“大礼仪”之争廷杖反对他的一百多人，或者像他的伯祖父正德，把一百多名谏阻他南巡的官员都以棍论处。那么，事情也许会省去许多麻烦。然而，万历既无先辈之权威，更无祖宗之气魄，即使偶而发怨对臣僚予以制裁，也无济于事。在这进退两难的情况下万历再次显示出性格上的弱点，从而采取“拖”的办法，既然双方意见不一，那就把册立太子的事推迟。其理由是皇后还年轻，说不定她会生个男孩，那时再立太子也不为晚。但事实上万历自从和郑贵妃相爱，就与皇后不再有男女之欢，这个儿子从何而来？显然皇帝在用这并不高明的办法搪塞群臣。
万历一方面绞尽脑汁应付群臣的不断反驳和追询，一方面对王恭妃母子进行残酷的虐待。万历自己五岁开始读书练字，但皇长子朱常洛长到十四岁，还没有给他指派老师，几乎让这位未来的皇帝成了文盲。而王恭妃本人也被打入冷宫，无人问津。
转眼常洛已到十九岁，万历既不为之成婚，又不立为太子。大臣们终于发现了一个秘密，原来那位王皇后常常生病，显然万历打算一旦王皇后病逝，则由郑贵妃继之；常洵也就顺理成章地成为太子了。讲官黄辉猜到了这一秘密后，立即秉报给事中王德完，并说：这是国家大事，不测的事情随时都会发生